《神道指令》是由盟军驻日本总司令部民间情报局宗教科长万斯大尉负责起草的，其中心精神多是来自美人D·C·赫尔特姆的著述。赫称特姆生于1884年，1910年来到日本，在基督教系统的大学中长期执教，非常了解日本国家神道的作用。风云告急，日美交恶，开战前夕，D·C·赫尔特姆归国。1943，他在美国芝加哥出版了名叫《现代日本与神道国家主义》一书，此书独具见地，一针见血地指出：要想瓦解日本国家的整个机构并遏制其无力东山再起，首先必须全力摧崩日本的国家神道，因为它是日本国民团结和尽忠君爱国思想的惟一根源，日本民族存在着世所罕见的团结意识和忠诚心，究其根底，不容否认，在相当程度上与神道的要素相关，神道每每被政治野心家和战争狂人肆意恶用。
为了改变与战后的民主主义相悖的日本民族精神状态，还必须釜底抽薪，否定明治维新以来长期鼓吹的天皇即“现人神”的神秘性质。根据《神道指令》精神，1946年（昭和二十一年）元旦，昭和天皇裕仁向全国发表了《凡人宣言》，即《关于新日本建设的诏书》。《宣言》中写道：
朕与尔等国民同在，欲时时利害相同，休戚与共。朕与尔等国民间之纽带，始终由相互信赖与敬爱结成，并非单凭神话与传说而产生者。并非基于以天皇为天御神、且以日本国民优越于其他民族、进而有可支配世界之命运那般虚构之观念。
诏书里破天荒地以“国民”代替了迄今使用的“臣民”一词，天皇否定了自身居高临下的威严神格。否定了自明治维新以来具有绝对权威的天皇制与国家神道。“国家神道的瓦解，是日本民主主义的巨大前进，日本的宗教由此首次从政治权利中解放出来，获得了凭本身的责任和势力来扩大势力的权利。”
1946年（昭和二十一年）2月，丧失了国家公共性质的全国大部分神社，以民间神道团体——皇典讲习所、大日本神祇会和神宫奉斋会为母体，在东京成立了以伊势神宫为本宗的宗教团体“神社本厅”，其余神社则作为各自独立的宗教团体，继续存在下来。
七教派神道十三派一瞥
江户时代末期和明治时代初期始，相继组成了基于神道信仰的若干宗教团体，如黑住教、禊教、神道大教、神道修成派、神理教、神道大成教、神习教、出云大社教、御岳教、扶桑教、实行教、天理教、金光教，至第二次世界大战前，共有十三派，俗称“教派神道十三派”。战后又相继分支出很多新的神道团体。教派神道与以固定神社作为祭祀场所的神社神道之间，大体上存在三点相异之处：前者各派都有教祖、教义和比较规范的宗教组织，且又拘囿于某一个固定神社作为宗教活动中心，故称“教祖神道”；后者以神社为主要祭祀场所，进行宗教活动，但没有教祖、教义（教典）和结社组织。一言以蔽之，教派神道是明治政府承认相对于国家神道（神社神道）以外的神道系统宗教团体的总称。以下简介“教派神道十三派”。
一、黑住教。此派在十三派中成立最早，教祖、江户后期的神道家黑住宗忠（1780~1850）是备前国（今冈山县东南部）御野郡人。传说他青年时代大病不死，便礼拜天照大神，得“天命直授”，成为活神。黑住宗忠作诗云：“日没日升方拂晓，惟有我道即开始”（《黑住教教歌》），由此可见，他对自己创建的新神道是很自信的。他以自著的《黑住教教书》为经典，倡扬天照大神是国家的本元和宇宙的“大元灵”，人如果体验到天照大神的神德，便可神人合一，赢获不生不死的永恒生命，为达到这一目的，信仰者必须尽诚、谦逊、顺从、勤勉。他的教义属于“因人施教”，在武士阶层占有相当的市场。黑住宗忠去世后，由石尾乾介、河上忠晶、时尾宗道、赤木忠春、星岛良平、森下景端所谓“六高弟子”努力向各地传教，其中数赤木忠春在传教中表现得最为活跃，他在京都把教义触角伸进了统治阶层，到明治维新时，信徒达到10余万人。明治五年（1872），黑住教得到明治政府的承认，后称“神道黑住派”。黑住宗忠的孙子黑住宗笃任初代管长，自此世袭教祖。大正时代（1912~1926）以后，黑住教的势力没有显赫的发展。现在教团本部设在冈山市尾上，信徒295000人，各级教会356处。教会和传教所都以位于濑户内海之滨的冈山市为中心，分布在日本的中国地方、和四国岛、北九州等。
