就在这千钧一发的时刻，1935年10月19日，毛泽东、党中央率中央红军，经过二万五千里长征，胜利到达西北苏区的吴起镇，与红二十五军会师了。
正当毛泽东紧张地布署直罗镇战役时，吴起镇工农民主政府的几个干部和保安游击队支队长张明科找到毛泽东，向他反映了一个严重的情况：一个多月来，刘志丹、习仲勋、高岗等大批负责同志被捕，有的甚至被杀害了，广大干部群众无比义愤，希望党中央公道处理。
毛泽东仔细地倾听了他们的介绍，立即指出要赶快停止捕人，刀下留人。他说：我们刚刚到陕北，仅了解到一些情况，但我看到人民群众的政治觉悟很高，懂得许多革命道理，陕北红军的战斗力很强，苏维埃政权能巩固地坚持下来，我相信创造这块根据地的同志们是党的好干部，请大家放心，中央会处理好这个问题的。
随后，毛泽东与周恩来交换了一下看法，均觉事情很严重，弄不好，会导致根据地的剧变。于是，立即派李维汉、贾拓夫两人携带电台，作为先遣队去寻找西北代表团及陕甘晋省委。
与此同时，西北代表团和陕甘晋听说中央到后，也迅速派程子华、郭洪涛为代表，前往吴起镇方向迎接。
在甘泉下寺湾，双方相遇。李维汉和贾拓夫等人从郭洪涛处，得知西北苏区正在对红二十六军和原陕甘边党组织进行肃反，刘志丹等主要领导人确已被捕，立即电告中央。这样西北苏区肃反问题进一步得到证实。
亲眼目睹过中央苏区血腥大清洗的毛泽东收到电报后，立刻下令：停止捕人，停止审讯被捕的同志，停止杀人，一切听候中央来解决。
10月底，党中央、毛泽东到达下寺湾，听取了郭洪涛的汇报。
党中央在下寺湾召开会议，决定张闻天、博古、刘少奇、邓发、董必武和李维汉率中央各机关移驻瓦窑堡办公，处理中央政治局常务会议规定的各项事宜。同时，命王首道、刘约三等立刻奔赴瓦窑堡，全速查处西北苏区的肃反问题。
临行前，毛泽东特地找来王首道等人，语重心长地对他们说：
杀头不能像割韭菜那样，韭菜割了还可以长起来，人头落地就长不拢了。如查我们杀错了人，杀了革命的同志，那就是犯罪的行为，大家要切记这一点，要慎重处理。
遵照毛主席的指示，王首道等赶到瓦窑堡，立即接管了由戴季英控制的西北政治保卫局，把事态控制下来，以免进一步恶化。然后，代表党中央审阅了戴季英提供的案卷，并进行了深入细致的调查研究。
大量的事实证明，刘志丹等同志绝不是什么“右派反革命”。所谓的“罪状”，也只能证明刘志丹等同志坚持了正确路线；所谓的“口供”，除极少数是坏人故意捏造事实，蓄谋破坏外，其余都是逼、供、信的结果。
当时中央提名组成在博古指导下的五人“党务委员会”负责审理此案。11月中旬，直罗镇战役胜利后，党中央、毛主席来到瓦窑堡。王首道立即将审查“刘志丹案件”的情况向毛主席、党中央作了详细的汇报。
党中央、毛主席肯定了王首道的结论，并严肃指出：“逮捕刘志丹等同志是完全错误的，是莫须有的诬陷，是机会主义‘疯狂病’，应予立即释放。”
过了几天，首批释放了受诬陷被捕的刘志丹、习仲勋、杨森、杨琪、张秀山、刘景范、任浪华、孔令甫、高锦纯、赵启民、胡彦英、黄罗斌、郭宝珊、高朗亭、朱奎、王据德、王佳娃、高岗共18人。
当天下午，召开会议，王首道代表五人委员会当众宣布：
刘志丹等同志是无罪的，党中央决定立即释放！
关于刘志丹冤案的平反经过，王首道在回忆录里记述详尽：
当时，直接审理刘志丹同志案件的是戴季英，他当时任后方军事委员会主席兼陕甘边区保卫局的局长。我们一到瓦窑堡，他就拿出许多案卷来，作为刘志丹等同志是“右派”、“反革命”的“证据”。我们按照毛主席要“慎重处理”的方针，并不轻信这些案卷，立即进行调查访问。
据调查了解，刘志丹同志从青年时代起就投身革命，1925年加入中国共产党，受党委派到广州黄埔军校学习，积极参加反对帝国主义和北洋军阀的斗争。大革命失败后，1928年，他和其他同志一起组织领导了陕西渭南、华县的武装暴动，后来又到陕北开展游击战争。“九·一八”事变后，志丹同志曾先后担任西北反帝同盟军、中国工农红军陕甘游击队和红二十六军的领导职务。他是陕北革命根据地的创始人。在他和谢子长等同志的领导下，多次粉碎了国民党反动派对陕甘边区革命根据地的“围剿”，使这块根据地有了迅速的发展。1935年9月，原在鄂豫皖革命根据地的徐海东、程子华同志率领红二十五军长征到陕北，与红二十六军、二十七军胜利会师，改编为红十五军团，刘志丹同志与徐海东等同志共同指挥作战，在甘泉的劳山、富县的榆林桥打了两个大胜仗，消灭了敌人一个师和四个营，给“围剿”根据地的敌人以沉重打击，为毛主席、党中央和中央红军落脚陕北创造了条件。从他的全部历史和全部工作看，志丹同志一贯是坚定不移、忠心耿耿的共产党员。像这样一位同志，怎能说成是“右派”、“反革命”呢？
