巴斯德对微生物与疾病的关系越来越感兴趣了。开始，他只想到人生病。后来，法国的羊群因炭疽病大量死亡，农民要求他救救他们的羊群，他这才转向研究危害牛羊的炭疽病。这是一种十分厉害的传染病，患病的牛羊，没有一只能活的。
巴斯德从病羊的血液中，找到了引起炭疽病的细菌——炭疽杆菌，并且用稀薄的炭疽杆菌液注射到羊的身体里去，羊不舒服两三天，就不会得炭疽病了。可是，当时反对细菌可以引起疾病这种说法的人却说，不是炭疽杆菌引起牛羊的死亡，而是中了毒，是牛羊的血中有毒物。他们说：巴斯德把死羊的血注射到健康的羊体内，使羊生病不死，不是因为炭疽杆菌被杀死，而是因为血中的毒物被清除。
怎样驳倒这种说法呢？巴斯德思考了很长时间，想出了一个很有说服力的实验办法。他取了一滴含有炭疽杆菌的死羊血液，放入一瓶五十毫升培养液的烧瓶中，几个小时以后，杆菌已经大量繁殖；再从这一瓶含杆菌培养液中，取出一滴，放入另一烧瓶培养液中，继续培养。
他这样反复地做试验，不怕麻烦，一气重复了一百次。最后，他从这第一百瓶培养液中取出杆菌，注入健康的羊体内。这羊最后也死了，血液中也含有大量的炭疽杆菌。
反对巴斯德的人服输了。因为羊得炭疽病要是毒素引起的，那这样一次一次地反复转移，毒素就像大海中的一滴糖水，早已找不到它的踪影了。
巴斯德在证明微生物引起发酵，使酒变酸，使蚕儿患病，使牛羊死亡后指出：人类的许多疾病，也是细菌和其他微生物造成的。
预防鸡瘟
五十岁以后，巴斯德把他的精力全部用来研究细菌。他经常思索着：我研究细菌，难道仅仅是为了证明它是人生病的罪魁祸首吗？不，不仅仅是这样，就像研究酒变酸和蚕死亡一样，应该是为了制服致病的细菌，不让它放肆害人。
怎样制服致病的细菌呢？大约在巴斯德之前八年，英国的医生琴纳，发明了用牛痘接种的方法来预防天花。琴纳写了一本书，认为天花和牛痘是性质相近的疾病，所以种上牛痘的人，对天花就有了抵抗力。
巴斯德看琴纳写的这本书时，他正在研究炭疽病。他想：牛羊与蚕儿和酒不一样，有病的酒可以不要，病蚕可以烧死，何况酒和牛奶等可以用加热的方法消毒，防止变质。对有病的牛羊，人们总是想尽量把它们治好。问题的关键是怎样预防牛羊得炭疽病呢？
有一种轻型的牛炭疽病——牛胸膜炎，也有人用它来接种，可是很不保险，牛在接种后，经常突然发病死亡。有没有象种牛痘防天花那样保险的方法呢？这是巴斯德一直在考虑的问题。
在这个时候，巴斯德被邀请去研究一种鸡病——鸡霍乱。患病的鸡不吃食，整天无精打采，搭拉下脑袋和翅膀，眼睛闭着，拉稀，浑身出血，没两天就死了。
巴斯德从实践中，已经摸索出一套研究动物传染病的方法了。他的方法，最重要的是：把引起病的微生物找到，把它培养起来，让它繁殖；然后用它注射到正常的动物身上，看它是不是会引起同样的病；如果动物得病了，还得在它的身体内，找到同样的微生物。
现在，巴斯德也用这种办法来研究鸡霍乱。他和助手把病鸡的血放一滴在肉汤里，再把它放在暖箱里去培养；第二天的同一时间，取出一滴培养液，放到另一瓶新鲜培养液里，再放在暖箱中继续培养。与此同时，他们每天用新鲜培养液给鸡接种，观察鸡霍乱病的情况。
这年夏天，巴斯德正在紧张研究鸡霍乱的时候，接到家里的来信，说是女儿已经订婚，就要结婚了。老人多么高兴，决定回去给女儿办婚事。他向助手卢赫和张贝兰交代了工作以后，就回家去了。
两位助手照巴斯德吩咐，天天接种一次新培养液，给鸡注射一次，记录鸡的患病情况。
有一天，两位助手决定去度假。他们把一瓶培养液放在碗柜里，锁上实验室就走了。过了一些日子，巴斯德和助手都回来了。张贝兰取出碗柜里的鸡霍乱菌培养液，给一只鸡注射了。
第二天，意外的事情出现了，这只鸡竟然没有发病，仍然活蹦乱跳地活着。
两个助手商量了这件事：看来那瓶培养液过期了，我们还是到鸡场去要一只病鸡，重新培养新鲜鸡霍乱菌吧。这件事可不能让老师知道。他们知道老师严格认真，一丝不苟，这件事要是让老师知道了，非吃一顿批评不可。他们决定“保密”。
他们制成了新鲜鸡霍乱菌的培养液。第二天，他们用新制的培养液，给一些鸡注射了。惊人的事情发生了，所有的鸡都像往常一样，得病死亡，只有一只例外！经过仔细核对，正是那只注射过“无效”的过期培养液的鸡。
