到了10月下旬，莫斯科在中国东北的政策又发生了不利于中共的变化。10月28日，苏军告知中共东北局，根据莫斯科的指示，苏军不能同美蒋军队发生冲突，如果美蒋军队登陆，苏军只能退让。如果中共军队抵抗，苏军将坐视不管。为此，苏军还撤走了驻防营口、葫芦岛的部队，将这两处交给了中共军队。
10月底至11月，莫斯科转向与重庆合作。本来，斯大林支持中国共产党在东北发展力量，只不过是想借助中共的力量对抗美蒋而已，并不是作为自己的依靠力量。况且，斯大林还在怀疑中共是民族主义者，甚至认为中共不是真正的共产党。他在同蒋经国谈话时就这样说过：“中国共产党人知道，苏联政府与他们不一致。”相反，莫斯科需要同重庆合作。在斯大林看来，苏联要想独占东北，还必须同蒋介石政府签订带有垄断性的东北经济合作协定。没有这样的协定，美国就会插手东北。
斯大林看不上中国共产党的另外一个原因是过低地估计了中共的力量，认为中共能否推翻蒋介石政府，依然是一个未知数，斯大林当然不会将赌注押在中共身上。对蒋介石来说，他要想取得东北，还需要苏联人的帮助。
1945年10月，莫斯科与重庆就东北的经济合作问题开始谈判。在此情况下，苏联在东北的天平开始向国民党一方倾斜。
此外，斯大林还担心支持中国共产党可能会引发美苏冲突。所以，当美国军舰将国民党军队运至营口、葫芦岛遭到八路军抵抗时，斯大林开始让步了。10月29日，苏联远东军总司令马利诺夫斯基元帅受命通知在长春的国民党东北行营主任熊式辉，莫斯科同意蒋介石军队在东北登陆。不久，马利诺夫斯基又向熊式辉许诺，苏联政府不愿意中国共产党的行动干扰了莫斯科同重庆之间的良好关系。
11月10日，苏军派代表通知中共东北局，苏军在撤退前5天将允许蒋介石军队进驻东北各大城市，在机场的中共军队不能同蒋军发生摩擦。两天后，部署在长春机场周围的中共军队被迫撤离。
到11月26日，仅十几天的工夫，蒋介石军队连克山海关、绥中、兴城、锦州等地。毛泽东独占东北的决心受挫，形势变化如此之快，毛泽东一下子病倒了。
这时，莫斯科与重庆又偏偏添乱。11月17日，国民党东北行营主任熊式辉索性离开长春，跑到山海关。这是斯大林不愿看到的结果，莫斯科担心会加剧美苏之间的紧张关系，特别是对即将召开的莫斯科外长会议产生不利影响。于是，莫斯利立刻作出反应。11月17日，当国民党东北行营副参谋长董彦平登飞机时，苏军代表慌忙赶到机场，向董彦平表示：莫斯科有令，苏军暂缓撤退，并加强城市警戒，以待蒋介石政府接受。同一天，苏联驻重庆大使彼得罗夫向蒋介石保证，苏联远东军不会给中共以任何帮助，并且重申：中国政府军可以立即进驻长春和沈阳，而且会得到苏军的支持。
莫斯科向国民党让步后，对中共就变得不那么友好了。11月19日，苏军通知中共东北局，提出4点意见：1长春铁路沿线及城市全部移交给蒋介石政府，中共军队必须撤至铁路线50公里以外；2中共所属机关必须从沈阳、长春等大城市撤出；3有苏军的地方中共军队不准进入，也不准同蒋介石军队作战；4在苏军全部撤出东北之前，包括山海关至锦州地区在内的东北全境不准作战。这实际上是限制中国共产党在东北的发展，也就等于把东北拱手让给蒋介石。后来，彼得罗夫还就几个月前苏军在东北的行为向国民党外交部长王世杰道歉。
苏军的出尔反尔，给中共军队造成了很大不便。
在此稍前的10月，莫斯科同重庆开始了东北经济合作的谈判。为此，斯大林还邀请蒋介石访问莫斯科，以改善双方的关系。此前，蒋介石同彼得罗夫有过一次秘密会谈，他请求苏军推迟撤出东北，以便在中共军队紧锣密鼓地向东北开进的情况下，保证有秩序地把东北的行政管理权移交给蒋介石政府。
