1968年3月5日，周恩来、陈伯达、康生、江青、姚文元、杨成武、谢富治、叶群、吴法宪、汪东兴等十人，给毛泽东和林彪打了一份报告，说有许多揭发邓小平的材料没处存放，建议在“贺龙专案组”内设一分组，收存有关邓小平“问题”的材料。毛泽东批示：可以。林彪圈阅表示同意。
这应该算是“邓小平专案组”的正式成立。
“刘少奇专案组”早在一年前就成立了，“邓小平专案组”在此时成立，说明在新的形势下，毛泽东同意加紧对邓小平进行更深入的审查。
5月16日，“邓小平专案组”在人大会堂开会，主管专案工作的中央文革大员康生和林彪死党黄永胜、吴法宪等到会。主要讲话的是康生。他说，邓的问题不能直接提审，但要注意内查外调找证据。他说，邓的历史问题一直没搞清，在红七军临阵脱逃，延安整风时在反王明问题上消极，和彭德怀关系好，在太行山实行王明路线，1962年在莫斯科鼓吹“三和一少”。总的说，历史上搞王明路线，组织上搞招降纳叛，军事上搞篡军反党。康生的讲话，算是给“邓专案组”支了招儿和定了调。此后，他们把“邓专案组”扩编，充实到九人。
事情也真是奇怪，邓小平是党内第二号最大的“走资派”，可他的“专案组”却设在“贺龙专案组”之内。“文革”之中，这类无法解释的事情实在太多了。
成立“邓小平专案组”，邓小平本人却不知道。5月21日，他写信给汪东兴，要求见主席，如果见不到主席，亦希望见见汪东兴。汪东兴将邓小平来信报毛泽东，毛泽东指示：在23日中央文革碰头会上读一下邓来信，议一下，征求大家的意见是否与邓谈话。毛泽东让征求“大家”的意见，林彪和中央文革这些“大家”根本不可能同意与邓小平谈话。邓小平的要求被拒绝了。不过，在邓小平已经被彻底打倒的情况下，毛泽东还要让“大家”议一下邓的来信，说明毛泽东还没有忘记邓，还在某种程度上关注着邓。对于林彪、江青等人来说，这可不是什么好事情。
是的，直到此时，毛泽东还一直试图在批判的同时将刘、邓有所区别，这是他在深思熟虑之后的一个并非无意的安排。但是，他的这个安排，却让林彪和陈伯达、江青等“文革”大员很不满意，甚至心存忐忑。林彪和中央文革两班人马一齐上阵，责令“专案组”加紧搜罗证据，要将邓的“问题”铁板钉钉。
“邓专案组”立即紧锣密鼓地开始工作。他们用极大的“工作热情”到处搜罗批邓材料，并申请到中央组织部查阅了邓的档案。看了材料以后，他们感到，仅靠揭发的材料，要定罪实在太不够了，但中央又不准直接提审，怎么办呢？于是，他们想出一个点子，让邓自己写一份历史自传。“专案组”要求，自传要从八岁起写至现在，要保证做到：一、详细具体；二、内容准确；三、写清各个历史时期的证人及他们现在的住址；四、材料随写随送；五、限定最迟7月初全部写完。此报告经黄永胜批准后，由中办主任汪东兴转邓。
接到让写自传的指令，父亲并不知道是“专案组”的主意，而以为是中央的要求。他没有任何推诿，极其认真地拿起笔来，伏案书写。
经过了大半年的囚禁，在寂寥独处时，在冷静下来后，对于这场令他倒台的“文革”，对于一切在混乱时来不及细想的问题，他一定进行了很多的思考。从1922年十八岁时投身革命以来整整四十六年，解放前，是敌情危重，戎马倥偬；解放后，又是身居要职，忙于工作。对于自己的一生，对于亲身经历过的大小事件，根本无暇回顾，更不用说思考和总结。如今，有人让他写自传——不论别人出于什么目的，思考之后，他自己也一定愿意写。在冷静之中，他可以通过撰写，细细地回顾、思考和总结自己的一生。
