这一时期还出现了同一专题文献出版多个整理文本的情况，如郑炳林《敦煌地理文书汇辑校注》（甘肃教育出版社1990）和王仲荦《敦煌石室地志残卷考释》（上海古籍出版社1993）；王素《唐写本论语郑氏注及其研究》（文物出版社1991）和陈金木《唐写本论语郑氏注研究——以考据、复原、诠释为中心的考察》（台北文津出版社1996）；郑炳林《敦煌碑铭赞辑释》（甘肃教育出版社1992）和姜伯勤、项楚、荣新江《敦煌邈真赞校录并研究》（新文丰出版公司1994）；张锡厚《王梵志诗校辑》（中华书局1983）和项楚《王梵志诗校注》（上海古籍出版社1991）；伏俊连《敦煌赋校注》（甘肃人民出版社1994）和张锡厚《敦煌赋汇》（江苏古籍出版社1996）；马继兴主编《敦煌古医籍考释》（江西科学技术出版社1988）和赵健雄等《敦煌医粹——敦煌遗书医药文选校释》（贵州人民出版社1989）、丛春雨《敦煌中医药全书》（北京中医古籍出版社1994）、马继兴等《敦煌医药文献辑校》（江苏古籍出版社1998）、王淑民《敦煌石窟秘藏医方——曾经散失海外的中医古方》（北京医科大学、中国协和医科大学出版社1999）；郭朋《坛经校释》（中华书局1983）和杨曾文《敦煌新本六祖坛经》（上海古籍出版社1993）、潘重规《敦煌坛经新书》（佛陀教育基金会1994）、邓文宽《大梵寺佛音——敦煌莫高窟〈坛经〉读本》（如闻出版社1997）、周绍良《敦煌写本坛经原本》（文物出版社1997）、李申合校、方广錩简注《敦煌坛经合校简注》（山西古籍出版社1999）。这种情况既反映了敦煌文献整理繁荣的景象，也体现了敦煌学不断向前推进、文献整理质量不断提高的一面。当然，也有的是研究信息闭塞造成的不必要的重复劳动。
这一时期敦煌文献目录的编制也有新的进展。北京图书馆善本组编《敦煌劫馀录续编》（1981）、中国文化大学中国文学研究所敦煌学研究小组编《伦敦藏敦煌汉文卷子目录提要》（台北福记文化图书公司1993）、荣新江编《英国图书馆藏敦煌汉文非佛教文献残卷目录（S．6981－13624）》（台北新文丰出版公司1994）、方广錩编《英国图书馆藏敦煌遗书目录（斯6981号～斯8400号）》（宗教文化出版社2000），都是各家馆藏目录的补编和完善。施萍婷主撰稿的《敦煌遗书总目索引新编》2000年由中华书局出版，此书纠正了原编的一些录文错误，文献定名方面也多有改正。许建平《敦煌经籍叙录》（中华书局2006）收录全备，论述详赡，为敦煌文献专题目录的撰作树立了榜样。
除了上揭专书或专辑以外，近百年还刊布了一大批敦煌文献整理方面的论文，如潘重规《敦煌写本秦妇吟新书》（《敦煌学》第8辑，1984），陈铁凡关于敦煌本群经校录的系列论文，康世昌关于敦煌本《春秋后语》校理的系列论文，等等，限于篇幅，就不一一罗列了。
三、敦煌文献整理之不足
如上所列，近百年来，我国学术界焚膏继晷，先后相继，在敦煌文献的整理方面取得了世人瞩目的巨大成绩，为各个学科的研究提供了一大批有用的资料，在很大程度上改变了整个中国学术文化研究的面貌。而且，这些成果大都是在资料和条件都非常困难的情况取得的，因而显得更加难能可贵。对前贤所作出的历史性贡献，我们无论怎么评价都不会过分。正是前贤们的努力，终于使我国在敦煌学研究的大多数领域站在了世界的前列，他们为祖国争取了光荣。
当然，不必讳言的是，由于种种原因，我国的敦煌文献整理也存在着明显的不足。对此，我们也应有清醒的认识。在笔者看来，这种不足至少表现在以下三个方面：
1．整体关照不够
敦煌文献分散在中、英、法、俄、日等许多国家，加上各家馆藏多按流水号收藏，编排杂乱，所以资料的搜集与获取是一个难题。尽管少数学者有机会直接到收藏机构搜集有关资料，但由于时间和馆方规定等的限制，每每是走马观花，既不可能遍阅各家馆藏，也无法沉下心来细细推敲。而且，有的卷子撕裂后身首异处，或相同相近内容的文献收藏在不同藏家，读者难以放在一起比较观摩。而大多数没有机会接触到原卷的读者，则只能借第二手、甚至第三手的资料开展工作，其研究范围受到很大限制。所以第一阶段的敦煌文献整理，多是挖宝式的，只能就所见一件或几件文书做校录工作，整理是局部的、点式的，整理者对研究对象往往缺少整体把握，只见树木，不见森林，隔阂甚至疏误时有所见。第二阶段以后，随着敦煌文献缩微胶卷的公布和图版本的陆续影印出版，人们所能见到的材料日益增多，这种情况才有所改变（国家图书馆所藏敦煌文献现仍在陆续出版中）。但缩微胶卷流传极少，能直接利用的人不多；图版本几乎也都是按各地馆藏流水号影印出版的，而且这些书价格昂贵，学者个人往往难以承受，即使是一般的中小型图书馆、资料室也很难有财力全部予以购置，所以读者利用不便的问题依然存在。所以这一时期虽然出现了一批敦煌文献的分类整理专集，但不少专集疏漏仍然很多，其全面性、准确性、权威性都有待提高。
