端州三年的完满任职终于使得包拯得以再次踏入京城，成为京官。监察御史的任职是包拯作为谏官得以名满天下、名留青史的起点。出使契丹，七斗王逵，陈州赈灾，三弹国戚，参掉宰相……在监察御史的任上，包拯只要碰着于国无利的事，必然上奏弹劾，在军事、吏治、经济等方面均有所发挥。包拯甚至在一次廷辩中，将唾沫星子溅到仁宗皇帝的脸上，惹怒了仁宗皇帝。而几位官场同道的相继被贬，也使包拯进入了他的人生低潮期。
庆历三年（1043），包拯终于凭借其“清廉刚正”之名，任满进京了。这次朝廷给他的职位是新增设的监察御史里行。包拯正式地进入了中央政权机构。
北宋设有御史台，当时的御史台“掌纠察官邪，肃正纲纪。大事则廷辩，小事则奏弹”，也就是揭发弹劾违法乱纪的官吏，还可以向朝廷和皇帝上疏谏言。监察御史就隶属于御史台三院（台、殿、察）中的察院，而“里行”是对出任监察御史但资历较浅的人的称呼，可以理解为副监察御史。
庆历四年（1044），包拯便向仁宗皇帝上过一道名为《乞不用赃吏》的奏折。包拯在奏折中说：“廉吏，是民众的表率；而贪官，则是民众的盗贼。”包拯还请求“以后凡是贪赃枉法的官吏被判刑服罪，一律不再从轻发落，应该依据法律条文行事。即使遇上大赦，他们的罪刑被减免，也不录用他们为官。那些犯罪较轻的，最多也只可授予他们副使、上佐之类的无实际执掌的官。这样一来，既劝奖了廉吏，也警示了贪官”。
同年，包拯改任监察御史。
包拯担任监察御史期间，关注的不仅是朝廷内的吏治问题，同样关注着国家的国防大事，尤其是当时日益强大的西夏与契丹。
庆历二年（1042）的时候，北宋在与西夏的几次战争中都惨败而归。契丹便趁机派遣使者来北宋索取“割地”，甚至颁布“南征赏罚之令”，对北宋朝廷进行威胁敲诈。四月，仁宗皇帝派遣富弼出使契丹拒绝了“割地”的要求。七月，富弼再次出使契丹，达成了加大每年“岁纳”的协议，而不再是“澶渊之盟”时的“岁赐”，这一“赐”一“纳”之别，终于使得北宋朝廷在外交上从此处于了被动地位。
包拯入京后就曾向仁宗皇帝上疏《论契丹事宜》说，自从“澶渊之盟”以来，北宋与西夏和契丹一直都相安无事，可最近西夏背叛，契丹又趁机敲诈。虽然契丹内部人民生活困苦，统治者即使有向南扩张的野心，也暂时还受到各方面的条件限制而无法挑起战争。但也不能因为所谓的“盟誓”而忽视了敌人，麻痹了自己，而应该大力加强军备。朝廷上有的人宣讲着“‘四夷乃肢体之疾’没有朝廷内部的‘心腹之患’严重”的言论。可是，“肢体之疾亦根于心腹，肢体未宁，则心腹安得何患”？
包拯还在《论边将》中着重强调了武将任免的重要性，提出武将的任免事关国家安危，要以是否有真才实学为择将标准。而若是有实学之人才，就应该“擢而用之，专而委之，必有成功”。
当时，朝廷每任皇帝都会将自己的生日定为“圣节”，这在当时是相当重要的节日。庆历五年四月十四日（1045年6月3日）便是仁宗皇帝的“圣节”——乾元节，契丹当时就派了他的使臣前来贺寿。而包拯则作为“送伴使”，负责送契丹的使臣返回到当时的边境城市雄州。也就是在这十天的“送伴”过程中，包拯发现这迎来送往之间是有许多弊端的，原来当时使臣离京都会派遣三番使臣，这就使得沿途互赠礼物，叨扰百姓等现象频频发生。包拯便就此向仁宗皇帝上了一道《请止决三番取索》，希望取消三番使臣的设置，让沿途各地政府负责使臣的迎来送往，而减少对百姓的骚扰。
同年八月，仁宗皇帝便下令，派遣包拯作为正旦使出使契丹，祝贺即将到来的契丹元旦佳节。
包拯率领使团刚进入契丹国境时，契丹安排包拯等人居住在一个叫神水馆的驿站。而这个神水馆由于处在边境，年久失修，在当时还流传着各种“闹鬼”、“凶怪”之类的传说。据说，就在包拯等人入住前不久，就有三匹小马走进驿馆后被什么东西击倒在地，吓得没人再敢进去。包拯得知这些情况，却还是直接率领使团入住了神水馆，并告诫随团人员，发生了什么事都不要大惊小怪，而要向他报告。结果，一直到天亮，都没发生什么事。
等到包拯等人到达契丹的首都——中京大定府时，面对契丹下马威般的大规模军演，包拯也是率领使团神态自若，挺胸而过。在完成了互赠礼物等一系列的礼节性访问后，包拯等人便决定于正月初五启程回国了。
就在正月初四这天晚上，包拯正与同行的官员们在驿馆喝茶。这时，契丹的馆伴使——契丹陪伴外臣的使臣——张宥来到使馆对包拯说：“最近，雄州城新开了一个小门，是不是想要借此招揽诱惑我国的叛逆到雄州城去泄露我国的一些情报啊？这样是很不利于我们两国邦交友好的。”包拯便对张宥说，等我了解一些情况，再对此给予解答。
到了正月初五这一天，辽兴宗便要举行宴会为包拯等人践行。包拯在赴宴途中向相关人员了解到相关情况后，便在晚宴之后向张宥说道：“昨晚你提过雄州城新开便门的事，我向雄州的人了解了具体情况后，发现雄州城最近并没有新开便门。而且雄州若是想要诱纳奸细，自然有正门可以进入，何必多此一举开一扇便门？而州郡之中，新开城门，以方便百姓出入是很正常的事，实在跟两国邦交没有关系。如果契丹在涿州等地新开城门的话，我们是绝对不会有何异议的。”张宥对此便无言以对。
包拯回朝后便向仁宗皇帝上疏《奉使契丹辨雄州便门事状》，就此事向仁宗皇帝做了报告，并请求皇帝向雄州通报这个情况，告诫他们处事一定要慎重。
之后包拯又多次上疏朝廷，希望可以加强军备，严防契丹入侵。在《包拯奏议集》当中，《议兵》《议边》《粮道》三个部分，共收录了包拯关于边防问题的奏议二十七篇之多，大概占了包拯全部奏议的六分之一，可见包拯对于边防问题的重视。
