他想，难道我就要龟缩在云南一辈子吗？难道满清杀了我干爹，我就不应该做点什么吗？可凭我大西军如何能北上报仇？他的目光移向了正在肇庆的永历皇帝。这位皇帝正在烦躁不安地看朝臣们吵架，他虽然拥有江南七省，但正在一点点的丧失着。他决定联明抗清！他派出原明臣杨畏知为代表，远赴广东肇庆商讨携手抗清事宜，并请封秦王。
当杨畏知把这个消息说给永历朝的所有人听的时候，永历朝堂炸了锅。
首先，他们对孙可望“弃暗投明”的举动很赞赏，是我大明人就应为我大明效力共同对付满清。但是，“秦王”是随便封的吗？有大臣立即就喊了出来：这个草寇屁也不懂，只凭他提出这个条件就可诛他九族。
孙可望的确该被诛，他这个条件提得实在太无理。第一：明两百余年来，一字亲王向来只封给朱明宗室子弟。即使与孙可望性质相似的金声桓，李成栋举江西，广东反正来归，也只受封国公，第二：“秦王”爵乃当年是明太祖次子所封“首藩”，在宗室诸王中地位最为尊崇。
永历皇帝也大为恼火，气愤道：“这个草寇真不知天高地厚，我现在拥有广大地盘，他把我当成什么了，当成要饭的吗？要搞清楚自己的位置，你是来投靠的，不是来帮忙的。”
可是，永历朝必须要有新的力量加入进来。这个时候的永历朝似乎是在原地踏步，防守有余，反击不足。一些有眼光的大臣很希望孙可望的大西军能加入，再加上沐天波在云南周旋，永历皇帝以“海纳百川”的胸怀答应了孙可望的效力，但“秦王”之爵不可能封给他，这简直是扯淡。
杨畏知见永历朝在这个时候还对名号这样在乎，真是惊讶得不得了。于是，他自作主张，说，那就封“景国公”吧，识大体的大臣堵胤锡等认为这个封号等于没封，强烈建议封孙可望为二字郡王，永历帝同意了，要杨畏知告诉孙可望，封他为平辽郡王。
当杨畏知兴冲冲地在回云南路上的时候。南明浔州守将陈邦傅听说了孙可望被封王后，为了讨好孙可望，竟别出心裁，伪造封王敕书和秦王金印，派人冒充使者前往云南。
孙可望接见伪使后满心欢喜，立即举行隆重的封王典礼，布告云南，宣布从此奉南明永历正朔。不久，杨畏知回到云南，带回了封郡王的敕文。孙可望气得鼻子都歪了，说道：“我真是下贱得可以，自己本能封自己为皇帝，却跑那么远弄了个‘平辽王’回来。管他呢，我现在就是秦王，云南三岁孩子都知道了，不能改。”
大西军和南明的合作，竟然就在这样一场闹剧中开场了。
永历朝廷永远把“名”看得那么重要，但能不能保住这“名”那就是另外一回事了。南明臣子与皇帝的特点就是：你想要什么名如果提前被我知道，我坚决要反对。但你若做了，我也不能奈何你。
当孙可望以“秦王”之名领导李定国和刘文秀要求四川，贵州及湖广明军皆受其节制时，永历皇帝所辖的两广之地正在朝臣的党争中慢慢失去。孙可望是个有理想的人，也是个不跟永历皇帝计较的人，在他的部署下，白文选部入贵州，刘文秀部入四川。此地号称是南明军却很少抗击清军的各个小军阀被孙可望顺利扫除，在孙可望的整顿下，贵州，川南大力推行云南的治理经验，一时竟气象一新，成为抗清的重要后方基地。
永历四年，清军将领——两个汉人孔有德，尚可喜攻下广东广西，大敌压境下，永历帝向西疯狂逃跑。孙可望立即向他招手，永历皇帝只好在孙可望的指引下来到孙可望地盘。在这个时候，孙可望完全控制了永历帝。
事实上，这种控制和没有控制意义一样，这个时候的永历皇帝其实就是一面旗，任何人都可以拿来扛，但拼命挥舞能引来多少人效忠却是另外一回事。此时永历身边没有一位文臣或是武将可以与孙可望相提并论。这些吵架吵够的人在这个时候才发现，孙可望已经俨然成了第二个永历皇帝。
一个臣子千辛万苦为一个狗屁用也没有的朝廷效力，为此得到了后人的责难，我很为孙可望报不平。就在永历皇帝来到孙可望处的第二年，孙可望与李定国，冯双礼会兵入湖南，与战清军一败涂地，纷纷向湘北溃退。为解除侧翼威胁，他的兄弟李定国统兵奇袭广西，镇守广西的清定南王孔有德猝不及防，在桂林战役中自杀，广西全境恢复。
孙可望大喜，他还特意在永历朝臣面前为自己的兄弟吹捧一番。在吹捧后，他又命令李定国挥师北上，李定国很争气，在与迎面而来的南下援军尼堪亲王战役中，将此王击杀。南明已经好久不出英雄了，李定国连杀清军两王，一时家喻户晓，连北京城里的满洲人都被震动。
但天下局势并没有出现什么好转，此时的江南有清军，也有大西军，还有明朝的军队。各方并没有看出对方一定能把吃掉或者是被吃掉。李定国一时也飘飘然，原本，他就是和孙可望平起平坐的人，虽然在表面上他奉孙可望为上司，但在心里，他觉得只有他干爹才是自己的上司。
你若知道，当你想控制一个人，而这个人却时时表现出不想让你控制的时候，你该有多生气。不巧的是，这个时候，永历皇帝还给孙可望添火，他激动地想见李定国这位英雄。孙可望火了，论名声，他经营云南、贵州三年就把此地弄得井井有条。可永历皇帝从来没有这样激动过。李定国不过打了两个胜仗，打仗胜利可以预料，但杀掉对方首脑却不可以预料。在孙可望看来，李定国能干掉那两个清军首脑，很大程度上是侥幸。
