《教育敕语》颁布之后，立即被外务省下发到全国各学校，学校举行有关活动时，必须“奉读”，《教育敕语》作为国民道德的绝对标准，在教育活动中具有压倒一切的至高权威，修身科及其他相关各学科的教学内容，必须按照《教育敕语》精神来制定。与此同时，明治天皇和皇后的画像“御真影”也被分发到各学校，它作为国家神道事实上的圣像，受到顶礼膜拜。否则即犯有“不敬罪”。必受处分。明治二十四年（1891）一月，留学美国归来基督教信徒内寸鉴三（1861~1930）任第一高等学校教师期间，就因拒绝礼拜下赐给予学校的《教育敕语》，犯下“不敬罪”，遭到国粹主义者的攻击，撤去了教职。
明治三十九年（1906），在内务省大臣原敬的具体指导下，政府对全国神社进行整顿合并。第二年，内务省制定了“神社祭祀形式”，统一了神社的祭祀活动规格，建立了一系列的神社制度，迫使许多神社废除自己的传统习俗和祭祀仪式，遵从国家神道规定的祭祀形式。这表明国家神道在制度上的最终的完成。
从此之后，国家神道位居众教之首，控制着全国的各种宗教和神道中的其他流派。它作为国民思想的准则，成了镇压民主主义思想和社会主义思想的理论武器。
四国家神道的恶性膨胀
在国家神道这种体制下，神道放弃了宗教自身的职能，居于国家祭祀的地位，统治着一般宗教。
明治后期，政府规定了以皇室祭祀为基准的神社祭祀，神官神职分外受到重视。由中央和道府县市町村提供“供进金”作为神社的经费。在国家神道的庇荫下，推崇复古神道中的排外思想和侵略思想的日本，狂热地宣扬《日本书记》记载的以神武天皇建都大和时所下的“神敕”为典据，鼓吹“八纮一宇”谬论，说什么崇敬天皇的日本是世界上惟一无二的优秀民族，“当之无愧是控制”八纮（世界）的“一宇”，因而肩负着统治世界的历史使命。从此，日本贪得无厌的对外领土扩张和侵略战争，找到了荒谬的理论根据。
经过中日甲午战争和日俄战争后，日本国内的军国主义思想激烈膨胀。在这种异乎寻常的历史条件下，作为国家神道传道机关的神社，对统治国民的思想显得尤其重要。出于国家政治意识形态的需要，耗巨资在国内外强化或新建神宫神社，便上升为国家神道的政治大主题。
靖国神社是一座特级官币社，明治二年（1869）六月始建于东京都千代田区九段北，最初是用来祭祀“戊辰战争”（1868）中3588名为天皇阵亡的将士之灵，原名“东京招魂社”。创建伊始，明治天皇便赐予一万石稻谷的领地作为祭祀费用，其数额之巨，仅次于伊势神宫。明治十二年（1879）正式改名为靖国神社，作为中央招魂社，由陆军省和海军省管辖，是陆海军的宗教机关，由天皇任命现役陆海军军官担任大祭委员长。靖国神社专门祭祀对“皇国”有功的阵亡者。靖国神社内合祭的“神”，主要是嘉永六年（1853）以后国内战乱、甲午战争、日俄战争、太平洋战争中为天皇而投身“圣战”阵亡的军人和民间人之鬼魂，共约有246万人之众（其中女性约6万人）。第二次世界大战中的A级战犯东条英机等一些战争狂人也被祭祀在这里。靖国神社利用了日本民族文化生活中形成的灵魂观，即通过祈祷和祭祀，故人的“英灵”便会从远方飘回故国，以此来宣扬效忠天皇，褒美为天皇而死就等于壮烈“殉国”，理应被祭祀为至尊的“护国神”，从而荒诞地把天皇绝对主义和军国主义理论推向正当化。
靖国神社的主要祭祀仪式，沿袭了日本民族灵魂信仰传统中的所谓“招魂祭”。作为国家神道的“慰灵祭祀”，它殊异于历史上诸如幕府末期采用的神儒佛习合的招魂祭祀。靖国神社自创建以来，一直是国家神道的有力支柱，为大力培植和普及天皇崇拜意识和侵略扩张的军国主义思想，发挥了惊人的作用，它与位居官币社和国币社之上的伊势神宫一道，成为国家神道的两大中心。
创建以天皇、皇族为祭神的神社神宫，是国家神道的真正用意之一。明治十四年（1881），政府下令在奈良县吉野郡创建了祭祀后醍醐天皇（第96代天皇）的吉野神社（官币大社）；随之，按照明治天皇的旨意下，以祭祀首代天皇神武天皇之名义，在奈良的原市创建了原神宫（官币大社）：明治二十八年（1895）在京都创建祭祀桓武天皇（1940年增祭孝明天皇）的平安神宫（官币大社）。然而，在国家神道意识的驱使下，日本在近现代创建的规模最大、宗教设施最完善的皇族祭祀场，是明治神宫（官币大社）。