我们又了解到，志丹同志和群众的关系非常密切。他对陕北许多村子有多少人家、多少窑洞，都记得一清二楚。他处处关心群众生活，不管斗争多么艰苦，总是教育干部和群众不要拿群众一针一线。他在陕北群众中有很高的威望，人们亲切地称他“老刘”，千方百计地给“老刘”的部队以支持和掩护。正因为有了这种鱼水相依的关系，陕北根据地才能在艰难困苦中建立和巩固下来。我们一到陕北，就听到了当地流传的一首民歌：
“正月里，是新年，陕北出了个刘志丹。刘志丹来是清官，他带队伍上横山，一心要共产……”
这首民歌充分体现了陕北人民对志丹同志的高度信任和无比热爱。一个深受广大人民拥护和爱戴的群众领导，又怎能是一个“右派”和“反革命”呢？
我们又进一步调查了志丹同志被捕的经过……这里，刘志丹同志表现了一个真正共产党员的光明磊落的气概。
在掌握了大量事实之后，我们就向戴季英提出：如果刘志丹他们这批干部都是反革命，那么这块革命根据地是怎样建立和发展起来的？这里的对敌斗争是怎样坚持下来的？对于这些问题，他都答不上来。但他仍顽固地坚持有案卷、口供为据。我们仔细地阅读了那些案卷，发觉其中所列举志丹同志的“罪状”都是不能成立的。所谓刘志丹执行“富农路线”，是指他在土改中，对地主不搞肉体消灭，给富农以生活出路；所谓“梢山主义”，是指他坚持农村割据，开展游击战争，不攻打大城市；所谓“投降主义”，是指他在统战工作中团结国民党中的爱国人士，等等。显然，这些“罪状”，只能证明刘志丹等同志坚持了正确的路线。我们还继续提问了几个所谓“犯人”，当他们知道我们是党中央、毛主席派来的时候，就敢讲真话了。经过再三审查，证明所谓“口供”中，除极少数是坏人故意捏造事实，蓄谋破坏外，其余都是逼供信所造成的结果。
同干部本人谈话，是了解干部的重要途径之一。志丹同志被捕时，戴季英没有让他说一句话，就将他关押起来了。我们亲自访问了志丹同志，他是“首犯”，带着手铐，还钉了脚镣。他说：“我承认是有错误的，组织审查是应该的。但我是光明磊落的。红二十五军来到了陕北，对我们帮助很大，现在中央又派人来，我非常高兴。”在王明“左”倾机会主义路线的残酷迫害下，志丹同志丝毫不考虑个人的得失和安危，而是一心想着党的事业。
刘志丹等获释的消息迅速传遍了陕北。广大军民奔走相告，欢欣鼓舞，热烈欢呼：“刘志丹同志得救了！”“陕北得救了！”
一场巨大的内部危机迅速消弥于无形。
志丹同志出狱后，毛泽东和周恩来亲自接见了他，并详细询问了他的健康情况。
毛泽东意味深长地说：
“志丹同志，你受委屈了！但对一个革命者来说，坐牢是一种考验，又是一种休息。”
周恩来在旁风趣地说道：
“‘左’字号的监狱，也‘左’得出奇哪！”
毛泽东接着又补充道：
“陕北这个地方，在历史上是有革命传统的，李自成、张献忠都是从这里闹起革命的。这地方虽穷，但穷则思变，穷就要闹革命嘛！这里群众基础好，地理条件好，搞革命是个好地方呀！”
刘志丹听了，喜悦万分。他汇报了陕北的工作，并表示，要坚决跟党走，将革命进行到底！
不久，毛主席、党中央任命刘志丹为西北革命军事委员会副主任、北路军总指挥和红二十八军军长。1936年初，刘志丹率部渡河东征，取得了许多战斗的胜利。4月中旬，在围攻山西中阳三交镇的战争中，不幸中弹牺牲，为党为中国人民的解放事业献出了宝贵的生命。
一代名将，终于实践了他捐躯沙场、马革裹尸还的诺言。
在释放了刘志丹等一大批陕甘边党、政、军负责人之后，为彻底制止肃反中的乱捕乱杀现象，11月26日，中共西北中央局颁布《审查肃反工作的决定》，指出：陕甘晋省委个别领导同志在肃反斗争中犯了小资产阶级的“极左”主义和“疯狂病”的严重错误。这种错误混淆了斗争的目标，分散了斗争的力量，以致在某些地方党内与部队内造成了严重的恶果，客观上帮助了反革命派。各级党政机关必须立即改组过去的政治保卫局，纠正肃反工作中的“极左主义”与“疯狂病”，加强党对保卫局的领导，健全保卫局的组织与工作，调选政治立场坚定的从群众斗争中出来的干部，担任保卫局的负责工作。
同时，为严明党纪，11月30日，中共西北中央局党务委员会作出了《关于戴季英聂洪钧二同志在陕甘边区肃反工作中所犯错误处分的决议》，决定给直接执行肃反扩大化的戴季英，聂洪均以纪律处分。
决议指出：
西北苏区肃反错误的主要责任，应由当时主持全部肃反工作的戴季英（当时的保卫局长），及在前方主持肃反工作的聂洪均（当时的军委主席）二同志负责之。戴季英同志在保卫局工作上还犯了许多严重错误，本应受到党的最严重的处分，因考虑到他长期参加国内战争，为党工作很久，特决议从轻给予他以最后警告，对聂洪均同志以严重警告。
