许多年前，神祇曾警告亚各斯国王阿克里西俄斯，有朝一日，他的外孙将会夺取他的王位并谋害他的生命。所以，当他的女儿达那厄为宙斯生下了一个儿子珀耳修斯后，母子俩便被阿克里西俄斯装在一只箱子里，投入大海。宙斯保佑着漂流在大海中的母子，并引导这只箱子穿越风浪，漂到了塞里福斯岛的海岸边。岛上住着一对兄弟，狄克堤斯和波吕得克忒斯。一天狄克堤斯正在海边捕鱼，看到水里的这只木箱，就连忙把它拉上海岸。回到家中，得知详情的两兄弟对这对落难的母子十分同情，便收留了他们。波吕得克忒斯娶了达那厄为妻，并悉心地抚育珀耳修斯。
时光流逝，眼看着珀耳修斯一天天成长起来。他的继父波吕得克忒斯劝年轻的珀耳修斯出外闯荡，希望他能够建功立业。勇敢的小伙子雄心勃勃，决心砍下女妖墨杜萨那颗丑恶的脑袋，把它带到塞里福斯，送给国王。
珀耳修斯背着行囊上路了。在诸神的引导下，他来到了众怪之父福耳库斯居住的地方。珀耳修斯在那里遇到了福耳库斯的三个女儿。她们满头白发，长得奇丑无比。三个人轮流使用仅有的一只眼睛和一颗牙齿。珀耳修斯夺走了她们的牙齿和眼睛。当她们要求将这些不可缺少的东西还给她们时，珀耳修斯提出一个条件，要她们告诉自己怎样才能找到仙女的家。那些仙女有几样神奇的宝贝：一双飞鞋，一只神袋，一顶狗皮盔。只要拥有了这些宝贝，就可以在空中自由飞翔，还可以使自己隐身。福耳库斯的女儿们为了讨回眼睛和牙齿，给珀耳修斯指了找到仙女的道路。
不久，珀耳修斯便如愿以偿地得到了三件宝贝。另外，他还从赫耳墨斯那里得到了一副青铜盾。他把这些神物穿戴起来，飞向大海的另一边。那里住着福耳库斯的另外三位女儿，最小的那个叫墨杜萨，她是凡胎，珀耳修斯就是来取她的脑袋的。珀耳修斯发现妖女们正在睡觉。她们没有头发，上面却盘踞着数不清的毒蛇。她们的牙齿像野猪的一样既尖又长，龇出嘴外。她们的手是铁做的，还有金翅膀，任何人只要瞧上她们一眼，都会立即变成石头。但珀耳修斯知道这个秘密，他背过脸去，不看她们，而是举起光亮的盾牌，从那里他可以清楚地看到女妖们。在雅典娜女神的指点下，他终于迅速地割下了女妖墨杜萨的头。
珀耳修斯正准备收刀，突然发现女妖身体里跳出一匹飞马，还有巨人克律萨俄耳，他们都是波塞冬的后代。珀耳修斯慌忙把墨杜萨的头塞在神袋里，离开了那儿。这时，墨杜萨的姐姐们发现了妹妹的尸体，立刻飞到空中追赶凶手。可是在狗皮盔的魔力下，她们看不见珀耳修斯。不过他在经过利比亚沙漠的上空时，遇到了狂风袭击，墨杜萨脑袋上的鲜血从神袋中洒落，这些血变成了各种各样的毒蛇，于是，世界上从此便有了危险的蛇类。
珀耳修斯继续向西飞行，最后在阿特拉斯国王的国土上降落下来，想休息一会儿。这里生长着一片茂密的丛林，其中的一棵树上结着金果，这棵树由一条巨龙看管。珀耳修斯请求能在这儿住一夜，却遭到了拒绝。因为阿特拉斯担心他的金果被盗，所以将珀耳修斯逐出了宫殿。愤怒的珀耳修斯从神袋中掏出墨杜萨的头颅，扔给了国王。霎时间，身材高大，如同一位巨人一般的国王立即化为了一块巨石，他的胡须和头发变成了广阔的森林，肩膀、胳膊和大腿变成了山梁，头颅变成了高耸的山峰。
珀耳修斯又穿起飞鞋，戴上头盔，背上神袋向远处飞去，他飞到了埃塞俄比亚的一个海岸边，这里的国王名叫刻甫斯。珀耳修斯突然听到一个女人的哭声，顺着声音，他看到在大海之中高耸起一块山岩，那里有一个被捆绑的美丽姑娘，海风吹乱了她的头发，让她显得更加令人心动。珀耳修斯对她说：“你为什么被捆绑在这里？你叫什么，家住在哪里？”
姑娘起初什么也不说，因为她害怕跟陌生人说话。如果她是自由的，她真想蒙住自己的脸。但为了不使对方误会自己，她噙着眼泪回答说：“我叫安德洛墨达，是埃塞俄比亚国王刻甫斯的女儿。我的母亲夸下海口，说我比海神涅柔斯的女儿们更美丽，这话激怒了海洋中的女仙们。在她们的苦苦请求下，海神发大水淹没了我们的国家。他还派出妖怪，吞没了陆地上的一切。神祇警告我的父亲，如果想使国家得救，必须把我丢给妖怪。现在，我们的国家已经闹得不可开交，那些臣民都要求将我献给妖怪。为了整个国家，国王只好下令将我锁在这里。”
