面对变法派的嚣张气焰，元佑诸臣中有的沉默不语，有的卖身投靠，或表示自己与司马光政见有异，以求得朝廷的宽恕。只有范纯仁泰然处之，尽管当时他已双目失明，但在接到被流放的诏令时，仍“怡然就道”。有人批评他这样做是为了追求虚名，纯仁回答道：“七十之年，两目俱丧，万里之行，岂其欲哉？但区区之爱君，有怀不尽，若避好名之嫌，则无为善之路矣。”韩维本来也在流放之列，因其子诉维执政时与司马光政见有不合，得以免行。纯仁之子也要其父以与司马光议役法不同为请，纯仁却说：“吾用君实荐，以至宰相。昔同朝论事不合则可，汝辈以为今日之言，则不可也。有愧心而生者，不若无愧心而死。”“其子乃止”。范纯仁处危不惊，坚持原则，将个人生死置于度外，他那光明磊落的胸怀，确有乃父之风范，值得后人敬仰，从中也使后人深受教益。
章惇、曾布、安焘、蔡卞、蔡京等人在哲宗的支持下，打着“绍述”旗号，大肆打击和迫害政敌，以夺取权力，却没有同心协力改善政治局面，以挽救社会危机，结果造成了北宋的进一步衰落。
二、哲宗末年的政治
自绍圣元年（1094）起，北宋政治进入章惇独相的时期，时间长达六年之久。在这段时间里，新党（所谓的变法派分子）在打击旧党（“元佑党人”）的同时，内部也进行着尖锐的斗争。吕惠卿因早年反对过王安石，所以继续被排斥在外，以资政殿学士、知大名府，旋加观文殿学士知延州。时西夏大举入侵，进围延安，“惠卿修米脂诸寨以备，寇至，欲攻则城不可近，欲掠则野无所得，欲战则诸将按兵不动，欲南则惧腹背受敌，留二日即拔栅去”。吕惠卿自以为有功，要求回京朝见哲宗，但哲宗只给了他两镇节度使的加官，拒绝他返回京城。曾布虽然出知同知枢密院事，但对章惇不能引他为宰相心怀不满，表面上竭力支持章惇的“绍述”，背地里却对其打击甚力。章惇为改善朝廷里四分五裂的局面，荐引彭汝砺、陈瓘、张庭坚等一些有名望的士大夫，主张恢复司马光、吕公着两人的赠谥，提议“勿毁墓仆碑”，但都遭到曾布的反对而不能实行。曾布还在哲宗面前挑拨道：“人主操柄，不可倒持，今自丞弼以至言者，知畏宰相，不知畏陛下。臣如不言，孰敢言者？”甚至说：“章惇、蔡卞施行元佑人，众论皆为过当，然此岂为诋訾先朝，大抵多报私怨耳。”性格率直的章惇，对此却一无所知，仍升任曾布为知枢密院事，权力在章惇一人之下。
高太后虽死，但章惇、曾布等人对这位“元佑党人”的总后台始终耿耿于怀，寻找机会报复。绍圣四年，蔡确之孙蔡渭揭发说：“叔父硕，曩于邢恕处见文及甫元佑中所寄恕书，具述奸臣大逆不道之谋。及甫乃文彦博爱子，必知当时奸状。”邢恕时任御史中丞，为首鼠两端之小人，是言神宗病危时高太后在传位问题上有“废立谋”的始作俑者。文及甫也起来揭发说，其父临终时曾对他说起刘挚等人在元佑初策划推翻哲宗、立雍王（神宗弟）为帝的阴谋，所以不让文彦博出任宰相，而只让他做一个徒具虚名的平章军国重事。于是哲宗命蔡京、安惇置狱于同文馆，进行审讯。由于文彦博、刘挚等人已经死去，所谓的书信皆已不存，一些当时人也一概予以否认，故虽经百般审讯，仍一无所获，但对旧党的迫害更加厉害。
章惇、曾布、蔡卞等人仍不甘心，以为无风不起浪，还是拟好诏书，准备追废高太后。向太后、朱太妃闻讯，哭着来见哲宗，力言废立之诬，哲宗只得不予追究，一场追废高太后的政治阴谋至此才未得逞。
元佑七年（1092），由高太后作主，哲宗娶孟氏为皇后。孟后的年龄比哲宗大四岁，哲宗虽不喜欢，在当时也无可奈何。高太后死后，后宫刘婕妤恃宠骄恣，对孟后缺少礼节，因而常受阁中人的戏弄和打击，刘婕妤对此愤愤不平。绍圣三年（1096），孟后养母听宣夫人燕氏，伙同尼法端、供奉官王坚，私自在宫内搞厌魅术以诅咒刘婕妤。厌魅术在古代是一种被认为可以致人于死地的巫术，在宫庭里禁治甚严。刘婕妤发现后，哭诉哲宗，哲宗为兴大狱追查，受此事牵连的宦官、宫女多达三十人，全都遭到严刑拷打，不少人死于非命，燕氏、法端和王坚皆被处以极刑。当年九月，下诏废孟后，出居瑶华宫，号华阳教主、玉清妙静先师。孟后被废，看似宫庭之事，实际上反映了哲宗对高太后的不满，这中间也少不了新党的推波助澜。一年后，刘婕妤进位贤妃。元符二年（1099）九月，又被立为皇后，刘后生有一子，但不久夭折。
元符三年正月，哲宗病死，只活了二十四岁。因为无子，所以只能从他的兄弟也就是神宗诸子中选择一人继立。
