自1598年丰臣秀吉去世、德川家康掌握日本政权开始，到1868年“王政复古”政变的发生，幕府统治在日本已经持续了270年。尽管幕府统治已经衰落，倒幕派深得人心，但是在日本的政治舞台上，还有一部分保幕派。这些保幕派握有一定的军事力量，所以在“王政复古”政变后，德川家族领导人，当时的大将军德川庆喜，为夺回幕府的统治，联合保幕派的军事力量，发动了“戊辰战争”。
幕府将军大逃亡
为了进一步剥夺幕府将军的统治和经济基础，倒幕派在发动政变的当天夜里，就以新政府的名义，在皇宫的“小御所”召开了三职联席会议，准备迫使德川庆喜“辞官纳地”。因为会议地点在“小御所”，所以这次会议也被称为“小御所会议”。
“小御所会议”上，新政府决定让德川庆喜辞去朝廷的内大臣职务，并且将从其400万石的领地中拨出200万石来献给朝廷，以削弱其经济实力。这样从政治、经济上控制德川家族，实际上就是剥夺了德川庆喜的权力和权力基础，让德川幕府从此彻底退出政治舞台。
1868年1月4日，尾张藩藩主德川庆胜和前任越前藩藩主松平庆永前往京都，将“小御所会议”的内容告诉了正在二条城的德川庆喜。德川庆喜知道这是倒幕派将自己以及自己的家族彻底赶出日本政治舞台的举措，所以他借口城中人心动摇，拒绝接受“辞官纳地”的命令。德川庆喜之所以坚决回绝，是因为虽然“王政复古”政变使新政府倒幕派掌握了政权，但强大的军事力量还握在德川家族的手里，所以他准备拼尽全力做最后一搏。
1月4日晚，当德川庆喜拒绝接受“辞官纳地”的消息传到新政府时，长州藩的先遣部队已经开进了京都。在这紧急的时刻，倒幕派与保幕派两方反而相当平静，德川庆喜还仔细地分析了在京都反扑的利弊，最后他觉得在京都反扑对自己不利，于是决定退到关西重镇大阪，再对倒幕派进行大反攻。
在长州藩这方面，他们认为保幕派已经到了“秋后之蝉”的地步了，无论在力量，还是在情势上，德川庆喜都没有能力再做出大的动作，而且他们也没有料到德川庆喜准备退到大阪举行反攻，因此在戒备上显得很松懈。德川庆喜抓住倒幕派的这种心理，于1月6日傍晚6时徒步从二条城的后门溜出向大阪方向跑去，一路都很顺利。7日下午4时，德川庆喜就到达了大阪。
德川庆喜到达大阪城后，立即调动陆海军，依仗其强大的军事实力于8日向英国公使巴夏礼和法国公使罗体声明，幕府将军仍然是日本的代表，开始从外交上夺权。声明发表后，紧接着又在10日依照将军的礼节正式会见了英、法、荷、美、意、普六国的公使，并公开谴责了倒幕派的“王政复古”政变是“挟持幼主，假托圣虑，以行私心”的运动，德川庆喜以大将军的身份要求天皇“清君侧”。
德川庆喜的这种做法在国际上形成了一定的影响，使得日本出现了京都天皇政府和江户德川幕府两个政府并存的局面，这无疑使得倒幕派与保幕派的矛盾继续激化，激起了倒幕派的极大不满。倒幕势力的领导人大久保利通、西乡隆盛等人作出了以武力彻底打垮幕府势力的决定，并极力劝说天皇向幕府将军德川庆喜开战，于是天皇发出了以德川庆喜为“朝敌”的怒斥。而在幕府方面，德川庆喜为夺回失去的大权，消灭倒幕势力，也在积极策划发动反扑，一场争夺权力的内战高潮即将到来。
日本的新生
早在1868年1月1日，德川庆喜就制订了“讨萨表”，与会津、桑名等藩兵在兵库海面炮击萨摩藩的轮船。当时倒幕派还没有完全下定反击的决心，后来经过大久保利通和西乡隆盛等人的一再努力，天皇也发表了德川幕府为“朝敌”的声明。于是在3日，以萨摩和长州两藩军队为主力的新政府军和幕府军在京都南郊的鸟羽、伏见发生了激烈的战斗，拉开了全面内战的大幕，这同时也标志着日本的新生。
1月4日，朝廷以仁和寺宫为征讨大将军，下令征讨幕府军。这个命令深得人心，人们都自发地组织起来，与讨幕大军一起进攻幕府，政府军士气大振，这无疑给一些原来站在幕府一边的各藩很大压力，使得这些藩逐渐背离幕府。战争的结果是幕府军大败，并退向了大阪。
大阪是日本的军事重镇，早就有“固若金汤”的称号，又有“大阪富庶，雄于天下”的说法。有幕府统治者守护大阪，本应更加增强幕府军的信心，但幕府军最高统帅将军德川庆喜此时在“御三家”都保持中立的情况下，已经丧失了战斗的意志。1月7日，他抛下了尚在顽强战斗的队伍，与幕府的重要官员会津藩藩主松平容保、桑名藩藩主松平定敬、直属将军统辖政务的老中板仓胜静等人乘舰逃回了江户。
德川将军逃回江户的消息传出后，极大地挫伤了幕府军的斗志，很多幕府军士兵偷偷逃离了战斗。面对这种情况，幕府军最强大的军事力量——海军也不得不放弃自己原来的阵地，海军副总裁本武扬只好将城中的藏金18万两搬上了军舰，并接载了部分伤兵驶向江户。就这样，倒幕派的长州藩部队于8日顺利地进入了大阪，完全控制了这个全国的重要战略阵地，破坏了幕府军仅剩的军事力量，彻底取得了京畿决战的胜利。
京畿决战的失败使得幕府的军事力量受到了严重的削弱，再加上天皇7日下达“征讨庆喜令”，紧接着又撤掉德川庆喜前内大臣职务，剥夺会津、桑名等顽固佐幕派的领地和官职，宣布将旧幕府领地列为朝廷领地，倒幕运动基本取得了胜利。而在幕府方面，自从德川庆喜逃回江户以后，幕府内部分裂成两派：“恭顺派”和“主战派”。“恭顺派”主张用温和的方式保住幕府最大的利益，德川庆喜采纳了“恭顺派”的建议，解雇了支持“主战派”、主张先争取法国援助再进行决战的法国军事教官歇多万，任命奉行“绝对恭顺”的胜海舟为陆军总裁，主持幕府事务。
此后，在战争中倒幕派取得了节节胜利。到4月21日，倒幕派军队进入江户，统治日本几百年的幕府政权被彻底推翻了。但内战一直持续到1869年5月本武扬被迫投降才告结束。
从1868年元月持续到1869年夏初，这场历时一年半的内战至此终于以德川幕府及其残余势力的彻底失败、新政府的胜利而告终。通过这场战争，幕府的封建统治被推翻，日本从腐朽落后的封建统治下解放了出来，同时也把日本从半殖民地化的危机中解救了出来。一个统一的中央集权国家建立了，这为日本实施一系列的资产阶级改革、争取民族独立创造了条件。
