从南北朝后期起，中国佛学趋于成熟。中国佛教学者不仅深研、吃透了印度佛学，而且开始以自己民族文化传统赋予的特殊智慧，沿佛学的原思路深彻发挥，组建自家的佛学体系。三论宗的传扬，使般若中观原义大显于世；唯识经论的迻译和法相宗的弘传，提供了关于生死轮回的至为明晰的解释；性宗关于佛性义理的探讨，使人们不大注意轮回报应的世俗谛。佛门中人不大再宣扬中国式的神不灭论，而将理论探讨的重心移向更为玄深的“心性”问题，终而以唯重于在观心实践中体证心性以求当下解脱，不屑于谈论轮回报应的禅宗，为中国佛学的核心。若谈到轮回，禅师们一般持身虽死而心性或识性不灭之论。心性本来不生不灭，虽轮回生死而不改其性。僧问：“万法尽空，识性亦尔，譬如水泡，一散更无再合，身死更不再生，即是空无，何处更有识性？”大珠慧海禅师回答：泡因水有，泡散可即无水，身因性起，身死岂言性灭？僧曰：既言有性，拿出来给我看看。禅师反问：你信有明天吗？答言信。禅师说：我正拿着明天看呢。僧曰：明天确实有，只是如今不可得。禅师曰：明天不可得，不是没有明天。“汝自不见性，不可是无性。”有佛性，你才得着衣吃饭、行住坐卧，对面不识，可谓愚迷。就像有人不见太阳，并非等于没有太阳。《大珠禅师语录》卷下此所谓心性，实际上是神不灭论中“神”的更为精确的表述。
隋唐五代，虽然也有过几次反佛运动，但攻击的矛头，都不再指向佛家的神不灭论。到了宋代，儒者们在复兴先秦儒学的旗号下，吸收佛、道二家的哲学思想和修行方法，创建理学、心学体系，其排佛的谈锋笔阵，主要指向佛家的核心思想心性论，攻讦佛家唯“空心而无理”，未将封建社会的伦理规范三纲五常等安置于心性之中。排佛的儒者中，也有从气一元论出发，对形神、鬼神问题间或作进一步辨析者，往往兼驳佛家的轮回、报应、涅槃之说。
北宋理学大家张载，从气一元论的哲学观出发解释一切，认为天地万物，无非一气之聚散，气聚而为形，人乃见之，形散而归于气，虽然不见，并非虚无。气之聚散，由气本具一阴一阳、一阖一辟之作用而屈伸运动，是名道、神、易。先圣儒书所言的鬼神，亦不过阴阳之气的屈伸而已。他在《正蒙·乾称篇》解释《易·系辞》“游魂为变”之言曰：形聚为物，形溃反原。反原者，其游魂为变与？所谓变者，对聚散、存亡为文，非如萤、雀之化，指前后身而为说也。认为所谓“游魂为变”，只是说形体死亡者还原为气，并不是变成灵魂一类东西，不是今生的某甲变成后世的某乙，如同卵变成萤火虫、鸟雀。他反对佛家的生死轮回和超脱生死说：浮屠明鬼，谓有识之死，受生循环，遂厌苦求免，可谓知鬼乎！指责佛家说生死流转、超生脱死，并未悟透一气聚散之道。张载只承认有气之聚散，不相信神识会转生轮回。后来明儒罗钦顺、王廷相、吕坤，清代王夫之、黄宗羲、熊伯龙等，皆循张载气一元论的思路立言，各有论形神、鬼神，辟佛家轮回报应说之话语。
罗钦顺曾参禅省悟，后来出禅归儒。他强调气为万物本体，理为气之理，至理，即《易传》“一阴一阳之谓道”、“阴阳不测之谓神”的道、神，此神动而能静，静而能动，与太极并非一物，然其体则同一阴阳。释氏不识阴阳与道，“但见得此心有一点之灵，求其体而不可得，则以为空寂”，谓之为神，以为心性。罗钦顺认为这“万无是处”。在《困知记续记》卷上，他用朱熹的“理一分殊”说论证人死神灭：然人心之神即阴阳不测之神，初无二致，但神之在阴阳者则万古如一，在人心者则与生死相为存亡，所谓理一而分殊也。既说人心之神即万古如一的阴阳不测之神，并非是二，则人心之神按其逻辑当然也应万古如一、不会消灭了，而又说人心之神生存死亡，岂非自相矛盾？
王廷相也从气一元论出发，强调人的神必藉形气的物质基础而存在，无形气则神灭。“欲离气而为神，恐不可得。”《内台集·答何柏斋造化论》阴阳之气，“精则为神，为生，为明灵；迹则为形，为死，为糟粕。神之气终散归于太虚，不灭息也；形之气亦化归于太虚，为腐臭也。”造化之本性始终是实有之一气。佛家以造化本体为“空”，被他斥为“古之大迷”。殊不知佛家说的空，是无自性而缘起之义，并非空无一切，乃事中之理。若以气为造化之本体、实体，则气既有聚散，何能当得起实体之名？
