18世纪下半期，清王朝经历了康雍乾统治的鼎盛时期之后，逐渐由盛转衰，开始走下坡路。这时候社会矛盾进一步激化，在清王朝内部，统治机构更加腐败，人民生活恶化，起义活动渐趋频繁，终于形成了以白莲教为主的各民族大起义怒潮，沉重地打击了清王朝日益腐朽的统治。这次起义怒潮首先在边疆少数民族地区爆发。
清政府在统一新疆南部地区后，虽然加强了对西北边疆的统治，但却给南疆各族人民带来了残酷的剥削与压迫。当地人民不仅要向清政府缴纳繁重的“年贡”，还要负担名目繁多的苛捐杂税。清政府派往南疆的军政要员作威作福，勾结当地维吾尔族上层分子囤积居奇，巧取豪夺，有的还私设公堂、草菅人命；有的霸占民女，无法无天，使当地人民忍无可忍，不断掀起反抗浪潮。
1765年（乾隆三十年），新疆乌什人民揭竿而起，首先树起义旗。清政府库车办事大臣鄂宝率清军镇压，被义军所败。一时起义军声威大震，叶尔羌、库车、阿克苏等地的维族人民纷纷响应，南疆震动。乾隆忙派南疆参赞大臣那世通率兵至乌什，与另一路清军形成夹攻之势，但由于清政府所派将领内部矛盾，互相争功，反被起义军所败。乾隆将上述二将处死，命伊犁将军明瑞率万余清军至乌什，双方处于攻守僵持状态。
明瑞副将阿桂到乌什城后，以大炮攻城，起义军在首领赖和木图拉领导下，依靠城坚粮足拒守。战斗僵持半年多，赖和木图拉和其子先后在战斗中牺牲，城内弹尽粮绝，起义军内部开始出现叛徒。最后，乌什城被清军攻陷，起义乃告失败。
在清政府镇压乌什人民起义的同时，利用维吾尔族上层分子分化，欺骗叶尔羌、库车、阿克苏等地响应乌什起义的起义队伍，消弭了南疆地区一场反清斗争的风暴。
清政府镇压乌什人民起义后，在南疆地区取消摊派，明定赋额，平均差役，意在缓和民族矛盾，但这不能从根本上解决问题。两年后，昌吉地区又爆发了汉族屯田户的反清斗争，起义者是由内地流放到此的罪犯，他们乘屯官过节时机聚众起事，杀死屯官，抢夺武器，占领昌吉城。次日，向乌鲁木齐进攻，但由于这些遣犯平日无训练，仓促起事，行至红山嘴时遭清军伏击，被镇压。
在新疆乌什人民起义后不到十年，1774年（乾隆三十九年）山东爆发了王伦领导的农民起义，这次起义拉开了清代中叶各民族人民大规模反抗清王朝统治斗争的序幕。
山东、直隶一带，很久以来就在民间流传着白莲教，王伦起义就是白莲教的一支——清水教组织和发动的农民武装起义。王伦是山东寿张县党家庄人，精拳棒，善医术，为人慷慨好施，济危扶贫，为人治病不受报酬。他经常来往于寿张、堂邑、阳谷等县，念经聚会、传授符咒，在乡民中威信很高，也使清水教在群众中有了一定基础。
1774年（乾隆三十九年），山东寿张县等地歉收，但地方官却额外加派，矛盾加剧。寿张县知县沈齐义怕群众起义，遂派差役大捕清水教徒，王伦闻讯后立即着手准备起义。
九月，王伦在寿张县党家庄聚众起义，联络堂邑县王经隆共同攻入寿张县城，杀死知县沈齐义。攻入城中后，王伦自称“真紫微星”，设置元帅、先行、国公等官职，于十月乘胜攻克阳谷县，击毙游击赵福，兖州镇总兵逃脱，王伦又乘胜攻克了堂邑县。
这时起义队伍不断扩大，数日之内聚集义军两千余人。而且起义军所到之处纪律严明，于贫苦百姓秋毫不犯，一时加入义军百姓激增。消息传到热河，正在行宫的乾隆帝急命大学士舒赫德赴山东督师，又命额附那旺多济尔、左都御史阿恩哈率兵镇压。
