绝世美人海伦被夺，她愤怒的丈夫召集诸多英雄，组成了古希腊联军浩浩荡荡开赴特洛伊。而特洛伊也紧急厉兵秣马，火药味一下子浓了起来，甚至连众神也参与了进来。赫拉、雅典娜、波塞冬站在希腊联军这边，而阿佛洛狄忒、阿瑞斯和阿波罗帮助的是特洛伊。可以说，特洛伊战争不仅仅是人与人之间的对决，也是神与神之间的比拼。
古希腊各地的英雄勇士都集合起来了，十万远征军齐聚港口准备出发。他们的心中充满了海伦被夺的愤怒，也高涨着即将击败特洛伊的兴奋。可是在这时，古希腊联军主帅阿伽门农在打猎时误伤了狩猎女神阿尔忒弥斯的神鹿。阿尔忒弥斯大发雷霆，刮起飓风阻止舰队出航。无奈之下，阿伽门农只好用女儿伊菲吉妮娅祭神来平息女神的愤怒。就在刀起刀落之际，阿尔忒弥斯终于动了恻隐之心，刮来一阵风卷走了伊菲吉妮娅，让她成为自己的女祭司。无论如何，女神的愤怒被平息了，大风也就此停止，古希腊舰队终于可以扬帆出港了。
然而，事情并没有古希腊人想象的那么顺利，舰队刚刚到达特洛伊，就被早有准备的特洛伊军队迎头痛击。古希腊联军虽然强大但是不熟悉地形，特洛伊虽然弱小但是地利人和，双方打了个平手。此后战争互有胜负，陷入了拉锯战，一直持续了9年。
希腊联军内讧
战争的第十个年头很快来临了，经过了漫长的9年作战，久攻不下的古希腊联军开始军心涣散，不少士兵生病，军中的思乡情绪逐渐抬头，几乎所有人都想尽快结束这场战争回乡。联军面临着四分五裂的危险。
在这个关键时刻，联军内部却发生了内讧。事情的起因是这样的：联军组织了一场袭击，攻击附近的太阳神庙，掳回了无数的财富和两个美女，一个是女奴布蕾色丝，另一个是太阳神祭司的女儿克里茜叶丝。论功行赏，阿喀琉斯分到了布蕾色丝，而克里茜叶丝归属于阿伽门农。
太阳神祭司克津塞斯闻讯赶来求情，请求阿伽门农看在太阳神阿波罗的面子上把他的女儿还给他，但是被阿伽门农粗鲁地拒绝了。克津塞斯于是祈求阿波罗神降下灾难惩罚这些不敬神的古希腊人。阿波罗答应了他的请求，射下箭雨，希腊人死伤无数。阿伽门农惊惧不已，只得把克里茜叶丝放回去，但是转而非要阿喀琉斯把布蕾色丝作为代替品送给他。阿喀琉斯被他的强横激怒了，他同意把女奴送出去，但声明从此退出联军不再参战。
希腊联军失去了阿喀琉斯，特洛伊趁机进攻，士气大落的希腊人被攻击得节节败退，眼看就要溃不成军。一时间，希腊联军内部乱了套，不少人去劝说阿喀琉斯出战，但是都没有效果，后来阿伽门农亲自带着礼物去道歉，然而正在气头上的阿喀琉斯态度坚决如旧。
为了激励希腊人的士气，阿喀琉斯最亲密的好友帕特克劳斯穿上他的盔甲，执起他的矛盾，假扮成他上战场。特洛伊的大王子赫克托尔亲自出城应战。这位赫克托尔是鼎鼎有名的大英雄，帕特克劳斯力不能敌，最后被他所杀。
阿喀琉斯之死
听到这个消息，失去好友的阿喀琉斯悲痛欲绝，决定和阿伽门农和解，并披挂出战，要让赫克托尔血债血还。
赫克托尔有预感自己将葬身于阿喀琉斯之手，但是作为王子，他有责任保护特洛伊。阿喀琉斯在城下叫阵，他毅然离开了含泪的妻子和年幼的孩子，拿起长矛出城迎敌。
两位英雄在特洛伊城下进行决斗，从战车作战到贴身肉搏，打得难解难分。终于还是阿喀琉斯占据了上风，他绕着特洛伊城墙追逐了赫克托尔三圈，手刃了他为好友报仇。杀了赫克托尔，阿喀琉斯还不解恨，又剥下他身上沾满血迹的铠甲，用绳子将尸身绑在战车后面，将他的尸体拖得血肉模糊，才掉头返回阵营。一想起好友的死亡，阿喀琉斯就悲痛不已，他下令把赫克托尔抛尸野外，任野狗啃食。
特洛伊国王普里阿摩斯在城头看见儿子被杀，尸体还被如此残酷地对待，整颗心都碎了。他决定不惜任何代价也要把儿子的尸体赎回来安葬。年迈的普里阿摩斯带上赎金，冒着生命危险来到阿喀琉斯的帐前。他扑倒在阿喀琉斯的脚前，流着眼泪亲吻了他的手，颤言道：“我有50个儿子，可是自从你们来到这里后，无情的战争几乎夺走了我所有的儿子，现在我最信赖最好的儿子也死去了。我不敢奢望他平平安安地活着，但是至少请你把他的尸体还给我吧。想想你年迈的父亲，说不定将来他也会像我一样不得不跪在一个青年的面前祈求他，亲吻杀害他孩子的人的手。请你看在你父亲的面上，把我可怜的孩子还给我吧！”
