康熙五年正月，隶属镶黄旗的鳌拜突然提出：“八旗自有定序，镶黄旗不当处右翼之末，当与正白蓟、遵化、迁安诸州、县分地相易。”从而揭开了这场换地之争的序幕，又一次挑起了上三旗内部的无情厮杀。
四大臣中，索尼虽已年老，对朝中政事并非胸无主见，对鳌拜的日益专横，他也十分厌恶。但这次鳌拜“立意更换”两旗土地，目的还在于打击白旗势力，排斥苏克萨哈，因此，与多尔衮结有旧怨的索尼并不反对鳌拜此举。事事附和鳌拜的遏必隆，明知换地并不符合镶黄旗的根本利益，开始并不赞成调换土地、房产，想阻止鳌拜的行为，但他一向惧怕鳌拜，不敢与他相抵牾，结果还是同意了鳌拜的主张。
得到索尼和遏必隆的支持，鳌拜立即以八旗名义上奏户部，呈请更换土地。
大学士、户部尚书苏纳海隶属正白旗，根本反对鳌拜的主张，认为土地分拨已久，且康熙三年曾有民间土地不许再圈之旨，因而以“不便更换”为由将八旗移文驳回。鳌拜明白，这是苏纳海不肯阿附自己，便称旨要议政大臣会议讨论此事，随后，又矫旨派出自己的亲信贝子温齐，以各旗地“沙压水淹，不堪耕种”，“镶黄旗地尤不堪”复奏。鳌拜一伙又据此称旨：“永平府周围地亩未经圈出，应令镶黄旗移住，田亩、房屋应照翼给与，将镶黄旗移于左翼，仍从头换次拨给。至各旗不堪地亩作何分别，圈占之地作何补还，镶黄旗地作何料理，著户部酌议。”
这时，户部对鳌拜换地的做法已无力阻止，只得对其要求逐一重议。四月，户部提出了两议，主张全面编排八旗土地，尤其适度分拨镶黄旗地，同时照顾正白旗利益。鳌拜立即称旨，判定拨给镶黄旗大量土地，其余问题，待镶黄旗迁移事竣后再议。鳌拜急于完成这个换地计划，尽管开始以人旗借口提出，至此务求镶黄旗独占利益的目的已暴露无遗。尔后即令苏纳海会同直隶、山东、河南三省总督朱昌祚、巡抚王登联一起，前往镶黄、正白两旗所在地，开始办理这起圈换土地事宜。
换地令一出，立即引起朝野的纷纷议论。不仅隶属正白旗的各级官员坚决反
对，镶黄旗内也有人不同意这次大迁移。二十年来，旗民大多各安其业，房屋、祖坟、村落都已形成规模，一旦更易，一切都要抛舍；再者，即使镶黄旗之地，原也有肥腴、硗薄之分，只有将硗薄地易为肥腴，才值得一迁，否则，以硗薄易硗薄，甚至以肥腴易硗薄，都是得不偿失。事实上，黄、白两旗的旗民大都一致反对这次圈换土地之举。
圈地令下，各旗民、百姓惶恐不可终日。圈过的土地仍然肥瘠不同，各旗官丁都争厚弃薄，相持不下。镶黄旗章京不肯受地，正白旗包衣佐领下人不肯指出地界。当时已到旧历十月，各旗率领旗民脱离故土，沿村栖住，穷人已冻饿不堪。
蓟州、遵化等待圈换州、县，一听到圈地令，都抛荒不耕，方圆四五百里，二麦全无播种。丰润、滦州等地，更是“荒凉极目，民地之待圈者寸壤未耕，旗地之待圈者半犁未下。恐明岁春夏青黄不接，无从得食”。至于汉民百姓，更是苦楚不堪，听到圈地之信后，百姓们知旧业难守，粜粮杀鸡，折树为薪，欲迁移却无栖泊之处，处处都是无业流民，不下数十万。这次以换地为名义一次掀起的圈地高潮不仅引起了上三旗内尖锐的冲突，更严重的是造成八旗旗民和汉民百姓极大的不安和困苦。
接到圈丈土地的圣旨后，总督朱昌祚立即前往蓟州，每日率僚属会同户部京官和旗下章京，从城壕边圈起，每一房一地依次圈丈。然而，他在圈地中亲闻目睹了旗民百姓所遭受的痛苦和各旗官丁产生的冤怨，以及这次大规模圈换土地给国家造成的巨大损失和引起的社会动荡，以至于圈丈将近一月，依然“茫无就绪”。
不得已，只好于康熙五年十一月打道回府，亟请停止。他在奏疏中说：“所在惊惶奔诉，哭诉失业者殆无虚日”，“每日据士民环门哀吁：有称州、县熟地昔年圈去无疑，今之夹空地土皆系圈剩荒芜洼下……有称关厢大路镇店房屋所居人民，皆承应垫道、搭桥、摆渡、修塘，以供皇陵运料车辆及一切公差杂役者；有称新经被圈之家，即令搬移别住，无以投奔者……哀号乞免，一字一泪。”并担心：
“京东郡邑，旗下换地兵丁、州县失业穷民，合而言，不下数十万，田地荒芜，粮草尽绝，资生奚赖，岂无铤而走险者？万一地方有事，此臣之责任所关，又安敢畏忌越分建言，不以上闻者？”疏中恳请“断自宸衷，即谕停止”。
与此同时，王登联也在疏中力言“所在田地，极目荒凉”、“妇子老幼，环泣马前”之状，并指出互换圈地后所造成的徭役困难。“乞饬部臣从长酌议，俾两
旗各安旧业，畿东亿万姓俱免播迁”。
苏纳海则以屯地难以丈量，希望皇帝明诏禁止。就这样，苏纳海又一次得罪了鳌拜。
一时之间，举朝上下都在议论勘地之扰。风声传入后宫，孝庄文皇后听到后十分生气，在康熙皇帝朝见太后时，她非常严厉地批评了辅臣再次圈地扰民，并提出要立即制止此事。康熙皇帝也很反对这次圈换土地的做法，但对这群一向目无君上的辅臣无可奈何，无力阻止他们的一意孤行。
苏纳海、朱昌祚、王登联不肯遵旨圈地却擅自返京，并上疏停止圈换的举动，大大惹恼了独断专行的鳌拜。恰逢朱昌祚的奏疏于皇太后责备此事之后进上，又事先交苏纳海过目，鳌拜得知后十分吃惊，怀疑是苏纳海暗中指使，决意以严惩来报复这次“抗旨”。他立即下令，差人将三人禁守，并将同去勘查圈丈的三位镶黄旗副都统也囚禁起来。
康熙五年十二月十四日，经吏部、兵部议复，大学士管户部尚书事苏纳海以“观望迟误，不尽心于奉旨责成之事，革职交刑部。总督朱昌祚、巡抚王登联，将奉旨已定之事不钦遵办理，妄行纷更具题，亦革职交刑部。刑部议复，以律无正条，拟对三人鞭百，籍没家产”。
鳌拜犹不解心中之恨，坚持要处死苏纳海、朱昌祚、王登联三人。索尼、遏必隆都表示附和，但苏克萨哈不同意。
十二月，康熙皇帝亲自召四辅政大臣询问此案，他明白，鳌拜因为苏纳海始终不肯阿附自己，朱昌祚、王登联又备陈旗民不愿圈换地亩之原因而坚决要求停罢，使鳌拜无法达到目的，鳌拜定要置三人于死地而后快。果然，鳌拜亟言三人罪情重大，必置重典，索尼、遏必隆随声附和，唯有苏克萨哈默默无言。
康熙皇帝原本并不支持这次圈换地，因此以不按律为由不允所奏。鳌拜自康熙皇帝处出来，即称旨：“苏纳海若有意见，即应陈奏。既奉差拨地，种种奸巧不愿迁移，迟延藐旨；朱昌祚、王登联身为总督、巡抚，各有专任职掌，拨地事不照所委料理，妄行具奏，又将奏疏与苏纳海看，且疏内不止言民间困苦，将旗下不愿迁移之处一并具题，情罪俱属重大。苏纳海、朱昌祚、王登联俱着即处绞，其家产籍没。”
就这样，苏纳海、朱昌祚、王登联成为黄、白旗之间，满洲贵族首领之间争
权夺势、相互倾轧的牺牲品。
以自己一人一旗之私利，即导致朝中三位大臣丧命，鳌拜滥施辅臣大权、草菅人命的凶狠和狂妄更加暴露。对于三位大臣的冤情，索尼和遏必隆当然心中有数，但为了打击对手苏克萨哈、遏制正白旗势力的发展，他们只有借助鳌拜的力量，以巩固自己和两黄旗在朝廷中的优势地位。苏纳海等三人的被杀，引起京城内外乃至八旗内部的强烈不满，“行刑之日，旗民哀之”，京城百姓也都为苏纳海等三大臣感到冤屈，甚至有人专门作诗著文悼念他们。
黄、白两旗的换地之争，以鳌拜为首的两黄旗占据了绝对的优势。三大臣被杀后，鳌拜立即称旨，追论苏纳海族人、隶属正白旗的原任户部尚书英武尔代之罪，严责其当年划分圈地时将镶黄旗应分之地拨与正白旗，并将镶黄旗置于右翼等罪过。尔后，即派巴格等人重新圈拨土地。镶黄旗共迁壮丁四万六百余人，圈拨正白旗旗地及民地二十万三千晌；正白旗迁移壮丁二万二千六百十一人，划拨土地十一万一千八百〇五晌。
康熙初年的两旗换地之争，终于以镶黄旗全面胜利、三大臣抗旨丧命而告结束。鳌拜的势力一下子在满洲上层贵族内部得到了前所未有的扩张。他不仅屡屡矫旨，无视皇帝和太皇太后，并且将议政王大臣会议和吏部、户部、刑部紧紧抓在自己手中，成为他谋求权力、打击异己的可靠工具。
然而，事情并没有就此结束，围绕鳌拜与苏克萨哈二辅政大臣之间残酷的角斗不仅没有停止，并在第二年达到了高潮。
康熙六年，康熙皇帝年已十四岁。三月，首席辅政大臣索尼上疏，提出顺治皇帝十四岁开始亲政，现今皇帝的品行、年龄都与当时的顺治皇帝相仿，所以请皇帝亲秉帝权，由辅臣协助皇帝理政。
索尼上疏，一方面是由于少年皇帝已基本长大成人，有能力亲理朝政；更重要的是，他这个谙于宫廷政治的老人已深深感到朝中正酝酿着一场巨大的政治危机。
作为首席重臣，索尼受到康熙皇帝和太皇太后的信任，康熙四年九月，太皇太后亲自将索尼孙女、内大臣噶布喇之女赫舍里氏册封为皇后，为康熙皇帝完成了大婚典礼。鳌拜与苏克萨哈得知消息后心怀妒忌，认为“若将噶布喇之女立为皇后，必动刀枪，满洲下人之女，岂有立为皇后之理？”苏克萨哈甚至以“年庚
不对”至太皇太后面前阻拦启奏。辅臣遏必隆更加失望，他的女儿钮祜禄氏本与索尼孙女同时选入宫中，遏必隆朝思暮盼，企望女儿有朝一日成为皇后，如今梦想告吹，心中甚是怏怏不乐，阻拦启奏时，他也与苏克萨哈、鳌拜共同前往。结果，非但没有达到各自的目的，反而得罪了索尼，从此，原来曾受过多尔衮白旗无情打击的索尼对苏克萨哈更加嫌恶，因而当鳌拜多次矫旨，不择手段地挑起换地事端、擅杀三大臣、借以打击苏克萨哈时，索尼心怀宿怨，默许姑息，借鳌拜之手压制白旗，同时也报复了苏克萨哈。
