作为一种全身慢性炎症疾病，强直性脊柱炎还可以累及其他器官，表现为关节外的并发症。
（1）急性葡萄膜炎或虹膜炎。临床表现为急性发作，常为单侧。症状如疼痛、流泪、畏光等。每次发作4～8周，一般无后遗症，易复发。
（2）肺部病变。为本病后期常见的关节外表现，一般发生在病程20年以上。临床可无明显症状，也可有咳嗽、咯痰、气短，有时见咯血。随着病情发展，胸廓活动受限，部分病人可出现双肺，尤其是肺尖纤维化、囊性变以至空洞形成，肺功能进一步受损。晚期常合并机遇性感染而使病情更为复杂。也有胸膜增厚粘连，肺门及膈顶模糊，以及条状肺膨胀不良等，但不多见。
（3）神经、肌肉病变。本病发生脊柱强直后，一般都并发严重的骨质疏松，故易发生骨折。脊椎骨折以颈椎最易发生，尤以5~7颈椎多见，是死亡率最高的并发症。自发性枢椎前脱位见于晚期病人，表现为枕部疼痛，可伴或不伴有脊髓压迫症状。慢性进行性马尾综合征为后期强直性脊柱炎罕见而重要的并发症，其原因尚不明，可能与慢性蛛网膜炎有关，表现为尿道和肛门括约肌功能不全，伴疼痛和大腿及臀部痛觉缺失，渐发展为二便失禁与阳痿，偶可发生跟腱反射消失。
（4）心血管病变。多鉴于病程较长、病情比较严重的病例，以及全身症状和外周关节受累较突出者。其病变主要包括上升性主动脉炎、主动脉瓣膜下纤维化、主动脉瓣关闭不全、二尖瓣脱垂和二尖瓣关闭不全、心脏扩大、房室传导阻滞、束支传导阻滞、扩张型心肌病以及心包炎等。
（5）肾损害。较少见，主要为IgA肾病和肾淀粉样变。有认为IgA肾病与炎症性肠病有关，而淀粉样变一般为继发性。
（6）前列腺炎。强直性脊柱炎患慢性前列腺炎者比普通人群多见。
（7）耳部病变。强直性脊柱炎患者中有29%可发生慢性中耳炎，为正常对照组的4倍。发生慢性中耳炎的患者关节外表现明显多于无发生慢性中耳炎的患者。
