从乾隆年间起，凤凰楼还被用做存放一些重要的宫廷文物，主要有以下三项：一是《实录》。乾隆八年（1743年），皇帝为尊崇盛京开国宫殿的地位，命将太祖至世宗（雍正）五朝满汉文国史《实录》，各缮写一部送往盛京收藏，即放于凤凰楼上、中层的三十顶大柜之中，直至乾隆四十三年（1778年）才移至崇谟阁。二是“圣容”和“行乐图”，即皇帝画像。其中身着朝服于宝座上端坐的“标准像”称为“圣容”，而读书听琴、骑马射猎等带有生活场景的称“行乐图”，也是乾隆皇帝特旨命送至盛京“供奉”。至光绪年间楼内共有太祖努尔哈赤至穆宗（同治）历朝皇帝圣容各一份，乾隆、嘉庆、道光行乐图共十三份，都精心收贮在特制的大画箱中。三是清初皇帝玉玺。原藏于北京交泰殿，乾隆十一年（1746年）奉旨移往盛京凤凰楼，共有“大清受命之宝”等十颗，乾隆曾亲撰《御制宝谱记》述其事原委。这些皇帝画像和玉玺，都属于清宫中最重要的文物，其政治意义远胜于飞龙、翔凤阁中的古董珍玩，由此也可见凤凰楼在清代沈阳故宫中的地位。
在中国古代宫廷中，一般称皇帝处理政务，举行国家典礼的建筑为“殿”，而称帝后居住的建筑为“宫”。满族人建立政权之初，其语言中还没有与汉字“宫”相对应的词汇，只是用与汉字“家”相同的词“boo”来代替，反而显得更加形象，因此，沈阳故宫崇政殿后高台上的内廷，实际上也就是清太宗时期皇帝的“家”。在这个区域里，共有七座宫，两侧是六座配宫，正面居中而建、坐北向南的是中宫清宁宫，即太宗皇太极和皇后居住之处，这里是整个宫殿的核心。
●清宁宫的“万字炕”
满族住宅的典范清宁宫是五间硬山顶前后廊式建筑，除了殿顶的琉璃瓦和檐下的彩画，没有过多的外部装饰，作为“内廷正寝”可以说相当朴素。其最大的特点，就是具有满族传统建筑的典型风格，人们通常将其概括为“口袋房、万字炕、烟囱建在地面上”。
所谓“口袋房”，也称“筒子房”，即清宁宫五间房的屋门，不是开在正中一间，而是开在东侧第二间，加上室内西侧四间不设间壁墙，就像从一端开口的口袋，与汉族地区比较多见的中间开门式“一明两暗”或称“钱搭子房”、“挑担房”，有着显著的区别。这种格局来源于满族早期只设一个出入口的“地窨子”式住宅，也与过去满族以一家几代同住一室为家庭和睦象征的观念相吻合，增大室内空间，也便于举行祭祀、宴会等活动。
“万字炕”也称“蔓枝炕”、“弯子炕”、“转圈炕”，即正房内搭设南、西、北三面转角相连的火炕，其中南北两面炕较宽，供人起居坐卧，俗称“对面炕”。其长度根据所在房间的面宽又有“连二炕”和“连三炕”，清宁宫内的炕设于西侧三间，即为“连三炕”。西炕较窄，一般不住人，供摆放祭器等物品使用。因其上方的西墙是安设祭神祭祖的供位之处，西炕既不可随意坐卧，也不能乱放杂物，所以满族民间有正房内“以南为大”（南炕供长辈居住）、“以西为尊”的说法。
“万字炕”是长期生活在东北地区少数民族适应当地冬季严寒气候的创造。早在满族先世金代女真人时期就已普遍采用，至今在东北地区农村仍十分常见。
清宁宫连接火炕烟道的烟囱建在房后西侧，是从地面起建，而不像汉族住宅那样建在屋顶。这种形状类似小塔的烟囱满浯称做“呼兰”，早年在山区是用中间被虫子蛀空的大树树干做成，日久开裂再用藤条捆缚，外涂黄泥，既简便实用，又利于防风防火。进入汉族居住区后，满族住房仍沿用这种烟囱，只不过改用土坯和砖砌筑。清宁宫的烟囱截面为方形，由下至顶逐级上收，共十层，有人传说这是象征清朝共有十个皇帝。此外，由于现在沈阳故宫内只保留下这一座烟囱，又有人说这是当年皇帝特意安排的，其用意是“一统（筒）天下”。