然而他又对鳌拜的日益放肆张狂不无忧虑：一场流血的换地之争使鳌拜一跃而为四辅臣中最具实力的强硬人物；遏必隆对鳌拜只是唯唯诺诺，随声相附，从无主见；苏克萨哈原本便与鳌拜事事相忤，如今更是旧隙添新仇，势不两立；加之自己年老力衰，身染重病，担心一旦自己不行，这种表面上的辅臣联合秉政的局面便无法维持下去。因此，索尼及时地提出由康熙皇帝亲理朝政。
索尼的担心并非没有道理。换地之争，鳌拜每每称旨、矫旨，借康熙皇帝打击异己，独揽朝政，以致原来稍事平息的黄、白旗之间的矛盾冲突日趋尖锐，变得难以调解。从此四辅臣根本无法正常坐在一起共同理政，这一切都迫使这位青年皇帝下决心走上亲政的道路。
康熙六年七月，康熙皇帝“躬亲大政，御太和殿，文武官员上表行庆贺礼”，辅政大臣仍行佐理。
此前，索尼已于六月病逝，辅政大臣只剩下三人。鳌拜目中并无这个刚刚亲政的皇帝，他靠自己的亲信和黄旗的支持，仍紧握辅政大臣的权力，不愿归政。
他执意要将康熙皇帝变成听凭自己摆布的傀儡。他要借康熙皇帝的手，除掉苏克萨哈这个心腹之患，除掉自己独掌政权的最后障碍。
苏克萨哈本为一刚愎自用的草莽武将，平日意气凌轹，朝中大臣对他多有畏惧。四大臣中，他是唯一出身于正白旗者，黄、白旗间的旧日隔阂，经过康熙初年换地之争日益加深，在他和索尼、遏必隆及鳌拜之间已形成不可逾越的鸿沟，两黄旗的三位大臣对他始终藐视，加之他曾对索尼孙女被册封之事公开表示不满，平日与鳌拜更是动辄反目，在满洲上层贵族统治者眼中，他不过是一个得太皇太后宠爱的粗人。
鳌拜在圈地之议遭苏克萨哈、苏纳海、朱昌祚、王登联阻止后恼怒之极，以
为苏纳海隶属满洲正白旗，朱昌祚隶属汉军镶白旗，“与苏克萨哈系一体之人，将他灭戮，削去苏克萨哈一手一足”。苏纳海、朱昌祚、王登联的论罪，使苏克萨哈的势力大大削弱，他深深感到，自己已无力与鳌拜相抗争，但他仍不愿向鳌拜妥协。康熙六年，弘文院侍读熊赐履上疏，直言朝政积弊。鳌拜心中极为不安，多次派人对苏克萨哈说：“恐御前有奸恶之辈，暗害忠良，我等应将太祖、太宗所行事例敷陈。”苏克萨哈反应非常冷淡，不肯列名复奏，却经常“自行启奏”，要求皇帝早日亲政，并向太皇太后表示：“夕归政于皇上，朝即具疏恳往陵寝居住。”
七月十三日，苏克萨哈上奏疏，自言“才庸识浅，蒙先皇帝眷遇，拔援内大臣……不意恭奉遗诏，臣名列于辅臣之中。臣分不获死，以蒙昧余生，勉竭心力，冀图报称。不幸一二年来身撄重疾，不能始终效力于皇上之前……伏乞睿鉴，令臣往守先皇陵寝，如线余息，得以生全，则臣仰报皇上豢育之微忱可以稍尽矣。”
苏克萨哈的本意是表达自己交回辅臣大权、归政于皇帝的心愿。然而，事与愿违，苏克萨哈为此付出了最大的代价，因为他的这一行动不啻将了鳌拜一军。恰在此前，遏必隆也多次表示要归政于康熙皇帝，从而使得鳌拜陷入进退失据的境地。
一旦皇帝批准了苏克萨哈的请求，鳌拜与遏必隆也将面临交出辅政大权的结局，多年来他精心编织的专权美梦，结党营私、打击异己开创下的局面都将付诸东流。
他当然不甘心，决定彻底除掉这个对手。
苏克萨哈的奏疏是康熙皇帝宣布亲政的第七天呈上的，当时朝纲政务尚未清理，年轻的康熙皇帝尚无法运用自己的权力，苏克萨哈选择这个时机拂袖而去，无疑是一种不明智的做法，不仅康熙皇帝无法理解，朝野上下也多有责备之声，形势一下子变得十分糟糕。
鳌拜随即称旨发难：你们受先皇帝遗诏，辅政七年，现在我正要用你们出力，苏克萨哈却奏请守陵，以度余生，不知有何逼迫之处？在这里又有何无法生存的问题？
苏克萨哈及其子孙、兄弟立即尽遭拘捕系狱，鳌拜又授意亲信班布尔善绞尽脑汁，网罗罪名。在遏必隆的马圈里，这伙人经过多次密谋，终于拼凑出二十四大罪状，并借议政王会议之名呈奏康熙皇帝。这二十四条罪状中，有些确系苏克萨哈平日所犯之罪，如藐视少年皇帝等，但绝大部分显系强行编织，夸大其辞，
牵强附会，断章取义。议政大臣会议提出，苏克萨哈“怀抱奸诈，存蓄异心，欺藐主上，种种任意诡饰之罪甚大”，应将苏克萨哈革职，凌迟处死；其子内大臣查克旦不行劝阻，革职，亦凌迟处死；其余如一等侍卫塞黑里、郎中那塞、苏克萨哈之子、侄、亲弟之子等，无论已到岁数、未到岁数，“皆斩立决”；其家产籍没，妻孥一并交内务府，其侄孙并家产一并籍没为奴。另有苏克萨哈之亲信、心腹白尔黑图等三人亦拟革职，斩立决。
康熙皇帝明白，鳌拜怨恨苏克萨哈，一向同他争辩是非而积以成仇。这累累“罪状”，无非要借机罗织罪名，置苏克萨哈于死地。因此，康熙皇帝以“核议未定”为由，不批准议政王大会的奏请。
由于翦除仇人十分心切，鳌拜急不可耐地向康熙皇帝施加压力。他在皇宫院子里肆无忌惮地挥臂喊叫，迫使这个政治经验尚不丰富的皇帝同意了他们的请求。苏克萨哈被处绞刑，他的四子十二孙尽遭杀戮，家中妇女、幼儿发遣为奴。
如果说一个屡建功勋于皇室、深得顺治皇帝、太皇太后信赖的朝廷重臣，仅以一纸辞呈便招致杀身灭族之祸，那么这与康熙初年发生在中原大地上的各起文字狱实在不无相像之处，只是这场发生在满洲上层贵族集团内的冤狱更具有明显的政治色彩罢了。苏克萨哈之死再次显现出：一方面，一股与皇权抗争的势力在极力控制刚刚亲政的康熙皇帝，迫使这位青年皇帝下最大的决心将其翦除；同时，随着苏克萨哈之死，满洲贵族内部的分裂日趋表面化并愈加尖锐，权臣擅政的基础已被破坏殆尽，在宫中曾经占主导地位的贵族保守势力被大大削弱，彻底实行封建皇权专制的条件已逐渐成熟。
七年前，由顺治皇帝和孝庄文皇后精心筹划的辅臣政治，终于因其自身潜在的无法调解的矛盾和日益残酷的自戕而走上绝路。随之而来的，是长达五十四年的康熙皇帝亲政的新时代。
康熙皇帝在登基七年后，终于亲操政柄了。然而此刻他的心中早已失去了当年的平静，摆在他面前的是一堆未了的难题和令人担忧的隐患。
几年来，四辅臣把持朝政，几乎取代了皇帝的权力，使入关以来建立的尚显稚弱的封建皇权变得更加衰微，取而代之的是满洲上层贵族集团，地位尤其特殊的上三旗各派势力益发严重的倾轧、争斗和对权力毫无遏制的追求。朝廷中，皇帝形同虚设，辅臣间刀斧相加，各派势力分门立户，朋党丛生。对中原地区，辅
臣们始终以维护满族旧制为宗旨，实行一系列压迫人民、反对汉化、坚持异族统治的强硬政策，以至到康熙六、七年间，全国各地天灾人祸接踵而至，刑狱繁兴，怨声载道。西南、南和东南边隅，吴三桂、耿精忠、尚可喜三藩各拥重兵，割据一方，分庭抗礼的野心日益彰明；台湾诸岛，郑氏大军已公然占据，自成政权，劝民力农，修武办学，开口通商；西北部则有蒙古准噶尔上层指挥的叛乱大军的威胁。
千头万绪之中，康熙皇帝首先要考虑的只能是亲理朝纲，然而他已经明确地感觉到，这并不容易做到，辅臣们仍在对抗。这一切都预示着紫禁城要发生一场始料未及的大事情。
早在康熙六年初，在四辅臣中最具有协调作用的索尼已预感到自己不久于世，提出请皇帝亲政。康熙皇帝对这个始终忠于皇室的四朝老臣备加褒扬，并谕吏部，要求对这个身染重病且又年迈的首席辅臣“特加恩宠，以示酬庸之典”。
索尼因而被晋一等公，与前所授一等伯并世袭，并一再得旨嘉奖。三个月后索尼病逝，谥号“文忠”，赐葬有加礼，鞍马二匹、银二千两，仍加祭四次，几个儿子也分别承袭世职、爵位或被晋封。
七月，位居索尼之次的苏克萨哈被鳌拜及其朋党借康熙皇帝之手处以绞刑，遂使鳌拜一伙“今日归政于皇上，明日即将苏克萨哈灭族”的预谋得逞。在康熙皇帝左右，如今只站着鳌拜和遏必隆两位辅政大臣。遏必隆依然唯唯诺诺，尽管他明知自己往日助纣为虐，为自己今后的出路感到担忧，但他眼见鳌拜不肯归政于皇帝，自己也不敢将已写就的辞呈奏本奉上。只有鳌拜，依然恃权任气，骄横跋扈，对已亲政的康熙皇帝争执顶撞，甚至高声质问，多次越权矫旨。康熙初年，孝庄文皇后为皇帝择妃立后，鳌拜曾与苏克萨哈一同前往太后面前阻拦启奏，反对将噶布喇（索尼长子）之女立为皇后。康熙五年，鳌拜因换地之争中苏纳海、朱昌祚、王登联拂逆己意，恼怒之至，坚持对三大臣施以重刑。康熙皇帝知鳌拜因苏纳海始终不肯阿附而欲泄私恨，不准其请。鳌拜根本不听，出门便矫旨，将三大臣处绞。索尼死后，他更加事事凌驾于各辅臣之上，“班行奏章，鳌拜皆前列”；有时甚至将旧日奏稿呈上皇帝，强迫康熙皇帝顺从己意。当着皇帝的面，他常常高声呵叱部院大臣，施威震众，甚至拦截奏章，从来无视君臣之礼。为杀掉苏克萨哈，他气势汹汹，又争又吵，对康熙皇帝进行要挟，迫使康熙皇帝改变
自己的决定，满足其凶险报复之心；甚至在康熙八年的新年朝贺典礼上，他竟然身着黄袍，仅顶戴与皇帝有所不同罢了。
数年来，他依仗自己的权势培植亲信，打击异己，以部臣对自己阿谀奉承与否来决定亲疏去取。他虽位居四辅臣之末，却谙于争权夺势，终于将朝廷大权操于自己一人之手。他网罗亲信，广植党羽，专用奸佞之徒，在朝中纠集成一股欺藐皇帝、操纵六部的势力。
辅国公班布尔善处处阿附鳌拜，在朝中利用手中掌握的权力擅改票签，决定拟罪、免罪。他追随鳌拜，结党行私，康熙六年，他密切配合鳌拜戮杀了苏克萨哈，并精心为其罗织了二十四大罪状。由于他帮助鳌拜翦除异己有功，被擢为领侍卫内大臣，拜秘书院大学士。
