西藏自古就是中国领土的一部分，这里主要居民为藏族（清代史书中又称图伯特、唐古特族）。它介于亚洲两大山脉昆仑山和喜马拉雅山之间。巍峨的雪山，高原的地势，充足的阳光，多变的气候，湍急的河流，丰富的矿藏，构成了西藏自然面貌的基本特征。藏族同胞生息、繁衍在这片辽阔的土地上，以勤劳勇敢的精神同大自然作斗争，开发了祖国的边疆，创造了独具特色的民族文化，并和中原的汉族人民建立了友好关系。公元7世纪时，藏族的前身吐蕃族首领松赞干布向往和学习唐朝先进的科学文化知识，唐太宗李世民把宗女文成公主嫁给松赞干布，中原汉族的先进文化、科学技术大量传入吐蕃，促进了吐蕃社会的发展，在汉藏两族人民的历史上谱写了一曲友谊的篇章。在元、明、清三代，西藏成为直属中央政府管辖的行政区域。
文成公主入藏时，把唐朝的释牟尼像带进吐蕃，西藏地区渐兴佛教，称为喇嘛教，其僧侣称为喇嘛（即和尚）。1244年（南宋淳事占四年）时期，西藏佛教派别中势力最大的萨迦派（俗称花教）教主萨迦班智达前往凉州（今甘肃武威），觐见窝阔台的皇子，议定了西藏地方归顺蒙古大汗的条件及缴纳贡赋的品种和数量，西藏正式隶属于中国版图。当时，西藏佛教派别还有噶举派（俗称白教），与萨迦派旗鼓相当；宁玛（俗称红教）、本布（俗称黑教）等派势力次之。萨迦班智达逝世后，其侄八思巴被元世祖忽必烈邀请为帝师，并册封他为“大宝法王”，令其总管藏地，兼管政教事务。从此，西藏宗教势力日益发展，第一次出现以“僧人统国”为特点的政教合一的地方政权。八思巴的子孙取名为萨迦呼克图，意即释迦牟尼转生，穿戴红色衣冠，可以娶妻生子，又能呼风唤雨，并以诅咒祸福为号召，称为红教。
到了明朝初年，红教势力渐渐衰落，原曾信奉噶举派的僧人宗喀巴，痛感萨迦、噶举等派均失佛教本旨，不守戒律，胡作非为，便自立新派——格鲁派，他要求喇嘛穿黄僧衣戴黄僧帽，宣传行善息争，励劝忠孝，提倡苦行，严禁教徒结婚生子，禁饮酒，戒杀生等等，称为黄教。由于黄教的教义更接近于佛教的本意，更便于为统治阶级利用来作为思想统治的工具，在明朝的支持下，势力渐渐超过了红教。
1414年（永乐十二年），宗喀巴派弟子进京朝见，被封为“西天佛子大国师”。宗喀巴有两个著名的弟子，即达赖喇嘛和班禅额尔德尼，达赖喇嘛居首。因黄教禁止娶妻生子，所以教内便创立了一种教主嗣续法，宣称达赖、班禅两喇嘛永远不死，当他们身故时由呼毕尔罕（化身）展转出世。由老一辈达赖、班禅在世时自言转生的地点和方向，其弟子于佛前诵经祈祷后，即去该处广为访觅，找出近似之男孩几人，选择其中相貌聪明有福者定为呼毕尔罕，长大后改称呼土克图，承继达赖、班禅的地位。呼土克图是再来人之意，即喇嘛教大喇嘛学道功深能够转世的人，即活佛。宗喀巴的大弟子达赖死后，第一世转生者为敦根珠巴，是吐蕃王室的后裔，世为藏王，又出家成为黄教的教主，此后黄教兼管了西藏的政务。第二世达赖敦根嘉措，设立了第巴等官办理西藏的行政事务，达赖、班禅专理宗教。到三世达赖索南嘉措时，他与蒙古土默特部的俺答汗关系极为密切，使蒙古各部摒弃了历来信仰的萨满教，改信佛教的黄教。