最后，笛卡尔的第一哲学就是要证明上帝的存在和灵魂不死，如果不能把灵魂从它与物质或者肉体的混沌关系中解放出来，笛卡尔的第一哲学就无法展开。笛卡尔说，“由于我们知道现在对于属于精神的东西没有任何观念，不是非常模糊，就是把它们和可感觉的东西混杂在一起，并且由于这是人们之所以没有能够足够清楚地理解关于上帝和灵魂所说的任何东西的首要原因——为了更好地理解非物质的或者形而上的东西，就必须把感官从感觉中解放出来。”总之，笛卡尔认为，把上帝和灵魂与感官的东西混杂在一起是无法认识它们的。所以，只有把精神从物质中解放出来，才能把灵魂和肉体区别开来。
通过上面这几点的论述，我们已经大致弄明白笛卡尔将灵魂和肉体区分开的真正原因，但是，笛卡尔又是怎样来证明灵魂与肉体是确定不同的呢？针对这一问题，笛卡尔在其著作《第一哲学沉思录》中有过详细地证明。具体来讲，笛卡尔是从以下几个角度来证明灵魂与肉体的区别的：
从怀疑的角度证明灵魂与肉体的区别
首先，物质的存在是可以怀疑的；灵魂和精神的存在是不可以怀疑的。从“我思，故我在”这一命题来看，物质世界和精神、灵魂之间有一种必然的联系。一方面，必须有“我”的存在，“我”才能思想，假如“我”一边在怀疑，一边又不存在，这之间是相互矛盾的（笛卡尔在这里所说的“我”是一个思想着的“我”，一个灵魂的“我”）。另一方面，除“我”的存在之外的事物（即物质世界），它们的怀疑是不确定的，是可以怀疑的。“物质的存在是可以怀疑的；灵魂和精神的存在是不可以怀疑的。”这一点是灵魂和肉体，物质和精神之间的最基本的也是最大的区别，是第一区别。
其次，笛卡尔的命题“我思，故我在”中的“我”是一个思想者的实体，也就是说，“我”一面是思想着的，另一面又是我思想的结果。假如“我”没有思想，就没有“我”。或者说，“我”的全部本质或者本性就在于“我在思想”；我在思想与我的存在之间是密切的因果关系。例如笛卡尔说，“我可以想象我没有形体，没有身体，但是我不敢想象我没有思想，因为我没有思想，我将不能存在，我也不能够思想”。可见，在笛卡尔看来，身体和“我”是可以分开的，而“灵魂”、“思想”与“我”是不可分的。也即：“我思，故我在”中的“我”不依赖于任何物质性的东西而存在，它存在的惟一的原因就是思想。从怀疑的角度看，这是灵魂与肉体之间的第二区别。
最后，对灵魂和对物体的认识方式或者过程是有区别的。对灵魂的认识是直接的，是“我”的自我意识对灵魂的知觉，不需要经过任何中介；对物体的认识是间接的，是不能仅仅靠感觉来认识物体的。笛卡尔说：“蜡在不同的情况下会呈现不同的状态，但是不管呈现出什么样的状态，蜡仍然还是那块蜡。因此，对于物体的认识，不应该仅仅诉诸于感官体验，而应该借助于理智来进一步认识事物的本质。”所以说，对事物的认识不是直接的，而是间接的。总之，对事物和对灵魂的认识方式是不同的。这也是事物和灵魂的最大的区别之一。当然，笛卡尔承认，对每一种事物的认识本身实际上都是思想，都是对思想的一种认识。也正是因为这样，我们才可以更加肯定地说，对灵魂的认识比对事物本性的认识更加直接；或者说对事物的认识和对灵魂的认识方式或者认识过程是不一样的。
从本体的角度证明灵魂与肉体的区别
笛卡尔不仅从怀疑的角度证明灵魂和肉体是有区别的，而且还分别从灵魂和肉体本身来证明它们之间是有区别的。也即，笛卡尔认为灵魂和肉体从本性上来讲是属于不同类型的。这就是所谓的“从本体的角度证明灵魂与肉体的区别”。具体来讲可以从以下几个方面分析这一内容：
首先，从灵魂和肉体本身的角度来看，它们是完全不同甚至是互相对立的。笛卡尔认为，灵魂和肉体是两个互不相干的实体，它们的属性和样式都是绝对不同的。不仅从属性的角度来看它们是不同的（精神的属性是思维，物体的属性是广延），而且从样式和行为的角度来看它们也是绝对不同的。例如笛卡尔说，“在肉体的概念里面不包含任何属于精神上的东西；反过来，在精神的概念里面也不包含任何属于肉体的东西，”“一些我们称之为物体性的行为，如大小、形状、运动以及一些其他凡是可以被我们领会为不占有任何空间的东西，我们把寓于这些行为中的实体称为物体；相对地，有一些其他的行为，我们称之为理智的，如理解、意愿、想象或者感觉等等，所有这些，在它们不能不有思维或者知觉，或者领会和认识这一点都是共同的；它们寓于其中的实体，我们把它叫做在思维的东西，或者精神。”笛卡尔在这些内容中表述得非常清楚，在他看来，理智性的行为和物体性的行为之间是有着巨大的差别的，或者说，它们的属性思维和广延没有任何关系。所以，灵魂和肉体从本身作为实体的角度来看也是不同的。