斯大林很赞赏这个建议，认为这有利于缓和莫斯科同重庆的关系。尽管斯大林意识到美蒋会联手控制东北，但他又不愿意在中国问题上同美国对峙，更不愿意公开地推翻雅尔塔体制，所以，在东北问题上，斯大林对中共的支持力度就显得有限了。加之山海关失守，斯大林更加坚信，中共单凭自己的力量还不可能夺取并守住东北。所以，为了保住苏联通过《雅尔塔协定》在东北所取得的利益，斯大林必须小心翼翼地处理美苏中三国关系。在此情况下，斯大林有可能在一定限度上屈服于美蒋外交上的压力，而不得不采取同蒋介石政府合作的态度，并给美国人一点安抚。
东北民主联军第一政治委员彭真
11月29日，东北局在给中共中央的电报中分析了三国四方在东北的复杂关系，提出了相应的对策。东北局认为，由于我党及其武装力量在东北的发展，使蒋介石军队不能顺利进入东北接收政权，美国政府已向苏联发动了外交攻势，中苏外交关系陷入危机。这是一场全球性斗争。因此，必须在外交上稳定中国同苏联的关系，为此，“我们必须迅速和完全地撤出大城市，撤退到没有苏联红军的地方，这样苏联在履行《中苏友好同盟条约》时就没有任何困难了，这是战胜美蒋外交攻势，挫败美国介入中国内政阴谋的必要条件。”
东北局同苏军的交往已深有体会。彭真、陈云、伍修权等到达沈阳后，同苏军取得了联系。当时，驻沈阳的苏军是近卫第六坦克集团军。苏联远东军司令部设在长春，东北局通过沈阳苏军同长春苏军司令部保持联系，起初苏军对东北局的态度还是比较友好的。
伍修权是彭真同苏军见面时的翻译，他谈到了沈阳武器仓库的事情。据他回忆：“苏军向我们提供了一个情况，说沈阳附近有一个存有十多万支枪的武器仓库，可以移交给我军。这真是个好消息，我们听了很高兴，便迅速将情况报告了中央。中央马上命令山东部队和新四军三师黄克诚的部队，把自己原来的武器留在关内，迅速徒手出关到沈阳接收这批新武器。”两周以后，奉命接受武器的部队已经到达东北，“我们正要苏军实践自己的诺言，却意外地得到他们内容相反的通知，说是由于国际上的种种原因，那批日军武器要另行处理，不能按原计划给我们了。这一下弄得我们非常被动，出关的部队已将原来的武器留在关内，预定得到的新武器却一件也到不了手，成了一群徒手士兵，部队上下都在埋怨。”
“在武器仓库里，还有大衣、服装、鞋帽等物资，非常之多。起初，刚到东北的部队还打开了日军仓库，取出了一批枪支和装备。可是苏军一变卦，没办法再拉，后来的部队就得不到了。”苏军的出尔反尔，给中共军队造成了很大的不便。
11月19日，苏军要东北局撤出沈阳。次日，东北局电告中共中央，说苏军提出长春铁路沿线及城市全部交给蒋介石，有红军的地方，不准中共军队存在，“必要时不惜武力将我驱散。”
对此，伍修权回忆说：“苏联驻军正式向东北局提出，说根据他们与国民党政府的协议，允许国民党军队进驻沈阳及周围地区，要我们东北局领导机关及军队限期撤出沈阳。国民党后面有美国撑腰，也坚持要进沈阳。我们不赞成苏军这样做，结果引起了我们与苏军的一场争辩。同我们打交道的是苏军驻沈阳的少将卫戍司令（卡夫通少将）。这个人很粗鲁，不会办外交，自以为是个将军就很了不起，说上面指示要我们退出沈阳。”
当时，彭真、伍修权同卡夫通辩论了一番，他们向苏军反复说明东北局不能撤出沈阳的理由。但是，卡夫通说他这样做是因为莫斯科有指示，这是不能讨价还价的，你们必须撤走，如果你们不走，“我们就用坦克把你们赶走！”这下子惹恼了彭真，他抓住卡夫通的话，反驳说：“从来还没有共产党的军队用坦克去赶另一个共产党的军队。”