除上述几个主要特征外，清宁宫还有一些具有满族早期特点的地方。如室内地面下留有烟道，成为冬季可以烧火取暖的“火地”；前后的窗棂都只用横直相交的“码三箭”式，显得朴素大方；室内的间壁墙结实厚重，上部用木板草泥的“拉合墙”等等，都是适合满族人的传统生活习俗而形成的特色。
清宁宫室内间隔成两个部分：东侧的一间是皇太极和皇后的寝居之处，室内靠窗设炕，史书记载，崇德八年（1643年）八月初九，清太宗皇太极就是在这间屋子里“端坐无疾而终”的。东侧第二间室内搭设烧炕和祭祀时煮肉用的锅灶。北面窗下设两口大锅，南面宫门旁设一口锅（其在祭祀时的用途详见后述）。西侧三间通连，搭设“万字炕”，是室内的主要使用空间，除供帝后日常饮食起居之外，其与皇帝处理国家政务有关的用途主要有两个方面：
一是召见王公大臣议事。这主要是在非朝会日期，或有重要事情需要召集一个或几个王公官员的场合。皇帝传旨让他们进内廷奏事并面授机宜，被召见者大都是深受信任的亲贵重臣，所商议的也往往是紧急或机密的事务。
二是宴请重要宾客。当时一般的宴会都是在大政殿或崇政殿举行，但逢有特别身份的客人或重要的节日，皇帝就要在自己的“家”——清宁宫中摆酒席款待，以示重视和亲近。如皇太极的皇后和几个地位显赫的皇妃都是出身于蒙古贵族之家。每当她们的父母兄弟来盛京时，皇帝除在殿里举行“国宴”外，一般都要将其请入清宁宫再举行一次家宴。逢皇室其他成员与蒙古贵族结亲，皇帝也常把接亲或送亲的“亲家”请入清宁宫特别招待一番。也有的时候是皇帝和王公大臣陪同男性的蒙古客人在崇政殿进宴，皇后和妃子们则在清宁宫设宴款待其女眷。另一类在清宁宫里举行的宴会就是春节时的家宴，参加者是皇帝的近支伯父、叔父和兄弟子侄。这时的皇帝既是一国之主也是一家之主，席间众人要向皇帝行君臣之礼，皇帝和皇后也要亲自给长辈和兄长们敬酒拜年，行家族之礼，尽管与其中的一些人平时可能有很深的矛盾，但在这家族欢聚的场合也会显现出浓浓的亲情。此外，皇太极时期还曾在清宁宫宴请过一些归降的明朝高级官员，能被皇帝在家中设宴相请，对这些人来说当然是永生铭记的莫大荣耀，他们自然也就会感激涕零，尽忠效力。由此也可以想到，清宁宫里的任何一次宴会，都不是单纯地被皇帝请到家中做客，而是具有特定政治意义的“国事活动”。
●清宁宫家祭
除召见官员和筵客之外，清宁宫还有一项十分重要的职能，就是其西侧四间也作为宫内举行萨满祭祀的场所，因此也有人称之为“神堂”。萨满教是一种以信奉“万物有灵”为特点的原始宗教现象，也是满族自氏族社会就有的信仰习俗。萨满教的祭祀分为在山林田野中进行的“野祭”和在住宅内进行“家祭”两类。过去的满族人家住房中，都在西墙正中安设祭祀神位，民间称之为“祖宗板子”，即祭神祭祖的供位，清宁宫内也是如此。在室内西炕中间的墙壁上，设有前挂黄幔的“扬手架”，即是供神之处。
皇太极时期清宁宫内的祭祀，可分为“常祭”和“大祭”两类：其中大祭是比较隆重的。在民间多是在春秋两季各举行—次，也有只在秋冬季节举行的。在宫廷中，由于不受物质条件的限制，则要更频繁一些，除每月的祭祀外，逢元旦（正月初一）或在大军即将出征作战之前等时候，也都要祭祀，以求得神灵的保佑。
