康熙皇帝8岁登基，16岁拿了鳌拜，开始亲政，几十年来南征北讨，平定了中国大部分地区。到他在位50多年之后，还剩下一处地方尚未安定下来，那就是西南高原上的西藏地区。
西藏在唐代称作吐蕃，由于文成公主入藏，与中原地区的联系日益紧密；到宋王朝时，西藏正式向中原王朝进贡，成为中原王朝的附属地区；元朝时，西藏建立由中央政权任命的地方政权，正式归入了中国版图。
但是西藏还有它与中原地区不相同的特点。唐朝的时候，松赞干布的两位妻子文成公主和尼泊尔公主布鲁库信奉佛教，受她们两个的影响，松赞干布开始信奉佛教。开始时信奉的是印度传入的红教。红教法王可以娶妻生子，法王的位置是世袭的。到明朝永乐年间，宗喀巴创建的新黄教逐渐代替红教，成为藏民唯一信仰的宗教。黄教对西藏的政治影响极大，但这一教派恪守佛教的原有宗旨，喇嘛不能娶妻生子。宗喀巴去世之后，法王的位置就传给了他两个弟子达赖和班禅额尔德尼，两人分管前藏和后藏的宗教，分别在拉萨和日喀则坐床，他们圆寂之后，采取灵童转世的办法选择新一代达赖和班禅。到清朝时，已经转世到五世达赖和四世班禅，他们是西藏的宗教和精神领袖。
这时候西藏的地方政权，则由“汗”掌握军政要务，另外还有专管兵刑赋税的官员“第巴”，这两位官员却不能像宗教领袖那样与西藏人民和平相处，他们之间常常发生矛盾和冲突。到了康熙年间，原来统治西藏的顾实汗死了，达赖五世也年事颇高，实权就落入一个叫桑结的第巴手中。桑结是一个为了私利不顾一切的小人，他曾经冒充已废的藩王，要求清政府封赐，被清廷拆穿；吴三桂起兵，他又调唆达赖上书康熙，替吴三桂开脱，吴三桂死后，吴世璠还写信给桑结，想用割地的方法来换取西藏的支持；特别严重的，是桑结跟噶尔丹过从甚密，当噶尔丹起兵反对清政府的时候，他居然派了个死党济隆到阵前给噶尔丹诵经，鼓励噶尔丹跟清军斗到底。
桑结还有一件极大的秘密。原来达赖五世早在康熙二十一年(公元1682年)就圆寂了，桑结为了独揽大权，找了一个跟达赖五世面貌相似的人在布达拉宫坐床，公然对外宣称：达赖五世正在高阁入定，一切事都由他转达，达赖有什么指示，也由他传达。这种欺骗手段居然瞒过了众多僧俗信徒，让桑结将真相隐瞒了长达15年之久。
到了康熙三十五年(公元1696年)，噶尔丹第二次被清军击败后曾向部下透露，是达赖五世托桑结送信来，他才敢起兵造反的。这句话传进康熙耳朵里，康熙立刻意识到，达赖五世绝对不可能这么做，恐怕他已经死了。康熙认定是桑结从中捣鬼，立即派人送给桑结一封措辞严厉的诏书，指责他种种罪状，要他把噶尔丹的佩刀交给达赖；假如达赖已死，即令班禅赴京，否则就要传令云南、四川、陕西的清军进藏。
到了这个时候，桑结才明白自己闯下了大祸。他立即上书清廷，承认达赖已圆寂15年，并且狡辩说是怕引起内乱，才没有发丧；至于班禅，又借口说他尚未出痘，不敢让他进京，还要清廷替他保密，在新的达赖六世未坐床前，不要公开达赖去世的秘密。
起初，康熙考虑到西藏宗教的特殊性，打算答应替桑结保密。后来考虑到桑结是个反复无常的小人，就又派快马追回了赴藏参加达赖六世坐床仪式的使者，立刻向蒙古各部宣布了达赖五世在15年前去世的消息。这个消息一宣布，立刻引发了蒙古各部的轩然大波，他们根本不肯承认桑结找的那位达赖六世。
在这种情况下，桑结只好孤注一掷，想把顾实汗的儿子拉藏汗杀了，独霸西藏。谁知拉藏汗虽然多年来受尽桑结的欺负，却是位能征惯战的将军，桑结刚想动手，他立即召集了自己的人马，反戈一击，把桑结杀了。拉藏汗夺取了大权，得到清朝政府的承认，成为独霸西藏地方政权的统治者。
但是，问题并没有因为桑结的死而得到解决。桑结的那位假达赖奉清廷之命前往北京，死在途中。拉藏汗又认定了一位达赖，却得不到藏蒙信徒的承认，青海的藏民又捧出一位达赖，说这位才是真的转世灵童。于是，西藏出现了两个达赖，一个在拉萨，一个在青海，闹得谁也无法分辨谁真谁假。
西藏的内乱，又引出了另一位野心家，他就是准噶尔部的首领策妄阿拉布坦。这位首领本是噶尔丹的侄子，噶尔丹死后，他占据了准噶尔。他也想步噶尔丹后尘，起兵造反。听说西藏发生动乱，以为时机已到，便派自己的弟弟策凌敦多布率领6000准噶尔士兵偷偷从和田进藏，一下子打到拉萨，攻进了布达拉宫，杀了拉藏汗，囚禁了布达拉宫里的达赖，把布达拉宫里的金银财宝统统运回伊犁，闹得西藏一片混乱。策凌敦多布便在西藏称王称霸，公然不把清廷放在眼里。
这一下，西藏的达赖之争，变成了清王朝与准噶尔之间由谁来统治西藏的原则性斗争了。康熙皇帝当然不会让步，立即派自己第14王子胤禵领兵从青海入藏，同时派四川的将军噶尔弼领兵出川，进攻被策凌敦多布占领的拉萨。并正式承认青海各部所立的达赖为第六世达赖喇嘛，让他入主前藏。
离拉萨最近的噶尔弼部在洛宗嘉玉桥畔遇到了准噶尔兵的阻挡，一时无法进藏。噶尔弼心急如焚，不知如何渡河西进。他的副将岳钟琪提出了进藏的办法：派一支部队在洛宗嘉玉桥畔佯攻，其余部队沿河上行数十里，在当地土司的帮助下，找一处河面较窄的地方，用羊皮筏渡河。噶尔弼采用了岳钟琪的办法，果然渡过河去，一下子歼灭了策凌敦多布的守军，大军迅速逼近拉萨。驻守拉萨的6000多准噶尔军无法抵挡清军的进攻，只得宣布投降。
在青海一线阻击胤褪大军的策凌敦多布看到自己腹背受敌，慌忙下令北撤，通过一段十分崎岖的山道出藏之后，回到伊犁的准噶尔士兵只剩下一半。
康熙五十九年(公元1720年)九月，达赖六世正式在布达拉宫坐床。清廷不仅任命了前后藏的行政官员，还在西藏设立了官方机构，从此，西藏的教务、行政，以及朝廷代表，共同管理着这块西庙边陲，西藏出现了长期安定的局面。