吕坤则以气一元论为据，强调气为形本，形中必有气，气为神的物质基础，其《呻吟语》卷三曰：气存则神存，气亡则神亡，如烛尽而火灭。从气一元论立场“批佛老以正人心”，在王夫之笔下达到了最高水平。他强调气为万有本体，器为道本，反对佛家说万法唯心、万有皆妄。认为万有唯是气之聚散阖辟，反对佛家说万物生灭。他以气之本体为吾人“死而不亡”的大我，谓“即气，聚亦吾体，散亦吾体”《张子正蒙注·太和篇》，以建立其安生乐死的自然主义生死观。关于形神问题，他主张形神不离，“形非神不运，神非形不凭”，《周易外传》卷二就像车子与驾驭车的人。神，为阴阳二气的清通之理，为气之灵，“不离乎气而相与为体”，“神与性乃气所固有”《张子正蒙注·乾称篇》，反对佛家于气外求理。对佛家的生死轮回说，他斥之为不悟“化机之妙”（指男女媾精而生人）的异端之言。
气一元论，毕竟是一种过于混沦的古代哲学猜想，不可能用它揭破极为复杂的生命现象之谜。它既可用以论证人死神灭，也可用以论证神不灭——气既然不灭，则依气而有、被认为阴阳气之灵之妙的神，自然也有不灭之理了。实际上，气一元论思想家们，也多未能得出人死神灭的断然结论。如明人储泳《祛疑说》中，即据气一元论论鬼神为有：盖人之与鬼，阴阳一气耳，一气受形而为人，一气离形而为鬼。又说神为天之阳精，鬼为地之阴气，鬼神为阴阳之变化、阴阳之粹精，“天之一气，列而为清明之神，主造化，运四时；地之一气，钟而为福德之鬼，镇土宇，司五岳”。只不过气之形质幽微，视之不见，听之不闻。
王廷相也只是强调神必藉形气而有，未肯定人死神灭，说若人死有神，“亦乘夫未散之气而显者，如火光之必附于物而后见”，还肯定“人死而气未散，仍凭物以祟人”《内台集·答何栢斋造化论》，只是不相信鬼神能被人役使、为人祸福。
吕坤既强调“形神一息不离”，却又从气为形本、形中有气，推出“气用形，形尽而气不尽；火用薪，薪尽而火不尽”，既然形尽而气不尽，当然有神识乘余气而存的可能了。
黄宗羲破佛老之说，依儒书解释魂魄，颇为精到，谓昭昭灵灵者是魂，运动作为者是魄，人身只有魂魄二者而已。其《破邪论·魂魄》比喻说：譬之于烛，其炷是形，其焰是魄，其光明是魂。人之生，先有魄而后有魂，人死，则有魂先去而魄尚存者，有魄已落而魂未去者。问：释氏所言投胎转生之事有没有？回答是有，而不尽然。禀得气厚、培养功深及专心致志透过生死者，或有投生转世为人；或有性与人殊的凶暴之徒转生于异类。此不过亿兆分之一，其余皆随气而散。“散有迟速，总不能留也”，反对佛家说一切人皆轮回不已。试观世上有近于死亡的人，已精神懵懂，就在未死前魂已欲散，死后岂能复聚？至于圣贤，则与凡愚之魂有聚必有散不同，其精神长留天地而不散。
即王夫之，亦依其哲学思想得出实际有似于轮回说的结论，其《张子正蒙注·太和篇》说：生之则散而为死，死亡可复聚为生，其理一辙。并依《易传》“精气为物，游魂为变”解释：游魂者，魂之散而游于虚也；为变，则还以生变化明矣。又从“神者气之灵，不离乎气而相与为体”，推论神无灭尽之理，只是“聚可见，散而不可见尔”，谓“尧、舜之神，桀、纣之气，存于絪缊之中，至今而不易”。从气不灭论走到神不灭论，大概是其思路的必然趋归。这种神即是气的神不灭论，和中国佛教徒神为本体的神不灭论，从相反的两极出发，而在同一终点碰面，从哲学上来说，也是一发人深思、饶有趣味的事。两种神不灭论，若与佛家非断非常，及依多层次心识和身心结构阐发的中道的轮回说相比，都显逊色。
明末，天主教传入中国，与佛教之间发生过争论，轮回即是争论的一大问题。如教士利玛窦撰《天主实义》，宣扬人类的灵魂乃上帝赋予，“不容泯灭”，攻击佛教轮回说为谬，当时高僧莲池在其《竹窗三笔·天说》驳斥说：如果人类灵魂常在而不轮回，那么大禹、商汤、周文王、周武王等圣明的灵魂，何不显灵训诫他们不肖的子孙夏桀、殷纣王、周幽王、周厉王呢？先秦两汉唐宋的诸明君，何不显灵惩罚李斯、赵高、曹操、李林甫、秦桧、蔡京之流乱臣贼子呢？灵魂常在，实无证据。若无轮回，则儒书中所记载羊怙等大量转世事件，又作何解释？利玛窦不知儒书，不识此理，亦不足为怪。
在清代，还有颜元、熊伯龙、洪亮吉等人力排佛教，有驳斥轮回因果之词，然其思辨水平皆不高，无多深的哲学论证。如熊伯龙《无何集》卷三否定天堂地狱之说曰：今之信因果者，谓人死为鬼，善升天堂，恶入地狱。请问九州之内有天堂地狱乎？曰：无有也。六合以内四海之外，有天堂地狱乎？曰：无有也。然则天堂地狱在何处？曰：人世无天堂地狱，天堂在天之上，地狱在地之下。夫人世无有，则真无矣，人死岂有鬼乎？其论据不出有限的经验与常识，以人世无有便断然否定人世以外的东西，其在逻辑上的错误，佛典中早已多处辨驳。遗憾的是中国排佛的士人中，真正博通佛典、吃透其说者，几乎没有一个。
