镰仓时代后期，天下大乱。皇室中围绕着继任天皇的人选这一问题的争斗日益激烈，后来镰仓幕府更是介入皇位之争，使得问题更加复杂化，皇室人员逐渐分为大觉寺统和持明院统两派。后来代表大觉寺统的后醍醐天皇辗转到达南方的吉野地区，与京都的北朝长期对立着，直到1392年“南北合一”。这长达五十多年的时期被称为南北朝时期。
镰仓幕府的覆亡
13世纪后半期，蒙古军两征日本，镰仓幕府险胜，但是为了对抗蒙古大军的侵袭，镰仓幕府也在战事中元气大伤，镰仓幕府以“蒙古袭来”为转折点，开始走下坡路。为了对抗蒙古大军，镰仓幕府调动了西部地区上万武士参战，加上雇佣武士修筑堡垒，镰仓幕府的武士阶级的力量被大大削弱了。战后，武士们为了维持生计，只好变卖自己的土地。武士阶级作为镰仓幕府统治的阶级基础，他们的力量衰落是镰仓幕府灭亡的根本原因。
面临危机的武士阶级当然不会就此坐以待毙。地位高的武士纷纷动用手中的权力来抢夺农民的土地，镰仓幕府在北条氏的统治下提高租税的征收标准，一时间，百姓怨声载道。在近畿等一些商品经济较为发达的地区，凭借经济上的优势，一部分市民阶层迅速崛起。他们为了保护自己的劳动果实，纷纷发动百姓，对抗幕府的统治。他们的崛起给幕府以沉重的打击。
幕府内部同样是矛盾重重。由于幕府统治后期北条氏的专权引起了其他有实力的大名的不满，北条氏任人唯亲，任用大量亲信（御内人）垄断朝政，与有力大名安达泰盛的矛盾迅速激化。御内人的首领平赖纲先发制人，于1285年11月，以“安达泰盛之子安达宗景有谋反之嫌”为口实，袭击安达泰盛的府邸，安达泰盛猝不及防，惨遭灭门之祸。因事件发生在11月（也就是日本的“霜月”），所以史称“霜月政变”。霜月政变属于镰仓统治阶级的内乱，它大大削弱了统治阶级的力量。
当时的镰仓幕府手握天皇继承人选的决定权，由于幕府的介入，使得天皇继承的问题变得异常复杂，导致了皇族内部的离心，形成大觉寺统和持明院统两大派别。离心的皇族们也对幕府统治极端不满，他们逐渐认识到只有打倒幕府，才能一劳永逸地解决所有的问题。后醍醐天皇遂决定展开“讨幕行动”。第一次讨幕行动发生在1324年，讨幕军密谋袭击六波罗探题，但是中途由于计划泄露而夭折，史称“正中之变”。但是后醍醐天皇的决心并没有因为“正中之变”而动摇，1331年，他再次密谋讨幕，但是由于“正中之变”后幕府加强了对皇族的监视，此次政变也因为计划的泄露，以失败而告终（元弘之变）。“元弘之变”后，幕府废掉后醍醐天皇，改立持明院统的光严天皇继承皇位。北条氏独断专行的行径更加引发了朝野内外的不满，反对情绪日益高涨。面对此起彼伏的叛乱，镰仓幕府采取了血腥镇压的态度，北条氏调集各地军事力量进入京都，但是各地的军队鱼龙混杂，有异心者比比皆是。其中实力派足利尊氏进入京都之后，马上倒戈攻陷六波罗探题。与此同时，另一名实力派新田义贞也高举反旗攻入镰仓本部。1333年5月，北条氏最后一代执权北条高时兵败自杀，镰仓幕府宣告灭亡。
建武新政和南北对立
