建文三年三月，燕军南出保定，盛庸扎营夹河，斩杀朱棣大将谭渊，而盛庸的部将庄得、皂旗张等都战死，双方各有胜负。
又开始交战时，忽然东北风大起，飞尘遮天蔽日，燕军乘风大喊，左右横击，盛庸大败。
六月，盛庸在沛县被燕将李远焚毁运粮船只，南军损失粮食数百万石，京师大震，德州陷入窘境，盛庸军一蹶不振。
至此，朱允炆对朱棣作战已经有两年多，长江以北陷入战乱，百姓民不聊生，苦不堪言。而多次战败令朝廷再也无法组织起大规模的军队和提供充足的粮草给养。
而燕军虽然屡战屡胜，但因为兵力不足，无法巩固并扩张胜利，往往不得已放弃新取之地，仅能据有北平、保定、永平三个郡，双方陷入僵局。
建文三年冬，朱允炆召“李景隆”、黄子澄、方孝儒、齐泰等文武百官在勤政殿商议对策。
文武百官各执一词，有提议倾尽全国之力与朱棣一决高下的；有提议交出黄子澄、方孝儒、齐泰三人，以平息战事的；有提议撤销削藩举措，与朱棣割地共治的。
一时间众说纷纭，一帮白胡子老头在大殿上吵得脸红脖子粗。朱允炆无法决断。
“李景隆”自战败之后几乎没有在早朝上出现过，更不要说对这些敏感事件发表意见，众人也不以为意。
当夜，张云飞再来到叶清扬书房时，叶清扬写了一封信，要他亲自去北平交给和尚道衍。
道衍一直协助朱棣长子朱高炽据守北平，却时刻关注燕军与朝廷的战况。
是夜，道衍在烛火下阅读前线传来的军报。忽然，烛火闪了两下，道衍一抬头，一道银光向他射来，他侧身闪避，一柄匕首从他侧面划过，咄的一声钉在他后侧墙壁上。
匕首上扎着一封信。道衍取下匕首和信，发现匕首并未开刃，看来来人并不想取他性命。未开刃却能扎入墙壁三寸之深，可见来人武功非同小可。
道衍展开信，信上只有寥寥几字：“朝廷兵力不足，给养无以为继，京师防守空虚，宜挥师南下，直取应天。”信上并没有落款，道衍沉吟良久，又提笔写信，命心腹连夜送往永平朱棣处。
建文三年十二月，朱棣听从道衍建议，不再与盛庸、平安纠缠，率兵南下，直驱京师，欲与朱允炆临江一决。
建文四年正月，燕军进山东，先后攻陷东阿、东平、汶上，进入江苏沛县，直抵徐州。朱允炆命驸马都尉梅殷镇守淮安，命魏国公徐辉祖兵援山东。
建文四年二月初一，又命何福、平安、陈晖进兵济宁，盛庸进兵淮上。二月二十一，燕军击败徐州的出战军队，徐州闭城死守，朱棣不再理会。
三月燕军进逼安徽宿州，在淝河大败平安。平安、何福、徐辉祖的援兵与朱棣在睢水隔河僵持，燕军阻断平安粮道。
燕军又在灵璧奇袭南军，南军全军覆没，并生擒了陈晖、平安、马溥、徐真、孙成等三十七员大将，一百五十员朝廷大臣，降者不计其数。
五月初七，燕军下泗州，盛庸在淮河设下防线阻碍燕军渡河，朱棣派遣朱能、丘福率兵绕道上游乘渔船渡河，从后方突袭，盛庸败走，燕军攻克盱眙，随后攻克扬州、高邮。
五月二十二，朱允炆遣朱棣堂姐庆城郡主与朱棣谈判，表示愿意割地。朱棣说：“此乃奸臣的缓兵之计，实为等待远方的援兵。”
六月初三，朱棣自瓜州渡江，六月初六，占领镇江。六月初八，燕军驻扎于距京师应天东约三十公里的龙潭，朝野震动。
方孝儒认为城中尚有二十万兵，应坚守待援，再派大臣、诸王前往谈判以拖延时间。
六月初九，朱允炆派“李景隆”、茹瑺面见朱棣谈判，无果。又遣谷王朱橞，安王朱楹前往谈判，依旧无果。
六月十二，派在京诸王和武臣们镇守各门，谷王朱橞和“李景隆”守卫金川门，左都督徐增寿守卫左顺门。因徐增寿一直被怀疑是朱棣内应，被朱允炆下令斩杀。
叶清扬见谷王朱橞自守卫城门伊始便开始神思不属，便开口道：“王爷，如何看待今日之事？”
朱橞道：“徐增寿吃里扒外，里通外贼，死有余辜。”
“那王爷觉得我等守得住城门吗？”
“城中尚有二十万兵马，足以撑到援军到来。”
“二十万？那不过是方大学士说来巩固人心之举，意在让皇上可以全力以赴对抗朱棣罢了。而实际上不过区区十万，另外十万，魏国公徐祖辉带去声援山东，被朱棣兵马绊在了山东，而他们粮草被烧，粮道被阻断，根本赶不回来。
城中十万兵马，其中有四万是御林军，一万是皇上禁卫军，从未上过战场，而城外五十万大军皆是随朱棣南征北战中活下来的精兵，胜负如何，王爷心知肚明。“
朱橞心中已有动摇：”可若是投降，四皇兄未必可以容下我。“