就在这时，巨浪又滚滚而来。一个妖怪钻出水面，他的胸膛盖住了整个水面。姑娘恐惧得尖叫起来，她的父母绝望而又无奈地望着女儿。母亲脸上的表情是那么的痛苦，但是他们又能做些什么呢？
这时珀耳修斯说：“不要哭泣，救人要紧。我是宙斯的儿子，叫珀耳修斯。我战胜了女妖墨杜萨。因为神赐予我飞翔的双翅，这位美丽的姑娘如果是自由的，并愿意挑选伴侣的话，她一定会首先看中我。但她现在处境危难，所以我决定向她正式求婚，并愿意帮她脱离险境。你们同意吗？”父母庆幸遇到了救星，他们许诺不仅要把女儿嫁给他，还要把整个王国送给他作为嫁妆。
现在，可恶的妖怪已经离他们越来越近了。珀耳修斯突然腾空而起，妖怪似乎发觉了有人要和他抢夺姑娘，便狂怒地朝着珀耳修斯的影子追去。珀耳修斯仿佛一只矫健的雄鹰，从空中猛扑下来。他用利剑狠狠地刺入妖怪的脊背，然后将剑拔了出来。妖怪上蹿下跳，疯狂地挣扎着。珀耳修斯举剑继续向它刺去，直至它口喷黑血。这时，珀尔修斯的翅膀也被海水打湿了，他不敢在空中久留。恰好水面上露出一块礁石，他便轻轻地落在礁石上，然后又用剑在妖怪的肚子里不停地搅动，直至海浪吞噬了它的尸体。珀耳修斯飞到山顶上，为姑娘解开锁链，把她交给不幸的父母亲。珀耳修斯于是成了全国人民心中的英雄，他受到了隆重的款待，成了宫廷里的贵客佳婿。
正当两个年轻人的婚礼在欢乐的气氛中进行时，大厅里突然一片骚动。原来是国王刻甫斯的弟弟菲纽斯带人闯了进来。他曾经追求过安德洛墨达，但却在她危难时抛弃了她。现在他挥舞着长矛闯进婚礼大厅，并朝着珀耳修斯大声叫喊：“你休想抢走我的未婚妻，不要以为你的宝物或者你的父亲宙斯能保护你，我要报复！”说着，他举起长矛。
国王刻甫斯站了起来。“你疯了吗？菲纽斯，若不是珀耳修斯救了安德洛墨达，她早被妖怪吃了。当我们逼迫她做出牺牲时，当你眼睁睁地看着她被捆绑起来时，你为什么不去救她呢？”
菲纽斯无言以答，他凶狠地瞪视着兄长和情敌，好像在思考先对谁下手。终于，他使出全身的气力，将长矛掷向珀耳修斯。可是长矛却扎进了垫子里。珀耳修斯灵巧地闪在一边，然后投出标枪，要不是菲纽斯躲到了祭坛后面，标枪必定穿透他的身体。虽然菲纽斯躲过了，但枪却刺中了他的一名随从，顿时，宫殿里一片混乱，人们打成了一团。菲纽斯带来了众多武士，他们将珀耳修斯、国王夫妇和新娘团团围住。珀耳修斯则背靠大柱，奋力阻挡对手的攻击。但武士太多了，单凭珀耳修斯的勇力已经不起作用，于是他决定拿出最后的一招。他喊道，“请我的朋友们都转过脸去！”说完，他取出墨杜萨的头，不知厉害的敌人们蔑视地大喊，“谁会被你的鬼话吓倒呢？”可是，话音刚落，那些举起武器的手却在空中僵硬住了。后面的武士也难逃厄运，他们一个个都变成了石块。直到这时，菲纽斯才开始后悔不迭，他责备自己不应无理取闹，惹起事端。他惊恐万分地看着那些姿态不同的石像，他不停地呼喊着这些人的名字，但没有人回答。他无法相信眼前的一切，充满疑惑地用手触摸那些冰冷的躯体，最后他确信他们已经成了真正的花岗岩。菲纽斯一改往日的骄横，向珀耳修斯哀求道：“饶恕我吧！所有的东西都属于你！”说完他想逃离。可是珀耳修斯不愿宽恕他。“你这个贼徒，我将在这座宫殿里为你永远树立一座纪念碑！”
神色恐惧的菲纽斯最终也没能躲过墨杜萨的头颅，他也变成了石头，双手下垂地站立在那里，完全是一副卑贱的奴仆模样。
珀耳修斯终于能够带着年轻美丽的妻子荣归故里。他找到了母亲达那厄。但命运早已注定他无法避免会给外祖父阿克里西俄斯带来灾难。外祖父由于害怕神谕，悄悄地流亡他乡，来到了彼拉斯齐国王那儿。当时，这里正在举行比武，珀耳修斯并不知道外祖父就在这里，他还满心欢喜地准备去亚各斯问候外祖父。被比武深深吸引的珀耳修斯十分高兴，他兴奋地抓起一块铁饼扔了出去，不幸正好打中了外祖父。不久，他就知道自己所做的一切。他心中对外祖父充满了自责和哀痛，把外祖父安葬在城外，并且与彼拉斯齐交换了各自的王国。从此以后，他过上了真正幸福的日子，安德洛墨达给他生了一群可爱的儿子，他们一直保持着父亲的荣誉。