在恼火之下——这里面还有嫉妒，他想请李定国吃饭。
这种饭向来就不好吃，因为都是干饭，吃多了肯定口干，必要有血来当汤喝。所以，李定国知道了孙可望的意思后，就率军退入广西，避免与孙可望和永历帝见面。
历史就在这个的情况下错掉了。由于李定国的离开，导致了当时东西两路明军不能全歼湖南清军。当他在周家铺迎战北上宝庆的清军时，被清军打败。双方在湖南战场上陷入了僵局。
永历皇帝捻着佛珠走了出来，朝臣们也走了出来。他们不敢用冷嘲热讽的方式来指责孙可望的失败，因为他们不敢，也没有资格。但还是表现出了对大败清军的李定国的怀念。孙可望——这位心胸到现在我们也猜测不出到底有多宽广或是多窄的最高统帅在愤怒之下把当初的兄弟、在四川战败被削去兵权的刘文秀出山，与另一股明军会攻长江。
这位当初被称为大西四将军之一的刘文秀重新出山后，似乎没有了从前的骁勇与智慧。他带领军队走到湖南辰州时不走了。一年后，他才整装上道，亲自指挥明军水陆并进，围攻常德。可惜由于连日大雨，另一路明军没有及时到场，刘文秀的指挥才能又的确不怎么样，大西军大败，退回了贵州。
但孙可望并没有因为常德之败而感到不舒服，他当时的想法是：如果此次战役成功，那他的威望就会升高，如果失败，他也不想听到永历皇帝的牢骚了。该年，他对外发布诏令开始用“皇帝圣旨，秦王令旨。”在他这种明目张胆地“造反”下，永历身边近臣马吉翔，庞天寿等人也积极地“弃暗投明”，向孙可望靠拢。
永历帝感觉自己随时都能送命，他想，自己不能死在草寇手里。他决定做一下小反击。在一些忠于自己的大臣策划下，他密诏远在广西的李定国统兵入卫，前来救驾。这真的是一次小反击，因为在孙可望对他严密的监视之下，任何事情都有可能暴露。这件事情也不能例外。在震怒之下，孙可望派兵入宫，逼永历皇帝交出出主意的人。
永历皇帝只好交人，于是，先后有大臣十八人被处死，这就是南明史上有名的“十八先生案”。此事过后，孙可望觉得，永历皇帝真的不可救药了，在这种“觉得”的情况下，永历七年，他把永历皇帝移到贵州安龙，自己则坐镇贵阳，号称国主，事事遥制指挥。在许多史学家那里，孙可望在这个时候和乱臣贼子同。因为所有政令都由他出，甚至连永历帝的生活费，他都做了详细的规定。当江南传出孙可望是“挟天子以令诸侯”的乱臣时，孙可望恼了。
他想，当初要你封我秦王，你不封，我没有闹事吧。你现在落难，我把你接到这里，给你吃的喝的，尊你为皇帝。现在出现这种谣言，能是谁传出去的？还不是你？
他跑到永历帝面前，跟他讲：“有人说我挟你令诸侯，可诸侯在哪里？李定国？那是我的人。郑成功？我连他鬼影子都没有见过。各地的农民武装？他们保护自己都难，还会帮你抵抗清军？我令谁？”
永历皇帝气得手直哆嗦，赶紧拨弄佛珠。
可事情往往是这样，你越不想见到的人以后就肯定能见到。李定国自然是孙可望最不想见到的人，但他还是见到了。
李定国得知了永历帝被孙可望“软禁”后，立即决定放弃屡战屡败的两广战区，回贵州救助永历。这是一个大错而特错的决定，他放弃了一个西瓜，却去拣芝麻。虽然，他成功地将永历帝解救出来，并且带到了昆明，但是，孙可望并没有受到任何损失。
在孙可望眼里，永历帝永远都并不重要。重要的是，他真的很想为明朝出点力，或者说，是为本民族出点力。可李定国总跟他作对。
李定国把永历帝抢到昆明，在天下人看来是救驾。这就是把他孙可望放在了不仁不忠的位置上，他如何不恼怒？在气急败坏下，他集结十四万大军攻云南，他想要告诉李定国：别假惺惺地把自己放在忠臣的位置上，大家都是一路货。既然想要复兴大汉江山，干嘛一定要是明朝皇室的人来做，只要是汉人来做就可以了。
该年七月，他在贵阳誓师，并且做了三百副锁人的刑具。他跟士兵们讲，把李定国和永历皇帝身边的乱臣统统锁来！
好有气魄，好有自信。可惜，结果却让他一点都不自信，一点气魄都没有了。他的十四万大军都不想和自己人打仗，又加上他手下两员大将——和李定国关系非常好的白文选和马宝的煽动，士兵们在阵前倒戈，向他发起了进攻。
他带着妻儿与少数随从向东狂奔狂奔。一路上各地南明守将均闭门不纳。这个时候的他简直想把李定国生吞活剥了。他瞪着眼跟部下说：“李定国这厮把我弄到这步田地，我就是头发掉光那天也不会忘了他。我要报仇。”
最亲密的兄弟一旦反目，其仇恨可以让他做出最让人想不到、甚至连他自己都想不到的事情来。孙可望就在这个的情况下逃往了清军辖境，投降了清军。
此时负责湖广军务的洪承畴听到这个消息后，简直像拣到了天上掉下来的金元宝一样，急忙派人接应孙可望入境。两个汉人一见面，分外亲切。在这个时候，孙可望觉得，为谁效力已经不是问题，只要能报仇。