正白旗副都统玛尔赛曾跟随鳌拜之弟穆里玛平定李自成农民军余部李来亨，在宫中一向与班布尔善一起谄媚鳌拜，深得赏识，被擢为工部尚书。户部尚书苏纳海被诛后，鳌拜一心欲将自己的党羽塞入户部，便不顾户部已奉旨补入尚书的事实，援顺治年间曾设满洲尚书二员旧例，迫使康熙皇帝同意将玛尔赛补为户部尚书，又命其兼任正白旗蒙古都统。玛尔赛在户部，与尚书王弘祚常有矛盾，不能独断专行，心中不满，大学士班布尔善便借一次户部失职过失之机，单独票拟，将王弘祚革职，清除出户部，为玛尔赛泄私愤。康熙八年（1669）正月，玛尔赛病逝，鳌拜又请康熙皇帝予以封谥，康熙皇帝没有同意，鳌拜竟擅自谥其为“忠敏”。
鳌拜一门更是显赫于世，他的弟弟穆里玛为满洲都统，康熙二年授靖西将军，因镇压李来亨农民军有功，擢阿思哈尼哈番，威重一时。巴哈也是鳌拜的弟弟，顺治帝时便任议政大臣，领侍卫内大臣，其子讷尔都娶顺治女儿为妻，封和硕额驸。鳌拜的儿子那摩佛官居领侍卫内大臣，班列大学士之上，其后又受袭二等公爵，加太子少师。鳌拜的侄子、姑母、亲家都依仗他的职位得到高官厚禄，甚至跻身于议政王大臣会议。
鳌拜将自己的心腹纷纷安插在内三院和政府各部，一时间“文武各部，尽出其门下”，朝廷中形成了以鳌拜为中心，以穆里玛、塞木特、纳莫、班布尔善、玛尔赛、阿思哈、噶褚哈为主力的党羽集团。凡事在家与亲信定议后方才施行，甚至将各大臣、衙门各官奏上已经康熙皇帝批准的奏稿，也要带回家去另议，并
商量对策。
对部臣，鳌拜向来以其对自己的追随与否决定亲疏去取，“相好者拔之，不相好者陷害之”。凡拂逆己意的，定要加害报复。大臣费扬古一直与鳌拜不合，他的儿子、侍卫倭赫及侍卫西住、折克图、觉罗塞尔弼四人一同在御前值勤，对鳌拜也不表示敬畏之意。鳌拜因此深深恼恨，伺机加害。康熙三年四月，倭赫与其他三人在景山、瀛台值勤，曾私骑御马，又用御弓射鹿。鳌拜侦知，立即以此降罪四人，倭赫、西住、折克图、塞尔弼因此小事惹来杀身之祸。鳌拜仍不罢休，又诬费扬古“守陵怨望”，将他连同儿子尼侃、萨哈连一同处以绞刑，只有幼子色黑以“不知情”免死，被流放至宁古塔。折克图之父、西住之兄、塞尔弼之同祖兄都以子弟所犯罪重大，不即请旨治罪，分别革职、鞭责。鳌拜并下令籍没费扬古家产给予他的兄弟都统穆里玛。一次鳌拜的马被窃，他不仅捕杀了窃马贼，连御马群牧长也一并杀掉。为独揽朝政，鳌拜甚至控制议政大臣会议。康熙六年议苏克萨哈罪时，鳌拜担心大学士巴泰提出相反见解，根本不让他知道此事。蒙古都统俄讷、喇哈达、宜理布在议政时与鳌拜意见常相左，鳌拜便下令不许他们再参与开会议政。
康熙六年六月，内弘文院侍读熊赐履应诏上万言书，亟陈康熙初年以来朝政得失，影响国计民生。熊赐履首先分析了康熙皇帝登基以来的政治、经济、社会生活等形势，指出全国百姓已经相当贫困，以至逃难不止。官府催征，“私派倍于官征，杂项浮于正额”，“蠲征则吏收其实而民受其名，赈济则官增其肥而民重其瘠”，而造成这种状况的正是吏治腐败。地方推举人才，仅以催科为政，视表面乖巧定优劣，甚至以送礼薄厚确定人选。朝中大臣对此不加鉴别，知情也不举发，以致使无耻之徒久窃威权。并认为必须首先甄别督抚，“督抚廉则监司廉，守令亦不得不廉；督抚贪则监司贪，守令亦不敢不贪”。因而必须坚决清除地方的“贪污不肖者”。
对整顿朝纲，熊赐履作了详细的论述。他指出：康熙元年以来，“国家章程法度，其间有积重难返者，不闻略加整顿，而急功喜事之人又从而意为更变，但知趋目前尺寸之利以便其私，而不知无情之弊已潜滋暗伏其中”；朝举夕罢，“以致盈庭聚讼，甲令游移”；对“职业隳废而士气日靡”、“学校废弛而文教日衰”、“风俗僭移而礼制日废”等朝廷弊政作了综合分析，尤其对“各衙大小臣工大率
缄默依阿，绝少实心任事之人，甚至托老成慎重之名，以济尸位素餐之计；树议者谓之疏狂，任事者目为躁竞，廉静者斥为矫情，端方者视为迂腐”表示担忧，要求康熙皇帝亲自“立振颓风”，申饬朝中大臣“是则曰是，非则曰非，汉官勿以阿附满官为工，堂官勿以偏任司官为计”，以使朝纲得以整肃。对尊教兴学、提倡礼制等，熊赐履也提出一整套见解和措施，同时恳请康熙皇帝躬行节俭，熏陶德性，崇儒重道，举行经筵，学习传统治国理论。
熊赐履的奏疏清晰地分析了辅臣擅政以来国家政治的利弊和前途，立即受到朝野的注意和高度称许，康熙皇帝对此也十分重视。然而鳌拜等却以熊赐履的奏疏语皆有所指，心中十分厌恶，因而在朝见康熙皇帝时，提出要治熊赐履妄言之罪。康熙皇帝不准其请，批评鳌拜道：这是朝臣在讲国家政事，于你并没有伤害。
不久又将熊赐履擢升为内秘书院侍读学士。其后熊赐履又数次上疏，直言进谏，以为：“朝政积习未除，国计隐忧可虑”，“设施措置，犹未足以大厌服斯人之望”，并建议康熙皇帝召见儒臣，讲求治道。鳌拜对熊赐履益发不满，即下令传旨，责令熊赐履说明“积习隐忧”、“未厌人望”之事实所在；又传旨严饬熊赐履“不能实在指陈，妄行冒奏，以博虚名”，并以“所陈无据”为由，下部议处，降二级调用。同时，鳌拜又以此为借口，要求康熙皇帝申禁言官，不得上书陈奏。然而，这时的康熙皇帝已逐渐成熟，他一面驳斥了鳌拜废禁言官的奏请，一面将被鳌拜擅降二级的熊赐履官复原位。一年以后，熊赐履升任翰林院掌院学士兼礼部侍郎。
对于鳌拜的专横跋扈，朝野贵族、部臣早已有目共睹，十分反感。康熙皇帝亲政以后，他仍贪恋权柄，迟迟不愿归政于康熙皇帝；仍旧恣意妄为，下至侍卫，上至辅臣，凡不合己意，便设法谋害打击，乃至论诛籍家、子孙连坐，使部臣敢怒不敢言。亲政的康熙皇帝对此更是厌恶之至。熊赐履对朝政直言不讳的批评和要求康熙皇帝崇尚汉族礼仪的建议，对鳌拜等人提出公开的指责，使年轻的皇帝决意摆脱辅臣的纠缠和控制，开始对朝廷政治进行冷静的考察与反思。熊赐履奏疏案标志着康熙皇帝的亲政进入一个新阶段。
年仅十六岁的康熙皇帝此时已深感鳌拜处处“欺朕专权”、另有所图了。为真正实现全面亲政，他必须从辅臣政治的阴影下彻底走出来。一方面，他认真地总结八年辅臣当朝时期清廷统治路线的利弊得失；另一方面，开始有计划地做好彻底清除鳌拜集团的准备。
康熙皇帝采取一系列汉化政策，加强皇权统治地位。他首先恢复了八股文取士的传统科举制度。康熙二年，为抵制汉制，清朝政府停止了以八股文会试，并减试一场，以三场考试改为两场，改用策论表判。康熙七年七月，重新恢复旧制，以笼络人才，招揽汉族地主知识分子。康熙八年三月，康熙皇帝亲自至太学释奠儒学先师孔子，讲解《周易》、《尚书》，此为清朝皇帝之创举。为整顿吏治，他重新恢复京察大计，严格审查各地督抚、要员，诏谕各省督抚不论满、汉，挑选贤能者推用，革去不称职者，并重新限定各省督抚举荐属员额数。为纠正各地官吏扰民之弊，康熙皇帝甚至停派巡仓御史，并下诏清理各地刑狱，释轻囚，减重罪。在经济上，康熙皇帝施行发展经济、改善民生的政策。他下令查处前明废藩房屋、田产，变价出售给原来的佃户，同时加强了对矿山、关榷、山林的管理。
在军事上，康熙皇帝一面笼络三藩头目，对他们分别进爵加封，一面认真筹划对策。在宫中，三藩问题与河务、漕务被并列为朝政三件大事，“夙夜廑念，曾书之宫中柱上”。
与此同时，鉴于鳌拜作恶多年，树敌过多，促使各种反对势力开始集结到康熙皇帝一边，康熙皇帝也开始了清除鳌拜的准备工作。考虑到顺治皇帝的顾命大臣名重一时，且多年以来鳌拜一直致力于网罗亲信，纠集势力，宫廷内外多置耳目，公开缉拿恐不免激起事端，因此，寻找有利的时机和选择适当的方式，是这场决斗的关键。早在康熙六年七月，为了对鳌拜加以迷惑，康熙皇帝对遏必隆“于所有一等公外，授为一等公；鳌拜于所有二等公外，授为一等公”；“遏必隆原所有一等公，命其子法喀袭替”；“鳌拜所有二等公，命其子那摩佛袭替”。康熙七年，加鳌拜太师，其子那摩佛加太子少师。康熙八年春，鳌拜称病，要康熙皇帝前往探视慰问。康熙皇帝带着随从和托走进鳌拜府中，来到他的床前。和托看到鳌拜面色略带惊慌，忙一步上前，揭开卧席，见席下藏着锋利的腰刀。康熙皇帝见状笑着说：刀不离身，这是满洲的习惯，没什么值得大惊小怪的。说罢回到宫中，便立即将皇后的叔父索额图召进宫内。
索额图，满洲正黄旗人，索尼第三子。初为侍卫，康熙七年授吏部右侍郎。
从康熙八年五月起，康熙皇帝多次以下棋之名召其商讨对策。索额图召集了一群身强力壮的少年，在宫中练习布库游戏，这是一种男孩子们比角斗气力的游戏，每次练习，康熙皇帝都在一旁观看，即使鳌拜入奏进宫，也不作回避。鳌拜以为
康熙年少贪玩，每与众少年相嬉戏，心里十分坦然，并不在意。即将采取行动之前，康熙皇帝不露声色地以各种名义将鳌拜亲信派往外地。康熙八年五月十六日（1669.6.14），鳌拜因事入奏，康熙皇帝对这些少年们说：你们都是我的左膀右臂和心腹卫士，那么你们是敬畏我呢，还是敬畏鳌拜呢？大家齐声道：我们只敬畏皇上！康熙皇帝便将鳌拜罪恶一桩一桩讲给这些卫士，命令这群小将立刻上前将鳌拜拿住。一个欺上凌下、作恶多端的权臣，最后竟被一群少年卫士抓获归案。
一个十六岁的青年帝王，不顾凶险的形势，凭着他过人的聪敏、沉着、果敢和才能，以令人难以置信、迅雷不及掩耳的速度，干净、利落地清除了这个不可一世的权臣，完成了清朝历史上这一惊人之举。据今人推测，这一重大决策，康熙皇帝很可能自行做出，而未向太皇太后或其他大臣透露。他以坚定的意志，在两年的时间里，有计划、有步骤地实现了自己的理想，以一个真正的皇帝身份去统治这个强大的、统一的封建帝国。直到很久以后，康熙皇帝这场漂亮的决斗仍被人们作为传奇故事颂扬。在满族中，人们将青年康熙皇帝描绘成具有超人智慧和组织能力的神奇人物，每年宫中都要演出这部智擒鳌拜的短戏，以纪念这次皇权战胜贵族权臣的胜利。