索南嘉措赠与俺答汗尊号“咱克喇瓦尔第彻辰汗”，“咱克瓦尔第”是梵文“转轮圣王”之意；“彻辰汗”是聪睿之王的意思。俺答汗赠索南嘉措尊号为“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”，“圣识一切”意为“遍知一切”，“瓦齐尔达喇”是梵文“金刚持”的意思。“达赖”是蒙语大海，“喇嘛”是藏语上师之意。即佛家显密两宗达到最高成就，超凡入圣如海一般的大师。三世达赖索南嘉措和明帝建立了朝贡关系。四世达赖云丹嘉措，是蒙古俺答汗的曾孙，黄教势力得到进一步发展。
清初，黄教势力已深入到今西藏、蒙古、青海、新疆蒙藏族居住地区的穷乡僻壤，以后一些地位较高的大喇嘛也自称转生不死，呼土克图多达一二百人。蒙、藏人民对喇嘛教信仰极深，凡达赖、班禅或呼土克图出行，教徒必膜拜于道旁，把金宝顶在头上敬献，如果能够得到教主的抚摸，便以为得福，高兴无比；即使普通的黄教喇嘛来到民间，居民也必定谦恭地把帐篷让给他们居住，宰牛宰羊奉献哈达来接待，任其所为，惟恐得罪。蒙、藏人民居于从西伯利亚到喜马拉雅山的广阔地区，依赖于对黄教的共同信仰，使各族的上层领袖形成了密切的思想、政治、宗教联系。喇嘛教常被利用为蒙、藏族少数上层分裂主义者组织叛乱的共同的思想工具；清统治者对蒙、藏族的宗教首领和上层人物采取了笼络的政策，用赐爵封官、兴建寺庙、参加宗教仪式、赏赐钱财等方法，来联合和团结黄教首领，来巩固对蒙、藏地区的统一。
与清朝发生关系的是五世达赖阿旺罗桑嘉措（1617—1682年）。五世达赖因西藏政治首领藏巴汗丹迥旺波迫害黄教，求助于漠西厄鲁特蒙古和顾特部顾实汗。顾实汗于1641年（明崇祯十四年、清崇德元年），率兵进藏，第二年擒杀藏巴汗，征服了西藏各部落，在此之前，他又降服了甘青藏区和川康藏区，遂成为全部藏族地区的大汗。以前藏、后藏的赋税供养达赖，将后藏都分地区划归四世班禅罗桑确吉坚赞管辖。达赖五世罗桑嘉措遂在顾实汗支持下建立了噶丹颇章政权，自任法王，管辖全部西藏，任命该机构的高级官员，其中最重要的、具体主持政务的第巴，总理政事。首城建在拉萨，并兴建布达拉宫。自这时起，达赖正式成为全部藏区的宗教领袖，顾实汗为行政上领袖，乃是统辖全藏的汗王。
1639年（清崇德四年）十月，太宗皇太极遣使致书于西藏的汗和“掌佛教大喇嘛”。信中说：朕不忍古来经典泯灭不传，故特遣使邀请高僧，宣扬佛法，利益众生。表达了慕名聘请之意。同时期，蒙古四部之一的和硕特部顾实汗得知东方兴起强大的清朝，联络达赖、班禅等，共同遣使朝贡。使者历经千辛万苦，于1642年（崇德七年）十月抵达盛京（今辽宁沈阳）。太宗以优厚的礼节接待了使者，并亲自率诸王贝勒大臣到怀远门迎接。使者一行朝见了皇帝，并把达赖喇嘛等书信进上，书上称太宗为曼殊师利大皇帝。曼殊者，即汉语“妙吉祥”。皇太极在崇政殿大宴使者，命使者坐，赐茶，接待礼仪之隆重，几乎与后世接待达赖喇嘛相似。第二年，使者回藏，太宗赐给金银宝并遣使一同前往，并致书给达赖喇嘛，称其为“大金刚达赖喇嘛”，双方开始通使友好。
