相传现在巴里坤城南的那座倚天山的平顶山头，是岳钟琪当年的将坛。岳大将军坐在坛顶，山头两侧，可隐万千兵马，山前布有奇门遁甲阵，阵中隐隐透出杀气，成为分裂者企图东进不可逾越的堡垒。今大军已到，岳将军在此登坛发号施令，操练军马，令旗指处，军兵进退有序；挥戈西向，叛匪望风披靡。其实，岳将军之将坛筑于此山头下的高阜处，后来将坛为风雨剥蚀夷为平地，老百姓心目中的阅兵台应该高与山齐，就把这座山头叫岳公台，文人将它列入本县八景之一——岳公留胜，表达了人民群众对戍边将士的拥戴和对他们维护祖国统一功绩的历史性肯定。
城池建成，据说因地形之限其周长和面积均不足修筑府城的旧制定数，根据规定该城本应周长十五里，可屯兵三万，可筑成后实际周长不足十里，又是单座城池往往会孤立无援，因而岳大帅又在城东北和西北各五里处修建兵城。两城大小形制一样，呈长方形，南北长约二百三十米，东西宽一百八十米，也为夯土筑墙，墙底宽五米，夯层厚十五厘米以下。城只有南北门，城门亦有瓮城，城四角有角楼，东西墙正中有炮台。这两座兵城与绿营兵城三足鼎立，相互呼应，《镇西乡土志》载：“厅东西各五里许，有旧城遗址，伊昔岳大将军征准噶尔驻大军于厅南高阜，而提镇二军驻扎左右，以为犄角。”三座兵城是军事堡垒，更是汉文化堡垒，而作为文化堡垒的作用和意义远比军事堡垒要深广得多。
岳钟琪坐镇中军，常常思绪万千，军务之暇欣然命笔，写下许多诗篇，其中一首写道：“列灶沙关门，营门淡晚烟。月光斜照水，秋气远连山。归雁穿云去，慈乌带子还。征西诸将帅，转战又经年。地在乾坤内，人居朔漠间。日寒川上草，松冷雪中山。铁骑嘶沙碛，金戈拥玉关。楼兰诚狡黠，不灭不生还。”
这里有对军营艰苦生活的感慨，有深深的思乡思亲情结，更有建功立业，不平定叛乱誓不生还的豪情。
雍正十三年（1735年），巴尔库尔更名巴里坤。准噶尔部再次要求议和，岳钟琪大军撤离巴里坤。但城池从此成为巴里坤政治经济文化的标志。
三乾隆两平准噶尔
康熙雍正两朝对准噶尔的征讨虽说取得了重大胜利，给准部造成重创，但始终未能彻底解决准噶尔在天山以北称雄，每每蠢蠢欲动要搞分裂或者东扩的问题。从策妄阿布坦到噶尔丹策零，都是桀骜不驯的主儿。雍正几次用兵都难以奏效，只好打打谈谈，每每兴兵，不久就罢兵言和。
乾隆十年（1745年），噶尔丹策零死了，他的大儿子达尔济非嫡生，二儿子那木扎尔是嫡妻所生，按律继承了汗位。可那木扎尔年幼昏庸，结果被他的姐夫害死，拥立达尔济为汗。可是准噶尔部的兵权一直掌握在王室策零敦多布家族手中，这个家族在多次的战争中立功受封，重兵在握，但与达尔济不和。达尔济忌恨他们，就先下手杀了策零敦多布家族中的主要人物达什达瓦，达什达瓦的部将率其部众逃到清朝管辖区请求清廷保护，乾隆收留并予以封赏。
此时，杜尔伯特部中的辉特部首领阿睦撤纳见有机可乘，可以实现自己成为卫拉特部大汗目的的机会来了，就煽动策零敦多布家族中达瓦齐造反，自己率领辉特部部众与达瓦齐联合进攻达尔济，取得成功，杀了达尔济，达瓦齐做了可汗。阿睦撤纳当然很不情愿，又与达瓦齐发生争夺汗位的战斗，结果阿睦撤纳被打得大败，无处藏身也逃到清廷辖区，乾隆同样收留并封他为亲王。
