明代倭寇的活动，以嘉靖朝为界可大体分为两个时期。前期是从元末、明初到正德年间。元末，日本进入南北朝分裂时期，其内战中的败将残兵、海盗商人及破产农民流入海中，乘明初用兵之机，屡寇滨海州县。洪武时，海防整饬，尚未酿成大患。日本幕府将军足利义满一直于明朝保持合作，不断擒杀倭寇献于明廷发落。足利义满死后，倭寇复萌，经永乐十七年（1419年）六月的望海埚之战，明辽东总兵刘江率师全歼数千来犯之倭后，倭寇不敢复犯辽东。
永乐十七年（1419年）六月十五日，辽东总兵十军左都督刘荣大败倭寇。很久以来中日两国便已开始交好，明朝建立后，朱元璋为了巩固两国间的友好关系，在洪武二年（1369年）派僧人杨载出使日本。次年又派莱州府同知赵秩赴日，详细阐述了明朝的睦邻政策。日本国王良怀在第二年遣使奉表进贡马匹，并送还在明州、台州掠去的70多名中国人，于洪武四年（1371年）十月到达南京。明太祖设宴接待使臣，并命僧人祖阐等八人送日本使者回国，回赐良怀文绮纱罗。
明朝和日本的关系在洪武后期有些疏远，胡惟庸案后，明太祖疑胡惟庸“欲藉日本为助”，因此“怒日本特甚，决意绝之”。从那之后，日本再没派使臣到中国来。明成祖即位后，于永乐元年（1403年）即派左通政赵居任、行人张洪偕僧道成出使日本。就在他们打算启程时，日本的使臣却先来一步，大约十月份到达南京。明朝对他们很热情，招待很周到。对使臣所带货物，包括违禁的兵器之类，均按时价购买，并遣使随日本来使回访。两国此后又恢复了贡使往来。
明初，在宁波设市舶司，日本商人必须持有明朝发给的“勘合”（即凭证）才能进行贸易。永乐初，成祖和大臣们商议后规定，日本须每十年一贡，来往的人数不得超过二百，船只限于两艘。但实际上日本来中国贸易的人和船舶，都超过规定的数目，而且带来非常多的走私物品，远远超过规定的10倍。宣德初年（1426年）改为人不道三百，船不过三艘，即便如此，却仍满足不了日本的需要。
这个时候，又出现了倭寇。倭寇指的是14世纪至16世纪劫掠我国及朝鲜沿海地区的日本海盗集团。14世纪日本南北朝时，在混战中失败的武士，做了海盗，靠走私抢劫谋生。为此明朝与朝鲜都加强了海防，但在永乐年间，沿海地区仍常常受到倭寇侵扰，成为沿海地区一大祸患。
明朝初年，从辽东经山东、浙江到广东的海岸线上，“岛寇倭夷出没”，甚至登岸剽掠。洪武二年（1369年），太仓卫指挥佥事翁德率领卫所士兵力剿倭寇，生擒数百人，但倭寇仍经常出来剽掠。从此以后明朝便大大加强了海上防卫，建城墙列寨，增添了许多战船。洪武朝先后在辽东到广东沿海设置50余卫，计算起来有兵士20多万人。每百户设一战船，千户设十船。海卫五所，共有船50艘，每船有50名旗军。
永乐时，明成祖一方面与日本交好，另一方面继续加强沿海地区的防御。永乐九年（1411年）正月，命丰城侯李彬、平江伯陈逭等率浙江、福建舟师剿捕海寇。永乐十四年（1416年）命令都督同知蔡福等带领一百兵马，到山东沿海地区追拿倭寇。永乐十七年（1419年）总兵刘荣（刘江）领导农民在辽东望海埚进行了一次规模很大的抗倭斗争。