二、禊教。禊教教祖是井上正铁（1790~1849），其父安藤真铁是复古神道的提倡者贺茂真渊的弟子。井上正铁自称44岁时得到神梦启示，悟出自己的神道使命，后来便当上了武藏国（东京都）梅田神明宫的神主。他著有禊教经典《神道惟一问答书》，传布以禊祓之神教为主旨，提倡以正直之心向神祈祷除秽，崇皇报国。禊教的教化活动曾引起江户幕府的怀疑，天保十四年（1843），教祖被流放到伊豆诸岛中的三宅岛，六年后死于该岛。但禊教在东宫千别、村越铁善等弟子的继承下，一直存续下来，现在，禊教本部设在东京世田谷区濑田，信徒12万人，传教师708人，教会32处。
三、神道大教。此教原称神道本局，昭和十五年（1940）始称神道大教。明治八年（1875），由神道家们组成的神道事务局问世后不久，黑住教、神道修成派、出云大社教等各派势力日益强大，相继独立后，神道事务局实力空虚，便把一些没有独立资格的教团笼络起来，首任“管长”是稻叶正邦。由此而始，“管长”都由出身于武士阶级的人继任。现在神道大教的本部在东京港区西麻布，信者约5万人，教会散布于北海道、爱知县、兵库县。
四、神道修成派。教祖新田邦光（1829~1902）出身于四国阿波地方（德岛县）的一个武士家庭。新田邦光勤王精神甚笃，他称扬日本“国乃神国，民乃神孙”，人心是神灵的赐物，诚修而不失其善。明治九年（1876），新田邦光宣告神道修成派独立。神道修成派的教义多引自《古事记》中的“修理固成”、“光华明彩”等意，重视教义中的儒学伦理意识，宣扬各守本分，为国尽忠，皇国思想分外浓厚。明治三十五年（1902）教祖去世。其后人新田邦贞（1852~1920）、新田邦达（1903~1954）、新田邦夫（1930~）继任“管长”之职。大正末年至昭和初期，教势开始衰微。现在本部设在东京杉并区松庵，信者约5万人，教会大多分布在关东南部和中部以及静冈县。
五、神理教。教祖佐野经彦。佐野家族世代祭祀饶速日命佐野经彦为第77代祭司。他担心日本人受基督教的影响，决心用家传神道来普及教化。明治十三年（1880年）神理教正式诞生，明治二十七年（1894）宣告独立，祭祀天御中主神、天照大神等诸神。神理教以明治政府规定的《三条教令》为原则，宣传天理人道，认为心明行端，百病万难自然消逝；倡说忠君孝亲的儒家纲常。现在，神理教本部设在北九州小仓南区德力，信徒约30万人，教会分散在北九州、中国地方西部、近畿等地，以福冈县尤密。
六、神道大成教。神道大成教也称“大成教”，由奥州（福岛县）藩的武士平山省斋（1815~1890）创始。明治维新初期，武士平山省斋开始投身于宗教活动，他担任过水川神社大宫司和日枝神社祠官。明治十二年（1879）结成教派，明治十五年（1882）年独成一派。奉祭天御中主神等神祇，强调尊皇和儒家伦理，修行方法是静坐调理，内外清寂。可是平山省斋山是武士出身，神道大成教教义多带有武士教养的色彩，难以普及到一般民众之中，明治二十三年（1890）省斋去世后，教派失掉了统一性。现在本部在东京涩谷区神宫前，信徒7万人，分布全国。
七、神习教。明治十三年（1880）由作州（冈山县）津山藩的武士芳村正秉（1939~1915）创始。经典是芳村正秉所著《教义大要》。明治维新后，芳村正秉在富士山、御岳山、二荒山等地修行，深化了自己的宗教体验，其教义带有浓厚的山岳信仰。芳村正秉曾供职神祇官、教部省，反对神佛习合，主张神道必须纯神道来布教，推崇复古神道。现在信徒约30万人，本部在东京世田谷区新町，教会支部多聚集在东日本。
八、出云大社教。明治时代在国家统治宗教的政策下，明治六年（1873）由千家尊福（1845~1918）依据出云大社的原始信仰，创建了神道新派出云大社敬神讲，明治九年（1876）年改称出云大社教。它以大国主命为，崇拜造化三神和天照大神为祭神，作为教义倡说显幽一贯之理，出云大社教认为以天皇为中心的政教合一体制正合神意。出云大社教的信徒甚众，现在宣称有119万人，主要分布在中国地方、四国岛等地，本部设在岛根县大神町。
九、御岳教。此教基本上是以耸立在长野、歧阜两县交界处的御岳山（3063米）信仰为中心，明治初期，下山应助统一了各地的信仰相似的信徒，创建了神道御岳教，第二次世界大战后，改称御岳教。崇拜的对象是御岳大神（国立常尊、大己贵命、少彦名命）。鼓吹发扬三神之神德，辅翼国政，安国宁民。现有信徒74万人。教会本部设在奈良市，北从北海道，南至鹿儿岛，御岳教的教会棋布星罗，有455个。