擒获鳌拜的当天，康熙皇帝亲自列举鳌拜集团的种种罪恶，并下令刑部勘捕鳌拜及其同党。他严厉斥责鳌拜“通同结党，以欺朕躬”，“恐身干物议，闭塞言路”，“凡用人行政，欺朕专权，恣意妄为”，“上违君父重托，下则戕害民生，种种恶迹，难以枚举”；并指出：“遏必隆知而缄口，将伊等过恶未尝露奏一言，是何意见？阿南达负朕隆宠，每进奏时，称赞鳌拜为圣人。著一并严拿勘审！”
康亲王杰书等奉旨勘问鳌拜，凡列罪三十款，其中包括欺君擅权、引用奸党、结党议政、聚贷养奸、巧饰供词、擅起先帝不用之人、杀苏克萨哈、擅杀苏纳海、更换旗地、奏阻立后、谬用济世、禁止科道陈言、违旨擅谥、旧疏呈览、呵叱大臣、逼令他人迁坟等，皆属罪行严重。康熙皇帝亲自参加了审讯，所列俱为事实。
诸大臣以其所犯之罪重大，拟将鳌拜革职立斩，并连诸子、兄弟，发妻子为奴，籍没家产。在事实面前鳌拜已无话可说，只求康熙皇帝开恩免死，他脱下衣服，露出为建立和巩固清政权多年血战留下的处处伤痕，恳求康熙皇帝从轻发落。康熙皇帝对这个身历三朝的老臣不忍加诛，只准了革职、籍没、拘禁。其子巴哈、赵布太、那摩佛都一并免死，革职拘禁。鳌拜之弟穆里玛、侄塞本得则被削职处
斩。
另一个辅政大臣遏必隆，虽身居辅臣，却处处顺服鳌拜，经康亲王杰书等勘问，也以“不行纠核”、“藐视皇上”获罪，其中有妒忌册立皇后，对鳌拜不行劝阻、不予争执，致苏克萨哈被杀等，凡二十一款。遏必隆自知罪责难逃，表示“今皇上如杀则死，如留则生”。议政王大臣会议，以其“欺君误国”、“审问时不以实供”，提出应拟“革职”、“立绞”、妻子为奴。康熙皇帝则以其“并无结党之处”
免死，仅革去太师及公爵。
与此同时，对鳌拜党羽，康熙皇帝则根据不同情况，分别加以处理。大学士班布尔善、尚书阿思哈、噶褚哈、太必图、济世等人，都以“倚附权势”、“结党行私”、“表里为奸，擅作威福，罪在不赦”被处死；其他多数党羽，如苏尔马、阿南达等人，皆从轻处置，或“免死，宽其籍没”，或“从宽免死，照旧留任”。
康熙皇帝发布诏谕，告诫这些党羽、随从和依权附势的内外文武官员：“自后务必洗心涤虑，痛改前非，遵守法度，恪共职业。”康熙皇帝以惩重宽轻、区别对待的方法加以处置，既惩治了奸党，也分化瓦解了鳌拜集团的势力，最大限度地保证了中央政局的稳定。
康熙皇帝这位青年君主，在亲政两年后，彻底翦除了鳌拜集团这股保守反动的贵族势力，成功地向世间展示出政治上早熟的帝王特有的气质和胆魄，为清朝政府强化和发展皇权赢得了时机，扫清了道路。一场发生在满洲统治集团内部惊心动魄的夺权之战就这样以皇权的彻底胜利而告终结。
擒拿鳌拜、掌握全部中央政权后，康熙皇帝又采取各种措施，清除鳌拜多年擅权所造成的各种严重后果。
首先是着手平反苏克萨哈等人冤案。为此特颁诏称：“苏克萨哈奉皇考遗诏辅政，虽系有罪，罪止本身，不至诛灭子孙后嗣，深为可悯。其白尔黑图等并无罪犯，因系族人，连坐诛戮，殊属冤枉。”下令恢复苏克萨哈二等子爵，发还其家产，令其幼子苏常寿承袭。案内各革职官员恢复原职。
当年七月康熙皇帝又下诏谕，昭雪苏纳海等人冤案。他说：朕阅处分原任户部尚书苏纳海等原案，并无大罪，鳌拜等但以为拨地等待迟延，遽行拿问，多端致文诬陷，不按律文，任意将无辜处死。原任总督朱昌祚、巡抚王登联于拨换地时，见民间旗下困苦，因有地方之责，具疏奏文。辄以为非其职掌，越行干预，
亦不按律文，冤枉处死。伊等皆国家大臣，并无大罪，冤死深为可悯，理应昭雪。
后追谥三人，分别为“襄愍”、“勤愍”、“悫愍”，并各荫其子入监读书，各任官职。同时，对鳌拜执政期内枉杀、擅免之官员，也命吏部等分别考察昭雪、补用、恢复原官。
其次，对四大臣辅政时期的一系列错误政策和路线，也进行了较大程度的纠正与调整。第一是恢复内阁制度，废除内三院，建立正式的辅助皇帝处理政务的机构，班居六部之上，大学士兼殿、阁之衔，同时恢复了翰林院的独立地位。第二是开始整顿吏治，惩治贪官污吏。对鳌拜专权期间，全国水旱频仍、盗贼未靖、贪官污吏肆行朘削，以致百姓财尽力穷、日不聊生的严重局面予以揭露，并要求各级官吏必须时时注意民间疾苦，务须“纪己洁清，摒绝馈受”；对不思尽职、唯图利己、嘱托行贿、苟图幸进者，今后一律从重治罪，决不姑贷。他还下令恢复官吏甄别考察制度，颁布了管理官员的有关条例。大学士、尚书及三品以上官吏，自陈优劣；三品以下官员，由吏部会同督察院详加甄别。在外各总督、巡抚，由吏部、都察院查明任内功过、称职与否，详加明奏。同日中要求加强监察作用，纠举交通近侍、妄行干求、诬陷他人之徒，弹劾惩创贪虐官吏，并从中央及各省中清除、降处了一批不称职的高级官员。
第三，开始着手调整对广大汉族人民、士绅的政策。其中最重要的便是下令永停圈地。康熙八年六月颁布命令，称：“自后圈占民间房地，永行停止，其今年所以圈者，悉令给还……至于旗民，无地亦难资生，应否以古北口等边外空地拨给耕种？”并令新满洲以官庄余地拨与耕种，指圈之地仍归民有。至此，入关以来这项扰民特甚的败政终于停止下来，其他各项工作也都逐渐纳入正轨。在康熙皇帝的率领下，清朝政权开始进入了一个向上发展的新时期。
正像他所使用的年号一样，正是在康熙帝统治时期，中国又重新出现了天下太平，国强民富、安居乐业的好时光。然而，康熙帝并不是一位安享太平的天子，恰恰相反，正是他兢兢业业，励精图治，不辞辛苦，不避艰难才开创了这一局面。
在他领导下这个历史悠久的文明古国才成为有史以来疆域最广大、最巩固，国力最强盛的国家。因为有他，中国历史上才出现了封建社会中为时最长的盛世，并因此奠定了其后 200 余年的清王朝的统治。就中国四千年的帝王时代而言，他无疑是所有帝王中最杰出的人物。他之所以有此成就，人们可以说出各种各样的理
由，但就个人因素而言，除了他刻苦自励，喜于学习，勤于政务外，别无解说。
正如他自己所说：“载箱是赖，厥道无由。”“虽古圣人，岂有生来无所不能者？
凡事俱由学习而成。”
是啊！康熙帝从来不自诩什么“英明天纵”。他是一个帝王，但他并不是神。
他自知从懂事时起到亲操大政的十余年间除祖母的谆谆教导及所经历的宫廷上下，朝廷内外的风风雨雨外，得益的就是学习。据他自己回忆说：“联八岁登基，即知黾勉学问。彼时教我句读者，有张、林二内侍，俱系明时多读书人。其教书惟以经书为要，至于诗文，则在所后。及至十七八，更笃于学。逐日未理事前，五更即起诵读。日暮理事稍暇，复讲论琢磨，竞至过劳，痰中带血，亦未少辍。
朕少年好学如此，更耽好笔墨。有翰林沈荃，素学明时董其吕字体，曾教我书法。
张、林二内侍，惧及见明时善于书法之人，亦常指示，故朕之书法，有异于寻常人者以此。康熙帝所说，在他亲政前就很知努力学习，但学得东西是很有限的。
所谓十七八岁，那是在他亲政、鳌拜垮台之后，身为泱泱大国的最高统治者，面临错综复杂，日益纷繁的国家政务，他越发感到为学的重要，才在处理日常政务的闲暇，起早贪晚如饥似渴地学习。
对一个戎马倥偬，以征暇天下为首要任务的王朝来说，连续两代幼君登位决不是福事，但幸运的是顺治帝、康熙帝父子正因为即位时幼小，从懂事起便身处于汉文化环境的薰陶，尽管满族传统对他们的影响仍然很大，但他们毕竟对汉文化不至于心存芥蒂而有所防范。顺治帝就是一个汉文化的崇尚者，能诗善画，很有汉族士大夫般的修养，对佛学禅宗的领悟更具天资，为协调满汉两族的紧张关系施行了不少适当的政策。然而这一切却很难得到部分满洲贵族守旧势力的认可，这些人只知道以征服者自居，踌蹭满志，傲视一切。四辅臣便是这些人中的典型代表。顺治帝死后，他们以顺治帝的遗诏为借口，压制汉官、反对汉文化，对康熙帝学习汉文化的行为很不以为然，甚至相当抵触。因此直到康熙帝亲政前，尽管有数名官员多次上疏，建议应该使年轻的皇帝系统地学习治国经验，指定有学问的大臣为师傅给皇帝开经筵日讲，都被四辅臣置之不理。所以指导康熙帝学习的仍是张、林两个太监。那时康熙帝已经 14 岁了。
康熙六年七月，康熙帝亲政，使这个问题更显得迫切、突出。一些汉族官员深感问题重大，不容缄默，便又纷纷上奏请求开经筵日讲，主张在皇帝听政的空
闲，“日取汉唐宋元四代史册亲阅数条，凡一切用人行政，黜陟赏罚、理乱兴衰之故，反复讨论，庶圣德日新，大智日广。两年中谏言此事的奏疏有十余通，都被鳌拜扣压，不予回答，这时鳌拜阻止康熙帝进学的目的恐怕已不仅仅在于厌恶汉文化、阻止康熙帝与汉臣接触，他更担心康熙帝在进学后，增长了智慧才干和治国经验，对自己专权不利。他哪里知道，在康熙帝早期的启蒙教育中，已产生了对汉文化的浓厚兴趣和深刻的认识。他盼望早日实行经筵日讲，尽快使自己成熟起来，摆脱辅臣的左右，成为一个有作为的君主。在他亲政前夕的康熙六午六月，内弘文院侍读熊赐履应诏陈言的奏疏中的话，一些刺激了鳌拜的神经，而另一些却早已深深打动了这个年轻人的心。熊赐履直率地指出了当时全国上下的混乱：政府加派私征，官贪民贫：政事纷更，田无章法：“部院臣工大率缄默瞻顾，外托老成慎重之名，内怀持禄养身之念。忧愤者调之疏狂，任事者目为躁竟，廉静者斥为矫激。蠋方者诋为迂腐。间有读书穷理之士，则群指为道学，诽笑诋排。