顺治帝执政期间，达赖喇嘛与清朝的关系又有了新的发展。1644年（顺治元年），清军正式定鼎燕京，顺治帝采纳顾实汗建议，遣使往迎达赖喇嘛。1647年（顺治四年），达赖、班禅各遣使献金佛、念珠，表颂功德。次年，顺治遣使赍书侯达赖，并再次敦请。达赖复书，预定于顺治九年朝觐。清廷对达赖的朝觐极为重视，特命和硕承泽亲王硕塞等往代噶（即代海之滨，代海在呼和浩特市东南百里左右）亲迎达赖，修筑黄寺为其下榻之处。顺治九年三月，五世达赖由进藏迎请的清朝官员陪同从西藏出发，随行的蒙古、藏人多达三千名，达赖进入青海境内，顺治帝派遣官员沿途欢迎，并由国库发给口粮，不久又赐达赖乘坐金顶黄轿。九年十二月十五日，达赖在北京南苑谒帝，帝命赐座赐宴，达赖进贡马匹方物，帝立命户部拨发给达赖布施银九万两，并安排达赖住于特为他建造的黄寺。1653年（顺治十年）二月，达赖辞归，顺治帝又赐宴于太和殿，并赐金银、缎匹、珠玉、鞍马等，命和硕承泽亲王率八旗兵送至代噶。顺治十年四月，遣礼部尚书、理藩院侍郎等，赍送满、汉、藏三种文字的金册、金印，在代噶封达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。顺治帝赐予五世达赖的封号，是沿袭、参仿元明对西藏番僧的封号及俺答汗赠送的尊号，加以修改而成的。
顺治帝所封五世达赖的尊号，包括两个部分。第一部分是“西天大善自在佛所领天下释教”，与元制相比，达赖之权有所缩小，“所领天下释教”，其藏文的意思是“在一个广大的范围内”，即不能管辖广大汉族地区的佛教弟子，并非全国佛教领袖。但与明制相比，顺治帝授予他更大的宗教权力，使他的管理范围扩大了很多，他是整个藏族地区（西藏、甘青藏区、川康藏区）佛教的领袖；顺治帝赐予五世达赖封号的第二个部分是“普通瓦赤喇怛喇”，是袭用百余年前俺答汗赠与三世达赖的尊号，只不过将“识一切”，改为“普通”而已，即尊达赖为佛教中“达到最高成就的、超凡入圣的海上师”。达赖没有管辖藏区行政事务之权，非藏王，而只是藏区的宗教领袖，政教是分离的，皇上将辖地政务之权授给了顾实汗。
顺治帝册顾实汗的金册、金印，是用的满、汉、蒙古三种文字之金册、金印，敕封他为“遵行文义敏慧顾实汗”。将管辖藏区军政事务之权，授予了顾实汗，正式承认顾实汗是藏区之汗，是藏区军政事务的领袖。
清朝皇帝都很尊崇和优待达赖喇嘛，这是出于他们政治上的需要。达赖不仅是西藏政治、宗教领袖，而且他所推行的佛教格鲁派（黄教）得到蒙古各部的普遍信仰。尊崇他，不仅能结好西藏，且可借以抚绥蒙古。此时西藏虽然归顾实汗统辖，番僧藏民信仰达赖，但通过达赖和顾实汗的朝贡和清帝对他们的册封，表明了二者之间已经是君臣关系，正式确立了西藏地方政权对清朝中央政府的隶属关系，在西藏形成了政教分治、蒙藏统治者联合掌权的局面。
顾实汗死后，其子达延汗、达赖汗兄弟相继主持西藏政务，至1701年（康熙四十年）达赖汗死，其子拉藏汗继位。和硕特贵族主藏政达六十年，不可避免地产生了与西藏当地上层人物之间的冲突。这时，达赖喇嘛的势力也在扩张。1643年，动工扩建布达拉宫，使之成为全藏的宗教圣地，又令其他教派改宗，扩大黄教势力，增加黄教的寺院和僧众，并直接和清朝皇帝联系。在蒙古汗王缺位的情况下，任命“第巴”，取得行政官员的任免权。五世达赖任用了他的近亲、大农奴主桑结担任第巴（最高的行政长官），致使桑结逐渐掌握了西藏的主要行政权力。
