刘裕接纳了韩范的建议，不过还是把王公以下三千多人斩首，慕容超也被送往建康斩首。南燕从建国到灭亡，共历13年（公元398—410年）。
刘裕灭南燕后，正赶上卢循北上袭建康，刘裕便昼夜兼程，赶回建康，这在前文已介绍。刘裕镇压卢循起义后，411年（义熙七年），被封为太尉、中书监，执掌朝政。当时，与刘裕在北府共同起兵的三大主力除刘裕外，只剩下刘毅了，何无忌已被卢循起义军杀死。刘毅时任豫州刺史。412年（义熙八年），转任荆州刺史，镇江陵。刘毅对刘裕独揽朝政心里不服，他认为自己的功勋不低于刘裕，而只获得个刺史的职位，心里很不快，常说：“真恨不得遇上刘邦、项羽的年代，和他们一起争霸中原。”言外之意，要与刘裕争个高低。刘毅有雄才大志，又文雅有风度，不像刘裕不懂文墨，所以朝中那些有清望的文雅之士，尤其是一些门阀世族都很拥护他，如尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施等，他们结交很深。刘毅移镇荆州后，便想图谋刘裕，他要求兼督交、广二州，刘裕答应了他。刘毅又上表要求把做豫州刺史时的文武将吏都带到荆州去，并且请求让郗僧施做荆州所属的南蛮校尉、后军司马，毛惰之为南郡太守，刘裕也答应了他。不久，刘毅又称自己病重，上表请求让自己的从弟兖州刺史刘藩担任自己的副职，刘裕也答应了他。其实，刘裕对刘毅的言行都看在眼里，他知道刘毅不服自己。常言道：一山难容二虎。刘裕表面上事事让着刘毅，暗地里却寻找机会除掉他。正赶上刘藩从广陵到京城，刘裕乘机让皇帝下诏书，宣布刘毅罪状，收捕了刘藩和谢混，并处以死刑。随即刘裕亲自带兵讨伐刘毅，派王镇恶为先锋，以迅雷不及掩耳之势，直扑江陵。刘毅兵败，自缢而死。刘裕到江陵后，杀死郗僧施，彻底清除刘毅势力，刘裕又消灭了自己的一大政敌，为夺取政权清除一大障碍。
和刘裕、刘毅同出身于北府将官，而又同时起兵反对桓玄的，还有诸葛长民，他虽不抵刘毅，但势力也很大。刘裕西攻刘毅时，用诸葛长民管理太尉府事，却用心腹刘穆之来监视他。刘毅死后，诸葛长民知道自己也难逃此劫。刘裕自江陵回建康后，诸葛长民去拜见他，刘裕事先埋伏下兵丁，将诸葛长民杀死，并杀死他的弟弟诸葛黎民和幼民等。从此后，北府将官出身的实力派都被消除，刘裕真正地掌握了东晋的军政大权。
刘裕清除政敌后，便派朱龄石为益州刺史，率军伐蜀。自从桓温灭成汉后，蜀地已归入东晋版图。桓玄叛乱时，益州刺史毛璩想派谯纵、侯晖率兵东下，帮助朝廷进攻桓玄。那些士兵不愿意东下作战，便推谯纵为主，起来造反。他们杀死毛璩，占据益州，谯纵称成都王，那是405年（义熙元年）的事情。谯纵建立割据政权后，向后秦姚兴称臣，并以讨伐刘裕为名，准备东下攻晋。413年（义熙九年），刘裕所派的朱龄石军队攻克成都，谯纵败死，蜀地重新又归入东晋，刘裕又立了一个大功。
刘裕在扫清内外一切障碍之后，决定再进行一次北伐，消灭经常骚扰北部边境的后秦政权。
后秦是羌族姚苌所建立的政权。淝水之战后，统一北方的前秦政权灭亡，北方再度陷入分裂状态。羌族首领姚苌于386年（东晋太元十一年），在长安称帝，国号大秦。为区别苻氏所建立的前秦，故历史上称之为后秦。姚苌死后，他的儿子姚兴继位。姚兴是北方十六国中比较有才能的少数民族君主，他即位后，消灭了前秦残余势力苻登，降伏了西秦王乞伏乾归、后凉主吕隆，河、陇地区的秃发傉檀、沮渠蒙逊、李暠等割据政权也都臣服于后秦，使后秦一度成为淝水战后最强大的少数民族政权。羌族，是一个汉化较深的民族，也就是文明程度及风俗习惯、社会制度与汉族差不多的民族。姚兴的汉文化修养很高，他重用那些有丰富知识和经验的汉族地主，帮助他治理国家。姚兴是个赏罚分明、心胸开阔的明君。在他统治期间，他改革内政，奖励清行廉政的官吏，对贪官污吏进行处罚，并下令放免那些因天灾而自卖为奴隶的人，使他们成为自由良民，还减轻刑法，发展农业。姚兴还大力提倡儒学，让那些有名的学者到长安去讲学，并给提供馆舍、食宿等方便。他还笃信佛教，他将天竺（古印度）的僧人鸠摩罗什尊为“国师”，后秦全国上下，大都笃信佛教，他还令人翻译佛经三百多卷。总之，在姚兴称帝的二十二年中，是后秦最强盛的时期。