镰仓幕府灭亡以后，后醍醐天皇返回京都，废掉前幕府的傀儡天皇光严天皇，建立了以自己为中心的公家政权（由天皇主导的政权）。后醍醐天皇在1334年正月改元“建武”，于建武年间推行新政，史称“建武新政”。新政是以实现天皇亲政为根本，否定重臣、外戚辅政，推行复古政治。但是由于当时武士阶级仍然有很大的势力，所以不得已之下，新政也以镰仓幕府的制度作为参考，推行公武协调的体制。在中央设立记录所、杂诉决断所、武者所、侍者所、恩赏方等机关，以完善中央行政职能，增强天皇的直接控制能力。在地方设立“国司、守护并立”制度，国司代表天皇、守护代表武士阶级共同治理地方。新政虽然着眼于建立公武协调体制，但是试行结果却并不尽如人意，公武不和的矛盾还是渐渐显露出来，社会更加混乱。首先，国司和守护共同治理地方的体制并没有在细节上落实，在地方，国司和守护为了争夺利益，矛盾日益尖锐；其次，建武新政所规定的赏罚措施并不公平，明显偏袒公家和寺院，这种不公平的处理方式引起了武士阶级的强烈不满。再次，后醍醐天皇为了重振天皇声威，大动土木修缮皇宫大殿，费用由地方负担，各地民众苦不堪言。另外，天皇政权毫无计划地发行铜钱、纸币，引起了极大的经济混乱。
建武新政的实行和足利尊氏的支持是密不可分的，后醍醐天皇继位以后，册封足利尊氏为武藏守，足利尊氏逐渐成为新政府的第一实力派。功高盖主的足利尊氏马上就遭到天皇和其他实力派的嫉妒。足利尊氏也是武士阶级的代表，他既反感皇室厚此薄彼的卑鄙伎俩，又清楚地认识到形式的严峻，遂决心推翻皇族统治。机会很快来临，北条氏虽然被推翻，但是余党尚存。他们拥立北条高时之子北条时行为王，起兵谋反（中先代之乱）。足利尊氏借平叛之名，挥师进京，在打败新田义贞后，于1336年攻入京都，废掉后醍醐天皇，拥立持明院统的光明天皇，振兴幕府。建武新政宣告失败，后醍醐天皇在侍卫的保护下仓皇逃往吉野地区，在吉野地区建立皇族政权。由此，日本国内出现了南、北两位天皇。这南、北天皇并立的五十多年，被称做南北朝时期。
在对峙的五十多年中，南、北两朝在政治上针锋相对，互相论证己方的皇室为正统，在军事上也是征战不休。在对峙初期，由于北朝有实力强大的足利尊氏为后台，故而在军事上占有绝对优势。反观南朝，名将名和长年、结城亲光、新田义贞等相继战死。1348年，北朝足利尊氏的大将高师直率领大军攻打南朝，南朝的楠木正行、楠木正时率军应战，由于双方实力相差悬殊，南朝大败而回，吉野朝也被攻陷，当时在位的后村上天皇仓皇逃往贺名生（今奈良五条）。但是北朝的形式也不容乐观，继足利尊氏上任的足利直义和足利家重臣高师直为了权力之争，矛盾日益表面化。围绕双方的斗争，北朝内部争乱四起，政治斗争失势的足利直义无奈之下归顺了南朝。南朝接受了中国大陆明朝皇帝的册封，受到明朝的支持，实力有所加强。双方指挥武士集团征战不已，内乱也随之扩展到全国范围。
南北合一
就在南、北两朝各自占山为王、争斗不休的时候，足利氏出现了一代明主——足利义满。他善用权术、处世公平，加之足利氏的强大军事力量，使他在全国享有极高的威望。战乱给南北朝带来了沉重的负担，在硝烟下生活的百姓早已疲惫不堪，南北统一成了大势所趋。1392年，终于在足利义满的呼应下，南朝的后龟山天皇和北朝的后小松天皇达成共识，交互继承王位——南北统一正式达成。
南北朝的存在是在武士政权大奏凯歌时出现的一个与时代潮流不相符的音符，在武士政权大行其道的当时，皇族政权是逆历史大势而行的，他最终还是会被历史的车轮碾碎。随后出现的室町幕府又回归到了历史的主旋律。在南北朝时代的初期，镰仓幕府灭亡，在南北朝时代的后期，室町幕府开始起航——南北朝在混乱中开创了新的篇章。
