万幸的是，万历皇帝对这种胡说并没有如其他皇帝那样很重视，原因是，他对任何事情都不重视。所以，只剩下了徐兆瑞在那里空喊，东林党毫发无损。可李三才就倒霉了，因为顾宪成的那封信，他已经没有任何理由入阁。并且，他原来的职位也无法保住，他只好请求罢职。当他一连向皇上上了十五次辞职的疏章没有得到回音后，他就不等皇上允许，自动离职卸任，回通州定居去了。
李三才事件拉开了东林党与反对派的争斗，在这件事上，无论后人多么想为顾宪成辩护，但一条不容质疑的事实却是，他希望李三才入阁来提高东林书院在朝廷的影响。
虽然，他后来解释说，自己所写给叶向高的信的缘由只不过是出于对李三才的了解与肯定，但在攻击他的言辞里，都有这样一条：李三才本就是东林一伙的。
几年后，发生了明末三案，直接引起了党争。这三案是梃击案、红丸案、移宫案。梃击案我们在前有所介绍，这里不再赘述。红丸案发生在泰昌元年（1620年），万历皇帝的那位太子朱常洛即位后不久就得了重病，司礼监秉笔兼掌御药房太监崔文升进泻药，服后病益剧。鸿胪寺丞李可灼就献上了两颗红色的丸子，说是仙方，可长生。朱常洛服后不但没有永远不死，却立即就死了。朝臣群起弹劾崔、李二人，东林党人立即怀疑是郑贵妃指使下毒者，而反对派，其实这些人反对的目的就是因为东林党赞成。争论一起，大学士方从哲从中调护，事久决不下。最终，两派谁也没有取得胜利，朱常洛死后，儿子朱由校即位，抚养他的李选侍坚决居住在乾清宫，以把持朝政。东林党一伙：都给事中杨涟、御史左光斗等联合大太监王安迫其移宫鸾宫。朱由校正式即位后，此事引起争论，成为官僚派系斗争的内容之一。
东林党的势力逐渐扩大，特别是当朱由校登基后，由于是他们的努力。所以皇帝对这些人很是器重。在这样的情况下，一些失意的政客，善于钻营的士大夫纷纷投进东林，而且，在这些人信誓旦旦的承诺下，东林也接纳了他们。
在后期，东林党之所以敌不过阉党，有一部分原因即在此。诸多的政客发现自己所凭借的东林已经不是当初的东林时，他们立即掉转，把枪口对准了真正的东林党人。
我们回过来看，当初，万历皇帝下令全国开展矿监税使活动，最先反对的就是东林党。这并不是说，他们在为天下百姓着想。因为在万历皇帝最先派出的矿监时，老百姓的利益并没有受到影响，而受到影响的是一些富民。那么，东林党的人是些什么人呢？这些人大都是有功名、田地或是资产的中小地主阶层。
税使刚刚成立时，其所征税的对象也无非是一些开旅店的店主，这些人自然也被称为富户。也就是万历皇帝侵犯了他们的利益，才使得他们奋起而反对之。
在天启三年（公元1632年）的京察之中，东林党人赵南星掌管吏部，力斥反对派官员亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣等，议当罢黜。吏科给事中魏应嘉坚决不同意。赵南星可不管，总之，不和自己站在一边的就是敌人。他写了《四凶论》攻击亓诗教等，最终这些人在强大的东林势力的打击下被罢黜了。从各种史料来看，赵南星通过这次京察大肆打压其他派别的人，完全是一种斩草除根的想法。的确，东林官员不与阉党合作，从而获得清誉之名。但东林党人以“清流”、“正人”自诩，对三党官员心存报复，对政见不合者均斥为“邪人”、“邪党”，甚至直指为阉党，却也是他们的愚蠢之处。这样造成的结果就是：被东林排斥的官员，便投依阉党求存。东林执政后反而在朝官中日益孤立，而魏忠贤的阉党的势力却得到了大大的增强。
针对这次京察中东林党人的报复行为，前辈学人谢国桢先生就说：“天启三年的京察，赵南星未免作的太辣，但后来魏忠贤的残戮，又未免太毒了”。他这句话其实还可以着来理解，后来东林党人被魏忠贤大肆清洗，一半责任要归于自己。