十月十六日，起义军在攻克堂邑县后，攻取了漕运要地临清旧城。起义军虽只持镰刀菜刀等物，尚无火器马匹，但作战非常英勇，尤其是首领王伦，手持两刀，在敌阵中犹入无人之境，声威甚高，以至于虽初清军望其影而枪炮尽放而逃，这也反映了当时清军厌战和日趋腐朽。
占领临清旧城后，王伦虽用缴获的大炮攻城，但没有立即攻取，以至于舒赫德的援军及时赶到，与原有的清军一齐向起义军反扑。月底，清军两路攻打临清，义军被迫退入旧城内，利用城内狭窄的巷道与清军周旋。其首领杨五、乌三等皆与清军战至最后牺牲。
城破后，王伦坚守原河南巡抚汪灏院内，继续与清军战斗。为避免被清军生俘，王伦在院内小楼上举火自焚。据目睹者回忆说，“火热剧烈时，王伦的头发和胡须已烧焦，却仍然端坐不动”，直至最后牺牲。
王伦的起义虽然仅仅一个月即被清政府镇压了下去，但像这样的发生于清朝统治中心前沿的大规模与清军对垒的起义，却标志着休眠一百多年的农民起义火山再度咆哮，激励了不愿受压迫的人们树起反清腐败统治的义旗。不久，甘肃撒拉族、回族人民再次揭竿而起。
甘肃撒拉族、回族都是信奉伊斯兰教的民族，按伊斯兰教“天课制度”的规定，除生活必要开支外，资财按一定比例交纳清真寺。但这种本来意在救济贫苦教民、充作军饷薪俸的“天课制度”却长期被清真寺教长、阿訇所独占，他们贪得无厌，对教民进行名目繁多的剥削与压迫。甘肃安定（今定西县）回民马明心，自中亚各地回国后，反对这种霸占土地财富，世袭教长、阿訇的“门宦”制度，创立新教，遭到“门宦”势力排挤与反对，遂至撒拉族中传教，一时教徒激增。新教与老教的矛盾也逐渐增大，多次发生械斗，清政府偏袒老教，把马明心逐出循化，但马明心助手苏四十三和贺麻路乎继续传播新教，坚持与老教的斗争。
新老教的冲突终于演变成反清的武装起义。1781年（乾隆四十六年），苏四十三的助手率教徒千余人攻入老教区，杀死其总头人，苏四十三自称“回王”，立旗号，撒拉族人正式发动武装起义。陕甘总督勒尔谨派兵镇压，被苏四十三所率新教徒全歼，新教乘胜攻克河州，勒尔谨到狄道防守。同时，设计擒马明心，押于兰州省城狱中。苏四十三取捷径攻到兰州城下，准备营救马明心。
清政府闻听苏四十三攻到兰州城下，急调固原、西宁、凉州等地清军驰援。清统治者为缓和起义军的进攻，将马明心拥上兰州城头，强迫其劝说起义军撤围，马明心坚决不从，将头巾掷于城下，表示誓死反清到底，时值起义军攻城甚急，清军遂将马明心杀害。这时，勒尔谨和西宁将军伍尔泰共计两万清兵到达兰州，起义军鉴于敌军十倍于己，主动撤离兰州，转移至距兰州30里的华林山一带。
五月中旬，乾隆命和坤领兵进剿华林山，起义军虽只有千余人，但凭借险要地势，并击毙清固原总兵钦保等人，歼敌近千人。
乾隆见师久无功，又调阿桂为钦差大臣，率两千火器兵，又调来一千名善于山地作战的藏兵，同和坤共同镇压起义军。清军以人多势众，围住华林山，并断起义军去黄河取水的通道，使起义军陷于内无粮水，外无援兵的境地。数日后，清军攻破起义军防线，夺取寨堡，起义领袖苏四十三在战斗中牺牲。余部退入华林寺，清军纵火焚烧华林寺，义军全部壮烈牺牲，无一人投降。
起义被镇压后，清政府对新教和撒拉族采取高压政策，大肆搜捕新教教徒，株连罗织将新教礼拜寺概行拆毁。但这种血腥的镇压却没有吓倒信仰新教的回民，三年后，石峰堡的回民再次树起义旗。