欲禁锢其终身而后已”。其他则学校废弛，文教日衰；风俗僭滥，礼制日坏。在他提出了一些针对性的解决办法之后，直截了当地说：“虽然，犹非本计也，根本切要，端在皇上。皇上生长深宫，春秋方富，正宜慎选左右，辅导圣躬，薰陶德性，优以保衡之任，隆以师傅之礼；又妙选天下英俊，使之陪侍法从，朝夕献纳。毋徒事讲幄之虚文，毋徒应经筵之故事，毋以寒暑有辍，毋以晨夕有间。于是考诸六经之文，监于历代之迹，实体诸身心，以为敷政出治之本。虽然康熙帝当时还无法实行这些建议，但是国事的混乱却给他以深深的震动：臣民的期望和帝王的重大责任从来没有人说得如此明白：一个年轻而阅历有限的君主如何才能“敷政出治”，似已无须多言。康熙帝亲政后，熊赐履再次上疏说：“宋儒程颐日：
‘天下治乱系宰相，君德成就责经筵，’是讲学勤政，二者不可偏废。而在今日，尤为最切要者也。臣请在政之暇，间御便殿，接见儒臣，谐诹讲论。也正因康熙帝深识熊赐履的忠心和深意，先后两次出面斥责鳌拜对熊赐履的打击，对他进行保护。
鳌拜败后，皇帝读书问题已和理政同样重要，官员们又是一阵题请。然而拨乱反正事务繁多，又廷宕一年，康熙九年（1670 年）七月，康熙帝在瀛台召见了时已为国史院学士的熊赐履，责令他进行试讲。这次讲解的“治国务民”的道理，确实使康熙帝深受启迪，深感进学事宜必须抓紧办理。十月，他下令礼部为
经筵日讲作准备工作，经讨论决定于次年正式举行。
所谓经筵日讲，是中国历代皇帝接受教育，系统学习的形式。这种专为皇帝解经读史，由儒臣在御前设席进讲的方式，在宋代被称为“经筵”一般也分为两个学期，每年春二月到端午日，秋八月到冬至日，逢单日由讲官轮流入侍进讲。
清朝自顺治帝时已沿袭了这个制度，只是把每一学期开学日子的进讲称为经筵，其他时间的进讲便称为日讲。且上半年日讲延到夏至日结束。
选师傅、编讲章、定礼仪，经一番忙碌，康熙十年二月十七日（1671 年 3月 27 日）中午，内阁满汉大学士、六部满汉尚书、都察院、通政司、大理寺、詹事府等部院官员齐集太和殿，康熙帝首次经筵大典在这里举行。殴中已设下御前书案和讲官的讲案。当精心遴选的十余名满汉经筵讲官向皇帝行完一跪三叩头礼后，由讲官王熙和熊赐履分别进讲《大学》中的一章和《尚书》中“人心惟危，道心惟微”两句后，然后赐宴群臣，仪式便算结束。自四月十日始日讲开始。从此康熙帝的学习进入了一个新时期。
担任康熙帝经筵及日讲讲官的官员是从内阁大学士、学士、六部尚书、侍郎及翰林院官员中选择的。这些官员都通晓儒家经典和历代史事。都把造就一代贤君明主当做崇高的目标和荣耀，不仅尽心尽力，讲解明白晓畅，条理清楚，而且十分注重引导康熙帝以古来的著名贤君为榜样，作育君德：并注意结合为政的实际，以古喻今，提高他处理政务的能力和水平。这种学习对康熙帝的作用是显而易见的，因此激发了他充实自己的强烈渴望，他不仅要求讲官打破隔日一讲的限制，且经常要求在经筵不开的假期也能进讲。康熙十二年二月（1673 年 3 月），他对讲官们说：“朕听政之暇，即于宫中披阅典籍，殊觉义理无穷，乐此不疲。
向来隔日进讲，朕心犹然未惬。下令改变传统的办法，从此讲官每天都要上课，使“日讲”真正名副其实。从那以后，一些惯例一再被打破，不分寒暑，不论忙闲，也不管是否举行经筵开学，凡有时间都要上课。甚至他到外地巡视也要带着讲官，随时进讲。康熙帝倾心向学，刻苦努力的精神不仅令讲官们非常感动，甚至惊叹，认为是古今帝王中无可匹敌。在康熙帝以历执政的数十年中，除了因重大斋戒典礼节庆，迎幸出征等事偶有暂停外，他都在繁忙的政务之余孜孜不倦、持之以恒地进行着自己的学习。他像一个历尽艰辛，终于寻找到了热望已久的宝藏的掘宝人，怀着激动的心情不遗余力地在千古智慧的宝库中搜求。这个长年驰
骋在马背上，在白山黑水，冰天雪地上一代代锤炼出的民族的后代，已将祖先吃苦耐劳、坚韧勤奋的精神凝入他经邦治国的实践中来。
从那以后，或在乾清宫，或在弘德殿，或在懋勤殿，康熙帝与日讲官员度过了一个个晨昏寒暑。常常是每天天还没亮，康熙帝便召集群臣奏报政务，处理当天的国事。因此或在听政之前，或在听政之后开始当天的日讲。朝臣与讲官披星戴月，风雨无阻，春夏天看东方日出，秋冬日随夜幕隐退，星稀殿角，露湿庭阶。
康熙帝精神振奋，不惮劳苦听政听讲，从无厌倦之态。康熙十四年四月（1675年 5 月），他对讲官们说：“日讲原期有益身心，加速学问。今止讲官进讲，朕不复讲，则但循旧例，渐至日久将成故事，不惟于学问之道无益，亦非所以为法于后世也。自后进讲时，讲官讲毕，联仍复讲。如此互相讨论，方可有裨实学。其实在此之前的讲学过程中，康熙帝早已不是仅只被动地听讲，而是经常与讲官反复研讨、辨难，经常阐发自己的学习体会和看法。当时南方吴三桂等三藩已发动叛乱，战火燃及半个中国，康熙帝要处理的问题实在太多，便将固定的日讲时间改为“乘间进讲”，并从这时开始他每次都复述讲官所讲解的内容。而且到了康熙十六年。他已有了相当高的文化水平和理解能力，又把每次进讲改为由他自己先讲。然后由讲官复讲。由被动地接受到讨论式的学习逐渐过渡到自学加辅导，明显地看出康熙帝的迅速进步，而这不过只有短短的 6 年时间！此间康熙帝还经常半夜起身，甚至通宵达旦披衣苦读。几年中，已将《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》、《尚书》、《易经》、《诗经》等儒家经典和《资治通鉴》等史书反复讲读一遍。
康熙帝读书的自觉性和动力来源他对儒家典籍有益身心，有资治道的深刻认识。他 20 岁时，一次与讲官们的对话就已经表达很清楚了。他说：“学问之道，在于实心研索。使视为故事，讲毕即置之度外，是徒务虚名，于身心何益？朕于诸臣进讲后，每再三细绎，即心有所得。尤必考证于人，务求道理明彻乃止。至德政之暇，无间寒暑，惟有读书作字而已。”他所谓“作字”，是指书法。康熙帝自小便养成了爱好书法的习惯。非常喜欢董其吕的行书，后又对米芾字发生兴趣，临摹习仿。写成一手猷劲有力、飘逸舒展的好字。说完上面的话后，康熙帝随手写了一行字，给讲官们传看。接着说：“人君之学不在此，朕非专攻书法，但暇时游情翰墨耳。”随后他对讲官熊赐履说：“朕现尔等所撰讲章，较张居正（直解）
更为切要。”熊赐履回答说：“臣等章句小儒，不过敷陈文义。至于明理会心，见诸日用，则在皇上自得之也。”康熙帝对此颇为赞同，便进一步阐明自己的意思说：“讲明道理，乃为学切要工夫，修己治人。方有主宰。若未明理，一切事务，于何取则？”且说：“学问之道，毕竟以正心为本。”熊赐履见康熙帝有如此深刻的领悟，不由称赞说：“圣谕及此，得千古圣学心传矣。”康熙帝说：“人心至灵，出入无乡，一刻不亲书册，此心未免旁骛。朕在宫中手不释卷，正为此也。“随后康熙帝写下了《读书贵有恒论》一文，勉励自己不自欺，切戒始勤而终惰，不能坚持经常。其中有言：“人之为学，非好笃嗜之深，其势必不能以持久！”准备“无论细旗广厦，讽咏古训，日与讲臣共之。即至銮车帐殿之间。罔废图史，寻味讨论，弗敢畏其艰深而阻焉，弗敢骛于外物而迁焉，盖初终如一日也”。
康熙帝确实是在用这些认识鞭策着自己。他也确实是这样实行的。他是一个帝王，也明明知道自己享有至高无上的权力，用不着与自己的臣民在文化上一较高低。但是，他对自己约束和激励并不出自完全的兴趣和天性。因为他知道自己是一个统治者，更清楚地知道自己是一个被一个文化发达的大汉民族，视为野蛮的“异族”的统治者，他的谦虚好学本身就是一种政治行为。他要用自己行为和实际能力证明自己不仅是一个皇帝。还是一个称职的皇帝：是一个超越前古诸多帝王的皇帝。如果说几十万的满族与几千万的汉民族在打天下、治天下的冲突中所需要的不仅是战争，同时也是竞争的话，康熙帝的祖先和前辈们已然赢得了战争的胜利。当他成长为一个举国瞩目的君主后所面临的问题已别无选择，己只有治天下这一唯一的任务，他要完成的只有赢得人心，取得全国人民的认同。尽管他不可能想象自己可以与围绕在身边那些饱学诗书、满腹经纶的汉臣的“学问”
相比，但却可以通过接受中国数千年的传统，满足他们的愿望，换取他们的信任，赢得他们的敬服。后来的事实证明：康帝的成功恰在于此。
康熙帝通过长期对儒家经典的研习和在为政的具体实践中的应用。深刻感受到儒家思想对其经邦治国有着非常重要的作用。这种作用已远远超出以其笼络汉族地主阶级士大夫的工具意义。经过明末以来半个世纪的战乱和激烈的阶级矛盾与民族之间的冲突，人们望治心切，使儒家思想的中庸倾向、阶级调和致治以礼的内涵在缓和矛盾、恢复铁序、制定政策等方面不仅有了理论根据，而且也正符合当时的社会实际。正是本着儒家经典的精神主旨和社会的实际形势，使康熙帝
迅速扭转了四辅臣严苛残酷的政风，逐渐转向追求德治，祟尚宽仁，而这也成为他一生治国行政的基本格调。尽管在他晚年将此经验教条化，为政失之宽纵，造成严重的政治腐败，但清王朝能在严重的战乱和尖锐的对抗中走出困境，应该说仍只能归功康熙帝的这一明智抉择。