假设，只是假设，党争开始只是纯粹的政见和价值观分歧的话，那么到后来也就显现出了它的真实面目：则彻底沦为了全然不顾天下国家的意气之争、利益之争、个人恩怨之报复。齐楚浙三党自然如此，东林党更是不能逃脱。
所以，东林党并不是如我们所想象的那样，十分纯净，纯净到只为百姓着想。晚明的清官、好官都出在东林或是对东林有一定的好感。这只不过是因为其他党派太滥了，这些官员只能退而求其次而已。
在正义与非正义之间挣扎
被反对派命名的东林党在其产生到灭亡，到底争论了哪些事呢？这是一个很不能让人解释清楚的问题，一方面，他们的争论到底起到了多少作用，另一方面，在争论中，是否真的是从大局着想的。
顾宪成似乎就是东林党的开始，而在他死后，东林党也并没有结束，直到明朝灭亡，在历史的回音壁上，我们还能听到他们的声音。在此，我们不对他们的声音确认是对还是错。我们只是想看一下，他们用了几十年时间到底都争论了些什么。
第一起事件是关于张居正的，万历十年，张居正死，第二年，张居正被抄家，顾宪成认为这是张居正咎由自取。
第二件事是争国本，万历十四年正月，科臣——后来的东林党人——姜应麟上疏皇帝应立太子，万历皇帝迟迟不立，东林党人与内阁一派和皇上争论了十五年。
第三件事是丁亥京察，发生在万历十五年，北察主计人之一为左都御史辛自修，南察主计人有右都御史海瑞。两人都欲借京察整饬吏治。顾宪成在北察中支持辛自修，他的弟弟顾允成等在南察中支持海瑞。结果，辛自修与海瑞都失败，顾宪成兄弟被降斥。
第四件事就是万历二十一年的三王并封，顾宪成强烈反对。
第四件事是癸已京察，主计人是吏部尚书孙（金龙），左都御史李世达和考功司郎中赵南星。考察贯彻了严于自身、严于要律、贪吏必察的原则，但不久，赵南星被斥为民，孙（金龙）被迫辞职。支持京察的官吏纷纷被贬。
第五件事是万历皇帝开张矿监税使活动引起的争论。
第六件事是万历二十六年发生的《闺范图说》事件，早在万历十八年，山西按察使吕坤编辑了《闺范图说》，里面提到的妇女都是皇后级别的，郑贵妃拿到这本书后，就把自己也写了进去。他这样做的目的党纪被东林党人拆穿，引起争论。
第七件事是万历二十七年二月——万历四十二年三月的民变，东林党人或支持民变或者参与民变。
第八件事是万历二十七年的己亥京察，北察主计人吏部尚书李戴秉承阁臣沈一贯意大肆打击东林党，东林党反击，此事过后，东林党人被迫去无锡听顾宪成讲学。
第九件事是关于真假楚王的，当时，楚王朱华奎的下属向朝廷告发朱华奎是异姓假王。当时，沈一贯想隐瞒此事。但东林党人礼部侍郎郭正域上疏请勘，楚王派人送礼给郭正域，郭正域依旧不依不挠，后被沈一贯一伙清除出朝廷。在这件事上，楚王的真假另当别论，而沈一贯不想把事情闹大是符合当时形势的，郭正域偏想要事情水落石出，被弹劾去无锡听讲是活该。
第十件事还是关于书的，万历三十一年十一月，一本《国本攸关》的图书出现，大学士朱庚得到此书后，发现此书是托“郑福成”问答的。“郑福成”喻郑贵妃之福王当成。时谓之妖书。这一次，皇帝大怒，东林党人没有挑起事端，但沈一贯却以此事拿下了东林党人大学士沈鲤。正要趁势拿下其他东林人士时，太子朱常洛大怒，此事才算结束。
从这以后，几乎每件朝廷之事都有东林党人的参与，直至其被阉党打败。也就是说，从有东林党那天起，党争在明末就没有停止过。
魏忠贤没有掌权时，东林党的最大敌人是掌权人物，比如当时的王锡爵，后来的沈一贯，还有万历皇帝。东林党人大部分都是言官，分布在六部里，自从张居正死后，万历皇帝将内阁权力降低，大权尽归于六部，所以，六部的言官们敢于向内阁首辅发威。而万历皇帝又对这些事情置之不理，内阁首辅自然就要反击，归根结底，都是万历皇帝的错。