从1968年6月20日起，到7月5日，父亲用十五天时间，撰写了他的自传——《我的自述》。在长达二万六千五百字的《自述》中，父亲回顾了他的出生，他的家庭，他在私塾的发蒙，和他几十年都没有去细想过的父亲；回顾了重庆留法勤工俭学预备班，和出川出洋的经历；回顾了在法国当学生和做苦工的生活；回顾了留法时期革命的起点、革命的生活和革命的同志们；回顾了大革命和上海地下党激昂险峻的斗争生活；回顾了红七军、红八军的建立、战斗、失败和成长；回顾了江西中央苏区的坎坷和长征的历程；回顾了抗日战争战场和一二九师的战友们；回顾了大别山、淮海战役、渡江战役和解放大西南；回顾了十七年建设新中国的努力和十年总书记的工作……
翻开这份《自述》，可以清楚地感到父亲的凝重和认真。在他的回忆中，历史的每一个瞬间，仿佛都在他的脑海里重现重演。他清楚地记述了自己人生道路的每一步脚印，实事求是地回答了别人提出的每一个疑问和责难，对于自己的一生，不论功，只讲过。同时，像当时所有犯有“错误”的人一样，在回顾和“讲过”的同时，不得不再一次被迫违心地作出检讨。
在被迫检讨的同时，父亲以他特有的政治敏感，感觉到了那甚为微妙的毛泽东的“区别”对待。而以几十年的政治阅历，他十分明晰事物所存在的复杂性和反复性。在当时那种危难的政治形势下，他要求的无非是一条，争取留在党内，保住这政治上的最后一道防线。他知道，毛泽东能看到这个《自述》，因此，在最后，他写道：“我的最大的希望是能够留在党内，做一个普通党员。我请求在可能的时候分配我一个小小的工作，参加一些力所能及的劳动，给我以补过自新的机会。”
作为一个有四十多年党龄的老共产党员，哪怕在最艰难的时刻，他都不会忘记自己的责任。他从来没有因一时之冤屈而丧失信心，从来没有失去过希望，从来没有放弃一切可以争取的机会。
在父亲伏案撰写《自传》的同时，“邓专案组”也一点儿都没闲着，他们开始起草一份关于邓小平“罪行”的“综合报告”。林彪和中央文革一伙对彻底整倒邓小平可谓是心急如火，“邓专案组”的上司“二办”，也就是由林彪集团控制的“中央专案组第二办公室”，几乎隔几天就来个电话，催问进展情况。以整人为专长的康生，也在人大会堂小会议室，接连召开了几次案情专题研究汇报会议。
在“文革”中，一个人如果仅仅犯了“走资派”错误或“路线”错误，就不容易打倒，或是打倒了也容易“翻案”。一定要有“历史问题”，诸如叛徒、特务等，才算是铁板钉钉的“罪行”，打倒后才可能使其永世不得翻身。但是，邓小平没有被捕过，没有脱过党，弄了半天，也只有“现行”问题。后来回想此事，连父亲自己都感慨地说：“我这个人很幸运，打仗没有受过伤，做地下工作没有被捕过。”
没有历史问题，也得找出历史问题，“邓专案组”的任务就是要绞尽脑汁千方百计地去找。6月18日，江青在关于邓小平“罪行”的汇报会上说：“邓小平的材料，你们要认真分析，这个人很可能是叛徒。我一直在分析他的材料，和你们一起同他斗争。他的历史问题和现行问题要一起抓。”会后康生把“专案组”组长找去，交给“专案组”由他亲自保存的“批邓小组”编写的十大本材料，还有当年红七军老同志的“交待材料”和照片。
“邓专案组”埋头苦干，历时一个半月，九易其稿，编了一份邓“罪行”的“综合报告”。7月25日，他们全体到人大会堂东大厅，专门向康生、黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏作详细汇报。康生作了指示，说现在看来材料不少，关键在如何运用，历史部分弱了。吴法宪说邓入党有问题，介绍人都死了，死无对证。
