自实行变法以来，光绪多次下谕旨，允许大小官员及平民百姓上书言事，并三令五申各衙门不得“稍有阻格”。而总理各国事务大臣许应、礼部尚书怀塔布等却对上谕置之不理，使光绪十分气愤，决心严惩几个顽固大臣，杀一儆百。九月四日，光绪勇敢地提起朱笔，下了一道谕旨，将六个守旧迂谬、阻止新政的大臣即行革职，而与此同时将积极支持变法的礼部主事王照破格提拔，更提拔了维新派中的主要成员。康有为、梁启超及被称为“军机四卿”的谭嗣同、刘光第、杨锐和林旭均受重用，不过他们的官位都太低，甚至不得直接面君。
“罢黜六堂官”事件和维新派成员的任用，表明了光绪皇帝的决心，成为“戊戌变法”中传出的一个振奋人心的信号。
但是好景不长，以慈禧为代表在清政府中占绝对优势的顽固守旧势力，决不能容忍维新运动的发展。荣禄得到“懿旨”，悄悄地调兵包围了京城，一张无形的大网正迅速地向光绪和所有维新派成员散开。
光绪对面临的严峻形势虽一无所知，但慈禧不同寻常的神色和态度使他忐忑不安，他敏感地意识到一场大祸即将临头。
手无实权、胸无城府的维新派志士依然在一心一意地实施新政，光绪觉得有必要向他们打招呼了。九月十五日清晨，光绪密召杨锐入宫，告之宫中近来的可疑动态，期待他献计献策，不料得到的却是这位维新干将的一句话：“这是陛下的家事，应当同宗室近亲商量。”大失所望的光绪只好无奈地取出两道手诏——其实就是密诏，一道给杨锐本人，另一道要他速转康有为。给康有为的密诏中说：
“朕惟时局艰难，非变法不足以救中国，非去守旧衰谬大臣，而用通达英勇之士不能变法，而皇太后不以为然，朕屡次几谏，太后更怒。今朕位几不保，汝康有为、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等，可妥速密筹，设法相救，朕十分焦灼，不胜企望之至。”
情况十万火急，光绪要康有为等尽快远走高飞，脱离险境。说起来光绪还真是一个有良心或有义气的皇帝，在泥菩萨过江、自身难保的情况下，犹不忘通知臣属逃命。但如此要紧的一道密诏，竟被杨锐弃于一旁，忘了交给康有为。由于没有得到康有为的回音，光绪又于九月十七日下一道公开的“上谕”，令“康有为迅速前往上海（督办官报），毋得迁延观望”。而书生气十足的康有为竟读不懂这道“上谕”，对皇帝的暗示无动于衷。次日晚上林旭十分慌张地来到康家，为他转来了杨锐忘交的那道密诏，同时又转给他光绪追补的另一道密诏，诏曰：
朕今命汝督办官报，实有不得已之苦衷，非楮墨所罄也。
汝可迅速外出，不可迟延。汝一片忠爱热肠，朕所深悉。其爱惜身体，善自调摄，将来更效驰驱，共建大业，朕有厚望焉。
对皇上之恩，康有为感激涕零，不禁泪流满面。他一面收拾行装准备出走，一面与林旭紧急筹划如何设法相救光绪。然而，除了楚囚对泣外，这些文人还能有什么高招呢！
同样束手无策的光绪，把曾高喊过维新、在天津小站练兵的袁世凯当作唯一的救星。他于十六、十七日两次召见袁世凯，授予侍郎之职，袁世凯也装出一副受宠若惊的样子，对光绪表示效忠。十八日夜，谭嗣同密访袁世凯，劝他杀荣禄，举兵救驾。袁世凯在权衡了光绪和慈禧双方的力量后，匆忙返回天津，通过荣禄将光绪的举动向慈禧告发，可耻地出卖了皇帝。
九月二十一日凌晨，慈禧突然从颐和园赶回紫禁城，直入光绪皇帝寝宫，对光绪不住地破口大骂。在一片怒骂和训斥声中，面无人色的光绪如同一名罪犯，跪在阶上，诺诺连声。慈禧随即发布训政诏书，宣布光绪退位，并将其囚禁于中南海瀛台，同时宣称，她“经皇帝再三恳请训政，从明日起坐殿办事”，再次临朝“训政”。她下令捕杀在逃的康有为、梁启超，逮捕了谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第、康广仁、徐致靖、张荫桓等人。一场从六月十一日开始的变法维新，至九月二十一日慈禧发动的戊戌政变而宣告失败，历时一百零三天，史称“百日维新”。
戊戌政变后，康有为、梁启超等人逃亡日本。谭嗣同本来是来得及出逃的，但他拒绝了生路而选择了死，他愿以自己的鲜血来惊动麻木的历史，唤醒愚昧的国人。谭嗣同写在死牢壁上的绝笔诗《狱中题壁》，在黑暗的晚清长夜中化成了一道电光：
望门投止思张俭，忍死须臾待杜根。
我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。
九月二十八日，谭嗣同等六君子被慈禧杀害于北京菜市口。当刽子手将钢刀举起的时候，谭嗣同昂首高呼：“有心杀贼，无力回天，死得其所，快哉快哉！”围观者无不感叹落泪。
我真羡慕这惊天动地的归宿大笑着在慈禧的刀口上成全了心愿（彭浩荡《一个没有瞑目的梦——谒谭嗣同墓》）同时被捕的徐致靖处以永远监禁；张荫桓被遣戍新疆。所有新政措施，除七月开办的京师大学堂外，全部都被废止。