十、扶桑教。由平田铁胤的弟子野半（1844~1883）于明治初期创立，奉江户初期开创了神道集团“富士讲”的宗教家长谷川角行（1541~1645）为教祖，教典是《神理大要》和《神德经》，祭祀的主神是造化三神，配祭天照大神。奉神道为国法，教义倾向于复古神道的思想，但在整体上缺乏统一性。现有信者约5万人，本部在东京世田谷区松原。
十一、实行教。此教教祖与扶桑教教祖是同一个人。实行教以富士山信仰为中心，由江户时代延续而来的，由以重视道德修行的宗教团体“不二道”的第10代教主柴田花守创立，力主“惟神之大道”，反对空论虚饰，注重“实行”，信徒必须宣传神道教义，祭祀富士山，以祈愿国家繁荣，长治久安。现在有信徒约13万人，本部在崎玉县大宫市。
十二、天理教。天保九年（1838）十月二十六日，奈良的地主兼商人之妻中山美伎（1798~1887）自认得到了人间世界的创造神之天启，神明附体，便创立天理教，时年41岁的中山美伎成为教祖。神灵附体后的教祖，决然取代来世救济的教义，把国立常尊等十神统称作天理大神，将之祭祀为主神。天理教提倡人本位、人道主义、男女平等思想，这一点明显有别于封建的宗教理念。立教之后，教祖不顾亲友们的忠告和嘲笑，超然世间毁誉之外，劳心焦思，力从教义，倾尽私财，广济贫民，不久便家徒四壁。虽然如此，教祖中山美伎仍不悔初衷，相信自己这种行为是在秉承神意进行的人类救济。
传说不久教祖就被尊为“分娩守护神”和疗疾神，信者如云，有求必应，万试万灵。信徒的交口赞誉，招致了神官、僧侣等的恶感，不断迫害攻击教祖，但教祖矢志不移，继续宣传作为人类理想变革世道的“欢畅的生活”这一教义。教祖在民众中的信仰地位与日俱增，随之，来自政府的迫害和干涉也愈演愈烈。教祖撰写的神话体系与天皇性神话多有相悖，她一生中先后18次被警察逮捕，遭到专制政府的责罚。
明治二十七年（1894），中日甲午战争爆发。天理教改变了以往的立场，开始顺应于国策，向政府捐献军费一万日元，博得政府垂青。第二次世界大战期间，天理教又为军国主义效力。
战后，天理教修改了部分教义，以符合民主主义的态势。它的教义比较接近庶民的信仰生活，因而取得了飞速发展。据1986年出版的《天理教统计年鉴》，现在有教会16945个，信徒达300万人，海外设教会的国家或地区有：新加坡、尼泊尔、泰国、马来西亚、印度、菲律宾、老挝、韩国、台湾、香港、美国、巴西、哥伦比亚、秘鲁、巴拉圭、刚果、阿根廷、智利、法国、意大利、德国、澳大利亚、英国、荷兰。
天理教的本部设在奈良县天理市。1986年举行了规模宏大、富于国际色彩的“教祖百年祭”。天理教对日本的体育事业关系密切，并经营医院、疗养院、图书院、高中、大学（天理大学）等福祉和教育事业，办有机关报《天理报》。1970年起，天理教脱离神道，自成一教。
十三、金光教。安政六年（1859），由备中国（冈山县）的农民教祖赤泽文治（1814~1883）所创。金光教是具有融合神道性质的民间宗教。中国的阴阳五行说传到日本，在民间形成了金神崇拜。金神在民间信仰中是灵威卓绝的凶神，金神在一年或一日之内按周期运转，变换位置。人一旦因建筑、结婚、旅行等日常行为触犯了金神的空间和时间方位，便会倒霉遭灾。赤泽文治家中多遭不幸，亲人连连暴亡，他由此悟得这全是金神作崇所致，便崇拜金神为大地的祖神。他的宗教实践的第一步，是按照神的意志，全部放弃了祖上遗产和自己创造的家财、田亩，过上虔诚的宗教生活，赤泽文治自称得到神的启示，改名“金光大神”，宣传金光教是一神教，金神是慈爱之神，是掌管宇宙的神，人是神的子孙，相互平等，只要诚心敬仰，现世必得利益，信徒要安心立命，敬神爱国。金光大神作为神与信徒的中介，在二者之间往来，传达神谕和祈愿。
金光教宣称，此教不局限于日本这块狭窄范围之内，它以世界、人类为救济目标。所以，现在金光教在海外的教会，北美有11个，夏威夷有7个，南美洲有两个，信徒473000余人，教会本部在冈山县浅口郡金光町，教主是金光鉴太郎。金光教的教典是金光大神著就的宗教性自传《金光大神御觉书》和历史事件的记录《通知事觉账》。
现在的教会中包括信徒会、妇女会、青年会、学生会、少年少女会等信徒组织：还有从事信仰研修、公开讲演会、亲睦会、卧床老人照顾会、灾民赈济、援助难民等方面事务的各种分教会，以发展慈善事业和呼吁世界和平为宗旨。