1682年（康熙二十一年），达赖五世逝世，第巴桑结秘不发丧，冒用达赖的名义，独掌西藏的政教大权。第巴桑结支持噶尔丹的叛乱活动，当喀尔喀数十万部众受噶尔丹侵袭而南迁，康熙谕令达赖五世派使节去噶尔丹处劝其罢兵，而桑结却派济隆喇嘛去怂恿、唆使噶尔丹南侵；乌兰布通之战噶尔丹被击败，桑结又冒用达赖名义派济隆等去清军主帅营中，为噶尔丹游说，使噶尔丹得以逃出重围。桑结更妄图使西藏独立，脱离祖国，以达赖名义上书康熙，请求清政府给自己封爵。康熙一时未察觉，封桑结为图伯特王（藏王）。噶尔丹败死，桑结的阴谋暴露，康熙愤慨地下谕严斥桑结，并表示如桑结不认罪，将派大军征伐西藏。这样，桑结才不得不承认五世达赖早已身故十几年的事实。康熙要求第巴继续遵循宗喀巴道法，并指出了改过自新之路。第巴接到谕旨，诚惶诚恐，态度极为恭顺，并一一应允了康熙要求之事。康熙对第巴的态度颇为满意，宽宥其罪，不对西藏用兵。
康熙不信佛教，不是教徒，而是政治家。他之所以维护宗喀巴道法，是用它统一信仰黄教的各族、各派政治势力的步调，稳定边疆局势，巩固清朝统治。也就是说，康熙允许在不同的地区、不同的民族有不同的信仰、不同的道法；这样，皇帝便不仅是一族一教的护法主，而是各族各教的共同护法主，“各行其道”是这位天下共主所推行的适应统一的多民族国家需要的比较开明的民族宗教政策。
康熙年间，还发生了真假达赖喇嘛之争。第巴桑结在1697年（康熙三十六年）公布五世达赖去世消息的同时，宣布转生已找到，即1683年（康熙二十二年）降生，年已十五岁的仓央嘉措。本年十月二十五日，正式迎仓央嘉措到布达拉宫坐床，是为六世达赖喇嘛。新立的达赖六世，虽才华出众，却不是虔敬的佛教徒，而是风流倜傥的诗人。他十分厌倦布达拉宫里清教徒式的禁欲生活，一心追求自由、放任的爱情。这位六世达赖喇嘛遭到第巴桑结的政敌和硕特汗的反对，被视为假达赖喇嘛。其实，真假达赖喇嘛之争是表面现象，是导火线。它所反映的实质问题是藏蒙各派政治势力争夺西藏统治权的矛盾。桑结任第巴伊始，就对蒙古汗干涉西藏政务心怀反感。受封土伯特国王后，权势日重，更急于独掌西藏大权，摆脱和硕特汗。1701年（康熙四十年），达赖汗去世，其子拉藏汗继承汗位后，与第巴桑结的关系日益恶化。双方终于发生冲突，第巴失败被杀。拉藏汗另立第巴，并陈奏康熙皇帝假达赖喇嘛情由及事件经过，请予废除。
虽然拉藏汗与第巴桑结势不两立，但他们都服从朝廷，都力争得到朝廷的支持和加封。康熙也利用忠于清王朝的地方势力稳定对边疆地区的统治，巩固国防，不愿与其中任何一派决裂，所以经常在他们对立的两派之间谋取平衡。给第巴桑结封了土伯特王，并册封了他所确立的六世达赖喇嘛。然而，当拉藏汗杀了第巴桑结、左右着西藏局势、要求“废立”六世达赖喇嘛时，康熙又继续承认并支持拉藏汗在西藏地区的统治地位，派使册封拉藏汗为翊法恭顺汗，赐金印，并令拘假达赖喇嘛赴京。