刘荣一开始顶替父亲从军，以后又改作了中府右都督，阿鲁台归顺明朝时，在军中他改任左都督，作为总兵官镇守辽东。刘荣去各岛查看巡视备战情况，在他巡视到金州卫金线岛西北的望海埚时，见地势极为宽广，而且处于滨海咽喉要道，便筑城堡，设烽堠，严阵以待倭寇。当月，膝望哨报告倭寇来犯，刘荣迅速带领军队赶往望海埚，犒劳军卒，厉兵秣马，准备迎战。倭寇当时正乘30余艘船停泊在马雄岛，登岸后直奔望海埚。刘荣依山势设下埋伏，派都指挥徐刚在山下伏击，百户江隆率壮士暗中烧毁敌船，断掉他们的退路。十五日，刘荣亲自率步军与敌交战，假装败退，诱敌进入伏击地，紧接着四面响起炮声，围歼倭寇，自辰至酉，将他们大部歼灭，残寇退到樱桃园。刘荣再分兵夹击，把敌人全部消灭。此次战斗共砍首级千余，生擒130人。倭寇连年骚扰劫掠，这次备受打击，很长一段时期内不敢骚扰辽东。九月，刘荣因功被封为广宁伯，俸禄一千二百石，予世券，更名荣。次年四月刘荣去世，赐广宁侯，追封为“忠武”。
明朝永乐末年，山东地区经常发生水旱灾害，连年歉收，许多老百姓无衣无食，只好剥树皮、掘草根来充饥。灾民纷纷离家出走，流落他乡，甚至有人为求生路卖妻鬻子。而明朝政府仍然征收繁重的赋税，不顾人民死活，老百姓生活在水深火热之中。
永乐十八年（1420年）三月，山东益都人唐赛儿忍无可忍，首先发动人民揭竿而起。
在元朝末年山东蒲台曾经被红巾军控制，早在至正十七年（1357年）刘福通便派毛贵攻破胶州、莱州、益都、滨州等地，红巾军从此便控制了这些地区，故而明教也深入民间，在民间流传了下来，直到明朝初年，作为民间传播的一种秘密宗教，在当地保持了很大的影响。
唐赛儿从小在这样一个民间宗教传播的环境中成长起来，自幼便开始诵读佛经，并以“佛母”自称。她的丈夫林三，也加入了明教，而且很可能是当地明教的领导者，只是去世较早，于是后来就由唐赛儿负责在当地秘密传播明教。
在唐赛儿自称佛母传教之初，她并没有其他想法，只是想增加门徒，其活动范围在山东的益都、诸州、安州、莒州、即墨、寿光诸县。她的徒众后来增加到好几万人，引起官府的注意。唐赛儿在传教过程中，自称能知道过去，通晓未来，还能用纸剪成人马，使用法术叫它们征战沙场，因此她深受老百姓拥护。
但这显然只是唐赛儿的一种宣传策略，而实际上她得到民众支持的原因，是她能够真正帮助那些生活困苦的贫民。甚至于那些为明朝统治者歌功颂德的史家们谈起这件事，都说唐赛儿“以其教施里闾间悉验，细民翕然从之。欲衣食财物，随所须以求运至”。因此，在百姓们的心目中，唐赛儿是唯一能够救民于水火的“佛母”，也就没什么奇怪的了。
官府在永乐十八年（1420年）这一年年初，开始缉捕唐赛儿义军。群众四处掩护唐赛儿，而且她还趁天灾之际组织饥民，让他们加入明教。三月，唐赛儿率五万余众占据益都卸石棚寨，作为据点，带领徒众在此出没。明政府青州卫指挥高凤率兵捕之。唐赛儿夜间率众乘官军懈怠之际发动袭击，官兵溃败，高凤战死。此后，唐赛儿走上公开反明的道路，乘胜攻占莒州、即墨，并进围安丘，震惊了山东全省。山东都、布、按三司惊慌失措，立即，上报朝廷。
卸石棚之捷后，起义军的队伍更加壮大了。明政府因用兵困难，对唐赛儿改为招抚，并派人前往青州，直隶沂卫亦派人至菖州招抚董彦杲，结果均告失败。董彦杲等率众二千余人占据莒州，并以红白旗为号，大肆进行劫杀。莒州千户孙恭等前往招抚，董彦杲杀其从者，誓死不服从朝廷的招安。