石峰堡回民领导人田五、张文庆等都信仰新教，当清政府镇压撒拉族起义时，在固原、通渭一带组织回民，要为马明心报仇。1784年（乾隆四十九年），田五等人在盐茶厅起义，攻破盐茶厅30里之外的西安土堡，向西北，进入靖远边境，不幸田五在进攻靖远、会宁的战斗中牺牲。义军遂折向东南，与通渭的回民会师，克通渭城。清西安副都统明善被起义军击毙。清政府忙调福康安、阿桂等调集大军，齐入甘肃，镇压起义。此时起义军退守于静宁之底店山与通渭之石峰堡，与清军对垒。
福康安、阿桂等，首先夺取了起义军分散的小据点。七月底，攻下底店山，起义军被迫撤到石峰堡。福康安知石峰堡险要难攻，于是断其水源，设立栅栏、关卡，欲围困。时值三伏天气，一连七日无雨，起义军滴水未得，于四日晚乘夜突围，中清军埋伏，部分义军投崖身死，大部被擒，起义被镇压下去。
清政府在镇压起义军时采用了极其残酷的手段，屠杀撒拉族、回族民众万余人，大批人被充军边疆，许多少数民族聚居地被取消，土地财产被没收、贱价售给汉人，为以后制造了许多汉回争产的纠纷，埋下了民族不和的种子。
清政府虽然对起义残酷镇压，但沉重打击清王朝的统治的起义却连绵不断，就是远离大陆的台湾，也爆发了林爽文领导的起义。
康熙朝统一台湾后，宝岛在一定时期内得到了极大的开发。但随着清王朝统治的逐渐腐败，台湾人民的生活越来越受到清官吏的苛政剥削。台湾物产丰富，土地肥沃，内地官僚视到台湾做官为肥缺。所以一俟到任便拼命搜刮并伙同地主任意侵占土地，在台湾驻防的清军也贩卖私盐、开赌窝娼，欺行霸市，无恶不作，激起了广大民众的极大愤慨。林爽文起义正是在统治者的政治压迫和经济剥削下发生的。
林爽文，福建漳州平和县人，后因家贫难以度日随父迁移至台湾彰化县大里杙庄。1782年（乾隆四十七年），天地会首领严烟渡海至彰化，传播天地会教义。次年，林爽文入会，同时入会的还有陈泮、王芬、杨光旭等。天地会深得群众拥护，形成了强大的势力。
清政府对民间结社很害怕，大举搜捕天地会会员。彰化知县俞峻与副将赫生额等率兵搜捕林爽文，未果后，纵火焚烧无辜村民。林爽文遂于1787年（乾隆五十一年）一月率众起义，乘深夜偷袭清营，全部消灭了清军，击毙俞峻、赫生额等。随后，起义军一举攻克彰化，杀死知府孙燧等贪官污吏，释放囚犯，打开仓库，以清政府的器械武装了队伍。十九日，起义军攻克淡水，二十四日攻克诸罗。月底，台湾南部凤山的天地会首领庄大田起兵响应，攻克凤山。
林爽文起义军实行一些有利于起义军发展的措施。如开仓放赈，严明军纪，出告示安民，分给贫苦农民土地等，深受群众欢迎。就连清朝官吏也承认，起义军占领区物价低廉，秩序安定，人心归附。所以，起义军队伍不断壮大。
起义军取得初步胜利后，林爽文南下，庄大田北上，会攻台湾府城，未克。林爽文遂放弃攻打府城的计划，挥师北上，再攻克被清军夺去的彰化、诸罗。
清廷命闽浙总督常青为将军到台湾镇压。常青到台湾后，只知结营自守，毫无制胜之策，被起义军招招占先，疲于抵御。
同年三月，庄大田约林文爽再次联合攻打府城。庄大田号称拥兵十万，林文爽派三千义军前去支援。这时府城内清军惶惶不可终日，兼之水土不服，士气低落。正胜利在望之时，负责攻打府城南门的庄锡舍，与清军暗中勾结，率众降清，使起义军内部哄乱，不得不撤离对府城的围攻。
会攻府城再度失败，林爽文再次围攻诸罗，清总兵柴大纪困守孤城半年之久，清兵派来的援军都被起义军打败，此时常青所驻府城也被困，两方各自受困，无力互援，整个台湾岛上，起义军声势浩大。清军内部逐渐产生了失败、悲观的情绪，告急文书雪片似的飞向朝廷。