结果，彭真同他大吵了一架。于是，11月20日，东北局将此事报告了中共中央。很快，中共中央答复他们说，这是苏联政策决定的，不能怪他们下级，他们只是执行莫斯科的指示，“我们只有服从”。苏军不仅要中共撤出大城市，而且还不准中共进行反对国民党的宣传。
11月20日，中共松江省委与哈尔滨市委召开联席会议，研究部署军队、机关、学校撤出哈尔滨的工作。第二天，刘亚楼从大连赶到哈尔滨，向陈云报告了3件事：1苏联在同蒋介石政府谈判时曾提出中共在东北应该有一定的地位，但遭到蒋介石的拒绝；2美国军舰在大连海面示威，苏军空运到大连1个师；3苏方已下令不准其人员同我方接触。
陈云听完汇报，觉得事关重大，于当天报告了中共中央。晚上，陈云抱着一线希望来到哈尔滨苏军司令部，同卫戍司令卡扎科夫进行交涉，争取中共不撤出哈尔滨市。
时光转到了1946年初。原定苏军撤离东北的日期是2月1日，但到了2月中旬，苏军仍按兵不动。为什么？斯大林担心，一旦苏军撤离，美国的势力就会向东北渗透。为此，斯大林为找到一个理由，说天气不好，东北正在下雨。这样，莫斯科又把撤军时间推了一个月。
2月，莫斯科开始对重庆施加压力，迫使蒋介石政府同意苏联在东北扩大经济影响。结果这件事让美国人知道了，华盛顿谴责了莫斯科。为了使苏联在外交上陷入被动，2月11日，美英公布了《雅尔塔协定》。随后又利用报纸大肆炒作，说苏联不但不撤军，反而在东北问题上又提出了新要求。
这些报道果然引起了中国人的强烈不满，要求苏联撤军的呼声日益高涨，2月22日，重庆爆发了反苏示威游行，7000多名学生走上街头。
对此，延安《解放日报》发表社论说：“苏联并未表示不撤兵”，前两次因国民党政府的要求，苏联才决定延缓撤军。社论表示：“我们相信苏联必然愿意迅速克服困难，把驻军撤出东北。”至于中苏经济合作谈判，社论说：“我们相信以信守条约义务著称的苏联政府，也决不会违犯中苏友好同盟条约的原则。”
关于苏联撤军问题，马利诺夫斯基的参谋长作了如下解释：因蒋介石军队开抵苏联红军驻防区域过于缓慢，因此，在许多情况下，苏军指挥部只得延缓撤军。他还说：“中国政府曾屡次向苏军指挥部要求，等待中国军队到达后，苏军再行撤退。”此外，这位参谋长还为推迟撤军找到了包括“气候条件”、“煤炭缺乏”在内的很多理由。
3月5日，国民政府发布照会，拒绝了苏联把日本在东北的资产当作战利品的要求。同一天，国民政府外交部长王世杰发表讲话，态度十分强硬，说凡在中国所有的日本公私财产，都应该作为赔偿，归国民政府所有。国民政府不同意苏联把这些财产当做“战利品”据为己有。当然，国民政府也不会答应以此作为撤军的交换条件。
3月1日的撤军期限又过去了，苏联军队还是没有撤走。蒋介石当然不高兴了，重庆于3月6日指责莫斯科违反了中苏条约。现在，蒋介石有了美国人撑腰，胆子大起来了，向莫斯科提出了撤军的正式要求。国民政府还利用其派往抚顺接收的代表张莘夫之死大做文章，在许多城市掀起反苏游行。苏军撤出一些地区后，留在那里的苏联公民遭到殴打和杀害。据马歇尔说，有30多名苏联公民在长春遭到蒋介石军队的殴打，有的被打死。
至此，斯大林终于明白了，他争取蒋介石政府，使其在美苏对峙中保持中立的企图已经破灭。几天后，蒋介石对马歇尔说，苏联支持中国共产党，因此，东北问题的解决还需美国在这个问题上对苏联采取强硬的立场，“任何一点软弱都将意味着把满洲从中华民族中分割出去。”华盛顿同意蒋介石的看法，决心支持蒋介石政府在东北的地位。于是，美国国务院对苏军继续占领东北提出了抗议。