“这是怎么回事呢？”巴斯德问助手。
两位助手低下了头。张贝兰把事情的经过如实地说了出来，请求老师处罚他们。
巴斯德没说什么，低头沉思。他没有责备他们，突然跳了起来，喊道：“我明白了，那只鸡有抵抗力，所以它没有死亡。把这瓶培养液留下来，不能倒掉！”
巴斯德仔细地思考着过期的鸡霍乱菌为什么会使鸡免疫——也就是不得病，有抵抗力。他想，除去培养时间长外，也许还有别的什么原因。经过反复实验和验证，他发现，如果让培养液长期暴露在空气中，鸡霍乱菌就会失去致病的能力，可是这种病菌却能使鸡得到免疫的能力。他把这种具有引起免疫力的细菌称为“菌苗”，意思是说它和发了芽的种子很相像，是能长出一棵大树来的。
从这里开始，巴斯德又重新来研究炭疽杆菌。他用同样的方法，想制出炭疽杆菌的菌苗，给牛羊预防炭疽病。可是，他失败了。他仔细地思考着，为什么对鸡霍乱菌有效的办法，对炭疽杆菌却无效呢？除去时间的长短、与空气接触不接触外，温度是不是有关系呢？
巴斯德把培养箱的温度提高到45℃，炭疽杆菌就变成孢子的样子，这时候，它的抵抗力极高，虽然在滚开的水里煮它，还能活十分钟；如果是干热烧到100℃，还能活一小时；而放在干燥的地方竟能活许多年，使牛羊得炭疽病。可是，如果把温度调整到42°—43℃之间，它就不会变成孢子的样子，而且危害牛羊的作用也减小了，可以做为菌苗给牛羊接种防病。他这样做了十多次试验，都证明能预防炭疽病。
巴斯德抓住一次偶然的事件，认真思考，敏锐观察，周密实验，终于取得了战胜传染病的划时代成就——创立了免疫学！
攻克狂犬病
巴斯德是一个勇于创新、而又十分谦虚谨慎的科学家。他在研究工作中，不到十分有把握的时候，从不随便宣布自己的研究结果。当有人要他讲讲他的研究成果，或者公开发表这些成果时，他总是说：“还不成熟。”
虽然这样，巴斯德研究菌苗，用它来预防鸡霍乱病和炭疽病的消息，还是传出去了，因为他向法国科学院要求进行公开的试验。反对他的人，相信这次试验会失败。其中，《兽医杂志》的记者洛辛诺尔宣称：“我要把巴斯德拖出来献丑。”
公开试验是在梅仑的普耶堡农场进行的。除去洛辛诺尔外，还有一些记者、兽医、牛羊业经营商，附近的农民也有不少赶来看热闹，团团围住试验场。这一天是1881年5月5日。
巴斯德把48只羊分成两批，各24只。其中的一批，巴斯德给那24只全注射了减毒炭疽菌苗，另二十四只任其自然。巴斯德向大家宣布：5月17日和5月31日，他要先后两次给这48只羊，各注射等量的有毒炭疽菌苗。他向大家预言：今天注射过减毒菌苗的24只羊将不会生病，而另24只羊会患炭疽病死亡。
6月2日，是决定巴斯德预言是否能兑现的日子，也是决定巴斯德命运——不，是决定细菌免疫学命运的日子。结果呢？果然不出巴斯德所料，24只接受预防注射的羊，全都活蹦欢跳，一点生病的样子也没有；而另24只羊中，22只已经死亡，2只也奄奄一息，眼看就要死亡。巴斯德胜利了。洛辛诺尔拥抱巴斯德，向他祝贺说：“这真是医药史上最奇异的表演呀！”
巴斯德的发明，拯救了法国的畜牧业！
直到这时，巴斯德所有的研究工作，还没有与人类的疾病发生联系。
他想：我研究菌苗，总得为人类健康服务才行，不能光和酒、蚕儿、鸡和牛羊打交道。
巴斯德从小对狂犬病的印象十分深刻。人被疯狗咬了以后，经过一段时间，就发病了。病人先是发烧头痛，随后四肢抽搐，头部和背部向后仰，牙关紧闭，最怕受刺激，尤其怕强的光线或者大的声音，抽风不止，十分痛苦。最后，病人总是死亡。
巴斯德决定研究狂犬病。这时候，他已经是六十多岁的老人了，头发斑白，行动不便。
按照惯例，研究传染病，首先要找到致病微生物。这一次，巴斯德用尽过去的各种方法，都没有找到它。后来才弄清了，狂犬病是病毒引起的疾病，在当时所用的那种显微镜下面，是根本看不到病毒的。
为了找到这种微生物，巴斯德甚至冒着生命的危险，从狂犬的口中，取出几滴唾液，来进行实验。他把这种唾液注射到动物的脑子里，动物果然得了狂犬病。这说明，狂犬病的确是微生物引起的传染病。
