经亨颐的民主思想以及采取的改革举措遭到当局和守旧势力的反对和干涉。奉省公署之命，教育厅两次派员到学校进行查办，强行索去参与《浙江新潮》的学生名单，逐本逐页翻查白话文讲义和学生作业。省城一些中等学校校长中的守旧派组成校长团从旁横加指责，声称“经氏不去，我辈不得安”。省议会的议员们联名抛出“质问书”，控告经亨颐“在校内刊行《浙江新潮》，提倡非孝、废孔、公妻、共产”，提倡过激主义，要求政府立即查办，依法处置。省教育厅先是逼经亨颐辞职，得到的答复是：“自辞则可，受讽而辞则不可，如以我为不合，请撤职可也。”继而他们又强令经亨颐开除《非孝》作者施存统，辞退提倡新文学的夏丏尊、陈望道、刘大白、李次九四教师，又遭到他的断然拒绝。省教育厅慑于经亨颐在浙江教育界的威望，只得乘学校放寒假之机，以调离为名罢免了他的校长职务。
当局演出的“倒经”丑剧，激起广大师生极大的义愤，他们为“挽经”掀起了轰动全国的“一师风潮”。1920年3月15日至3月29日，浙江第一师范学生先后发表五次宣言，向社会各界表明：挽留经校长的理由一为“贯彻本校改革精神”，二为“巩固浙江文化运动的基础”。全体教职员也发出《挽留经校长宣言》和请愿书。“一师风潮”前后持续近两个月，这一斗争得到国内舆论界的普遍支持。在学生的鼎力抗争和社会舆论的压力下，教育部不得不派人前来调停，改派有新思想的姜琦继任校长，以维护学校的改革精神。
经亨颐离开浙江第一师范后，1921年春，应北京高等师范学校校长邓萃英之邀，一度担任北京高等师范学校总干事兼学生自治指导委员长。在北京期间，新的学制改革案正紧锣密鼓地酝酿出台，经亨颐出席了教育部学制会议和第八次全国教育会联合会，撰写了《新学制研究》、《报告新学制及实施方法之商榷》等文章，积极参与关于学制和课程改革的讨论。
1922年秋，由上虞巨富陈春澜出资创建的私立春晖中学在白马湖畔落成开学。早在1919年，经亨颐即受陈春澜之委托，草拟了《春晖中学计划书》，对学校规模、经费预算、校园建设等问题提出初步意见，并被学校董事会推定为校长。他认为私立学校与公立学校不同，独立性较强，抱着“一洗从来铸型教育之积弊”的决心，满腔热忱地回乡办学。
春晖中学地处清幽的乡间，白马湖景色宜人，确为学生静心读书的好地方。当时的春晖中学集中了一批有真才实学并热心教育的学者：在浙江第一师范因提倡新文学被誉为“四大金刚”之一的夏丏尊翻译《爱的教育》，多次重版，盛销不衰；1926年到校任教务主任的杨贤江是我国早期运用马克思主义观点研究教育的理论家；训育主任匡互生五四运动时第一个冲进曹汝霖的住宅，并火烧赵家楼；国文教师朱自清学识渊博、骨格清奇；图画音乐教师丰子恺是李叔同的高足；其余如数学教师刘熏宇、英语教师朱光潜、历史教师刘叔琴等也均在学术上享有一定声誉。经亨颐为使学生不因僻处上虞一隅而孤陋寡闻，频频举办专题讲座，定期的有“五夜讲话”，由学校教师主讲；不定期的多聘专家名流主讲，蔡元培、何香凝、黄炎培、舒新城、俞平伯等都应邀讲过学。经亨颐也担心学生是否会在幽静的环境中养成疏懒的习性而不思进取，再三告诫他们要志向高远，增强改造社会的责任感：“白马湖不是避人避世的桃源，是暂时立于局外，旁观者清，不受牵制，造成将来勇猛的生力军的所在。”由于办学思想新颖、学校管理民主、师资力量雄厚，春晖中学在国内颇有影响，享有“北有南开，南有春晖”的赞誉。
经亨颐主持春晖中学的同时，1923年8月接受浙江省教育厅任命，出任宁波浙江省立第四中学校长，奔走于两校之间，曾曰：“春晖有‘山间明月’之美，四中有‘江上清风’之胜，吾一身具两地之秀，则又何苦之有？”他一到省立四中就锐意进行改革，将原来的三三制改为二四制，即初中二年，公共高中二年，分科高中二年，规定初中所设各科均为必修课；公共高中主要是必修课，酌设选修课；分科高中则主要为选修课。为了提高学校的质量，扩大学生视野，经亨颐安排夏丏尊、朱自清、方光焘、刘延陵、赵廷为、刘叔琴等来四中兼课任教，并邀请胡汉民、舒新城、戴季陶、恽代英等社会名人到校演讲。他允许共产党和社会主义青年团在学校公开活动；1925年1月列宁逝世一周年时还举行纪念大会。经亨颐在省立四中所做的一切，得到广大学生的爱戴和拥护，也招致地方顽固势力的不满和反对。继杭州“一师风潮”之后，宁波又掀起一场“驱经”和“拥经”的斗争。
经亨颐当初从日本回国后，怀着强烈的爱国热情，选择了“教育救国”的道路，并坚持教育独立的主张，依赖社会各界人士，努力为教育事业的改革和发展而奋斗。然而在浙江第一师范、浙江省立四中改革教育受挫的事实，使他深深体会到教育是不可能摆脱政治而独立，从而抛弃了“教育救国”的改良思想，离开省立四中和春晖中学，投身于国民革命。