其次，灵魂和肉体都可以脱离对方而单独存在。笛卡尔说，“精神可以不依靠大脑而行为，因为，毫无疑问，当问题在于做一种纯智力活动时，大脑一点用处也没有，只有在感觉或者想象的过程中，它才有用处。”可见，在笛卡尔看来，精神和肉体并不依赖对方的存在而存在，也就是说，精神可以脱离大脑的存在而存在，大脑也可以不用思考而存在。一方面，大脑是一个纯物质性的器官，而精神活动或者纯智力活动是纯智力的，物质性的大脑和纯智力的活动没有任何关系。另一方面，物质性的大脑的物质性的活动和纯智力的活动也没有任何关系，大脑的物质性活动（如大脑中的血液循环）并不依赖于精神的活动而活动。
再次，肉体是可分的，灵魂是不可分的。笛卡尔说，“肉体永远是可分的，而精神永远是不可分的。”在笛卡尔看来，凡是物质性的东西，有广延的东西，哪怕是从来没有遇见过的最渺小的东西，它也是可以再分的。但是，灵魂，我们所理解的灵魂，假如一个再伟大的灵魂，我们也不能理解它是可以分成几半或者几份。正如笛卡尔说，“我在精神里分不出什么部分来，我把我自己领会为一个单一的、完整的东西，而且尽管整个精神和整个肉体结合在一起，可是当一只脚或者一只胳膊或别的什么部分从我的肉体截去的时候，肯定从我的精神上并没有截去什么东西。愿望、感觉、领会等功能真正说来也不能是精神的一些部分，因为精神是全部从事于愿望、感觉、领会等功能。”
最后，肉体是可以灭亡的，而精神或者灵魂是不朽的。笛卡尔认为，“在一般意义下，物体是一种实体，因此它也是不死亡的，但是人的肉体就其有别于其他物体这一点来说，它不过是由一些形状改变和其他类似的一些偶性组合而成的，——仅仅由于它的某些部分的形状改变，它就不再是同一的肉体了。”通过这一论述，笛卡尔告诉我们，一切上帝创造的实体，从本质上讲是不可灭的，除了上帝消灭它。但是，肉体是很容易灭亡的，只要身体的某一部分发生改变，它也就不再是原来的肉体了。但是与此相反的灵魂并不如此，灵魂是一个单一的实体，不是像肉体一样是由一些偶性的组合而成的。因此，灵魂是不朽的，是不会死亡的。例如，笛卡尔说，“人的精神或者灵魂，从按期能够被自然哲学所认识的程度来讲，是不死的。”
从认识论的角度证明灵魂与肉体的区别
关于从认识论角度来证明“灵魂与肉体的区别”，笛卡尔有一段著名的论述。笛卡尔说，实际上我们都知道，凡是我们能清楚分明地领会到的东西，上帝都能在第一时间内读懂我们的“领会”，然后创造出我们本身所能领会到的东西。所以说，对于我们来讲，如果我们要确定一个东西和另一个东西不同，我们只要能够做到把一个东西和另一个东西清楚分明地区别开来就完全可以了，因为它们本身就是可以分开放置的，至少全能的上帝能把它们分开放置。而深究到底是什么样的力量把它们分开的，这就没有任何必要了。我们只要能意识到它们是可以分开的就足够了。也就是说，从我们可以清楚分明地领会到自己的存在，并且能同时领会到自己除了是一个纯粹思维的存在体之外，没有任何别的东西是能和我们的本性或者本质联系在一起的，我们就可以得出这样的结论：“我”的本质实际上就在于“我”是一个纯粹思维的实体，即使很可能存在一个同时和“我”这个纯粹思维的实体关系密切的肉体，但是这个肉体本身不影响“我思维”的这一实质。这也就是说，“我”一方面有一个清楚分明的“我”自己存在的观念，另一方面，我又有一个与“我思维”这一存在紧密联系在一起的肉体。从这里可以看出，“我思维”的“我”和肉身的“我”是有区别的，“思维”的我可以脱离肉体而单独存在。
这就是笛卡尔根据认识本身发展的先后顺序，对“灵魂和肉体”或者“精神和物质”之间的区别的证明。
另外，对这一证明过程，笛卡尔还从几何学的角度作了证明：
1、我们所能清楚分明地领会到的东西很可能是上帝按照我们所领会到的那样创造出来的；
2、我能清楚分明地领会到一个不带有肉体的精神的实体；
3、我能清楚分明地领会到一个不带有精神的广延的肉体——我能把“不带有肉体的精神的实体”和“不带有精神的广延的肉体”区分开来；
4、精神和物质，灵魂和肉体既然可以区别开来理解，那么它们是有区别的。
