了解完鸟类的一些特征，叮叮和当当又将万能电子魔盒高高举起，喊道：“万化神通。”立刻，魔盒内壁上又出现了各种文字和图案，闪闪发光，最引人注目的就是“鸟类的始祖究竟是什么生物”几个大字，下面密密麻麻的小字全是关于鸟类起源假说的内容。
叮叮、当当用手一点，屏幕上就出现了下面的这些知识……
鸟类起源于中生代的一支古爬行动物。从1861年发现第一件始祖鸟标本以来，这种既有爬行动物骨骼特征，又具有鸟类特有的羽毛的动物，一直被认为是最早的鸟类代表。通过对始祖鸟的研究，无可争议地证明鸟类是起源于爬行动物的。
鸟类的起源主要有三种假说：
1.鳄类起源说
这种假说从诞生起就一直没引起多少关注。
2.槽齿类爬行动物起源说
丹麦古生物学家海尔曼在《鸟类的起源》一书中提出，鸟和恐龙虽然十分相似，但恐龙因为已经十分特化（动物在进化过程中，为了适应环境，专门向某一方面发展。特化了的动物不可能再改变发展方向，例如现代的类人猿已经特化，不能再变成人），所以鸟类可能不会从恐龙直接起源，而是和恐龙有一种共同的祖先，这就是槽齿类。所谓槽齿类，就是说比恐龙更加原始的一种化石类群。这个类群被认为是产生了恐龙、鸟类、鳄鱼等现代一些主要的脊椎动物大类群，它可能在比侏罗纪、白垩纪还要早的三叠纪出现。
这种学说从提出来以后，一直盛行了大半个世纪，至今仍有一些支持者，特别是鸟类权威，他们认为恐龙胸前不具有鸟类特有的义骨；另外，恐龙腰臀部的骨骼、牙齿、距骨等虽与鸟类有些相似，但不具有同源关系，因此不能用来证明两者的系统关系。
3.恐龙起源说
鸟类恐龙起源说历史较为久远，在始祖鸟化石发现几年之后，达尔文的好友赫胥黎就提出鸟类和恐龙非常相似，并于1870年在伦敦地质学会上发表了这一观点。但当时很多人进行了反驳，认为这些相似性是趋同进化的结果。而趋同演化是生物学上一个有趣的现象，意思就是说源自不同物源的两种生物类别，因为类似的需求，发生相近甚至一致的演化现象。一直到1970年，美国古生物学家奥斯特罗姆详细研究了发现于北美早白垩世的一种驰龙类恐龙—恐爪龙。他详细对比研究了恐爪龙和始祖鸟，发现了两者之间有大量的相似性，于是，他据此提出鸟类不仅和恐龙关系密切，而且鸟类就是直接由小型兽脚类恐龙演化而来。
古生物学家们在亚洲的蒙古和中国，南美洲的阿根廷和非洲的马达加斯加等地，发现了大量的化石证据支持鸟类恐龙起源说。大多数古生物学家认为，鸟类起源于兽脚类恐龙这一假说，从形态学和系统学研究的角度讲都是不容置疑的。