这种祭祀民间称作祭祖祭神，具体礼仪比较复杂，大致分为朝祭和夕祭两个步骤。其供祭的对象，朝祭是释迦牟尼、观音和关羽等神佛；夕祭则是本氏族的部落神和祖先神等传统神灵。清宁宫祭仪的主持者是爱新觉罗皇族的“家萨满”，他们被视为能在神与人之间进行沟通的使者，熟悉祭神的仪式，会演唱神歌和表演请神、酬神的舞蹈。祭祀时，他们戴神帽、扎神裙、系腰铃，手持神刀神鼓，颇具原始时代的遗风。其祭祀的过程是先在西炕前的供桌上摆好祭器和糕、酒等供品，由皇帝和其他参加祭祀的家族成员上香行礼，随后是“领牲”仪式，即杀猪献祭。所用的必须是由自家饲养、黑色无杂毛而且无疾病的公猪，将猪绑四腿放在供案上，由萨满用酒或凉水灌进猪耳，如猪摇头，便认为是被受祭之神接受，众人欢喜叩头，这个仪式便称为“领牲”。如一次不成，则要继续灌酒水或者换猪，直到成功才能进行下面的程序。领牲之后，便可以杀猪煮肉灌血肠。清宁宫内南侧的锅灶即是供褪猪毛时使用的，而北侧两口更大的锅则是用来煮祭肉的。第一次煮肉是把猪按部位卸成几大块，煮好后再按猪的原型摆到供案上，俗称“摆件”；再从每个部位割下少量的肉放在碗内，俗称为“拿件”，由萨满边唱边跳边献祭，皇帝等诸人随之行礼叩拜，随后再把肉切成三四寸的“方子”，用木盘端上。参加祭祀的人坐在炕上，用自己携带的解食刀切片食用，而且既不放桌也不许蘸作料，很显然是沿袭狩猎民族野外就餐的习惯。由于这些肉在观念上已是神赐给众人的，所以称之为吃“福肉”。
这种祭礼，在满族人看来特别重要，所以清朝入关后，皇帝也将其带到北京宫中。为了适应祭典的需要，顺治年间还特意按照清宁宫的格局，将北京宫殿的中宫坤宁宫进行了改造。直至1925年逊帝溥仪离开故宫之前，坤宁宫的萨满祭祀始终没有间断过，足见其影响之深。
●“索罗竿”和祭天大典
在清宁宫院庭内西南正对宫门的地方，有一根安放在石头底座上的红漆木竿，高近三米，下粗上细，顶端套一只锡碗，这就是过去满族院落中常见的“索罗竿”，俗称“神竿”。关于其来历，民间有许多传说，我们留待后面再讲，这里先说说它的实际用途。
满族的萨满家祭分为祭神和祭天两个部分，其中的祭天也称作“还愿”，即在平时遇到的很多事情都要祈求天神（满语称“阿布凯恩都里”）保佑，在祭祀时用行礼和上供来酬谢，“索罗竿”就是祭天时的崇拜物，所以民间称为“祭竿子”或”立竿大祭”。皇太极时期祭天的场所主要有两处，一是盛京城东门外的“堂于”，另一处就是清宁宫前。这项典礼通常是在室内祭神大典的第二天，供桌就摆放在神竿前。按照风俗，每次祭天典礼时，都要换一根新的索罗竿，而且必须是由男主人（在宫内即为皇帝）亲自从山林中砍来，一般用松木为多，并且要求长短粗细合适，笔直无弯，这样才能表现出对神的虔诚。
祭天仍是由萨满来主持，还要念满语的祭文。包括皇帝在内的参加者都到神竿前的庭院中，所用的供品除了猪之外还有装在碗里的米和米饭等。杀猪时仍需领牲，但吃肉的程序略有不同。比较明显的区别是要在院内支一口锅，“拿件”的碎肉煮熟放在碗里摆供祭祀后，倒入锅内，连米饭加作料一起煮成“小肉饭”，民间也称为“鞑子粥”，按风俗不仅参加祭祀的人食用，外姓人只要在索罗竿前磕头也可同吃，而且吃得越多主人越高兴，吃完后还不必道谢，体现出狩猎民族的原始遗风。当然，宫内祭典很难有普通的外姓人在场，都是经皇帝特许的一些大臣、侍卫参加。祭天仪式中，后妃等女眷在清宁宫内面向神竿行礼，她们的“小肉饭”也是在室内食用。至于其后的吃“大肉”，则与室内祭神时基本相同。
对于新更换的索罗竿，也要有一些仪式。要用祭猪血涂在竿尖上，并把猪喉骨套在顶端，再将猪内脏等切碎放入锡碗中，以备饲喂乌鸦，然后才将新竿在石座立好。至于为什么满族人祭天要立这种神竿，按照比较通俗合理的解释也并不复杂，因为这根高竿与“天神”的距离自然要比在地面上的人近一些，放在锡碗里的祭肉由在天上飞的乌鸦等鸟类叼去，人们也宁愿相信它们能够把自己的心意带给凡人无法见到的天神，由此得到心理上的安慰。