康熙十六年五月的一天，儒臣进讲究毕，康熙帝对他们说：“卿等每日起早进讲，皆天德王道修齐治平之理。朕孜孜问学，无非欲讲明文理，以资治道。朕虽不明，虚心倾听，寻绎玩味，甚有启沃之益。虽为学不在多言，务期躬行实践，非徒为口耳之资。然学问无穷，义理必须阐发。卿等以后进讲，凡有所见，直陈无隐，以副朕孜孜向学之意。其实类似的话在他一生中说过无数次。他之所以如此，已经明显地反映出他对宋明以来诸儒对儒家思想的解释所持的保留态度。尽管他一再倡导理学，但他似乎已感觉到那种对理，气、心、性的繁冗解释和攻讦驳辩不仅难以分清高下。即使被尊为所谓纯儒的一些人多也只限于侈口空谈。他反复强调学问要有资治道。“务期躬行实践”。当他在与臣下谈到“理学”时说：
“日用常行，无非此理，自有理学名目，而彼此辩论。朕见言行不相符者甚多。
终日讲理学，而所行之事，全与其言背谬，岂可谓之理学？若口虽不讲，而行事皆与道理吻合，此即真理学也。”康熙帝最需要的是治国的经验和实际的效果。
终其一生，他倡导理学，也出了一些所谓“理学名臣”，可在他眼中，并没有几个人是值得肯定的。他晚年时曾说：“理学之书，为立身根本，不可不学，不可不行。朕尝潜心玩味，若以理学自任，必致执滞己见，所累者多，宋、明季世人好讲理学，有流入于刑名者，有流入于佛老者。昔熊赐履自谓得道统之传，其殁未久。即有人从而议其后矣。今又有自谓道统之传者，彼此纷争，与市井之人何异？凡人读书，宜身体力行，空言无益也。从这既倡导又厌恶的情绪中，康熙帝表现出他完全是一个实用主义政治家而非理论家。尽管他对理学理论有很深的研究。
在康熙帝所读过的无数典籍中，历代史籍几乎都有所涉猎，并做了很多的批注。他非常注重研究历代王朝兴盛衰亡的经验教训。从帝王品德好尚到君臣关系，从整肃朝政到吏治安民，从发展经济到固舆安边都能引起他的高度重视。比如，他对唐太宗、汉武帝等君主的治绩多有赞誉，但对唐太宗以疑杀人，汉武帝信神仙方术却很不以为然。认为“惑己甚矣”。对汉文帝的善政，宋太祖微服了解吏
治民情都深深敬服。对许多帝王的品格治迹都有很中肯明智的看法，当他读了魏征上唐太宗《十思疏》后，不无感慨地评到：“人莫不慎于创业，怠于守成。故善始者未必善终，惟朝乾夕惕，不敢少自暇逸，乃可臻于上理。”他对冯道历官几个朝代仍洋洋自得地自称为“长乐老人”嗤之以鼻，认为“四维不张，于兹为甚”。但却对冯道向唐明宗所说的“历险则谨而无失，平路则逸而巅蹶”的话大为赞赏，总结说：“粤稽史册，国家当蒙麻袭庆之后，率以丰亨豫大弛其兢业之心，渐致废坠者往往有之，所以古者圣贤每于持盈保泰之际三致意焉。冯道以明宗喜有年而设譬以对，犹得古人遗意。虽道之生平不足比数，而其言固可采也。
这种不因人废言，清醒知警的态度，在康熙帝读史书时是很一念常存的。在他还年轻的时候就一直很注意历代兴亡的教训，自汉代以后的宦官、外戚之祸，亲王、权臣、武臣擅政都能引起他的警觉，并在制度建设上予以充分的注意。尤其明朝亡国的教训，在他可以说是念念不忘，经常与臣下们谈论，总是感慨不已。他深知：人主以一人临御天下，自身的修养深系天下安危。他以历史的经验告诫自己，为政不能怠惰，不能感情用事，要善于了解情况，听取臣下的意见。尽管一人高高在上，可以为所欲为，但偏激致误、纵欲亡身乃至于亡国，历史都提供了无数的先例。事实证明，康熙帝从一个深宫诞育的皇子成长为一个非常有作为的君主，得益于读书学习的“作育之功”甚多。也正是他深受数千年中原王朝治国经验的熏陶，在他手中，清政权终于从马上打天下的武夫姿态改变了形象，开始了以文治天下的辉煌历程。
随着康熙帝治国经验的增长和对文化典籍领悟能力的提高，康熙帝逐渐感到繁琐仪式的日讲不如自学来得实惠、自由。且固定的学习程式和讲解，既耽误时间又妨碍政务处理。但他很尊重自己的那些师傅，很羡慕他们的学问，不愿与他们分开。在康熙二十五年（1686 年）他宣布停止日讲之前，便已在 9 年前设立了南书房。从那时起，甚至可能更早，在乾清门内西侧，面对乾清官的那几间低矮的小房，已成了皇帝和他的文学侍从——词臣们经常研讨学问，谈文论政的永久场所。他延续十五年的“业余学校”生涯尽管已经毕业，可在他的寝宫中却常常是烛光伴随他的刻苦攻读，有时直亮到天明。读书已成为他皇帝生涯的重要组成部分，直到他的晚年仍坚持不懈。因此他区别于以往帝王的一个重要成就还不仅在于他有突出的文治武功的伟大政绩，他还给后人留下一百数十万字的著述。
励精图治，察吏安民；选贤任能，优礼良臣；安边恤刑，武功文治；轻摇薄赋，事无巨细，凡有益治国安邦均挂怀在心。在他心中展开的是一幅国家安泰、物阜民丰的宏图。在他龙飞凤舞、笔力猷劲的文字中，透射出充分的安然和自信；而在他留下的一千多首诗和数十篇文赋中虽常有忧国忧民的思绪萦绕心头，可胸怀廓大的浪漫主义情操却时时洋溢，慨叹边塞的辽远苍凉、瀚海无垠；寄志于大河奔流，山河壮阔。关情于草木鸣蝉，风雨明月。其诗作中“既有金戈铁马之声，又有流风回雪之态”。这个“骑马民族”的后代，虽然仍牢记祖辈不忘骑射的遗训，却已是深谙治国之道并且满腹诗书。他虽然不乏祖辈坚忍雄健的马背雄风和叱咤风云的气概，但却已更具有远迈先祖的文化素养和治理一个新世界的广阔胸襟。祖先创业的那片黑土地上留下的只是令他追想的一连串神奇的故事，可当他父亲走进山海关的大门时，历史便注定了他要有一个更博大的胸怀来面对这个广阔辽远的国度和生于斯、长于斯的似曾相识的世界。他睁开双眼，惊异地关注着每一丝新奇，贪婪地吸吮着中国文化中的营养，以致于令深恨“夷族入寇”、很难放弃“华夷之辨”传统观念的汉族士大夫也睁大了惊奇的双眼，感到不同寻常。
康熙帝正是以这种突破祖辈狭隘换以宽容博大、兼容并蓄的全新姿态确立了自己的“明君”形象，终于使清王朝在国人心中赢褐了“正统”的认可。
康熙亲政后，亲自书写了“三藩、河务、漕运”的条幅悬挂在宫中柱子上，可见解决三藩问题是康熙朝夕不忘的首要大事。三藩，是指明朝降将吴三桂、尚可喜、耿仲明三个藩王，他们分别盘踞在云南、广东、福建三个省区。三藩王在明末清初先后降清，为清兵入关立下汗马功劳。吴三桂被封为平西王，尚可喜和耿仲明也分别被授予平南王和靖南王的封号。清军入关时，他们奉命南征，击败南明政权及农民军余部，曾为统一中原作过贡献。但是，他们的权势也随之恶性膨胀，至康熙初年，已发展为新的地方割据势力，成为危害国家统一的新势力。
诸藩势力的发展，与清初政治形势是有很大的联系的。当时清朝统治者需要以高爵厚禄招降汉族将领，为其统一中原服务。而孔有德、耿仲明（继茂之父）、尚可喜，原为辽东人，于天命六年三月清太祖努尔哈赤攻占辽东后，陆续去皮岛，归顺明总兵毛文龙。天聪二年六月，明蓟辽总督袁崇焕擅杀毛文龙，东江大乱，自相残杀，孔、耿、尚等辗转流徙，最后在走投无路情况下，先后于天聪七、八年投降后金。后金皇帝皇太极出城十里相迎，隆重接待，并一反过去分拨降人隶
属满洲八旗的惯例，授有德为都元帅、仲明为总兵官，命率所部驻辽阳，号“天祐兵”；授可喜为总兵官，命率所部驻海州，号“天助兵”。崇德元年六月，皇太极改国号为清，封有德为恭顺王、仲明为怀顺王、可喜为智顺王，并多方给予迁就和照顾。这时直属皇帝的三位汉人藩王，不仅对中央集权无害，反而有利于抵制满洲诸王，维护皇帝的地位和权势。崇德七年八月，皇太极将汉军划入八旗，并将有德、仲明、可喜分隶正红、正黄、镶蓝旗。
吴三桂，江苏高邮人，后入籍辽东，明原任锦州总兵吴襄之子、后任锦州总兵祖大寿之甥，曾任游击、副将等职。吴襄因罪下狱，明晋升吴三桂为总兵官，令其率兵守宁远。明崇祯十五年二月，松锦会战结束，明十三万军队大部死伤，军队瓦解，蓟辽总督洪承畴降清，三桂逃回，招编逃亡兵力，从三千扩增为三、四万人，力守宁远，为明廷所依重。清占关外各城，惟宁远未下。崇祯十七年三月初六，李自成率领的农民军已入山西，昌平兵变，京师戒严，崇祯帝封三桂为平西伯，命令其撤兵宁远，火速率兵入援京师，并起用吴襄，任命其为提督京营。
三桂奉诏后，行动迟缓，每日只行数十里。宁远至山海关仅两日程，十六日才到，二十日至丰润，在知农民军已于前一日人京，便率领军队返回山海关。清朝曾多次招降吴三桂，摄政王多尔衮更许诺：“伯若率众来归，必封以故土，晋爵藩王”。
李自成亦曾派人招抚吴三桂，但因农民军的“割富济贫”、“追赃助饷”政策使地主阶级不寒而栗，因此吴三桂最终还是决定向清朝投降。同年四月，在山海关一战，清吴联军大败李自成军，多尔衮即曰“承制进三桂爵平西王”。至此，清廷所封的汉人藩王，已有四名。
清朝进关后，在汉人居住地区注意发挥汉人藩王的作用。顺治元年十月，命孔有德、耿仲明随大将军豫亲王多铎，吴三桂、尚可喜随大将军英亲王阿济格，从南北两路进兵陕西，征伐李自成残余部队。二年，下西安后，有德、仲明与多铎移师下江南，克扬州，取南京，消灭南明第一个政权——福王政权，八月班师；三桂、可喜与阿济格进兵湖广，追击李自成残余军队克郧阳、荆州、襄阳、武昌，下九江，闻李自成死于九宫山，即班师。此时还是满汉合师进讨阶段，从第二年起便逐步进入汉人藩王独自专征的阶段。
顺治三年八月，清廷授有德为平南大将军，率仲明、可喜等征湖广。当时福建南明唐王政权也已失败，桂王政权在广东肇庆成立，年号永历，其湖广总督何