416年（义熙十二年），姚兴死，他儿子姚泓继位。后秦内部发生了争夺皇权的斗争，政权不稳，原先臣附于后秦的西秦乞伏乾归和大夏赫连勃勃反叛，北面还有刚刚兴起的北魏政权，都在虎视眈眈地注视着后秦，后秦处在内外交困的窘境中。就在这种情况下，416年八月，刘裕决定率师北伐。
刘裕大军兵分两路，一路由王镇恶、檀道济率步兵从淮水、淝水北进，进攻许昌和洛阳；一路由冀州刺史王仲德率水军由汴河进入黄河，由黄河向前推进。
王镇恶、檀道济一路势如破竹，很快就攻占了洛阳。在强敌压境的紧张时刻，姚氏兄弟不是团结一致，共同抗敌，而是进行内讧。姚泓的弟弟姚懿在蒲坂（山西永济县境）称帝，并进攻姚泓。这样，姚泓不得不集中较大兵力，派他的叔父姚绍率领，打败姚懿。接着，姚泓的从兄姚恢，原在安定（今甘肃泾川县境）防御赫连勃勃，这时也来进攻长安，自称大都督建义大将军，要清君侧，除恶人。姚绍听到消息后，急忙从东线与东晋作战的战场上轻骑回救长安，与姚恢在长安附近的灵台相持。守卫潼关的姚讠赞也率军回救长安，这就大大削弱了与刘裕作战的能力，刘裕大军乘机占领了潼关。
刘裕到达洛阳后，重新部署兵力，分两路进攻长安。一路由沈林子、傅弘之进军武关（今陕西商县东），包抄长安后路；一路由王镇恶、檀道济等由潼关直接进攻长安。王镇恶率水军溯渭水西上，直奔长安。417年七月，王镇恶所率领的水军，乘着“蒙冲小舰”，划船的水兵都藏在舰内。后秦的军队只见舰前进，却看不见划船的士兵，以为是“神船”。王镇恶的舰队走到渭桥下（在今陕西西安市西北），他让士兵们饱饱地吃上一顿饭，然后弃船上岸。船随着渭水顺流而下，转瞬之间便不见踪影。上岸士兵后面是滚滚的渭水，前面是数万后秦守军，士兵只能背水一战。王镇恶身先士卒，冲向敌阵。将士们也个个奋勇杀敌，终于攻下了长安城。姚泓被迫投降，被送到建康斩首，后秦灭亡。后秦自姚苌至姚泓，历时33年（384—417年）。
刘裕于九月到达长安，不久，留在京城的刘裕重要谋臣刘穆之病死，政权有旁落他人手中的危险，刘裕便要返回江南。刘裕收复长安后，给留居北方的汉族老百姓带来了希望，他们盼望刘裕能继续留在北方，彻底收复中原。刘裕心里想的只是权力，他哪里听得进去百姓的呼唤！皇帝宝座的吸引力远远大于关中乃至整个北方。他把他12岁的儿子桂阳公刘义真及镇将王镇恶、沈田子等一万多名将士留在长安，自己则匆匆忙忙地返回建康。
刘裕撤走后一个月，匈奴族大夏赫连勃勃便派他的儿子赫连王贵率兵二万进攻长安。长安守将互相猜疑，王镇恶、沈田子互相火并残杀，战斗力大大削弱。418年十一月，刘义真从长安撤退，刘裕收复的关中地区再次丢失。当刘裕在彭城（今江苏徐州）听说长安失守后，登城北望，心中无限惆怅。
刘裕回到建康后，418年（义熙十四年），受封为相国、宋公，备九锡之礼。他迷信谶言，说孝武帝司马昌明后还有二帝，安帝司马德宗是一帝，那还得有一帝。他等不及安帝寿终正寝，于418年十二月，派人将傻皇帝司马德宗勒死，另立司马德文为恭帝。恭帝继位当然更是摆摆样子，一切听从刘裕摆布。419年（元熙元年），刘裕进公爵为王，离皇位只有一步之遥。他移镇寿阳，遥控朝政。
420年（元熙二年）正月的一天，刘裕在封地宋国都城寿阳的宋王宫中举行宴会。他想让恭帝禅位给他，又不便直接说出来，便慷慨激昂地对部下说：“桓玄篡夺晋皇位，是我首倡大义，才恢复了帝室。我经过多年的南征北战，才换来四海安定。由于功业显赫，我得到了九锡的隆礼。现在我年岁已高，想奉还爵位，告老回到京师去，颐养天年。”
当时群臣没有明白刘裕的用心和意图，只是一味地盛赞刘裕的功绩。宴会散后，中书令傅亮已走出宫门，恍然大悟，他急忙返回去。时宫门已关闭，傅亮敲开宫门，请求见刘裕。刘裕见傅亮明白了自己的用意，心里很高兴。傅亮带领几十个人回到建康后，把事先已写好的禅位诏书呈给恭帝，劝他抄写一遍，禅位于刘裕。晋恭帝知道木已成舟，写下了结束东晋历史的禅位诏书。
420年六月，刘裕正式登上了皇帝的宝座，国号宋，改年号为永初元年，仍都建康，刘裕即是宋武帝。为区别后来历史上的宋朝，常称刘裕的宋政权为刘宋，历史进入了南朝时代，刘宋政权是南朝的第一个朝代。
