同文馆跟总理衙门一样，都是清朝同光新政的组成部分。后世一提起洋务运动，中央政府的改革，似乎也就是这两项内容。但是，跟总理衙门不一样的地方是，总理衙门的问世，被逼的成分多一点，办这个衙门，清朝政府方面，积极性有限。从形式到内容，都有糊弄鬼子的意思在——总理各国事务衙门，对洋人讲，这就等于你们要的外交部，对国内人讲，看，我们总理各国的事务，还等于天下的老大。而且衙门里的人，一溜儿从总理衙门大臣，到办事的章京，都是从别的衙门临时凑来兼职的，等于偌大的一个机构，没有人员编制。安着心，等形势转好，不怕洋人的时候，就将这个衙门给撤了。
但是，同文馆稍有不同，这是所学校，学习西方学问的学校，聘请的教师都是洋人，筹办的时候，憋住了劲儿，要把西方富国强兵的学问，都掏过来，最初的打算，是办一所顶尖精英的学堂，学员从翰林院和其他衙门里正途出身的年轻人中挑选，也就是说，打算让中国当时科举制下的精英人士，一群年轻的科门高第，进士翰林来学的。主事的恭亲王奕□，经过太平天国战争和英法联军的入侵，所得教训深刻，明白西方来的洋人非同小可，怎么也得跟人家学点什么，才能应付未来的变局。虽然打的是学习天文历算的招牌，实际上，就是学西学。西学是什么，奕□他们当然不知道，但请来的洋教习应该知道。对奕□来说，给洋人刀架脖子上建一个专门跟洋人打交道的机构，多少还是一种耻辱，但学人家东西，算是知己知彼，绝对有必要。让中央政府里的年轻精英来学，起点高，学生素质也高，可以立竿见影，速见功效。
然而，这样的如意算盘，却遭到一个人的强烈阻击，这个人就是倭仁。倭仁，蒙军旗人，科举出身，是当年旗人中少有的饱学之士，跟曾国藩一样，一路从翰林庶吉士、编修、侍讲、侍读、学士这样走过来，属于标准的词臣。也同曾国藩一样，是当时著名的理学家，讲究修身明性。以人品好，学问优长，领袖士林，比曾国藩名气还大。只是，在时代的大变局面前，曾国藩的选择是与时俱进，面对西方，而倭仁则抱残守缺，固守中国本位。出于对侵略者仇恨，他本人对洋人深恶痛绝，固执地把屁股对着西方。在同文馆酝酿期间，他是军机大臣，兼任同治皇帝的老师，深受东西两宫太后的信任。无疑，来自他的阻击，是来头挺大的，但阻击的子弹，却只是土枪里的铅沙。他说，中国人不需要学西洋的东西，我们的忠信仁义即可以为干戈舟楫。如果实在要学，也无需聘请洋人，因为中国地方大，人才多，找国产货即可。然而，奏章一上，马上有诏书说让他推荐这样的人才。其实，倭仁就是那么一说，自己夹袋里，根本没有这样的人才。没法子，只好不再做声。这时，上面又有旨意，说要倭仁随时留意，发现这样人才，即刻推荐。接着，最有戏剧性的一幕出现了，讨厌跟洋人打交道的倭仁，被任命为总理衙门大臣，作为众大臣之一，跟着奕□和文祥，一起办洋务。有近代史论者，说他接到这个任命之后，故意从马上跌下，以足疾为由辞掉了差事，其实并不确切。当年的倭仁，的确差点从马上栽了下来，但绝非故意为之，而是真的郁闷生了病，所谓的痰厥之症，小中风了。这病说不准跟让他做总理衙门大臣有关，但并非故意装的。过了没几年，倭仁还真的因为这个病，一病不起。
倭仁没有斗过奕□，不止是两人地位上有差距，也是他的道理讲不过奕□的道理。西太后虽然没受过什么教育，但却是个明白人，忠信仁义可以做干戈舟楫的鬼话，无论如何，没法让她相信。倭仁被任命为总理衙门大臣，有人说是奕□戏弄倭仁，其实未必，要是倭仁真的上任，有这样一个同事，奕□还真的很难受。当时奕□是首席军机又兼议政王大臣，再出面张罗洋务，权势太大。对于这个对权术无师自通的太后来说，将两个立场根本对立的人放在一起共事，也许那个事儿办不好了，但她居中驾驭，却更方便了。也有可能，这样的任命，是西太后想要借倭仁牵制一下日渐“跋扈”的奕□。
可惜，倭仁是个真性情的汉子，讨厌洋人，还真就身体力行，实践到底，硬是不肯沾洋务的边儿，顺便把自己气病了。只是，倭仁阻击失败了，但同文馆却也没有办好。当日倭仁的阻击，背后有强大的舆论支撑，京师上下，同文馆非议纷纷。揭帖（类似后来的大小字报）都贴在前门了，有俚语：“胡闹，胡闹，教人都从了天主教。”也有文言：“未同而言，斯文将丧。”“孔门弟子，鬼谷先生”。翰林院加上各个衙门的精英，在舆论的强大压力下，居然没有一个人敢出来做“鬼谷先生”弟子的。一时间，跟洋人学习，成了大逆不道的事儿。一个个进士出身的“孔门弟子”，集体抵制同文馆。即使有个别想进的，在众口铄金的情况下，也只能缩了。
