建武二年九月，赤眉军乘邓禹驻守云阳之机，复入长安，居住桂宫，得知汉中王刘嘉的叛将延岑北出散关，屯兵杜陵。赤眉军左大司马逄安率十万余兵马攻打延岑。
邓禹闻讯，认为逄安精兵在外，长安城中只有刘盆子与老幼嬴弱，便亲自领兵偷袭。没想到，到了长安城中，与前来救助的赤眉军右大司马谢禄相遇，夜战槁街。邓禹大败，退至高陵，军粮已尽，士卒饥饿，皆食菜枣，势难再战。邓禹当即驿马传羽书，急求接济。
赤眉、延岑相继暴乱三辅（京兆、左冯翊、右扶风这三位官员管辖的地区），郡县大姓纷纷各拥兵众，固守其地，邓禹不能平定如此局面。
刘秀闻知，反复斟酌：邓禹兵疲力尽，不堪再战，而廷尉岑彭率了一部分将士南征，大司马吴汉带着九位将军北击五楼、五幡等残贼，京都兵力又有限，真不知如何是好。就在这时，击败淮阳寇贼后的阳夏侯奉诏归家上坟，如今正好回朝复命。
冯异智勇双全，带兵素来军纪严明，甚受吏民欢迎，刘秀认为冯异可代邓禹。于是，他便召见冯异，当面叮嘱道：“三辅吏民遭王莽、更始之乱，重以赤眉、延岑之酷，生灵涂炭，无所依诉。今遣卿征战，并非要略地屠城，旨在平定地方，安抚百姓。朕看诸将，非打仗不好，然到处劫掠，军纪松懈。卿称‘大树将军’，平日能御吏士，特委卿以重任，无为郡县所害。”
冯异顿首受命拜别刘秀，立即向西进发。刘秀车驾亲自送到河南，赐以乘舆与宝剑。
冯异沿途布威施信，吏民畏服。洛阳与长安间的弘农郡，当时有十余只义军将领，一听说冯异路过，立即率众归附他。西进的冯异军队在弘农郡华阴（今陕西华阴县）与赤眉军一部遭遇，双方相拒六十多天，交战数十回合，终于迫使其将刘始、王宣率五千人马投降。冯异作战不急不躁，稳扎稳打，很有章法。
武力只能占据城邑，却不得人心，想要征服民心，怀柔才是正道。
延岑得知逄安来攻，便与更始将军李宝合兵数万人，与赤眉军左大司马逄安战于杜陵。延岑大败，死者万人，延岑收集散兵逃走，而李宝降了逄安。然而，随后没多久，李宝遣人私见延岑说：“将军努力再战，我当从内部反击而出，里外合势，必大破逄安。”
延岑于是回来向逄安挑战，逄安倾巢而出，进攻延岑。殊不知李宝随后便从后阵闪出，悉数拔掉赤眉军的旗帜，更立自己的幡旗。
这边，延岑自是不敌逄安，节节败退，逄安追赶不上，遂疲惫还营，然而却看到城上旗帜都是白色的，当下将士皆落荒而逃，有些甚至自投川谷，死者十万余人。逄安与数千人脱归长安。
赤眉军刚失去十万余人，军心怨沸之时，冯异所率汉兵又日益逼近，赤眉军越发人心涣散。
还驾洛阳后的刘秀，接连收到军书，尽知冯异恩威并施，所到之处，吏民所归。刘秀决定召还邓禹，遣使者前去颁诏，诏书是这样写的：
卿慎毋与穷寇争锋，赤眉无谷，自当东来，吾以饱待饥，以逸待劳，折棰笞之，非诸将忧也，卿其速归，无得复妄进兵！
同时，为了堵住赤眉军的退路，刘秀分别派出破奸将军侯进屯于新安；建威大将军耿弇屯于宜阳；并下令诸将：“贼若东走，可引宜阳兵会新安，贼若南走,可引新安兵会宜阳.”。这是个两头能相呼应的连环布局，很是巧妙。
刘秀为了打赢关中之战，前后调遣了四支部队：一支西进，由冯异率领，两支东堵分别由侯进与耿弇率领，一支东撤，由邓禹率领。这是一个完整的作战方案。如果不出意外，关中战役很快就会结束。
但是，没想到，邓禹惭于受任而功不遂，数以饥卒出战，虽然都是吃了败仗，但是却不肯马上归刘扬。当时，三辅大饥，人相食，城郭皆空，白骨遍野。赤眉军无所掳掠，陷入了困境。
这时邓禹再次自作主张，率车骑将军邓弘从河东郡的河北（今山西芮城）渡过黄河，来到弘农郡的湖城（今河南灵宝西），邀请冯异与赤眉较量较量。
冯异头脑十分冷静地拒绝了，他说：“异与贼盗相拒数十日，虽得俘获雄将，但余众尚多，可稍示恩信，徐徐招诱，强于用兵难攻，冀望速胜。古人曰：‘困兽犹斗。’陛下今使诸将屯渑池，扼其东，使异击其西，彼此并力，一举获胜，不留遗患，此乃万全之策。”
邓禹不听，遂用饥卒列阵，与赤眉军决战。邓弘请为先锋，离开大军，击鼓进攻，与赤眉军大战。
赤眉军佯装败退，尽弃辎重而走。其实那些辎车全部装着土，用粮豆覆盖上面。汉兵不知有诈，见到粮豆便欢呼雀跃，围住辎车，扔下武器，争相取食。不料，赤眉军转身杀回，喊声震天动地。邓弘的汉兵队阵自是大乱，各自奔逃。
大队后观敌料阵的邓禹，眼见邓弘军伍已败，连忙招呼冯异，两人并力疾驱，催动将士截杀赤眉军。赤眉军见人多势众，丢下不少尸首，后退一箭之地，驻足观望，准备反扑。
此时，冯异见士卒饥乏困顿，面露怯色，便劝谏邓禹说：“赤眉军稍稍退却，并非真败。我军饥劳已甚，暂宜歇息，不可再进。”
邓禹不听，挥兵再进。突然，一声鼓响，赤眉军伏兵四出，呼喊着从丛林跳出，向汉兵合拢聚攻。
冯异、邓禹寡不敌众，死伤三千多人。眨眼间，被赤眉军冲散。
邓禹亲兵二十四骑，保护着他，杀开一条血路，径奔宜阳，保住了性命。而冯异边杀边退，坐骑受伤，弃马步行，退到回溪阪。
回溪阪谷长四里，宽二丈，深二丈五尺。溪壁陡峭，树木茂密，地形复杂，溪势险要。冯异与麾下数人攀援溪壁，躲进深林中，方得逃脱归营。
邓禹、冯异此番必赤眉军所败，汉军由主动变为了被动。
刘秀围困赤眉军，或决战宜阳，或决战新安的战略运筹，恐怕要落空了。