2．校录失误较多
敦煌文献主要是以写本的形式保存下来的，读者使用时存在不少困难。一般认为，研阅敦煌文献有四大障碍：一是敦煌写本多俗字，辨认不易；二是敦煌文书多俗语词，理解不易；三是敦煌卷子多为佛教文献，领会不易；四是敦煌写本有许多殊异于后世刻本的书写特点，把握不易。这就要求整理者不仅要掌握相关学科的专门知识，还应当对当时的俗字、俗语词、书写特点以及佛教哲理等有比较深入的了解。我们的前辈学者，在当时极其困难的情况下，陆续刊布了一些敦煌文献的校录本，他们的历史功绩后人自当铭记在心。但由于校录者多是历史、文学甚或艺术出身，缺乏语言文字方面的专门训练，他们的学术背景或治学习尚，使得他们留意的往往是历史事件或文学、艺术因子，而面对俗讹满纸的敦煌写本，难免感到力不从心，于是便动辄采用“据文义改”的利器，擅改原文，使得不少校录著作失误较多，恐怕也是事实。即以王重民、向达、启功等六位大师级学者校录的《敦煌变文集》而言，该书自1957年出版以后，有关的商榷论文竟达两百多篇，还出现了《敦煌变文集校议》这样的专著（郭在贻、张涌泉、黄征撰，岳麓书社1990），原书的疏误之多，自不难想见。所以不少学者提出，在利用敦煌文书资料以前，必须先“由精于中国文字学，特别是敦煌汉文卷册所有的文字”的学者，“将其加以彻底与通盘的校录”；按比较合理的分类体系重新编排，做成像标点本二十四史那样的“定本”，使敦煌文献成为各个学科都可以使用的材料。确实，也只有建立在这种高质量的文本校录基础之上，敦煌学研究才能走向深入，才能产生一批无愧于我们这个时代的超越前人的研究精品。
3．专题整理范围偏窄
如前所说，20世纪后期，随着敦煌资料的陆续公布，出现了一批分类汇编的敦煌文献整理专集，比如敦煌本《坛经》整理的专集，敦煌本《论语》整理的专集，敦煌本邈真赞整理的专集，等等，这些专集的出现，为更大规模的敦煌文献合集的编纂打下了基础，当然是一件好事。但专题整理范围偏窄，对进一步的研究来说则颇多不便。比如研究子部文献的人，他既要了解《论语》在敦煌流行的情况，也需要对敦煌子部文献作全方位的考察。研究文学的人，他既要知道王梵志诗，也需要了解其他诗人的诗歌在敦煌流行的情况。而这种考察只有把较大范围的文献类聚在一起时才能进行。所以在专题文献纂集的同时，有必要扩大规模，推出一批更大范围的分类汇编的敦煌文献整理合集，以便使研究者从整体上把握敦煌文献，推进各个学科文献的综合研究。
四、敦煌文献整理之前瞻
回顾敦煌文献整理百年的历程，前贤们取得的成绩，让我们自豪；检点存在的问题，促使我们警觉和努力。在敦煌文献整理新的百年即将来临的时候，我们认为以下工作是应须抓紧展开的：
1．类聚
如前所说，敦煌文献分散在国内外公私收藏机构，按流水号编目，没有分类，编排杂乱；各种影印出版物也大多按馆藏流水号为序，读者利用不便。虽然有一些专题性的索引或研究著作，但往往挂一漏万，不够全面。所以以往的敦煌文献整理，多是挖宝式的，缺少整体的关照和把握。近几十年来，随着英、法、中、俄所藏的敦煌文献陆续公布于世，从而为研究者进行系统全面的研究提供了条件。所以对研究者来说，在研究某一专题之前，第一步工作就是要在充分利用现有的各种索引的基础上，对敦煌文献进行全面普查，把相关的写本汇聚在一起。如敦煌《千字文》写卷，《敦煌遗书总目索引》、《敦煌遗书最新目录》各著录35件，《敦煌遗书总目索引新编》著录42件；《敦煌蒙书研究》著录《千字文》写卷最多，亦仅47件。而据我们的普查，包括习字杂抄在内，敦煌文献涉及《千字文》的写卷达140件之多（缀合后119件），除李盛铎原藏散240、549二号及FrancoiseWang－Toutain编《巴黎国家图书馆藏敦煌藏文写本注记目录》著录的P．