11月6日，就在宋耀如离开奉天返回日本的第二天，袁世凯派军警包围了国会，正式宣布解散国民党，而几乎没有国民党议员的东三省，正在为奉天陆军军官学校举行揭牌仪式。奉天陆军军官学校有原来的东北讲武学堂改制而来，校长一职被徐树铮兼任。至此，世人已经对徐树铮诸多头衔感到了迷茫，陆军第三十、三十一师师长，奉天陆军军官学校校长、奉天都督、东三省巡阅使等等。刚刚从日本伤愈归来的蒋百里出任教育长兼教官部主任，负责学校日常工作，李济深兼任新成立的政治部主任。
同时，徐树铮还宣布已经有郭松龄训练了两个多月的“模范连”集体进入军官学校，仍以“模范连”的形式存在，每三个月进行一次考核，根据考核情况，决定是否在一年速成班之后能够毕业。
徐树铮其实是非常支持让这些学生接受三到四年的长期教育，但是由于时间紧迫，徐树铮不得不建立这种速成班的形式。“军队和战场才是最好的学校，以后只要局势稳定，就让他们到军校里接受系统教育。”在蒋百里对这种速成形式提出异议时，徐树铮这样回答道。
历史证明，“模范连”的学生和后来黄埔军校四期一样，虽然没有经过长达数年的系统学习，但是打下的良好基础在战斗中仍然发挥了巨大作用，许多学员经过战争的洗礼，成为一代名将。
徐树铮上任十个月才改组成立军校，并不是徐树铮不重视军校的建设，而是太过于重视了。蒋介石在黄埔军校的经历告诉他，办军校是他掌控军队最为便捷的道路，可是他所担心的是军校毕业生能不能刚刚像许多黄埔生那样效忠于一个人，因此他在这个问题上慎之又慎，加上已经可以说是日理万机的自己，注定会像孙中山那样只是一个名义上的领导者，因此在军校具体负责人的人选上，他陷入了迷茫。
从身边的人选来看，郭松龄和杨宇霆是最合适的两个人，但是历史上的郭松龄可以为了实现自己的理想和政治抱负出兵反抗张作霖，而杨宇霆也为了自己的私利，葬送了奉军在二次直奉战争之后的大好形势。
在徐树铮看来，这两个人一个是公心过强，一个是私欲太重。对于郭松龄，徐树铮是打心眼里欣赏他，但是一想到有他训练出来的奉军精锐之师，完全听命与他，对张作霖发动猛烈进攻，最后张作霖在日军的帮助下才稳住阵脚，徐树铮便拿不定主意了。虽然他知道郭松龄当年的决定是正确的，而且相信自己和张作霖是不同的，但是心底却又有一种说不清道不明的感觉。
而蒋百里自杀一事给了他机会，如果有蒋百里出任负责人的话，恐怕放眼全国都没有人能够反对，况且蒋百里从日本回国后就被赵尔涿请到了东北，只因当时资历尚浅被人排挤而去了德国。当然能够被徐树铮看中的最重要的一个原因是，蒋百里虽然一生被多位当权者所欣赏和重用，但从来没有自成一系过。
于是，奉天陆军军官学校的筹备工作就处于停滞状态，等待着正在日本疗伤的蒋百里。就在这段时间内，蒋百里利用自己的影响力，向徐树铮推荐了多名自己的学弟，仅第七期八期的学员就高达三十多名，当然这也和徐树铮、于珍等人是第七八两期学员有关。
至于为什么会有这么多人跑到东北，这与当时的用人的制度有很大的联系。辛亥革命之前日本士官学校的毕业生，一般都是从哪里来回哪里去，但是由于北方是为保定武备学堂为主的北洋新军天下，因此留日学生多进入南方新军，这也是辛亥革命能够在南方迅猛发展的主因，但是由于此时军队中多存在地域观念，必定造成一部分北方学生无法找到理想的工作，如仅到奉天的第八期步兵科就有辽阳人应振复、王兴文、施承凯三个，炮兵科有承德人王凤鸣和陈荆玉，第九期步兵科更是有四个开封人潘祖培、吕烈培、张子固、田壁成（不知道张镇芳的新军为什么这么不能容人）。
