从认识论证明灵魂和肉体之间的区别在哲学史上占有相当重要的地位。人们之所以把笛卡尔的“从认识论证明上帝存在”的观点看得很重，是因为笛卡尔在这里才真正意义上证明了上帝的存在。而在这以前，笛卡尔只是从事物的本质上进行分析，认为灵魂和肉体很可能存在区别或者确实是不同的，并没有从实质上讲明灵魂和肉体的区别。而在这里，笛卡尔在真正意义上证明，灵魂和肉体，精神和物质是真正地、绝对地实实在在有区别的。这体现了笛卡尔从简单到复杂，从抽象到具体的论证方法。
灵魂与肉体统一
笛卡尔在论述“灵魂与肉体的区别”时，把灵魂与肉体完全对立起来，认为灵魂与肉体是互不相同的两个实体。当然，这也是笛卡尔第一哲学的本来目的，笛卡尔为了这个目的作了很多极端的论述。但是，笛卡尔在漫漫的研究过程中发现，灵魂与肉体不能绝对的对立。于是，笛卡尔又从多个角度证明了“灵魂和肉体是相互统一的”这一观点。笛卡尔认为，灵魂和肉体虽然是区别的，但也是统一的：感觉就是灵魂和肉体相互统一的最好的证明，例如疼痛、饥饿、干渴以及其他的感觉都是灵魂和肉体结合的最好的明证；灵魂和肉体是全面地结合在一起的，不可分割的，它们结合的方式如同重力和物体的结合方式一样；灵魂与肉体虽然是全面地结合在一起的，但是精神主要处于肉体的大脑之中，并且只是处于大脑之中的一个小腺体之中。
笛卡尔在论述“灵魂与肉体的区别”时，把灵魂与肉体完全对立起来，认为灵魂与肉体是互不相同的两个实体。当然，这也是笛卡尔第一哲学的本来目的，笛卡尔为了这个目的作了很多极端的论述。但是，笛卡尔在漫漫的研究过程中发现，灵魂与肉体不能绝对的对立。如果真的像论述的那样，灵魂与肉体是绝对对立的，那么它们又是如何统一在一起的呢？毕竟，我们理解中的“人”既是有灵魂的也是有肉体的。这一点不可否认。那么，这一点如何解释呢？笛卡尔在无奈之下不得不承认，灵魂与肉体既是区别的又是统一的观念。当然，由于自己在论述灵魂与肉体的区别上所作的判断有点极端，直接导致笛卡尔在证明“灵魂与肉体的统一”的问题上有了很大的困难。
下面我们先看笛卡尔是怎样表述他的“灵魂与肉体统一”的：
首先，笛卡尔在他的“自然的概念”中表述了他“灵魂与肉体的统一”的思想。按照笛卡尔的自然观念，自然一般来讲是指上帝安排的一切秩序。从另一个角度讲，自然就是上帝所赋予我的一切东西，包括灵魂和肉体，在这里，自然就是我个人的自然。自然都是上帝安排的，当然，自然的一切东西都是真的。这就是说，自然告诉我，我有一个肉体，“当我感觉到痛苦的时候，它就不舒服，当我感觉到饿或者渴的时候，它就需要吃或者喝。”这也就是说，只要身体受到伤害，我（灵魂）立刻就会感觉到疼痛。而渴或者饿或者其他更多的感觉，本身又都是灵魂与肉体的结合所产生的结果，可见，灵魂与肉体是浑然一体的。那么，身体和灵魂又是怎样结合在一起的呢？笛卡尔说，“虽然精神结合全部肉体，但这并不是说它会伸展到全部肉体上去，因为广延并不是精神的特性，它的特性仅仅是思维——虽然精神有推动肉体的力量和性能，但是毕竟不是属于肉体一类的，它不是物质性质的东西。”实际上，我们可以先不管，笛卡尔是怎样论述精神和肉体是如何结合在一起的。总之，笛卡尔在这里承认灵魂与肉体并不是绝对能区别开的，也是统一在一起的。
其次，笛卡尔在他的“重力比喻”的理论中重申了他的“灵魂与肉体的统一”的思想。笛卡尔的“重力比喻”的理论是这样的：我们应该把重力、热等物体看作是实体，因为它们的性质和我们通常所理解的物体存在的性质是有所区别的。笛卡尔举例说，“就像一件衣服，从它本身上看，它是一个实体，虽然把它联系到穿衣服的人时，它可以是一个性质。”但是，我们都知道，物体的重力的最大特点就是它能够不借助机械的方式引起物体的运动，从这个角度看，物体的重力不同于物体本身，而只是物体的一种“实在的性质”。更巧妙的是物体的重力与物体的结合方式。物体的重力是以一种特殊的方式和物体结合在一起的，“与物体有同等范围，布满全部有重量的物体。”笛卡尔以此为突破口认为，物体的重力这一独特的特性可以形象地说明灵魂与肉体的统一关系。一方面，灵魂或者精神可以像物体的重力以一种非机械的方式作用于物体那样，以一种非机械的方式作用于肉体或者物质。另一方面，即使精神和肉体是有区别的，但是精神可以与肉体具有同等的范围。正如重力虽然不同于物质却可以与物体紧密地结合在一起一样，灵魂或者精神也可以以这种独特的方式与肉体或者物质结合在一起。在这里，笛卡尔实际上也承认灵魂与肉体是统一在一起的。