明朝当政者永乐皇帝开始重视起日益壮大的唐赛儿起义。明成祖特令安远侯柳升分兵围剿。
柳升率领大军，浩浩荡荡地开向唐赛儿起义军的总据点卸石棚寨，并将其层层包围。义军诈称寨中弹尽粮绝，且无水源。柳升认为水为义军极需之物，万不可叫义军得着。水源断绝了，不愁义军不投降。于是柳升派大军进据有水道的东门。到这一夜的二更时分，义军偷袭官军，杀死都指挥刘忠。直到天亮，柳升才发现义军突围而去，于是分兵追捕义军，俘获了义军首领刘俊等男女共计一百余人，但唐赛儿却不在其中。
义军首领宾鸿等率兵在莒州攻打安丘。知县张玛、县丞马搠招集军队民夫八百余人，负隅顽抗。宾鸿等多次攻打未果，又招集莒州、即墨一万余义军，日夜攻城。明军都指挥卫青正在海上驻防，闻讯日夜兼程，率千骑袭击义军，与城内明军里应外合，大败义军。义军战死2000余人，40余人被俘。起义军在诸城也遭到鳌山卫指挥王贵所率明军的大举进攻，全部英勇就义。唐赛儿起义从此便宣告失败。
虽然唐赛儿起义失败了，但在群众掩护下起义军的主要首领唐赛儿、董彦杲、宾鸿等得以逃脱。
明成祖听说没有抓住起义的首领唐赛儿，十分恼火，将安远侯柳升下狱；同时命令官兵加紧搜捕，还特命山东左参政段民专门负责此事。明成祖想到唐赛儿削发为尼，或许会潜逃藏入尼姑庵或道士观中，因而命令将北京、山东境内尼姑和道姑都捉拿到北京审讯。结果又一无所获。继而又在全国庵观中搜捕可疑者共计数万人，结果仍然没发现唐赛儿。
这场由民间宗教传播多年而组织的起义，不足一个月就被镇压下去了。在义军占据山寨以至其后与官军作战的过程中，唐赛儿虽始终未露面，却一直被认为是起义的领导者。这很可能因为她始终保持着民间宗教领袖的身份，而董彦杲等人在山寨集合，则只是当时明教势力发展到一定程度后，部分人的行为，而并非全体教众在唐赛儿领导下的行为，所以占据山寨的起义军只有两千人。待到义军攻打安丘时，这场起义的影响已经达到了高潮，参加起义的人突然增加了许多。但是不管是占据山寨，还是攻打安丘，作为当时宗教领袖的唐赛儿，都很可能没有直接参加，正因为这样，起义的整个行动显得缺乏统一领导，更没有组织严密的特点。
起义被镇压的同月，朝廷下了诏令要追捕唐赛儿，两个月后，朱棣仍一无所获，便将追捕的范围扩大到了全国。因这两道命令而遭逮捕的妇女有好几万人，成为当时事佛妇女的一大灾难。但即便如此也始终未能捕获唐赛儿，而关于唐赛儿的传闻却越来越神奇。
有一种传说是这样的：这时，山东参政段民报告唐赛儿已在山东自首。朱棣马上下令将其验明正身后处死。但是，唐赛儿在刑场上虽“裸而缚之”，却“临刑刃不能入”。段民只好禀报朱棣，朱棣便下密令烧死唐赛儿，烧不死就放到油锅里炸死。岂料唐赛儿在行刑前神秘失踪，狱中的地上只剩下打开的铁镣和沉重的大枷。段民见了这般情形，吓得魂不附体，匆匆上书朱棣：“唐赛儿在狱中监禁，枷锁自行脱落，门窗未开，人竟遁去，妖法实在厉害，非人力所能制服。”朱棣看了段民的奏折，好生失望，只好说自己是肉眼凡胎，也没有办法对付唐赛儿这般的神人。此事就这样不了了之。
唐赛儿从此在民间神秘失踪，其下落至今仍是一个谜。