此外就是以程潜为代表的原国民党党员，程潜出身耕读世家，九岁入私塾，十六岁通过童试成秀才。十八岁(1900年)进入长沙岳麓书院，开始了解中外时局后，决定放弃科举之途，弃文习武，1903年以第一名成绩考入湖南武备学堂。1904年通过考核被保送留学日本，在日本结识黄兴、宋教仁、李烈钧等人，开始倾向革命，并组成革命同志会。1905年程潜加入刚成立的同盟会。与孙中山面谈即成为孙之追随者。程潜同时加入以军人学生为主的丈夫团。1907年进入日本陆军士官学校第六期炮科，1908年底毕业后後回国，到四川训练新军，1910年任第十七镇参谋官。辛亥革命爆发后，程潜到武昌，助黄兴指挥炮兵反攻汉口。失败后转往长沙。民国建立后任湖南军事厅长，二次革命失败，程潜逃亡日本。孙中山改组国民党为中华革命党时，程潜因反对入党方法而未有加入。蒋百里便向徐树铮推荐了他。
在蒋百里推荐之后，程潜曾专门找过同样因为反对入党方式而退出中华革命党的黄兴，不知是黄兴明白了抓军权的重要性，还是像孙中山那样对徐树铮抱有幻想，对程潜前往东北的行为表示大力支持。程潜也没有空着手去见自己的师弟（比徐树铮高两届），带了两名在后世就听说过的的学弟。
方鼎英，号伯雄，新化县时雍团人。清光绪二十八年（1902）赴日留学，初入东京弘文学院，三十一年考入振武学校，加入同盟会。宣统元年（1909）12月，升入日本陆军士官学校第八期炮兵科。宣统三年五月毕业。归国后，在保定军官学校第一期任炮兵教官。同年秋，武昌起义，约同士官同学30多人南下，参加汉阳作战。后在岳州镇守府司令部任参谋，兼教练科长。南北议和后，调陆军部当科员，从事炮兵典令及兵学书刊等编译。
对于这个比自己晚一届的学弟，徐树铮只是在印象中记着此人好像在北伐之后，担任过一段时间的黄埔军校校长，至于军事才能，他并不清楚。而另一个学弟，让徐树铮想到的就是败军之将，因为有伟大的毛领袖的一首诗词为证：“万木霜天红烂漫，天兵怒气冲霄汉。雾满龙冈千嶂暗，齐声唤，前头捉了张辉瓒。”
张辉赞，字石侯，行八。1885年生于长沙县唐田神塘。先后就读于湖南兵目学堂、湖南讲武堂和日本士官学校毕业。1912年（民国元年）任湖南都督府参谋，后调入北平军需学校总队长兼军事教官。
这两人不仅是程潜的学弟，而且在湖南的时候，都在程潜的手下任职，与程潜关系较好，加上二人曾有国民党党员的身份，在北京自然得不到任何的重用。因此在接到程潜传来的消息之后，再想想自己同期的于珍、杨宇霆等人，二人不约而同地来到了奉天。
对于方鼎英的任用，徐树铮未加思索便将他和程潜一起任命为参谋部炮兵参谋兼军校炮兵教官，而张辉赞就有点头疼。要说能够败在毛伟人的手下，并不是什么耻辱的事情，何况毛伟人还专门写了首诗，恐怕也只有他才获得了这种殊荣，但是徐树铮却怎么也放不下这点偏见，经过一番思想斗争之后，只给了他一个教官的身份。
更令徐树铮没有想到的是，蒋百里在归国的时候还为他带来了两名辎重科的毕业生。早在第七期，陆军士官学校辎重科已经不再招生，但是徐树铮非常清楚后勤在未来战争中的重要性。虽然兵法上一直就有“人马未动粮草先行”的至理名言，但是真正地用于战场上，尤其是近代，就地筹粮成为军队解决给养的主要办法之一，加上统治者的不重视和交通工具的革新，专门的后勤人才越来越少。可是一想到就地筹粮将会破坏军民之间的关系，甚至可能引起人民的反对，徐树铮一直都将后勤工作看的无比重要。
袁宗瀚、吴友松同为湖南人，分别是第五期和第六期辎重科毕业，辛亥革命期间分别担任湘军第三师第六旅旅长和岳州兵站站长一职。二次革命后，深怕袁世凯报复的二人都逃到了日本，后来看到袁世凯只给国民党高层发了通缉令，而在国内的众多国民党党员也没有找到清洗（没办法，国民党党员太多了，袁世凯只能抓起主要），便有心再回大陆，毕竟不可能留在日本终其一生。