乾隆皇帝从两批投奔者那里得知准噶尔内部争权夺位纷争的情形，觉得此乃天赐良机，正是平定准噶尔部的大好时机，就在乾隆二十年（1755年），调动五万大军分两路攻伐准噶尔。北路军统帅是定北大将军班第，阿睦撤纳做副将，从乌里雅苏台进军，南路军统帅是定西大将军陕甘总督永常，降将萨拉尔为定边右将军副之，出镇西（巴里坤）西进。当时准噶尔内部的权力斗争纷纷扰扰，人心惶惶，达瓦齐政权众叛亲离，军队全无斗志，所以南北两路大军一路没有遇到多大的抵抗就顺利到达伊犁。达瓦齐仓皇逃走，逃到南疆乌什，被乌什城主捉住献俘清军。
准噶尔既定，乾隆拟出一个决定，将原卫拉特部仍分为四部，改准噶尔部为绰罗斯部，不使其一部独尊驾凌其他三部之上，和硕特部、杜尔伯特部余众维持原部称。土尔扈特部已被准噶尔部迫迁到俄国境内的伏尔加河流域，将杜尔伯特中的辉特部（即阿睦撤纳原所在部）作为第四部。四部的首领由投降清廷的四位将领分别担任。这就削弱了卫拉特的势力，增强了朝廷的管理。
这个决定让阿睦撤纳完全失望了，他作卫拉特部大汗的梦想彻底破产。可乾隆帝也犯了一个很大的错误，以为打倒了达瓦齐就大功告成，于是只留下班第和参赞大臣鄂容安与五百人的清军，协同阿睦撤纳处理卫拉特一切善后事宜。
清大军班师东去，阿睦撤纳俨然以卫拉特可汗自居，在该部发号施令为所欲为，完全不把班第等放在眼里，并且鼓动卫拉特群众拥护自己做领袖，大搞独立活动，还与西边的哈萨克人联络打算脱离清廷自成统治体系。乾隆得到班第的报告，密令班第在军中秘密除掉阿睦撤纳以绝后患。这被阿睦撤纳察觉。阿睦撤纳先下手为强，十月，率领部众公开叛变，向驻守在伊犁城的清军发起攻击，伊犁附近的黄教喇嘛也纷纷起来响应，带领教徒、民众参加战斗。班第、鄂容安与五百清兵人单势弱，孤掌难鸣，但仍然奋勇杀敌，最终被卫拉特部众全部杀害，班第、鄂容安不肯被俘受辱，自杀身亡。当时从伊犁退到迪化驻守的南路军统领定西将军永常闻报却不敢前往支援，反而把军队带到镇西躲避阿睦撤纳的兵锋。刚刚平定了几个月的准部又陷入战乱和分裂之中。乾隆得知此情况大怒，下诏严令将永常押解到京师治罪，永常在赴京师的路途中惊惧死去。乾隆任用策楞为定西将军代替永常急速进军平定动乱。同时诏令驻扎在镇西的领队大臣兆惠率本部军马自镇西驰援策楞。兆惠是满洲正黄旗人，曾为山东巡抚，英勇善战且足智多谋，当时被任命为定边右副将军。到乾隆二十一年春天，伊犁再次克复，阿睦撤纳兵败逃到哈萨克境内。策楞不敢继续进军，屯兵伊犁不前。乾隆再次换将，派达尔党阿指挥大军进入哈萨克境内捉拿阿睦撤纳。大军进入哈萨克境内打了几个胜仗，可始终没能捉到阿睦撤纳，只好撤回。第二年二月，绰罗斯部和辉特部又发动叛乱，阿睦撤纳乘机潜回伊犁，还在博尔塔拉河上大会卫拉特诸部首领，要自立为王，一时间天山北部又腥风血雨动荡不安。乾隆感到达尔党阿无能，改派一名蒙古亲王成衮扎布为定边左副将军，兆惠为定边右副将军，仍然分南北两路出兵，会剿准部叛乱。清大军大败阿睦撤纳叛军，又一次攻进哈萨克境内，哈萨克首领阿布赉抵挡不住，请求清廷缓兵休战，由他们捉拿阿睦撤纳献俘大帐而后议和。阿睦撤纳闻讯逃往俄罗斯，旋即染病死去，乾隆特命外交部门照会俄国将阿睦撤纳尸体交送到中国。