腾蛟驻湘阴，联合李自成农民军余部及左良玉旧部，号“十三镇”，势力比较强大。经过一年多的征战，至五年春，湖南诸郡县悉定，并占据贵州、广西部分地区，桂王转徙广西桂林，有德等奉命班师。然而在有德师还，之后湖南郡县又重新被南明占据，清廷又派郑亲王济尔哈郎为定远大将军，率师征讨，但果仅复长沙、宝庆、衡州等府的部分郡县。于是再派诸藩专征，并有驻镇地方之举。
顺治六年五月，改封孔有德为定南王，令将兵二万征广西；改仲明为靖南王，可喜为平南王，各将兵一万征广东。不久，仲明因为隐匿逃人惧罪自杀，其子继茂代领其众，袭封王爵。南进之师最初比较顺利，有德于是年冬即进占桂林，可喜等于次年冬攻克广州，桂王失退梧州。并与张献忠大西军余部李定国、白文选等人合作，使南明力量增大。清廷于顺治八年命镇守汉中的吴三桂进征四川。吴军力量较强，降清时即号称五万，征战过程中又收下投降士兵、扩员，大约已达七万左右。李定国等又转而争夺广西，于顺治九年七月攻克桂林，有德阵亡，子亦被害，部下由其婿广西将军孙延龄及其女孔四贞统领。因为有德的爵位被革除，四藩变为三藩。十年五月，顺治帝为协调西南五省力量，剿抚兼施，最终消灭桂王政权，随后令洪承畴经略五省，兼领江西，授“经略大学士”之印。其职衔全称是：“太保兼太师、内翰林国史院大学士、兵部尚书兼都察院右副都御史，经略湖广、广东、广西、云南、贵州等处地方，总督军务兼理粮饷。”十四年十二月，顺治帝重新部署三路进兵方案，诏授吴三桂为平西大将军，与定西将军墨尔根侍卫李国翰从四川入贵州，另派宁南靖寇大将军罗托与经略大学士洪承畴从湖南、征南将军赵布泰与提督综国安从广西进入贵州。
十五年正月，清军克贵州，顺治命多罗信郡王多尼为安远靖寇大将军，代替先遣之宁南靖寇大将军宗室罗托，与其他两路进取云南。十六年正月，三路大军俱人云南省城，南明永历帝等败走永昌府，后避入缅甸，两广、云贵基本平定。
同年三月，顺治帝根据洪承畴建议，“命平西王驻镇云南，平南王驻镇广东，靖南王驻镇四川（次年七月，改驻福建）”。“三藩”分镇。吴三桂于顺治十八年十二月率兵入缅，强行引渡永历帝及其眷属、随行官员，并另遣总兵追击、并招降巩昌王白文选，不久晋王李定国亦死，云南底定。耿、尚分守闽、粤，亦效地抵御郑成功的进扰。
随后“三藩”拥兵自重，权势日张。光云南每年耗饷最多时达九百余万，平
时亦不下数百万。所以有：“天下财赋，半耗于三藩”这一说法。而且三藩分别专制一方，严重威胁中央施治。吴三桂以功晋封亲王，总管云南、贵州二省文武军民。顺治帝谕：“凡该省文武官贤否甄别举劾，民间利弊因革兴除，及兵马钱粮一切事务，俱暂著该藩总管，奏请施行。内外各该衙门不得掣肘”。并应吴三桂的要求，顺治在授予云贵督抚的敕书中，竟大书“听王节制”四字。此外，吴三桂还委派部下亲信到他省任职，称为“西选”，“西选之官几满天下”。他“散财结士，人人得其死力。专制滇中十余年，日练士马，利器械。水陆冲要，遍置私人，各省提镇，多其心腹。子为额附，朝政纤悉，旦夕飞报。诡称蒙古侵夺丽江、中甸地，及调兵往，又称寇遁，挟边防以自重”。耿、尚即使不如三桂蛮横跋扈，然亦“擅署置官吏”，垄断地方大权，各为一方之患。
“三藩”各自坐拥驻地财源，欺压百姓。吴三桂“踞由榔（永历帝）所居五华山故宫为藩府，增廓崇丽；籍沐天波（黔国公）庄田为藩王；假浚渠筑城为名，广征关市、榷税、盐井、金矿、铜山之利，厚自封殖”，并“招徕商旅，资以藩本，使广通贸易殖货财”。还占据沐氏全部庄田，又圈占明代卫所军田，将耕种这些土地的各族农民变为吴三桂的官佃户，施行明末各种苛重的租税和徭役，又“勒平民为余丁，不从则曰是我‘逃人”。此外还以放牧、狩猎等为借口，强征人民土地，霸占其产业。史载：“昆嗡三百里内为刍牧之场，其外为奉养之区者又三百余所。其道路之所费，岁时畋猎征求，又不与焉。潴其坟墓，庐其室家，役其妻孥，荐绅士庶及于农工商贾，惴惴焉唯旦夕之莫保”。
尚可喜、耿继茂两王即使没有吴三桂那样跋扈，但所镇地方无人敢惹。也同样以各种借口垄断当地财赋，并对民间百姓竭力搜刮、巧取豪夺。甚至利用沿海交通方便的有利条件，不顾清政府的海禁政会，大肆进行走私活动。在康熙初的十余年间，“三藩”的势力已越来越强。居功自傲的功臣在战争结束不久，已成了伏踞南方、危害国家安定与统一的势力。并且，势力越来越大向年轻的康熙皇帝的统治提出严峻的挑战。
清廷在正式撒藩之前，已开始逐渐削减“三藩”权势，限制其不法行为。
第一，收缴大将军印。按清制规定，大将军权势颇重，系临时性差遣，完成任务之后解除职务，将印缴回。可是三桂驻镇云南数载，拒而不缴。康熙二年，清廷遣内大臣对住在京师的之额三桂子驸吴应熊说：“他日永历在缅，边方多故，
故予若父将印，重事权也。今天下大定矣，据之不还何为者？”应熊将朝廷之意转达其父，三桂不得已，上缴大将军印，但内心非常不高兴。
第二，裁兵节饷。早在顺治十七年，有人建议裁减云南绿营兵五分之二，以节约兵饷。三桂借口边疆未靖，兵力难减，因此“倡缅甸水西各役以自固”；康熙四年，以各役先后结束，有人“奏裁云南省绿旗兵五千有奇”。六年，左都御史王熙又奏请裁饷，疏言：“直省钱粮大半耗于云、贵、闽、广之兵饷。云贵地区，藩下官兵岁需俸饷三百余万，本省赋役不足供其十一，势难经久。臣愚以为滇黔已平，绿旗额兵亟宜汰减，即藩下余丁亦宜散遣屯种，则势分而饷亦裕”。
疏上，下部议，令平西王与督抚提镇酌筹裁汰，“省额饷百余万”。
第三，严禁欺行霸市、借势扰民。康熙四年因兵丁扰民甚苦，曾密谕尚可喜：
“以后将所属官兵严加约束，以仰副倚任遣往安辑地方民生之意。勿纵容属员，以为事发伊自受过，与己无涉，草草从事。如此久之，倘有大事，岂能尽委属员？
王宜敬体朕谆谆申谕至意，更改往辙”。康熙六年，王熙又上疏说：“闽、广、江西、湖广等省官员，自置货物售之所属兵民，或指称藩下挟势横行，放债取利，省会要区遍置官商占据盘剥，致小民以贸易为生者颠连失业。请敕部详议王公将军督抚提镇大小官员，有持己资与民争利及奸商借藩下势横行者，严加治罪”。
有旨下部，“申严禁例”。
第四，解除藩王总管云贵两省事务的职务。康熙六年五月，吴三桂以目疾辞云贵两省事务。朝廷立即批准，“将该藩所管各项事务，照各省例，责令该督抚管理”。其大小文官，亦照各省例，由吏部统一题授。同年九月：三桂同党云贵总督卞三元及云南提督张国柱、贵州提督李本深共疏乞留，并以“目前边疆叵测可虑”，威胁朝廷“收回成命”。朝廷官员态度十分坚定，降旨答复：“该藩以精力日为销减请奏，故照所请允行。今地方已子，若令王复理事务，恐其过劳，以致精力大损。如边疆地方遇有军机，王自应料理”。并规定，藩王下属人员不得任督抚。来年冬季，卞三元见三桂与朝廷矛盾日益尖锐，欲求脱身之计，遂托言母病乞休，朝廷准其离任“回旗养母”，另派汉军在蓝旗人甘文馄任云贵总督。
刚驻贵阳，精练标官兵，察访山川形势，试图牵制并逐步取代吴三桂。
康熙亲政并擒拿鳌拜之后，专心学习经史典籍，更加清晰地看出，“三藩”
不能与宋初的开国功臣相提并论，而是属于唐末藩镇之流，势在必除。因此，更
加急切地进行撤藩的准备工作：整顿财政，筹措经费；扩编佐领，加强训练，以期提高八旗兵的战斗力；采取缓和民族矛盾与阶级矛盾的措施，笼络民心。此外，他还十分关心因反对吴三桂而遭到处罚的官员。九年，将因揭发三桂“阴谋不轨”
而被判死刑的原甘肃庆阳府知府傅宏烈免死遣戍广西梧州；十年，康熙东巡经过奉天（今沈阳），亲自召见因劾奏三桂而被流徙尚阳堡的郝浴。浴向皇帝“具陈始末”。康熙听后颇为动容，“慰劳良久”，对他们寄予深切的同情与关怀。不久，又有南明遗臣查如龙窜至云南，煽动吴三桂反叛朝廷。他向吴三桂进见血书说：
“天下督抚提镇及朝中大臣皆有同心，待王为盟津之会。王，华人也，当年之事出于不得已，今天下之机杼在王，王若出兵以临中原，天下响应，此千古一时也”。
此人于事情败泄之后被处死。从此朝廷对吴三桂更加怀疑。“三藩”必撤之势已成，只待有利时机到来。
正在康熙帝对三藩不知如何是好的时候，倒是三藩之一的平南王尚可喜给他提供了一个绝好机会。康熙十二年三月，年近七旬的尚可喜，给康熙帝上了一道奏疏：请求准许他带几百名属下官员和 24000 名孤寡老弱和闲散人丁返回家乡辽东诲城。同时请求准许其长子尚之信承袭王爵，仍然率其官兵家口镇住广东。
尚可喜心知随着清朝的江山逐渐稳定，强藩难以久存，可又不情愿将受骂名、出生入死挣来的地位和家业拱手让出、毁于一旦。但是他在数十年军旅生涯和清初满汉矛盾，“崇满抑汉”的政策中只能拼命表现“忠诚”，早已弄得心力交瘁、精疲力竭。再加上长子尚之信骄恣不孝、横暴擅杀而制造的种种家庭矛盾，他早有心急流勇退。顺治十年、十二年先后两次请求率众北迁还乡，都因南方战事未休而被朝廷驳回请求。这次，他的心腹幕僚金光建议他说：“朝廷方嫌尾大，计莫若率诸少子及左右亲信归耕辽东，避俺答去，朝廷必大喜，则君臣父子之好，可两全无祸。”他深然其议，便上疏请归老辽东。
尚可喜奏疏一上，康熙帝果然“大喜”。然而尚可喜意并不在撤藩，只不过是想把王爵和镇守之权转交其子。为慎重起见，康熙遂召集众臣议定撤藩之事。
大部分人持反对意见。他们的理由是：有的认为移藩后要派军队去原藩地镇守，劳费太大；有的为吴三桂说情，说他镇守边关，地方安定，没有任何谋乱的征兆。