所以当他们和蒋百里见面之后，立即表示愿意去东北，尤其是袁宗瀚，因为曾经担任旅长的他，相信自己的经验能够打动高高在上的学弟。可是他万万没有想到的是，回国后，徐树铮反而更加看中的是吴友松。原因就在于他们这两期十六名辎重科学员中，只有吴友松的兵站站长跟专业还有所相近，其他的不是到军校担任教官就是到部队中出任指挥官或者参谋，只有一个和徐树铮一起出访的陈毅例外。
袁宗瀚被派到通辽，出任兵工厂附属学校的校长，而吴友松则出任刚刚组建的后勤部副主任，主要负责徐树铮两师一旅（实为三旅）的后勤工作，正主任是主抓兵工厂的于珍。
至此，徐树铮在上层基本上按照自己的记忆完成了制度改造，至于这些参照后世经验的做法，在未来的战争中能够起到多大的作用，他并不知道。
就在徐树铮为自己取得成绩暗暗自喜的时候，他突然发现了一个后悔不已的现象，那就是整个近代中国军人都没能解决的问题——派系。
刚开始，徐树铮在人员安排上，主要是依靠自己的记忆中人员的人品和能力，随着不知名人员的增多，尤其是这两个月，蒋百里不停地推荐人。徐树铮是来一个安排一个，未多加思考。但是当静下心来的时候，他看出了这个问题。
在奉军历史上，本来就有以郭松龄为首的陆大派和以杨宇霆为首的士官派之争，而现在自己的军队中，显然也存在这个问题，只是杨宇霆还无法成为士官派的领导者，但是整个军队中一半以上的都是日本士官学校出身，军校中更是占到了三分之二，这个比例不得不让徐树铮胆寒，虽然他现在还是士官派的领导者，但他的号召力远不如蒋百里，唯一能让他感到幸运的是蒋百里的人品。
其次就是留德派，这一派虽然人员不多，但是第三批留德人员已经出发，而且规模将超过前两批之和，这样到明年一战爆发之时，留德军官极有可能与士官派分庭抗礼了。这一派的弱点和士官系的一样，就是缺乏真正的领导者，虽然徐树铮就爱那个郭松龄抬得最高，但是在第一批军官中，他倒是最晚也是唯一一个没有从保定军校毕业的人。
最弱小的是以李济深为首的保定系，这些人主要集中在政治部。
与以学校划分派系相比，徐树铮更担心的是以地域来划分。因为留德人员中多为保定军校毕业生，而自己和蒋百里也算是出身于保定军校，而保定军校中又有不少日本士官学校毕业生担任教官。这就造成了三个派系相互融合，相互渗透。除了自己和蒋百里外，没有人都能领导其中的两派，甚至连一派都不能领导。
俗话说“无湘不成军”，“二次革命”之后，湖南籍士官学校毕业生除了小部分流亡日本外，大部分留在国内都不受北洋政府的重用，往往都是一些闲职。因此，当士官派领袖徐树铮和蒋百里暗地里对外拉拢人之后，许多湖南籍军官都来到了奉天。徐树铮开始也没在意，可当他在意的时候，发现湖南籍竟然在中高层和军校中占到了三分之一强的地步。
其次就是以杨宇霆、郭松龄、韩麟春为首的奉天系，虽然他们的人数要远远小于湖南籍，但是都是占据高层要职。更关键的是作为未来中下层根基的“模范连”，更是以奉天籍为主。因为在招兵的时候，考虑到黑龙江和吉林两省人口较少，读书人更少的缘故，为了尽快完善基层军官编制问题，徐树铮允许在奉天招兵，而且都是以识字为主，何况东三省向来就为一体，这一点所造成的后果是他当时没有想到的。
而且就以后来看，无论是基层军官还是普通士兵，短期内都将是以东三省为主。如何解决这个问题，徐树铮想了整整一夜也没有想出对策来，眼下唯一的办法就是责令李济深加强政治教育，通过爱国主义来抵制可能会出现的地域主义。
第二天，为了配合李济深的政治教育，更为了表明自己的爱国立场和开明民族政策，徐树铮紧接着任命自己的同期骑兵科同学、辛亥革命前曾任广西陆军干部学堂骑兵科科长的宋邦翰道赤峰组建蒙古骑兵团。