阿睦撤纳已死，乾隆命令兆惠驻守伊犁，同时严令搜查，捉拿叛乱集团余孽，实际上是要借机消灭准部势力。兆惠从乾隆二十三年到二十五年的时间里，派兵四处搜查追寻叛乱分子，即使深山老林穷困偏僻之地也在所难免，这一回可谓彻底消除了准噶尔隐患，平定了天山北部，威风震动西北，为下一步平定天山以南的“回部”扫平了一个障碍。
前几节已经提及，历代王朝要加大对西域的控制力，巩固政权统一国家，保卫领土完整，都必须首先占据巴里坤，以此为根基或据点逐步西进，实现其目的。到清代，从康熙、雍正到乾隆的半个多世纪里，平定准噶尔多次的动乱都是以巴里坤为屯兵要地和出兵点的，这就不仅仅是巴里坤地理位置的重要性所决定的，恐怕更重要的是人文环境符合平叛军队驻扎的条件，当地文化氛围适宜于戡乱部众心理的需求，能为之提供必要的鼓舞士气的精神力量。这种文化底蕴是上千年来积淀的成果，而这底蕴就是中华文化有容乃大博采众长逐步形成的多元文化的结晶。
四瀚海鼍城显神勇
平定准噶尔之后，中央政府在以镇西为大本营的西域取得了重大的军事胜利，重新建立了较为巩固的地方政权，农业生产、手工业生产、商业发展等经济建设为政权的巩固奠定了较扎实的基础，汉文化传播广泛深刻，为清廷以后收复新疆提供了可靠的保障。
但是，到乾隆二十年（1755年），准噶尔部大台吉达瓦齐又发动叛乱。清廷再派兵出征，西路军由陕甘总督永常为定西将军领兵两万五千人进驻巴里坤。第二年瓜州满兵一千多人又移驻巴里坤，并设理事同知一员，管理地方事务。
乾隆三十八年（1773年），清廷在巴里坤设镇西府，“镇西”一名为乾隆钦定。镇西府辖宜禾县、奇台县，府治设在宜禾县（巴里坤）。所以这一时期的“镇西”，其地域概念包括现在的奇台、木垒和巴里坤。镇西不仅有驻军将领、知府，还有中央直接委派管理的领队大臣，领队大臣为从二品，地位仅次于伊犁将军。后来，镇西府与迪化道（乌鲁木齐）合署建制为镇迪道，全权管理镇西迪化道军政要务。
咸丰五年（1855年），镇西府改为镇西直隶厅，裁宜禾县化归厅治，奇台县化归迪化州管辖。
1772年，在府城东又筑会宁城，是专为携眷长驻的两千多名满族旗人将士而建，包括领队大臣及其家眷住在此城中，故称满城。与之相对，将原府城即绿营兵城称作汉城。汉满两城东西并列，夕阳下，整个草原一片苍茫，经过一天的日照，大地蒸腾的岚气让天山裹上一层若有若无的轻纱，旷野蒙上缥缈的帐幕，若再遇些许细风斜雨，山变得遥远空灵。这世界就是烟波浩渺的大海。朦胧中的汉、满两城幻化成两只游弋的鼍龙，首尾相衔，追逐嬉戏，此情此景，勾起了文人墨客无尽的遐想、悠远的思绪或灵感，他们把这列为当地八景之一——瀚海鼍城。另一种说法是：两座城中庙宇遍布，庙顶的屋瓦鳞次栉比，在阳光、月光映照下银灰色的光泽如鱼龙之鳞闪亮，两城犹如银甲闪亮的鼍龙，威猛灵动，故称鼍城。
