南口攻下后，吴佩孚把西北善后交给阎锡山和张宗昌，同时派专人密告孙说：“我由南口调五师南下，湖北除陈嘉谟一师留守后方外，尚有第六师可调。我一路沿湘鄂路应战，一路派海军由洞庭湖入岳州。请你出兵由铜鼓、修水直趋浏阳、平江以收夹击之效。我订某日南下，我抵之日最好兄亦到九江。”孙立刻回电说：“谨如遵命办理。”吴信以为真，那知吴的专车过信阳时，叶开鑫告急电如雪片飞来，而孙军却渺无音讯。吴到了汉口，孙还端坐石头城与江南名流为文酒之会。吴去电质问，孙以所部配备未就绪作答。苏浙人士纷纷告孙说：“联帅好整以暇，其如玉帅之朝不保夕何？”孙微笑而答曰：“玉帅最好的一条路是下野，让出一条路引诱南军冲杀过来。我有一个比喻，绳子卷做一团，刀砍不断，拉长了一剪便断，这是消灭南军的一个妙计。”
叶开鑫（1887—1937），字竞秋，湖南宁乡人。江南武备学堂毕业。辛亥革命后，历任皖军营长、团长，湘军第一混成旅旅长兼长沙戒严司令、第三师师长兼湘西善后督办。北伐战争中，任国民革命军第五军军长、第四十四军军长。
民国时，“做官要当人民公仆”口号系孙中山首倡，袁世凯亦大力倡导。但孙传芳反对当“人名公仆”，孙说：“现在做官的自称是人民公仆，凡是仆人没有一个好东西，不是赚主人钱，就是勾搭主人的姨太太。我不是公仆，我是‘民之父母’。天下的父母没有不爱子女的，我爱人民如爱赤子，只有这样，才能真正为人民谋福利，做好事。”
张继曾去杭州劝孙传芳与******合作。孙谈锋甚健，未被说服，最后张说：“我看你不像一个军人，很像一个政客。”孙怫然不悦，说：“我不是政客，我最反对政客，我的儿子，也不让他当政客，政客全是朝三暮四，迎新送旧的妓女般的下流东西，我是一个地地道道的军阀。”张当时面红耳赤，甚为难堪。
张继（1882—1947），字溥泉，河北沧县人。1905年在东京加入同盟会。1908年赴法国。曾任国民党参议员、国会第一届参议院议长，
1916年任护法军政府驻日代表。1921年任国民党广州特设办事处干事长、国民党宣传部长、北京支部部长。1925年11月，参与西山会议派活动。1927年任国民党中央特别委员会委员。后历任南京政府司法院副院长、北平政治分会主席、国民党中央监委委员、国史馆馆长等职。
北伐之前，孙传芳与张宗昌化敌为友，张应孙之邀来南京，张下榻与杨文铠私邸之别院，一时车马喧嚣。张素羡秦淮歌妓，在杨邸一夕，召钓鱼巷一带20妓寻欢。众妓围张取闹，张竟穷于应付，巷里传为笑谈。
1926年9月，当北伐军已把进攻重点放在孙传芳的东南五省，孙认为不能只施行“保境安民”而要积极部署与北伐军抗争，否则会和吴佩孚一样很快被北伐军吃掉的。9月20日，孙自南京前往江西九江督师。临走对前来送行的人士说“今日是中秋节，是团圆的日子。但是南京兴兵寇境，常言道：国不圆何能家圆？我本报定保境安民宗旨，但求固我疆土，决无何等之野心。昔日，孙中山先生欲以三民主义治国，这本是一种党纲。不幸中道而丧。一部分国民党员，误解其真意，勾结赤俄，大倡********，实行暴民****。我以为，共和国家，必有政党。然必须实行两党制。一党在朝，一党在野，互相监督，国家始有进步可言。民国以来，中国此党仇视彼党，此系推翻彼系。同是国民互相仇杀。本属一系，忽而倒戈，是谓自残，有何意义？”孙又宣称：“诸位，本帅此次出征，抱定三爱主义，孙中山是三民主义我孙传芳是三爱主义！有人称没主义的人要失败，我也是有主义的，我们是不会失败的！”北伐时，孙传芳听从丁文江、蒋百里的劝告，袖手了一段时间。北伐军到了武汉阶段，孙传芳可战可和的时机已到，丁文江前去见他，劝孙不要与二张（张作霖、张宗昌）合作，孙说：“我不能不与张家妥协，不然，我站不住了。”丁说：“与二张妥协，政治上站不住。”孙说：“那就管不得那些了。”接着就动身到天津去找张大帅负荆请罪去了。