1924年1月，国民党召开第一次全国代表大会，确立了联俄、联共、扶助农工的三大政策，标志着以国共合作为基础的民族革命统一战线正式建立。3月，在中共党员宣中华等人的筹划下，国民党浙江省临时党部在杭州成立，经亨颐被推举为首届执委委员。1926年1月，国民党第二次代表大会在广州召开，经亨颐则以浙江代表的身份南下出席会议，会上被举为七人主席团成员，并当选为二届中央执行委员。在广州期间，经亨颐代理过国立中山大学校长之职。
1927年4月，蒋介石在上海发动“四一二”政变。为了挽救革命，中国共产党决定举行武装起义，1927年8月1日在南昌召开了以共产党为主体，有国民党左派参加的联席会议，成立革命委员会，推举宋庆龄、周恩来、谭平山、贺龙、叶挺、朱德等25人为委员，经亨颐作为国民党左派的代表也名列其中。
1928年8月，国民党召开二届五中全会，经亨颐向大会提交了关于将盐政全部收入专办国本教育的议案，提出“国本教育是全国人民无不享受的教育”，包括未成年人的义务教育和成人的补习教育、平民教育，所需经费极多，政府应高度重视并下大决心筹款兴办。
南京国民政府时期，经亨颐虽曾当选为国民政府委员和国民党中央执行委员，但因不满蒋介石的独裁统治，“只空悬名义，无所事事”。1929年，他在上海法租界颐和路发起组织“寒之友社”，取松、竹经严冬而不凋和梅花斗酷寒而竞放之意，自任该社社长，何香凝、陈树人、于右任、黄宾虹、张大千、张善孖、潘天寿、丰子恺、王祺、姜丹书等为社员。每逢雅集，大家酣墨淋漓，尽情挥毫，以诗言志，以画喻节。
鉴于家乡缺少医疗设施，经亨颐决定集资创办大同医院，“不仅欲使病弱者致于健康，且欲进而使幼有所养，老有所终”，裨益社会。他将上虞驿亭旧居辟为医院所用，又将全部田产捐出作为基金。在经亨颐的倡导和努力下，1933年12月，大同医院一切准备就绪，举行开院典礼。
九一八事变后，日本侵略者自东北向华北步步紧逼，中华民族处在生死存亡的严重关头。1935年8月1日，中国共产党发表《为抗日救国告全体同胞书》（简称《八一宣言》），号召全体同胞团结起来，建立抗日民族统一战线。经亨颐与宋庆龄、何香凝、柳亚子、陈树人等立即响应，并在宣言书上签字。1937年2月，国民党召开五届三中全会，宋庆龄、何香凝、冯玉祥、孙科、李烈钧、经亨颐等14名中央执行委员和中央监察委员联名向大会提出《恢复孙中山先生手订联俄、联共、扶助农工三大政策案》，敦促国民党和中国共产党合作，团结抗日。
1937年春，经亨颐委托姜丹书、潘天寿等在杭州西湖畔购坡地数亩，自行设计作图，动工筑屋为“寒之友社”社址，用作金石书画家游息之所。该工程原定10月竣工，因“八一三”日军入侵上海，战火燃起而中止。经亨颐则困居上海租界寓所，忧愤交加，1938年9月15日于广慈医院逝世，享年62岁。
经亨颐民国初年活跃于浙江教育界，热情宣传资产阶级新教育，切实贯彻“与时俱进”的办学方针，努力探讨中等教育的改革方案，为推进浙江以至于全国教育的改革和发展作出重要贡献。他是一位志笃力勤的教育实践家，其教育思想和主张散见于撰写的文章、日记中，体现在作为校长所作的演说辞以及作为省教育会会长处理实务留存的文字中。
他兴趣广泛，擅长金石书画，其理想、志趣和情操既藏于画，也隐于诗内。经亨颐在五四运动期间是浙江新文化运动的旗手，五四运动以后则将更多的精力投入到国民革命之中，成为反独裁、争民主的一名斗士。他追随时代进步的潮流，拥护“联俄、联共、扶助农工”三大政策，始终把国家和民族的利益放在第一位。
《经亨颐集》共分五个部分。第一部分“论说”，是经亨颐投身教育界时发表于《教育周报》、《教育潮》、《浙江第一师范学校校友会志》、《教育丛刊》、《春晖》等刊物的文章，以及离开教育界后的着述。第二部分“演说”，是经亨颐在浙江省立第一师范、北京高等师范学校及上虞春晖中学等校任职时的演说辞。第三部分“文牍”，主要是经亨颐任浙江省教育会会长时所写的公文。第四部分“颐渊诗集”，是经亨颐1927至1936年所写的诗，生前刊印成册，1984年由浙江古籍出版社重印。第五部分“日记”，是经亨颐仅留的日记，为浙江图书馆藏稿本，共7册：丁巳年第一册（1917年元旦至3月18日），封面署名石禅；戊午年第一、二册（1918年2月14日至7月11日），封面分别署名亨颐、石禅；第四册（1918年10月17日至1919年1月31日），署名临渊阁士；己未年第一、二、三册（1919年2月1日至11月15日），分别署名石禅居士、石禅、临渊居士。
经亨颐的原文大多采用旧式圈点，均经重新标点。文字除对繁体字、异体字作了更改外，力求保护原貌。参与史料收集和编校工作的有彭彩菊、付东升、邹红娟、杨雪黎、林辉、唐晓明、龚大华。日记的原稿未作断句，点校时曾参考姚辉、黄建国点校的《经亨颐日记》（浙江古籍出版社1984年版）。在史料的收集过程中得到经遵义、胡国枢、董郁奎、查永玲、李明华的帮助，并得到浙江图书馆、浙江档案馆、浙江博物馆、杭州高级中学、上虞春晖中学等单位的支持，谨此致谢。限于水平和条件，尚有疏漏和错误之处，敬请读者指正。