历史事实证明这两座城确实是鼍龙般勇猛顽强的英雄城池，在以后一百多年的历程中，尤其是在每一次当地人民生死存亡和国家统一或分裂的关键时刻，它们都发挥了保护国家和人民群众根本利益的无以替代的作用。
说这两座城是鼍龙，不光是貌似，更是群众对它勇敢坚忍不拔的品格的赞誉。
1840年，鸦片战争爆发后，清王朝更趋衰弱，中国领土遭到帝国主义的践踏和瓜分。中国东北、西北领土深受沙俄的侵吞之害。沙俄在完成了对西伯利亚的扩张之后，开始蚕食中国领土。1860年，沙俄乘英法联军侵华攻占北京之机，借口调停有功迫使清政府签订《中俄北京条约》，割去中国东北部一百多万平方公里领土。1864年又利用军事和外交恫吓手段强迫清廷签订丧权辱国的《中俄勘分西北界约记》，割去中国西部四十四万多平方公里领土。在此之前，1851年，签订《中俄伊犁塔尔巴哈通商章程》，获得在伊犁、塔城两地设立领事、通商免税和领事裁判等特权。1855年，沙俄驻塔城领事塔塔林诺夫为了强占塔城地区的雅尔噶图金矿，竟率领两百余名侵略军，使用极残忍野蛮手段，杀害中国各民族矿工两百多人。清政府无力抗争，任凭列强践踏、瓜分中国的土地，掠夺中国的财富。
乘清政府腐败，各列强争相入侵，国力衰微之机，西部天山之南回部的大、小和卓在当时乌孜别克人在中亚费尔干纳建立的浩罕汗国的策动和支持下又发动叛乱，虽说经过艰苦战斗被镇压了下去，但是数年之后又爆发大和卓的孙子张格尔叛乱。张格尔叛乱同样以失败告终。张格尔被俘后押往北京处决。
平定战乱使清廷的军费消耗巨大，更为主要的是清统治集团日益没落，综合国力日渐衰竭。张格尔残余分子趁机再次勾结浩罕汗国，伺机侵入占据中国天山以南的大片领土。
1865年，浩罕汗国军官阿古柏公然进攻南疆，乘清军布防不严、兵力不足之机，先后侵占了天山南部诸地，然后北进占据吐鲁番、迪化等地。1870年建立所谓“哲德沙尔”汗国。对各族人民实行残酷奴役压迫。1871年沙俄又借口伊犁农民起义和阿古柏势力威胁到俄国的安全，公然出兵，侵占伊犁，中国西部疆域遭到大小列强的蹂躏，面临被瓜分的危险。
这一时期，国家外患接踵而来，内乱同时连续爆发，而且内外勾结，气焰甚嚣尘上。
同治三年（1864年），迪化回族阿訇妥得璘策动兵变，占据了迪化城，自立“清真国”。迪化提督文琪抵挡不住，从迪化逃到镇西，仍然惊魂难定，不久惊恐而死。镇西城乡的回民三千余人在马天保的号召下组织武装起来响应，但很快就被镇西游击何琯镇压下去。第二年六月，“清真国”元帅马升率军东进攻取镇西，被守卫汉、满两城的都统纳尔济、领队大臣伊勒屯、游击何琯等打退。八月四日，马升再次领兵进攻镇西，以同样的命运惨遭失败。八月十五日，库车的割据势力政权头目热西丁派兵再度攻打镇西城，也未能攻下后败走。