十一月，乾隆命福康安率兵前来镇压，代替常青，并从各省抽调了大量的军队。福康安到台后，针对起义军各自作战的弱点，决定逐个镇压，先是声言向大里杙进攻，却只派少量部队进攻，集中优势兵力包围了诸罗城外的起义军。清悍将海兰察率骑兵冲破起义军的防线，林爽文虽奋勇迎战，但因敌众我寡，一败于仑仔顶，再败于牛稠山，义军被迫撤离诸罗半年的围城战斗，功败垂成。
林爽文退守大里杙，清军集中优势兵力围攻，义军战败，退至集集埔再败，林爽文进入高山族居住的深山密林之中。第二年二月被清军所俘，解往北京，英勇就义。
清军在镇压林爽文起义后，集中全部力量压向南路起义军。庄大田奋力抵抗，凤山被攻陷，庄大田退至台湾最南端的郎峤，被清军海陆围住，庄大田被俘遇害，起义被镇压下去。
不久，在改土归流后的贵州和湖南相接壤的苗、瑶等族聚集区，爆发了由石抑邓、石三保等领导的苗民起义。
改土归流虽是历史的一大进步，但改土归流后，地主阶级和高利贷者进入苗疆，他们通过高利放贷剥削，大量兼并土地，使役广大苗民，使苗民贫困度日者日益增多。
1794年（乾隆五十九年）末，贵州松桃厅（今松桃苗族自治县），大塘汛大寨营苗民石抑邓，湖南永绥厅黄瓜寨苗民石三保等，在凤凰厅鸭保寨歃血为盟，约于次年二月共同起义。同时提出，“焚杀客民（满、汉地主），夺回田地”的口号。但由于起义计划被察觉，石抑邓率众提前起义，攻克大塘、长行埔等地。紧接着，石三保也按预定时期起义，附近各寨苗民纷纷响应，攻克永绥、乾州，声势大震。
石抑邓率起义军于二月初围攻铜仁府正大营，此时起义军已发展到近十万人。清政府忙派云贵总督福康安率兵由云南赴贵州镇压，同时又令四川总督和琳于四川秀山一带“堵截”。清廷调集云贵川湘等省数万人，分路向起义军扑来。起义军没有被清军的声势吓倒，而是很好地利用熟悉地形的有利条件展开流动战术，给清军以有力的打击。三月，起义军力战三路清军，终因寡不敌众，撤离了对铜仁的包围。福康安率军追至松桃，放火烧山，石抑邓留下少部分义军牵制清军，率大部转移至湘西，与石三保会合。石抑邓与石三保会师后，清军尾随而至，三月十五日，起义军与清军在永绥激战3日，被迫撤离对永绥之围。福康安又同湖广清军合攻黄瓜寨。石抑邓、石三保被迫率军转移至平陇。
起义军乘清军不敢越乌草河的短暂时机，在平陇建立了统一的领导机构，共同推举勇敢机智、富有胆略的吴八月为苗王，石抑邓、石三保为将军，组成了起义军的领导机构。七月，清军在集中兵力之后，渡迁乌草河，向起义军发动大举进攻。同时，福康安派人收买起义军中的不坚定分子，许以金钱高官，起义军中的叛徒吴陇登以擒献石三保幼子、首领陇王登、陇老三及起义军首领吴八月作为见面礼，与清军暗中勾结，使起义军受到重大损失。
1796年（嘉庆元年），川、楚、陕白莲教起义的喜讯传来，石三保决定打通湖南，同湖北的白莲教起义军联合。清政府非常害怕，已退居“太上皇”的乾隆急忙指示福康安进兵奋力围剿，勿使湖北起义军与石三保汇合，石三保联合的计划受阻。后来，石三保被叛徒诱骗到坳溪遭清军俘虏。九月初，清军大举围攻平陇，石抑邓率众奋勇抗击，虽给清军以重创，但因清军势众，石抑邓在战斗中牺牲，平陇被清军攻陷，苗民起义被镇压，只剩下起义军小股余部还坚持战斗，直至1807年（嘉庆十二年）才最后平息下去。