议政王贝勒大臣们也各持己见，莫衷一是。只有兵部尚书明珠、户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等少数人坚决主张撤藩。二十岁的康熙皇帝力排众议，果断作出最
后裁决：“从其所请，将三藩全部迁到山海关外”。他指出，三藩王都有重兵在手，已经形成了尾大不掉之势，吴三桂等人怀有野心，蓄谋已久，若不及早除掉三藩，势必养痈成患，危害天下。于是，康熙派侍郎折尔肯、学士傅达礼赴云南，户部尚书梁清标赴广东、吏部侍郎陈一炳赴福建，催促办理撤藩事宜。
接到撤藩令，吴三桂气急败坏，十分恼怒。他原以为朝廷接到请求撤藩的上疏，一定会对他劝慰挽留，他便能如明代沐英，世守云南，称霸一方了。哪里想到会弄假成真，把自己弄得骑虎难下。
吴三桂当年为报家仇引清军入关屠杀农民起义军，使清兵得以长驱直入。他事明叛明，降清后意又心怀异志。镇守云南后，吴三桂利用独占一方的大权，招降纳叛，横征暴敛，不断扩充实力，势力居三藩之首。他的野心也随之膨胀起来。
他以藩府名义任命官员，且吏、兵二部不得干预，他推荐的被称为“西选”的官员遍及天下。凡工害地方，他都千方百计安插进自己的死党。他的儿子吴应熊被召为皇太极之女的额附（即驸马），从而成为吴三桂安插在京城的耳目。吴三桂属下有 53 佐领、士兵 1.2 万多人。每年朝廷向吴镇拔给的俸饷高达 900 多万两白银。吴三桂还自行征税、开矿、铸钱，与西藏互市茶马，聚敛财富，秣马厉兵互通有无。他广施钱财，结纳土人，即便有一技之长者，也尽行收录，借以收买人心，拉拢一班无耻人士做他的吹鼓手。朝廷曾经查获了南明福王的遗臣查如龙给吴三桂的血书，书中劝吴三桂起兵反清。诡计多端的吴三桂怕败露马脚，遂大兴土木，搜罗美女，做出安于享乐、胸无大志的样子来麻痹视听，暗中操练，待机而动。如今康熙要撤藩，他自恃兵强马壮地险财多，决意起兵谋反。他假意接受了折尔肯、傅达礼带来的撤藩令，以便拖延时间，暗中却派人同尚耿密谋策划，同时封闭了所有要道，严密封锁消息，只许人进，不许人出。明朝的这个叛臣，主使残害南明永历帝的逆子，现在却做出一副忠臣的样子，还要求在撤藩前拜谒一次永历皇帝的陵墓。他身着明朝衣冠，伏在陵墓前放声痛哭，竟然悲痛得不能站立。傅达礼见吴三桂再三借故拖延起程时间，怕日久生变，就回朝复命，没走多远便被吴三桂派人截回。康熙十二年（1673）冬，吴三桂自封为“天下都招讨兵马大元帅”，举起“兴明讨虏”的旗帜，公开叛乱。随即杀害了坚决执行“撤藩令”的巡抚朱国治，又将反对叛乱的官员全部关进监狱。随后吴三桂发表了叛乱公告，继续打着“反清复明”的旗号蛊惑人心。他无耻地以崇祯皇帝三太子的
监护人自居，攻击清政府的统一使彗星流陨，天怒于上，山崩地裂，地怨于下，鼓吹自己兴兵叛乱是伐暴救民，顺意天命。
吴三桂公开宣叛，他分布在各地的党羽纷纷响应。各地的告急文书频频传至京城，举朝震惊。原来就反对撤藩的人乘机诋毁，认为吴氏叛乱是撤藩引起的。
大学士索额图竟要求杀掉主张撤藩的明珠等人以震慑叛逆。年轻的康熙皇帝临危不惧，严厉驳斥了这些护藩调。他说：“三藩势焰日炽，撤亦反，不撤亦反，因此决不仿效汉景帝诛晁错以平七国之乱的做法。”随后，康熙下达了武装平叛的命令。
这时其他两藩也举起了反旗，一时战火燎燃大半个中国。康熙认为吴三桂是三藩之乱的罪魁祸首，灭掉吴三桂，其他叛军就会不打自散，于是他确定了以重点打击吴三桂的策略。康熙任命勒尔锦为宁南靖寇大将军，命令他由湖南进剿叛军，严防叛军东犯湖广；又派将军瓦尔洛进驻四川，断绝叛军人蜀之路；同时命莫洛率兵驻扎西安，阻止叛军进兵西北。
再说叛军中的马宝一路很快攻下沅州、常德等地，王屏藩率大军直入四川，迫使瓦尔洛所率清军退回了广元。吴三桂亲临常德、澧州一线督战，并通过西藏的达赖喇嘛致书康熙，要求裂土罢兵，允许他在长江以南割据。不少清军将领贪生怕死，望风而逃。身负重任的勒尔锦驻扎在荆州，没等同叛军交战便埋掉新铸的大炮逃窜。面对战争的暂时失利，康熙武装平叛的决心丝毫没有动摇。他严厉回绝了达赖为吴三桂进行的斡旋，并提出要御驾亲征。但由于要掌握全局，稳固后方，康熙亲征的想法才没有实行。
议和不成，吴军又在江西接连攻下 30 多座城池。王屏藩则由四川攻进陕甘，直插清军后方。康熙十四年（1675）一月，吴三桂的义子，陕西提督王辅臣打死经略莫洛，率部反叛，占据了平凉城。吴三桂立即派人送上重金犒赏王辅臣，封他为“平远大将军陕西东路总管”。在王屏藩的接应下，不久泰州、兰州、巩昌、定边等地，也落人王辅臣之手。叛军的气焰一时甚嚣尘上，吴三桂扬言要乘胜夺取荆州，攻打北京。
就在这时占据了战略要地的王辅臣，已经成为平叛中一个举足轻重的棋子。
康熙采取了剿抚结合的策略，集中力量对付王辅臣。他先派王辅臣的儿子去向父亲劝降，接着又派图海进军平凉。王辅臣中了图海的调虎离山计，损兵折将，锐
气大挫。他困守孤城，陷入了内无粮草、外无救兵的绝境，只得向清军投降。平凉一失，吴三桂在陕西的攻势也随之丧失了。康熙十五年（1676），清军收复了陕西全境。与此同时，康亲王杰书荡平了江西、浙江境内的吴军，迫使耿精忠投降。清军乘胜进军，康熙十七年（1678），又收复了浏阳、平江等地。
曾经嚣张一时的吴三桂见大势已去，妄想垂死挣扎，急急忙忙演出了登基称帝的丑剧。康熙十七年（1678）三月，吴三桂命人在衡阳草草修建了百余间庐舍，用黄漆涂刷房顶权做皇宫。三月二十八日，吴三桂登上了临时搭成的祭坛祭祀天地，并改国号为周，年号昭武，封妻子张氏为后，孙子世瑶为太孙。而此时，风雨大作，充当朝殿的庐舍被刮得东摇西晃，黄漆房顶被冲得面目全非，吴三桂和他的“朝臣”们都感到十分败兴。吴三桂称帝后，立即给叛军首领们封官晋爵，又在云南匆忙举行乡试，搜罗了 73 名“举人”，为吴氏小王朝收买人心，装点门面。此时，吴三桂彻底扔掉“复明”的遮羞布，将自己的狼子野心大白于天下，因此处境更加孤立。再加上，清军的攻势更加锐不可挡，吴氏小王朝日益陷人内外交困的境地。年已 67 岁的吴三桂惶惶不可终日，患中风噎嗝症死去，仅仅做了不到 5 个月的“皇帝”。吴三桂死后，由太孙吴世瑶继皇位。
为了瓦解叛军，康熙下令对叛乱的协从者宽大处理，如果能及早反正，将功折罪，还要论功行赏。这一举措使叛军的士气更加低落了。只有极少数顽固分子还主张向北进攻，与清军决一死战，即使不能得胜，但至少还可以占据黄河以南。
可是大多数叛军已经成了惊弓之鸟，不愿意再去送死。吴世瑶只好率领残兵败将退守云贵老巢，做垂死挣扎。传闻，当年吴三桂曾在衡州岳神庙中用小灵龟来占卜自己的命运，但是小灵龟在地图上爬来爬去，向北最终还是没有越过长沙、常德一线，最后还是返回了南方。吴三桂觉得不合心意，又连着试了几次，都是如此。他和部下面面相觑，大惊失色。现在吴世瑶恰恰退守云贵，这很难说是灵龟的灵验，却预示了“以一隅敌天下”破坏统一的吴氏叛乱集团已经死期在即了。
康熙十九年（1680）年，下冷清军分三路进军云南，向叛军发起总攻。定远平寇大将军章泰率领第一路大军由平越（今贵州福泉）进军贵阳。在盘江西坡一战中，击破了叛军夏国相的象阵，吴世瑶匆忙逃到昆明，清军乘胜收复了贵州全境。征南大将军赖塔率第二路大军从广西进兵云南，同章泰的大军在曲靖会合后，分兵攻打昆明。叛将郭壮图在城外 30 里处摆开象阵迎战清军，双方相持不下。
终于章泰和赖塔左右夹攻，叛军退到城东的归化寺，清军包围了昆明城。这时吴世瑶把所有叛首的家属都转移进五华山宫城，并下令至死抵抗。他还抱着一线希望——等待四川援军和达赖喇嘛的人前来解围。殊不知云贵总督赵良栋率领的第三路大军全歼了四川叛军，并截获了吴世瑶向达赖求援的书信，阻断其与救兵的联系，接着由四川进入云南，同两路大军在昆明城下会师。清军全面包围昆明城，赵良栋身先士卒，率军力战。食尽援绝的南门守敌首先向清军投降。吴世瑶穿戴着皇帝衣冠服毒自杀，郭壮图自焚身亡。在康熙二十年（1681），这一场历时八年、祸及大半个中国的三藩之乱终于被平定了。
平叛胜利的消息传来以后，朝野一片欢腾。康熙挥笔写下《滇平》一诗，用以表达自己的欣喜心情。诗云：“洱海昆池道路难，捷书夜半到长安。未矜干羽三苗格，乍喜征输六诏宽。天末远收金马隘，军中新解铁衣寒。田思几载焦劳意，此日方同万国欢。”
在长达 8 年的平叛中，康熙运筹帷幄，显示出卓越的政治远见和高超的军事才能。他坚持擒贼先擒王，始终把矛头指向叛首吴三桂，平叛开始时先暂缓撤除尚耿二镇，抚谕两镇降清，砍掉了吴军的左膀右臂。使之孤立，待大局已定，才对尚耿两藩加以处置。在平叛过程中，他始终贯切剿抚并用，分化瓦解的政策，对叛党首领的亲属，即使是吴应熊这样非除不可的，也概不株连治罪。对那些临阵脱逃，贻误战机的清军将领，则毫不姑息。在他看来，将在外，情况多变，不能依靠君王的具体指示去作战，因此指挥官必须相机行事，相互配合，主动进击。
康熙还命令兵部每隔 400 里设立 1 个通讯站，迅速传递军情，以便尽快了解前线的战况。并且还对每天收到的几百份战报，作一一批谕，及时作出决断。他严禁兵士侵扰百姓，裁减浮费，改折漕贡，增加盐课杂税，核减田赋税额，以增加收入，安抚百姓保证平叛的供应。平叛战争的最后胜利，与康熙采取的这些措施是分不开的。