再次，笛卡尔在《哲学原理》中也表述了“灵魂与肉体相统一”的学说。
笛卡尔在《哲学原理》中有过这样的一段论述：
“我们必须注意到，我们的灵魂虽然和全身结合着，可它只是在大脑里发挥它的主要功能；正是在脑部，它不但进行理解、想象，而且还进行感觉。感觉以神经末梢为媒介，就像一张精致的网一样，从大脑一直延伸到全身的各个部分，这些部分和神经结合得如此紧密，只要我们接触到任何部分，总要刺激那里的某些神经末梢，通过这条神经，这个运动一直通到大脑，那就是‘共同感官’的所在地——各运动神经末梢直通大脑，我们的灵魂和大脑紧密地连接着和统一着，并根据运动中的多样性而使大脑有各种各样的思想。最后，我认为灵魂的这些各种各样的思想，直接来源于通过神经末梢在大脑中所引起的那些运动，这些思想我们确切地把它们叫作‘我们的感觉’，或更恰当一些把它们叫作‘我们的感官知觉’。”我们很明显地从这里看见笛卡尔的“灵魂和肉体是统一在一起”的思想。笛卡尔在这里很明显地论说了以下一些观点：
1、精神或者灵魂是和大脑紧密地联系在一起的；
2、大脑是通过神经末梢和身体的各个部分联系在一起的；
3、身体各个部分的运动通过神经末梢传递给大脑，继而在大脑激起各种各样的运动；
4、大脑中的这些运动使得我们的精神或者灵魂产生各种各样的思想。
通过这些观点，我们可以看出，笛卡尔承认灵魂和精神是紧密地联系在一起的。
最后，笛卡尔在《灵魂的激情》一书中也表述了相同的思想——“灵魂与肉体相统一”。
为了证明“灵魂和肉体的统一”，为了更清楚地说明“没有广延的灵魂和有广延的肉体是怎么结合在一起并相互作用”这一观点，笛卡尔在《灵魂的激情》一书中提出了“松果腺理论”。笛卡尔说，“虽然灵魂和整个身体相结合，然而在身体之中的某一个部位，灵魂在那里比在其他任何部分都更显著地发挥它的功能。”笛卡尔还指出，他所说的这个部分并不是心脏，而是大脑最里面的那一部分，即以某一种方式悬于脑管之上的腺体。在这里所讲的脑管，是只能联系大脑前腔和大脑后腔的动物元气的组织；前腔和后腔的元气的联络将直接导致小腺体的变化；并且，即使是元气路径中的每一次微妙的变化，也能引起腺体的剧烈变化。灵魂就在这个小腺体的变化中发挥它的巨大威力。这就是笛卡尔的“松果腺理论”。笛卡尔在这里所说的“小腺体”从解剖学的角度看，就是“松果腺”。“松果腺理论”的提出为灵魂与肉体的统一提供了理论和生理学基础。也就是说，笛卡尔通过“松果腺理论”的论述从更加现实的角度证明了灵魂和肉体、精神和物质的统一。
综述这些内容，我们可以得出笛卡尔关于“灵魂和肉体统一”的论述的基本思路：
1、感觉是灵魂和肉体统一的最好明证。例如饥饿，口渴、疼痛等感觉以一种非常直接的方式证明了物质和精神、灵魂和肉体的统一。
2、灵魂和肉体是以一种独特的方式全面地结合在一起的，是不能简简单单就把它们分开的。也就是说，灵魂和肉体的结合是内在的，不是表面的联系和结合，而是各个层次上的统一。灵魂和肉体的结合方式如同重力和物体的结合方式一样，是互相渗透的，是不能分开的：精神结合在整个肉体之中，并与肉体同在；精神不会因为肉体的一部分的损伤而受伤或消失；精神是与肉体结合在一起的，但是精神永远处于绝对的优势地位。
3、精神虽然与肉体是整体地结合在一起的，但是精神主要发挥作用于大脑内部的一个小腺体之中。
4、精神和肉体结合在一起并互相作用是以动物元气和神经系统为中介的。没有动物元气，灵魂或者精神就不能发挥作用；没有神经系统就不能把肉体与精神最终结合在一起。也就是说，动物元气为精神和肉体的互相作用提供了动力；而神经系统为精神和肉体的互相作用提供了沟通和互相影响的通路。
5、“精神和肉体的统一”中的“统一”，实际上并不是静止的统一状态，而是一个精神和肉体互相作用的动态过程。一方面，肉体受到外界对象的刺激，会通过神经系统把刺激送到大脑，从而在大脑中产生相应的运动，继而是灵魂产生反应。另一方面，灵魂中的运动会通过神经系统和动物元气传输到肉体引起肉体的相应运动。
总而言之，笛卡尔认为，灵魂和肉体虽然是区别的，但也是统一的：感觉就是灵魂和肉体相互统一的最好证明，例如疼痛、饥饿、干渴以及其他的感觉都是灵魂和肉体结合的最好的明证；灵魂和肉体是全面地结合在一起的，不可分割的，它们结合的方式如同重力和物体的结合方式一样；灵魂与肉体虽然是全面地结合在一起的，但是精神主要处于肉体的大脑之中，并且只是处于大脑之中的一个小腺体之中。