同文馆最后，只能做大幅度调整，强调“政治正确”，出身可靠，在贫苦旗人中选人。从这点看，同文馆的风波，背后有满人政治的因素。即使是皇家嫡系的恭亲王，面对旗人的七嘴八舌，也得让步。这一让，就把个学习西学的高级学堂，变成了旗人又一个吃闲饭的养成所。到后来，才逐步开放，允许民人报考。肯进同文馆的八旗子弟，多半是看在同文馆优厚的待遇才来的，管吃管住，山珍海味，每月还有若干两银子津贴。就这样，第一批，也仅仅只有70人报考。
同文馆于同治元年（1862）七月二十九日正式开学。学堂的课程，中西合璧，教洋文的教师一概都是外国人（后来教西学的也大部分是外国人），一句中国话都不会说，上课绝对的“情景教学”。同文馆开始的时候设英、法、俄文三馆，随后又加了德文馆，1897年又设了东文（日文）馆。分前馆后馆（高年级和低年级），后馆比照西方的中学，前馆比照西方的专科，学制八年。学生初进馆，每月3两银子的补贴，以后陆续增加，最多可以达到每月12两，当时一个七品的翰林，每年俸禄不过45两。不仅补贴可观，而且管吃管住，除了衣服之外什么都管发，据进过馆里读书的著名戏剧理论家齐如山回忆，馆里的学生每六人一桌，每餐四大盘、六大碗，有鱼有肉有海鲜，夏天还有一个大海碗，放着水果莲藕什么的，冬天海碗改成火锅，什锦锅、白肉锅和羊肉锅任选。如果这些你都不乐意吃，那么可以另外随便点菜，如果学生来了客人，也可以随便要菜，一个子都不用花。就这样，同文馆的学生还动不动就嫌伙食不好，摔碗砸碟闹罢餐。
同文馆从小皇帝同治登基开始办（1862），一口气办了20年。转眼到了光绪年间，俄国人总是借勘界的机会，蚕食中国的领土，跟俄国人交涉成了大问题，总理衙门想起了同文馆，于是到馆里找人才。一下子从俄文馆找来了七八个学生，一个俄文学了13年，其余的也学了7年，结果呢，没有一个懂俄文的，成绩最好的一个刚刚能把俄文字母念上来，其余的连字母最多也不过认识一半。英文馆的状况稍好，而其中最好的张德彝，后来派到中国驻英国使馆做翻译，据严复讲，听力很差，连日常用语都翻错。张德彝后来做了清朝的外交官，在西方转了好些年，写的游记，居然纪录了大量西方的儿童游戏，没多少正经事。像张德彝这样出身同文馆的外交官，当年有一群，后来都做到参赞和公使。学外语的做外交官，在中国是个传统。其中最有名的是陆徵祥，此人出身基督徒家庭，原来外语基础就相当不错，在担任驻外使节期间，娶了一个比利时太太，进入民国，做到外交总长，算是同文馆毕业生中，官阶最高的一人。
这所西式的国立高等外语专科学校，虽然设施好，待遇优，但师资可是一般般，有学问的西方人，在那个时候没有多少人乐意来中国教书，即使有乐意来的，中国的官僚机构也请不到，所以，能请到的都是传教士。当然也有若干特别差的混子混了进来，自己连像样的文章都读不通，上课只好呀呀呜。好在从学校负责人到学生，对外国的事情什么都不知道，只要判定人家是洋人，也就可以了。师资不咋样，管理更差，同文馆从开办那天起，就是一个彻头彻尾的衙门，管理大臣外加提调、帮提调以及一群办事人员，除了公文往来，就是面上的安排，只要学校开张，课堂有人，其他的什么也不管，也管不了（还好，还没有假装懂行）。
同文馆的毕业生，就名头而言，最出息的一个，是齐如山，此人帮助梅兰芳策划了京剧的改革，使梅走向了世界。他在戏剧上的造诣，也许跟在同文馆上学，待遇过好，课程太松，有时间有精力和闲钱去泡戏院有点关系。
当然，要说同文馆一点成绩也没有，也不公平。同文馆的总教习美国传教士丁韪良，在主持同文馆期间，张罗翻译了《万国公法》，即国际法，并用在同文馆开设国际法课程。所以，凡是同文馆出身比较好的学生，都比较熟悉国际法，做外交官，至少不会说太多的外行话。作为一个被拉进西方世界体系的国家，学会人家的游戏规则，当然是件好事。
同文馆的开办，成为那个时代中国政府办的西式学堂的标板，此后，上海开办了广方言学堂，广州开了同文馆，都是北京同文馆的复制。原本是要学西学的，后来都是在培养翻译。在一个急切需要西学知识的洋务时代，中国政府开办的学堂，居然都是在学外语，不能说是一种悲哀。
最后说一句，京师大学堂开办后，同文馆的大部分呀呀呜的外国教授，都进了大学堂，直到蔡元培时代才恨恨地走人。朝廷用重金请来外教，花大笔的银子办学，最后办成了这个样子，连所外文学校都资格不够，离奕□当初的意图，差到了不止十万八千里。同文馆兴办之初的一场风波，还真的吹掉了这个中国第一所官办新式学堂，让它有名无实，直到最后并入京师大学堂。实际上，经过开办的那场风波之后，奕□也没有心思操心这个学堂，一任其稀里糊涂，让旗人权贵在里面捣糨糊。把个中央级的洋务事业，办成了八旗子弟混吃混喝，谋出身的一个大福利。从同文馆的开办，也说明奕□这样的人，的确没办法统领洋务运动。