神宗共生有十四子，当时在世的尚有第九子申王佖、第十一子端王佶、第十二子莘王俣、第十三子简王似、第十四子睦王偲五人。在哲宗死后的当天晚上，向太后垂帘与宰执共议所立，宰相章惇以为：“在礼律，当立同母弟简王。”实际上，此时向太后对立谁为帝心中早有所定，她说：“神宗皇帝诸子，申王虽长，缘有目疾，次即端王当立。”赞成谁可以做皇位继承人，是最重要的政治“站队”，它直接关系到每一个大臣的前途乃至生死存亡：拥立者，就有了所谓“定策功”；反对者，很可能要成为阶下囚。尤其对于很难确定的人选，一般人为了明哲保身，都会采取模棱两可的圆滑态度，或者视掌权者的意向而定，以免遭不测。可是性格“疏豁”且对赵宋王朝一片忠心的章惇，却浑然考虑不到这一点，所以他仍坚持道：“论长幼之序，则申王为长；论礼律，则同母之弟简王当立。”向太后貌似公正地说：“俱是神宗之子，岂容如此分别？于次端王当立，兼先帝尝言，端王有福寿，又仁孝，不同诸王。”章惇仍固执己见，认为端王赵佶“轻佻不可以君天下”。惯于看风使舵的知枢密院事曾布，此时立即站到向太后一边，并不失时机地对章惇作落井下石之举，他说：“章惇未尝与众商量，皇太后圣谕极当。”尚书左丞蔡卞和中书侍郎许将也很快赞同向太后的提议。章惇孤掌难鸣，只得“默然”。于是，端王赵佶即位，他就是宋徽宗。
历史是不容假设的，如果可以假设，此时若不立赵佶而立其他人为帝，北宋末年政治是否会有所不同？北宋的命运是否会有所改变？这确实令人遐想不已。不过，赵佶之立，也并非完全出自向太后的私心，一是他为端王时，人际关系颇佳，又“独喜读书、学画、工笔札。所好者古器、山石”，看似与一般不学无术、只知斗鸡走狗的宗室子弟不同，因而博得宫廷内外的好评，时人称其“望誉闻于中外”。至于章惇何以知道赵佶“轻佻”，说明他的看人确有独到之处。二是据说赵佶比较孝顺。因为神宗与王安石君臣相得，情与师友，所以他终生“不忍以荆公为非”。其生母早亡故，他感受向太后养育之恩，“每日朝慈德宫（即向太后宫）”，既得太后欢心，也获得孝顺的令名。正由于这些表面现象，故一时掩盖了赵佶奢侈腐朽的本性。
在新党中，章惇是一位值得肯定的人物。此人的缺点是心胸褊狭，报复心强，但动机多半出于维护新法的目的，而不是为了个人私利。例如他在积极恢复新法的同时，也注意到要减少流弊，当朝廷对免役法和差役法议而不决时，他提出设局进行讨论，虽遭反对而止，可是仍命蔡京等人对免役法进行修改，直至元符元年（1098）六月，才正式颁布《常平免役敕令》，可见他对新法施行之慎重。对于元佑之政，章惇也能有选择地加以吸取，不像元佑诸臣那样，只要是煕、丰之政，就一概加以否定。宋元史臣将章惇打入《奸臣传》，并肆意丑化，甚至说：“（章）惇敏识加人数等，穷凶稔恶，不肯以官爵私所亲，四子连登科，独季子援尝为校书郎，余皆随牒东铨，仕州县，讫无显者。”能够“不肯以官爵私所亲”，应是章惇的很大优点，在古代士大夫中真是难能可贵，可是却被说成是罪恶，这种颠倒黑白的评价，毫无疑问是出于当时的政治需要和后来的历史偏见，实不能传信于后世也。
至于章惇与元佑诸臣的关系，也不像后人所渲染的那么恶劣。建中靖国元年（1101）六月，章惇将被流放广南雷州（广东海康），恰值前几年被流放到海南的苏轼返回京口（江苏镇江）。章惇之子章援给自己考取进士时出任知贡举的苏轼写信，首先向他致以真诚的问候，接着问道：雷州乃“瘴疠”之地，如果父亲到那里一时想不开，“则朝夕几殆”，所以很是担心，不知该作如何处置为好？苏轼这时虽然已重病缠身，还是立即写了复信，其云：某与丞相定交四十余年，虽中间出处稍异，交情固无增损也。闻其高年寄迹海隅，此怀可知。但以往者更说何益，惟论其未然者而已。主上至仁至信，草木豚鱼所知。建中靖国之意，又恃以安。海康风土不甚恶，寒热皆适中，舶到时四方物多有，若昆仲先于闽客川广舟中准备家常要用药百千去，自治之余，亦可及邻里乡党。又丞相知养内外丹久矣，所以未成者，正坐大用故也。今兹闲放，正宜成此。然可自内养丹，切不可服外物也。某在海外，曾作《续养生论》一首，甚愿写寄，病困未能，到毗陵定叠检获，当录呈也。
苏轼此信，言辞之恳切，读后使人动容，一方面表现了他不计前嫌的高尚情操，另一方面也说明苏、章两人的关系并未恶劣到水火不兼容的地步，否则他不可能对章惇怀有如此真挚的感情。