万历皇帝是非常明智与愚蠢的，在有关于他自己的争论中，他总是不肯给答复，或者是默许内阁对他们进行打击。而内阁，也就是朝廷的掌权派对东林党人的态度却是四个字：坚决打击。可以这样讲：谁在内阁，只要不是自己人，东林党人就发了疯似的去咬。一件事只要被东林党人捉到了，就绝不轻易放口。比如，明末三案，它促成了党争，党争反过来又影响了三案，使得一件很普通的案子，成了惊天动地的大案。
我们还不得不提发生于万历三十九年（公元1611年）的辛亥京察事件，和以前和以后的京察事件一样，党派之争如火如荼。这一年的京察在北京的主持者大都是东林党人，所以齐、浙、楚诸党遭到了他们的打击。但南直隶的京察却为齐、浙、楚党所把持，故在南京的东林党人受到了排斥。正是辛亥京察南直隶的形势，科道言官们遂依籍贯有了齐、楚、浙三党。
万历四十五年（公元1617年）的丁已京察，三党势力大盛，由楚党的吏部尚书郑继之、浙党的刑部尚书李志和考功郎中赵士谔主持，因此东林党人在此次京察中几乎被驱逐殆尽。
通过这几次京察，朝臣们的党派归属一步步地明确和巩固，党争之风日盛，并几乎使朝中大臣都卷入了党争，大有不依附于一党一人便无法立足之势。从这次以后，一直到天启朝东林党才再获朝政大权。如你所知道的，他们却和对方一样，不但不以国事为重，反将排除异己党同伐异的行动进一步加大，把党争带进了白热化阶段。
天启年间，东林党由于扶持熹宗即位有功而命运出现了转机，当时的首辅刘一景、叶向高，吏部尚书赵南星、礼部尚书孙慎行，兵部尚书熊廷弼，都是东林党人或东林的支持者，可以说明朝的军事、政治、文化、监察和人事大权全都被东林掌握，他们从在野的清流成为了主持朝政的主要力量。于是，就有了那次大清洗。
（事实上，对明代官吏的京察在万历之前是极为严肃的事情。虽然用现在的眼光来看，其考核过程并不怎么严格，但无论清官、冗官、贪官，却莫不视被考核察典点名批评为终身洗之不去的人格及政治污点。在当时政治和风评上，这都是极严重的问题，故人人凛然，廉耻之心常在，是以它既是一种他律，也让官员们因此自律。然而，从“癸已京察”起到“辛亥京察”“丁已京察”之后，在大计中被点名弹劾者，几乎都是因党争而致，弹劾与被计官吏的品格及政绩几乎再无什么关系，实际上京察和外察已全然失去了评判标准的的职能，彻底沦为了党争工具，成了党争的代名词，士大夫官僚们也从此彻底失去了对大计的尊崇，再不把大计当一回事，其凛然及廉耻之心荡然无存，故而吏风日坏。
如《明史》所言，这些纷争除了引发党争，还使朝中“言事者益裁量执政，执政日与枝拄”，一向负有纠察风气、弹劾官吏之责的御史和六科给事中等言官们时时抨击政府，与以内阁、内监为代表的执政方势同水火，在政治上形成了极为清晰的对立格局：“初，言路为（张）居正所抑，至是争砺锋锐，搏击当路。自是言官与政府日相水火矣”。而吏、户、兵等府部势力则时而自成一派，时而摇摆不定，因时因利因人而定，为两者之间一股时明时暗的势力。）
可当他们将对手清洗完毕以后，发现又出现了一个魏忠贤。这些愚蠢的士大夫居然想以笼络的方法希望魏忠贤不要干政，从这点可以看出，这些人除了在嘴上能把人置于死地外，其他百无一用。他们曾把对手同样是士大夫的三党清洗干净，却面对着日益强大的阉党而束手无策。似乎在这些人看来，动用武力永远是匹夫所为。最终，他们丧失了在朝中的优势地位，被阉党轻而易举地消灭。
中国人往往都是这样，窝里斗很是了得，而一旦遇到对手和自己不是一样的人后——比如阉割的人就抓耳挠腮了。
从顾宪成成立东林书院到被魏忠贤屠戮，东林党人苦心经营十七年。最终，他们整体以一发不可收拾的气势消失了。当时人对他们的赞颂至今仍在史书的某一角落里发着光芒，现今我们来看他们，多一点理性，总归是好的。
其实，我们单纯的用一章来叙述东林党及其活动，对他们来讲是很不公平的。因为从其出现到明朝灭亡，他们都在为大明朝的消失起着或多或少的作用。我们只能在下面的篇章里来搜寻他们的点点光辉，或是点点污渍。