明治神宫位于东京都涩谷区代代木，祭祀的神是明治天皇和昭宪皇太后。明治四十五年（1912）7月30日，明治天皇病逝。为了缅怀开拓日本现代化而“苦心经营“的一代“英主”，政府决定兴建明治神宫。大正四年（1915）成立了明治神宫营造局，神宫破土始建，历时5年，大正九年（1920）竣工，共耗资522万日元。神宫占地广阔，境内约70万平方米的造园整备工程，完全由全国各地的青年团义务劳动完成的，全国各地捐献了365种12万株树木，栽于明治神宫境内。
明治神宫是大日本帝国在国都东京创建的、具有代表性的国家神道建筑物，由东京都、东京市、东京商工会议所、明治神宫奉赞会四方协力经营。政府出自追慕明治天皇“遗德”和明治时代之目的，明治天皇的生日11日3日于昭和时代初期被国家规定为“明治节”。每到明治节和新年，参拜者摩肩接踵，如海似潮。平成九年（1997）的新年，有341万人参拜了明治神宫。
明治神宫在普及明治天皇的所谓“圣德”和强化天皇崇拜方面，曾发挥过巨大作用。
五日本在海外创建的神社
中日甲午战争为契机，天皇制权力以军部为中心，穷兵黩武，接连不断地对外发动侵略战争，相继占领中国台湾、库页岛、朝鲜、南洋群岛及中国东北。太平洋战争爆发后，日本侵占的区域，即所谓的“大东亚共荣圈”进一小扩大。而这一系列的军国主义侵略政策，皆以国家神道作为思想支柱。按照国家神道的教义，凡被日本侵占的土地上，都必须有日本诸神分别降临统治之，维持“王道乐土”，因而需要建神社祭祀降临的日本诸神。国家神道对别国这种赤裸裸的政治加宗教的疯狂侵略行为，实在荒诞至极。
明治三十三年（1900），日本在中国台湾建台湾神宫，祭祀为攻占台湾而战死的皇族北白川宫能久亲王和国土经营神大国主神等。之后又建了台南神社、新竹神社、基隆神社，大小神社共计81座。明治四十三年（1910），日本在库页岛建桦太神社，祭祀大国主神，以镇守“皇国”的北部边疆。日本在库页岛所建神社总数为120座。大正八年（1919），日本在汉城建朝鲜神宫，祭祀天照大神和明治天皇。继之，又建了60余座神社，作为殖民地统治者意识形态的堡垒。此后，日本还相继在南洋群岛科罗尔岛建南洋神社（祭祀天照大神的官币大社），在新加坡建昭南神社，在印度尼西亚、泰国、香港等地也都建起了神社。
在这股海外创建神社以在培植国家神道的政治兼宗教的侵略活动中，中国东北蒙受的耻辱最甚。自1905年至1940年，日本在中国东北共建神社154座，其中90%祭祀天照大神，也有的合祭大国主命、神武天皇和明治天皇。在大连建的代表性神社有大连神社、关水神社以及关东神宫等。1932年，日本在东北建立了傀儡政权伪满洲国后，便别有用心地从国家神道的意义上鼓吹“满日一体”论。1935年4月，伪满洲国皇帝溥仪访问日本皇室，伪国务院总务厅刊行的《扈从访日恭记》（1936）记载了当时景状：4月3日是日本神武天皇祭，溥仪在驶向日本的比睿号军舰上，恭拜东天神武天皇的“御灵”，目睹此景，“令人甚感日满关系绝非始于一朝一夕，早在三千年前已深固为一体。”
1940年2月，伪满洲国总务厅企画处参事官伊吹幸隆提出：“满洲国能成长发展到今天，不单单是人的力量，主要还有一种神秘的力量促动这里的人们从事建设。所以应当将之作为建国神来祭祀，以谋求人心一致。”（武藤富男：《我与满洲国》）《满洲国史》一书更是站在国家神道的立场上，对伪满洲国的出现做这样的解释：“满洲国的生成原理来源于天机、地缘、人和。天机即天神，地缘即明治天皇和清太祖，人和即为建国而殉难的日满忠灵。”
日本关东军认为，统治“满洲国”，不但要强化武力军备，还必须重视集众归一的国民宗教信仰，把这种信仰作为“满洲国”永恒生命的精髓。因此，必须在“国都”新京（长春）创建神社，祭祀“建国神”，利用神道的影响力来赢得“满洲国”国民的崇敬，进而成为“新天地”的精神支柱，最后决定创建“建国神庙”
关于建国神庙的祭神，关东宫的参谋片仓衷最初建议祭祀造化三神中的天御中主神，因为《古事记》上记载，此神是全世界的创造者，是全人类的祖先。后来，伪满洲国宫内府御用挂吉冈安直提议，祭祀天照大神。他认为用皇祖天照大神作为伪满洲国的建国神更妥当不过。如此这般，经过侵略者们的苦心策划，最后，关东军、溥仪、伪国务院达成一致意见，决定祭祀天照大神。