”我与朱棣多次对战，比王爷更担心这个问题。但投降的话，死或生各占一半，不降则只有死路一条。正所谓识时务者为俊杰，王爷，如何抉择，全在你一念之间。”
六月十三日，朱橞与“李景隆”望见朱棣的麾盖，便大开城门，燕军顺利攻入应天。
城内十万兵马，虽不是骁勇善战的精兵强将，却是坚决的保皇党，纷纷奋起抵抗，与朱棣的兵马混战在一起。一时间，喊杀声，兵戈声响彻街头巷尾。
混乱中，一匹骏马从叶清扬跟前跑过，叶清扬眼疾手快，快跑几步，抓住马缰绳，跃上马背，一拍马臀，骏马便长嘶一声，过街穿巷，随叶清扬向皇宫方向奔去。
很快来到离宫门几百米一处偏僻的宫墙下。那里正站着两道修长的人影，听到马蹄声，两人转过身来，却是张云飞和冷蝶衣。
叶清扬跑到两人身边，不待马停稳，便跃下马背，差点一个趔趄摔倒在地，张云飞连忙扶住他。叶清扬顾不得脸红，忙道：“快点，赶快进去。”
冷蝶衣从怀中摸出一卷软索，软索的一头连着一只精钢打造的鹰爪，他将钢爪用力一抛，钢爪便似长了眼睛，“咄”的一声，不知钉在了什么上面。
冷蝶衣拽拽软索，一提气整个人便吊向半空，他脚尖在墙上借力，两三下的功夫，如狸猫般轻巧地上了十二米高的宫墙。
冷蝶衣站在墙头，垂下软索道：“上来，我拉你。”
十二米高的墙，相当于现代的三层楼还要高，凭自己弱鸡的身板，打死也爬不上去。叶清扬硬着头皮双手抓紧软索，张云飞在下面托住他。
叶清扬抓着不断向上的软索，打着晃，十分狼狈地被拉上围墙顶，他往下一看“妈呀”差点没掉下去，顿时感觉到头晕脚软。张云飞没借助软索，脚在墙上借力，几下就上了宫墙，一手揽住叶清扬。
冷蝶衣收回软索，在旁边问：“哪里？”叶清扬一指奉天殿，“那里”。
冷蝶衣飞身朝那边掠去，张云飞揽着叶清扬的腰紧跟其后，三人在宫墙、屋脊上飞掠而过。
四道宫门均在混战之中，杀声震天，三人避开众人，很快便到了奉天殿。
宫殿里传来哭声，叶清扬三人几步跨进殿中。
殿中一片狼藉，桌翻椅倒，满地的瓷器碎片，朱允炆面前放着一把剑，披头散发坐在地上，双目红肿，不复那个温润如玉的谦谦君子样。面前跪着一大群人，有嫔妃、小孩、宫女、太监。
叶清扬走近朱允炆，徐安突然从人群中冲出来，拾起地上的剑挡在朱允炆面前，怒视叶清扬：“李景隆，你这个奸贼，皇上视你如手足，待你一片真心，你竟为了荣华富贵，放弃抵抗，放反贼入城。如今是不是还想抓了皇上，去向你新主子邀功请赏啊？狗贼，拿命来。”说完，提起剑向叶清扬刺来。
张云飞一把拉开叶清扬，冷蝶衣手中软索飞出，只一下就将徐安双手双脚缚住，缠得活像一只粽子。
叶清扬没理会徐安，对朱允炆道：“皇上，跟我走，我带你出宫。”
朱允炆双目赤红，盯着叶清扬道：“为何要背叛朕，为何连你也要背叛朕？“
叶清扬上前将朱允炆拉起来：”皇上，朱棣马上就要打进来了，来不及说了，你跟我走，以后我再和你解释。你相信我，我绝不会害你性命。”
朱允炆后退几步，颓然道：“朕不走，朕答应过皇爷爷，要替他守好江山，朕没有做到，这就下去向他请罪。”
白发老太监陈信道：“皇上，走吧，留得青山在不愁没柴烧。高皇帝驾崩前一个月，曾经交给老奴一个箱子，交代老奴，若是皇上遇到危及性命之时，可以拿出来，老奴刚才看了，高皇帝也不想您出事呀。”
朱允炆擦干眼泪道：“箱子呢？”
陈信从身侧拿过箱子打开放在朱允炆面前，里面是两套袈裟，一把剃刀，一本度牒。
“做和尚？”朱允炆一脸不解。
叶清扬看着朱允炆，“既然你皇爷爷也不想你死，那就快点跟我走吧。”
朱允炆还要说话，陈信噗通一声跪倒在朱允炆身前，“皇上，老奴看着您长大，绝不能眼睁睁看着您死，您快走吧。”远远传来厮杀声，离得越来越近。叶清扬不敢耽搁，朝张云飞道：“帮我带走他。”
张云飞几步上前，一手刀砍在朱允炆后颈，朱允炆旋即晕倒。徐安、陆田、陈信皆失声叫道：“皇上。”
张云飞一把将他扛在肩上，往外走。冷蝶衣也抽回软索。
叶清扬看着三人道：“放心，我会把他送到安全的地方。”又对着陈信道：“陈公公，你对皇上一片忠心，一定要想办法遮掩皇上踪迹，万万不可泄露出去。”
陈信哭道：“徐安，陆田，你们两跟着皇上走，保护好皇上。皇上，老奴不能伺候您了，您保重。”
徐安，陆田紧跟着张云飞身后追出门去。叶清扬，冷蝶衣也几步奔出殿外。
大殿门在几人身后紧紧关上，接着传来妇女的尖叫和孩子的啼哭。