tib．1166、P．tib．2204P1V、P．tib．4017V三件习字未见外，实见者135件（缀合后114件），其中包括《篆书千字文》2件、《真草千字文》4件、《汉藏对音千字文》2件、《千字文注》2件、《新合六字千文》4件、普通本《千字文》121件。按馆藏而言，包括英国国家图书馆藏37件、英国原印度事务部图书馆藏1件、法国国家图书馆藏56件、俄罗斯科学院东方手稿研究所藏34件、中国国家图书馆藏7件、上海图书馆藏2件、北京大学图书馆藏1件。只有我们把这些《千字文》写卷全部类聚在一起，分类写成定本，才能让读者对《千字文》在敦煌的流传情况有全面的了解，并为进一步的研究创造条件。
2．辨伪
敦煌文献的主体为英、法、中、俄的国家藏书机构所收藏，少部分经过各种渠道，辗转流入各地的中小图书馆、博物馆或私家手中。由于敦煌写本的巨大文物价值，奇货可居，于是便有人铤而走险，仿冒伪造，借以牟取暴利。一般认为，后一类藏家手中的敦煌写本，由于来路不一，构成复杂，存有伪本的可能性较大。所以当研究者面对这样一份敦煌卷子，他首先要做的一项工作就是判别卷子的真伪。只有确定了研究对象的真实“身份”，才能确知研究对象的史料价值或校勘价值，我们的研究工作才能建立在坚实的基础之上，这是至为浅显的道理。
判别一个卷子的真伪，除审核其来源和内容外，学术界通行的做法是从纸张、书法、印章、界栏、装潢等方面着眼作综合考察。这样做当然是行之有效的。此外，笔者想特别强调字体（字形）对于判别卷子真伪的重要意义。不同的时代既有不同的书体，也有不同的字体。汉字具有时代性。时代的发展，物质文化生活的改变或提高，都会在语言文字上留下深深的烙印。汉字的写法会随着时代的变迁而不断发生变化，某一特定历史时期汉字的构形甚至一笔一画都会受到时代的约束，都会带上浓重的时代痕迹。这种时代特征可以给我们提供卷子书写时间方面的许多重要信息，也是我们判定敦煌卷子真伪的最重要的手段。如敦研323号《金刚般若波罗蜜经》，末有题记云：“建武四年岁在丁丑九月朔日吴郡太守张瓌敬造。”“建武四年”相当于公元497年，从题记来看，该卷可以说是敦煌文献中较早的写卷之一（日本平井宥庆认为该卷是敦煌文献中最早的《金刚经》写本，说见《敦煌と中国仏教》，东京Daitō，1984年，页23）。其实这是一个后人伪造的卷子。该卷不少字词的写法为书写时代没有疑问的其它敦煌写本或唐代前后的写本或碑本文献所未见，而是宋元以后甚至更晚些时候才出现的，这类字词包括“比邱”、“比邱尼”（“比邱”本作“比丘”，清雍正年间避孔子讳，才规定写作“比邱”）、“薩”（敦煌写本一般作“薩”）、“尔”、“弥”（“尔”或“尔”旁敦煌写本一般作“尔”，右上侧不带钩），等等。作伪者缺少唐代书体方面的知识，因而露出了马脚。
遗憾的是，以往人们在判别敦煌卷子的真伪时，往往过于侧重卷子的外观特征，而缺乏对卷子字体的内在分析，以致最后仍得不出明确的结论。今后有必要加强卷子书体和字形方面的考察。
3．定名
敦煌文献中残卷或残片的比例相当大，没有题名者不在少数，社会经济之类世俗文书卷子更是如此；即使相对完整的文本，也常有缺题的情况。虽然经过中外学术界的努力，已为多数卷子拟定了正确的标题，但题目不明或拟题可商或尚未拟目的卷子仍不在少数（《俄藏敦煌文献》第十一册俄敦3600号至第十七册俄敦19092号卷子皆未标注题目），所以为卷子定名的任务仍相当繁重。如《甘肃藏敦煌文献》敦研357号，编者拟题“字书残段”，我们经过比较研究，认定该件与斯3469号字体行款相同，为同一写本所撕裂，应皆为玄应《一切经音义》卷二残片，《甘肃藏敦煌文献》拟题不确。
又如伯3891号，原件无题，《敦煌遗书总目索引》题作“习书杂字廿八行”，《敦煌宝藏》、《敦煌遗书总目索引新编》、《法藏敦煌西域文献》同。但本卷所抄杂字还算比较规整，并且基本上不重复，与其它习书的写卷明显不同；而敦煌写卷中所抄杂字的写卷多源于佛经，所以我们怀疑本卷所抄难字也与佛经有关。经过反复查考，最终我们发现该卷是后秦三藏鸠摩罗什译的《大庄严论经》难字的摘录，所抄难字绝大多数见于该经，而且先后顺序亦基本相合，故该卷应改拟《大庄严论经难字》。
4．缀合