为了日本“劝请”建国神庙的祭神，伪皇帝溥仪在关东军的步步操纵下，1940年6月22日，与随员吉冈安直中将、伪国务院总务长官星野直树、伪宫内府大臣熙洽等人第二次访问日本天皇和皇室，并参拜了伊势神宫，请得天照大神的“御神体”“神镜”。7月15日，溥仪把漂洋越海请来的“神镜”供奉在神庙之内。同一天午前的2时30分，非常庄重地举行了“建国神庙镇座祭”。出席祭祀仪式的不但有溥仪与其他伪满洲国一应要员，还有日方的关东军司令官梅津美治郎、参谋长饭村、祭祀府总裁桥本虎之助等众多高级幕僚。身穿陆军军装的溥仪接受了神官的“祓除”之后，登上“拜台”，手执五彩幡礼拜，然后宣读“告文”。读罢，神殿内外灯火齐灭，以表示对天照大神的最高祭祀。此后，建国神庙便成了在日本操纵下的伪满洲国集祭祀、政治、宗教于一体的“国家”精神主体。
在此期间，由日本的御用文人佐藤胆斋秉承关东军的旨意，炮制出了所谓《国本奠定诏》，其中这样写道：“满洲国”国运兴隆日上，全仗天照大神的庇荫和天皇陛下的保佑，所以要创建建国神庙，祭祀天照大神，“国之本定于惟神之道。”
司马昭之心，路人皆知。让伪满洲国皇帝祭祀日本的天照大神，其赤裸裸的企图表明，虽然“皇帝”在肉体上是爱新觉罗的子孙，但在精神上与日本万世一系的皇统一脉相承。
对于利用国家神道导演出的如此卑劣滑稽的闹剧，就连当时专门负责伪满洲国文化宣传的伪弘报处长武藤富男，后来也不得不承认：“我不认为建国神庙的创建目的仅仅是宗教信仰的问题，它还是一个政治事件。”（武藤富男：《我与满洲国》）
笔者当年游学广岛的时代，课余担任过广岛市日中友好协会主办的中文讲座的教师，班里有位学生是年近八十高龄的女士，她随旅游团参观了日本皇室宗庙伊势神宫之后，联想到中国长春当年的“建国神庙”，在自己的游记里写了如下一段话，发人深思：
在神门前参拜，我没有什么感慨。回忆55年前，我们在军国主义时代里长大，被强制接受“神国日本”教育，每月8日早晨举行皇居遥拜，听《教育敕语》，常去参拜神社。我在“新京”（中国长春）的三年里，每月8日去建国神庙参拜，祈祷日本战争胜利。当时以“满洲国皇帝”为首，五个民族都必须参拜建国神庙。这次到伊势神宫，忆起了往年的恶梦。
六国家神道的崩溃与复活
多行不义必自毙。日本战败后，曾与法西斯主义做过生死搏斗的世界民主势力，强烈要求彻底清除滋生日本军国主义思想的秽土。美国占领军进驻日本后，顺应了历史的潮流。于是，作为军国主义阴魂和战争思想根源的国家神道，面临着史无前例的剧痛大解体。
昭和二十年（1945）十二月十五日，盟军驻日本总司令部（GHQ）向日本政府下达了《废除政府对国家神道、神社神道的保证、资助、监督及弘布》和《神道指令》两道命令，摧毁了统治日本人精神的国家神道自明治维新以来约80年来顽固的反动结构和神国主义的阴森躯壳。
《神道指令》第一项严格规定：（1）禁止国家及其他官公吏对神社神道进行特别保护监督；（2）停止以公家名义对神社和神道提供财产援助；（3）废除神祇院；（4）废除带有神道色彩的官公立学校；（5）在一切官公立学校中废除神道教育；（6）教科书中削除神道内容；（7）撤掉学校、政府机关中的神龛等神道设施；（8）确立官公吏及普通公民有不参加神道活动的自由；（9）禁止国家官员参拜神社。
《神道指令》第二项中规定：本《指令》的目的在于把宗教与国家区分开来；本《指令》的各条项适用于神道中的祭式、惯例、仪式、礼式、信仰教义、神话、传说、哲学、神社、象征物等方面；神社神道必须从国家行政中剥离开来，剔除其中的军国主义要素，之后，神道可以作为同国家行政无直接关系的一般宗教，继续存在，自由信仰。
这样一来，神道的性质得到了明确限定，强制促成了政教分离。明治二十一年（1946）二月二日，《宗教法人令》颁布，宣告了明治维新以来一切关于神社领域的法令全部无效，并规定宗教团体通过申请即成为法人。法令附则规定：“自本法令施行之日起，地方长官保管的神社明细账记载的神宫、神社及特级官币社靖国神社，按《宗教法人令》，均视作法人。”，因此，全国的神宫、神社，全部成为宗教法人。国家神道随之崩溃，神道不再是国家宗教，它变成了个人自由信仰的私人宗教，从法制上抹消了由国家一统管理的色彩。