会后黄永胜、吴法宪、李作鹏与“专案组”到京西宾馆四楼，连续作战，仔细从头研究修改。直至第二天拂晓，这份“综合报告”——《党内另一个最大的走资本主义道路的当权派邓小平的主要罪行》终于定稿。全文共七个部分，一万五千余字。
“邓专案组”将这份来之不易的“成果”立即上报“二办”。不到二十四小时，此报告已从康生、黄永胜、叶群、李作鹏、邱会作、张秀川等处传阅一圈。康生批示：“争取尽快送呈主席、林副主席和中央、中央文革各同志审阅。打印五十二份。”两天后，康生办公室多次传话给“邓专案组”，说康老对综合报告很满意。
虽说康生对报告表示了“满意”，但“邓专案组”仍觉得“历史问题”分量不足。他们加班加点，寻找“疑点”和“漏洞”，一而再、再而三地认真“研究”后，认为在邓小平长达四十多年的革命历史中，唯一可能进行“突破”的，只有红七军时期所谓“逃兵”问题，有必要就此问题继续深挖，以求把历史问题砸死定罪。
1968年9月11日，“邓专案组”写报告给黄永胜、吴法宪、叶群和李作鹏，为查清历史问题，要求邓“补充交待”一下1930年和1931年两次从红七军“开小差”回上海的活动。黄永胜批示请汪东兴帮助，汪则批示让中办副主任王良恩用政治部之名要邓再写。在接到中办通知后，邓再一次就红七军的有关情况，以及他两次从红七军回上海向中央汇报工作的情况，写出详尽并且实事求是的说明。这个说明，又一次使“专案组”希望落空，没有捞到任何稻草。
在写上述报告的同日，“邓专案组”还写了第二个报告，向周恩来提出无理要求，让周总理给他们一些“帮助指导”，以查证有关邓小平历史上的几个问题。“报告”中说，邓入党问题交代得有矛盾，一是入党时间不一致，二是对入党介绍人的填写含糊，因此，怀疑邓可能是混进党内的假党员。“邓专案组”还进一步要求周恩来对一些所谓的“疑点”提供线索。诸如他们认为，邓1930年和1931年两次从红七军“临阵逃跑”回上海，根本没有向中央提出汇报工作的要求，而是另有目的；还无中生有地推测：“邓自述中说，1931年在上海，中央派他去安徽芜湖巡视省委工作，去芜后省委被破坏即返沪。我们觉得如安徽省委早被破坏，就有可能是邓小平出卖的嫌疑。”此件先报黄永胜、叶群、吴法宪、李作鹏、康生等人，经以上各大员逐一批示后送周恩来，以迫周回答。对此无理要求，周恩来根本不予置理。此“报告”送到周处后，便石沉大海，杳无音信了。
在周恩来处碰了钉子，“邓专案组”还不甘心，找来找去，最后总算是东拼西凑地从原红七军老同志那里挖了一些“揭发材料”，编了一份“专题罪行”上报邀功。
在“邓小平专案组”紧锣密鼓地加紧对邓“罪行”进行调查时，中央专案“一办”、“二办”也加快了工作进度，对所管“黑帮”、“走资派”及有各类“罪行”的人，加紧取证定性。加速专案定性工作的原因，是中央已决定，要召开党的八届十二中全会和党的第九次全国代表大会。
林彪死党黄永胜等召集由其管辖的中央专案第二办公室开会，逐个研究所管十五个对象的定案问题。“邓专案组”送上的邓小平“专题罪行”受到黄永胜的表扬。但吴法宪却不满足，说：“邓小平招降纳叛、包庇坏人的问题也很重要，也要尽快地搞。”
9月22日和24日，中央专案“一办”、“二办”连续在人大会堂东大厅开会，对“一办”所管十四个、“二办”所管八个重要专案对象，逐个研究定性。其中，将刘少奇定为党内最大的走资本主义道路的当权派，并诬蔑为“叛徒、内奸、工贼”。邓小平的“问题”被认定是“隐藏比较深”，将性质定为党内另一个最大的走资本主义道路的当权派。
弄了半天，费尽九牛二虎之力，邓小平的“问题”还是“现行”的。他的“历史问题”，实在是“隐藏”得太深啦。