在巴斯德的实验室内，养了许多患狂犬病的豚鼠、兔子和狗。经过反复实验，巴斯德弄清楚了引起狂犬病的微生物，都集中在神经系统。他拿出因狂犬病而死的兔脊髓，发现把这种脊髓挂在玻璃管里，让它自然干燥，时间越长，微生物的毒力就越低，到第十四天的时候，微生物的毒力最低。巴斯德把它磨成浆汁，制成了预防接种用的疫苗。
第二天，巴斯德用干燥了13天的脊髓浆汁注射一只兔。第三天，给这只兔注射干燥了12天的浆汁……最后，他用刚从死兔取出的脊髓做的浆汁，注入这只兔体内，这只兔竟没有死亡。用这种浆汁注入健康的狗或者兔的体内，它们都不会得这种病。
成功了！巴斯德制成了狂犬疫苗。
这种疫苗能用来治人的狂犬病吗？巴斯德没有把握。凑巧，有个阿尔先省的孩子约瑟夫·美斯特，被疯狗咬了十四处伤口，已经两天了。孩子的母亲把病孩带来找巴斯德，要求救救她的孩子。
巴斯德接受了治疗的要求。可是，他没有把握。他给孩子先注射保存十四天的疫苗，随后一天一次，直到第十四天，巴斯德给美斯特注射一针最毒的狂犬疫苗。
这一夜，巴斯德根本没睡。这是他一生中最犹疑难过的一夜。狂犬疫苗能不能成功，明天就要见分晓。
第二天，当巴斯德见到小美斯特欢蹦跳跃地跑来找他时，他满脸泪水，紧紧地抱着小美斯特亲吻，激动地说：“孩子，你的病治好了！”
这个奇迹，很快传遍了全世界。凡是被疯狗咬了的人，都来找巴斯德，请求治疗狂犬病，有的来自俄国和美国。巴斯德一一给他们治好了，只有个别人因为被疯狗咬过的时间太久，没有救活。
巴斯德为全人类健康直接服务的免疫学诞生了。是这位伟大的科学家，开创了战胜传染病的新纪元，使千千万万人免于死亡！
奋斗终生
巴斯德一生俭朴勤奋。还在学生时代，他就养成了从不随便花钱的习惯。他把所有的零花钱都用来买书，买学习用品，买实验用的仪器。
巴斯德的奋斗精神是惊人的。开始的时候，他没有实验室，只能在楼梯下的小储藏室里做实验。在那里，放个小暖箱，就没多大地方了，小房间矮小得需要跪着钻进爬出，有时一天要这样爬上一二百次，去观察和记录实验的结果。对于这样的条件，他全不在乎。他认为搞科学不亲自动手做实验是不行的。他说：“实验室和发明是两个有密切关系的名词。没有实验室，自然科学就会枯萎。”
中年以后，巴斯德得了偏瘫病。可是，他一面与疾病作斗争，一面坚持做实验。五十八岁那年，他的研究计划订得十分周密紧凑，像这样的工作量，就是精力十分旺盛的青年人，也会感到吃力。只是在感到十分困难的时候，他才请别人帮他一把，克服左手不听使唤所带来的困难。
巴斯德热爱自己的国家。当法国资产阶级革命推翻了国王路易·菲利普时，战斗还未结束，巴斯德毅然参加了革命，在国家警卫队里帮助维持铁路的秩序。这时候，他在高等师范学校学习，经济十分困难，还是把仅有的一百五十法郎，全部捐给了革命政府。
巴斯德特别关心青年人的成长，勉励他们要抓紧大好时光，不要虚度光阴。他说：“青年人要首先问问自己，‘我学习了些什么呢？’还要问问自己，‘我为祖国做了些什么呢？’最后，会有那么一天，你会愉快地知道，你已经为人类的进步和幸福多少做了点贡献。”
是的，巴斯德的确实践了自己的愿望，为人类的进步和幸福做出了伟大的贡献。他认为，他的工作不只是为了自己的祖国，他说过一句名言：“科学无祖国。”他的贡献正在为全世界、全人类的健康服务，取得了惊人的成就。
1892年12月27日，法国政府为巴斯德七十寿辰举行了盛大宴会。当衰弱残废的巴斯德，挽着法国总统的手臂走进大厅时，来自法国和外国的著名人物和科学家，一起站了起来向他欢呼，国家乐队奏起了胜利进行曲。许多人在会上发表了颂词。最后，英国的伟大外科学家李斯德在颂词中说：“你为世人揭开了传染病的黑幕！”
李斯德说完后，巴斯德站了起来，抱住他，表示感谢。一生朝气蓬勃、声音洪亮的巴斯德，这时因半身麻痹症加剧，说话小得像蚊子叫了。他的答辞是由儿子说的。
1895年6月13日，巴斯德去威尔涅甫休养，希望在那里能恢复自己的健康。这个夏天，他坚持读书，坚持和助手讨论防治白喉。可是，他的麻痹症不断加重，说话也一天比一天困难了。
这年的9月27日，巴斯德与世长辞，终年73岁。