光绪二十六年（1900年）七月三日，西太后以“离间”罪为借口，杀支持光绪变法的吏部侍郎许景澄等五大臣。
三
禁锢了光绪后，慈禧仍感到保存着帝王名号的光绪对她是个巨大威胁，时时企图加害于他。但是使她没想到的是，经过百日维新，光绪的名声大振，他的囚禁不仅引起国内的舆论大哗，而且还在西方列强中产生了强烈反响。因此当慈禧散布光绪帝病重消息，借病做文章，欲置光绪帝于死地时，立即受到英国公使窦纳乐等警告，并派外医入宫诊视，使她的阴谋未能得逞。事隔一年，慈禧太后又宣称“帝久病不能君天下”，准备废立，并密电地方各督抚，企图以自己威严压地方大吏附和。但地方大吏对她的决定均表反对，刘坤一在复电中称“君臣之分已定，中外之口宜防”，李鸿章亦劝告后党不可操急行事。在海外的康有为更鼓动保皇党的华侨纷纷发电国内，“请皇帝圣安”，要求慈禧归政光绪帝。梁启超则利用《清议报》为光绪大唱颂歌，猛攻后党丑恶行径，又一次挫败了慈禧太后废帝的阴谋。
光绪二十五年（1899年）末，急不可耐的慈禧居然背叛嘉庆以来定下的不立皇储的成例，胁迫光绪发布“上谕”，宣告以病先退，立端郡王载漪之子溥隽为“大阿哥”，预定于庚子年元旦（1900年1月31日）光绪帝行让位礼，改元“保庆”。此事公诸于世后，遭到各国公使的一致反对，上海绅商名流和各地阻止建储的通电雪片般地飞往北京；在国外的康有为、梁启超联络华侨，号称十万之众，通电国内，揭露建储阴谋；加上当时京城盛传外国军舰集结于北洋海面，慈禧及其党羽被迫搁置建储计划。
慈禧一时未能加害光绪，就千方百计地予以凌辱折磨。为了防止光绪与外界联络，她命令将围墙加修成双层，水中岛屿瀛台通往勤政殿的桥铺成活动式桥面，随用随拆，桥端设有其亲信太监的监视房。
明知慈禧险恶用心的光绪，日夕惊忧而又无可奈何，成天战战兢兢，如履薄冰。他曾哀叹道：“朕并不如汉献帝也！”
这远不是光绪结束其一生的惊惶句号，囚徒一般的光绪帝，不知“亲爸爸”还会用什么法子来迫害他。但历史救了光绪，就在他坐以待毙、朝不保夕的时刻，发生在国内的一连串重要事件，对光绪帝的命运产生很大影响。光绪末年的1900年，是中国的一个多难之秋，也是近代中国历史性大转折的一年。
这一年春天，义和团烽烟在山东、直隶各省熊熊燃烧起来，载漪、刚毅等人给慈禧太后进献妙计，利用这些刀枪不入的神勇“拳匪”，将那些为维新派撑腰的洋人统统杀光。慈禧对此大为赞赏，在她看来，只要将那些狗咬耗子——多管闲事的洋人赶出中国，她就可以为所欲为，谁还敢对废帝之事说三道四呢！到了五月，在连开四天御前会议后，慈禧太后向俄、英、法、美、日等列强宣战，并批准载漪提出的围攻外国使馆的主张，义和拳奉命于五月十七日（6月13日）向东交民巷使馆区发动进攻。进攻使馆这一愚蠢之举，给早有侵华野心的列强找到了一个堂而皇之的借口，英、德、俄、法、美、日、意、奥八国联军遂大举入侵，进攻北京。七月二十一日（8月15日），慈禧换上便服，在载漪、刚毅等十几位大臣和百余名清军的护卫下，挟持光绪仓皇逃离京城。
就在临逃之时，慈禧这个凶狠的巫婆还不忘被她打入冷宫的珍妃。珍妃是与光绪志同道合的爱妃，她一直支持光绪变法，但也因此为慈禧极端仇视。戊戌政变后，珍妃亦遭株连囚禁。虽然同囚西苑（即今中南海、北海的宫苑），然而咫尺千里，珍妃与光绪犹如天上地下。身为皇帝的光绪，为了与心爱的珍妃见一面，不得不在深夜由心腹太监冒死拉船偷渡。清末官员李希圣曾感叹地写下一首《西苑》诗：
芙蓉别殿锁瀛台，落叶鸣蝉尽日哀。
宝帐尚留琼岛药，金空照玉阶苔。
神仙已遣青鸾去，瀚海仍闻白雁来。
莫问禁垣芳草地，箧中秋扇已成灰。
在被挟出走、与爱妃生离死别之际，光绪怎么也没想到慈禧竟会下毒手，她命太监将珍妃投入井中，活活淹死。光绪当时悲痛凄凉的心情，恰如清末文人高树在《珍妃井》一诗所述：
古井无波送洛神，衮龙易去出宫闱。
伤心误陷奸人计，甘作咸阳一布衣。
慈禧于八月初五日逃至山西大同。十三日，她为迎合列强之意，出尔反尔，发布剿匪上谕，称“此案初起，义和团实为肇祸之由。今欲拔本塞源，非痛加剿除不可”，并命直隶地方官“严行查办，务净根株”。随后又调各军进攻义和团，并向联军请求“助剿团匪”。不久，各国驻华外交使团拟出《议和大纲》十二条对华谈判，正在西逃途中的慈禧，看到十二条中并未把她作为首祸论咎，如获免罪赦书，大喜过望，“诏报奕、鸿章尽如约”，并发布谕诏，谓“不得不委曲求全，所有十二条大纲，应即照允”。又按各国公使要求，在谕诏上加盖御玺，作为照会副本，于光绪二十七年（1901年）十一月二十六日分送各使馆，正式生效。