普里阿摩斯诚恳悲哀的话语和满头白发打动了阿喀琉斯的心，令他想起了同样在家乡等候自己归来的老父亲。他的心软了，送回了赫克托尔的尸体，并答应在赫克托尔的葬礼期间不发动进攻。特洛伊全城隆重埋葬了勇士赫克托尔。
赫克托尔战死了，帕里斯再也不能躲在兄长的羽翼下，只得出马迎战阿喀琉斯。阿喀琉斯非常自满，根本没有把帕里斯放在眼里，却不知道轻敌是大忌。太阳神阿波罗站在特洛伊这一边，帕里斯得到了阿波罗的神谕，知悉了阿喀琉斯的弱点，开弓一箭射中了他的致命处——脚跟。英雄阿喀琉斯倒下了，他如预言中所说的一样，在战场上失去了生命，却赢得了无上的荣耀。
木马计
赫克托尔死了，阿喀琉斯也死了，如此一来，两方都失去了最重要的人物，战争又重新回到僵持状态。此时，足智多谋的奥德修斯脑筋一动，出了一个主意。他们制造了一只大木马放在特洛伊城外，里面藏匿了许多战士。然后希腊联军烧毁了自己的营帐，登上船只，佯称回国，实际上是躲藏在附近。
特洛伊人站在城墙上，看到希腊人的船只逐渐远去，以为把希腊人打退了，他们欢呼了起来。欣喜若狂的特洛伊人打开城门后看到了木马，大家从来没有见过这个古怪的大东西，围着木马议论纷纷。
此时，有人发现了木马腹下的希腊人，这个希腊人叫做西侬，是希腊联军特地留下的勇士，负责推动计谋的顺利进行。他假装哭泣地哀求特洛伊的饶恕，又恶狠狠地诅咒那些“背叛同伴”的希腊人，然后说这个大木马是献给雅典娜的祭品，献祭它的人会得到女神的庇佑，毁坏它的人会受到女神的惩罚。
特洛伊人听信了他的话，于是想将它当作战利品拖回城内为神献祭。阿波罗神庙的祭司拉奥孔看穿了希腊人的诡计，他从山上跑下来警告他们千万不能把木马拖回城里。正当特洛伊人举棋不定时，波塞冬派出两条毒蛇把拉奥孔和他的两个儿子缠死了。特洛伊人惊恐万分，认定拉奥孔触怒了神灵，便不再怀疑，把木马运回城内。
当晚，特洛伊人围绕着木马载歌载舞，饮酒作乐庆祝胜利。每个人都陶醉于胜利当中，只有公主卡桑德预知到了即将来临的悲剧。她曾经表示要将一生奉献给太阳神以换来预知的能力，但是之后又反悔了，为了惩罚她，阿波罗让她的预言永远不被人们所信。所以当卡桑德心急如焚地说出预言时，没有一个人相信她。
深夜，当人们昏沉沉进入梦乡时，没有人发现广场上的木马出现了异样。趁着夜深人静，西侬轻扣马腹，给予暗号，希腊人悄悄从木马里爬出，偷偷打开城门，迎进等候在城外的联军。希腊人一涌而入，到处烧杀抢掠，许多特洛伊人还没来得及反抗便在睡梦中被杀死。成年男子被杀，妇女、儿童沦为俘虏，国王普里阿摩斯死在了宙斯的祭坛边，后宫的女眷被掳走了。其后希腊人放火把城池烧毁，昔日繁华的特洛伊城顿时成为一片焦土。
希腊人因为木马计得胜，后来，“特洛伊木马”一词成为了“骗人的诡计”或“为了打败敌人从内部潜入”的意思。
至于战争的导火索海伦呢？她的命运又是如何？有人说，在帕里斯死去的时候，她也跟着自尽了。也有人说，其实海伦根本没有跟着帕里斯来到特洛伊，她在埃及守身如玉地等待丈夫的迎接。还有人说，特洛伊城破之后，墨涅拉俄斯找到了海伦。10年过去了，她的美貌还是那么光彩照人。墨涅拉俄斯原谅了她，把她带回了斯巴达。回程经过埃及时，埃及皇后给她了忘却前尘遗恨的神水，祝她重新开始生活。至于海伦有没有喝下去，后来的生活又是如何，就再也没有人知道了。
沦为废墟的特洛伊矗立在高岗上，后来的几千年里，不断地有人在废墟上建立城池，如同命运轮回一般，又不断地重毁重建。特洛伊城渐渐地被历史所淹没，成为了传说中的城市，直到19世纪一个德国人出现。