丁文江，字在君，江苏泰兴人。1902年赴日留学，1906年秋入剑桥大学，1907-1911年在格拉斯哥大学攻读动物学及地质学，获双学士。1911年5月返国，在滇、黔等省调查地质矿产。1913年任工商部矿政司地质科科长。后创办农商部地质研究所并任所长，是中国地质科学的创始人之一。
1926年11月，孙传芳秘密前往天津，亲自向张作霖表示捐嫌修好，共同对敌。孙来到蔡家花园，孙见张后先行一礼，说声：“对不起大帅”，张接着表示“过去的事不要提了”，二人遂化敌为友。
北伐军进攻山东，孙传芳军视张、褚所部，犹为劲旅，遂由济宁规取徐州，颇有进展，丰沛均入掌握，而张宗昌正面奔溃，由韩庄退至泰安，孙的归路断绝，率部奋勇撤回。见张宗昌后，责其贻误战事，张宗昌则自批其面颊，连称“该死”。
孙传芳乘******下野之机，反攻南京，血战于龙潭，过江部队几无生还，孙因此大伤元气。事虽不成，张宗昌、褚玉璞皆服其勇。孙却痛哭说：“精锐已丧，后无能为矣。”褚玉璞召集部下，训示说：“你们算得什么队伍，像孙联帅的兵，那才真是队伍呢！”
褚玉璞（1887—1929），字蕴山，山东汶上人。寇匪出身。1912年投上海都督陈其美。次年“二次革命”时，投靠冯国璋。1918年为张宗昌部团长。后随张投靠张作霖。1924年第二次直奉战争中升副军长。次年晋第六军军长。1926年初任直鲁联军前敌总指挥，率部与奉军合击国民军。旋任直隶军务督办。
1928年4月，南京国民政府再次发动北伐，孙传芳渡黄河北遁。孙先到北京谒见张作霖，谈作战计划时，张责以“你的仗是怎么打的”？传芳答：“打的不错，已去徐州不远，如效坤（张宗昌）正面不生变化，徐州早已取得。”张又问：“部下损失若干？”答：“无损失。”问：“枪械尚有多少？”答：“每兵两杆。”张作霖诧问何以，孙说：“效坤兵溃，沿途遗弃枪械，俯拾即是，惜一人只有两手，若三手，则每兵三杆矣！”张作霖大笑，对孙抚慰有加。
张宗昌曾对孙传芳说：“我张宗昌比不上二哥，五省联军粮饷困难到极点，士兵还能恋恋不舍，你真是一个带兵的。我的直鲁联军除了褚玉璞部外，都为“三大件”（所谓三大件，即指麻雀牌里之红中、发财、白版。鲁军第一军军长许琨，人称他为红中；第二军军长王栋，人称他为白板；第三军军长程国瑞，人称他为发财。因此他们三人统称为“三大件”）包办了，他们都是吃兵的。”
张学良劝张作霖罢兵，张作霖说：“馨远尚言能战，何遽服输乎？”孙传芳经张学良婉劝，始不再言可战。未几，张作霖出关罹难，张学良遵国府电令东归，约孙传芳同行。孙召集所部重要将领郑俊彦、李宝章等征询善后意见。郑俊彦等先请示主帅有何成算。孙说：“我军现只有两条路可走：一即在关内占据地盘，与直鲁军（张褚所部）相呼应，静待机会，再图发展；一即投降党军耳。至全军随同奉军出关，则为事实上所办不到，因奉方已苦兵多，势难强其兼为我军筹饷粮。”郑俊彦等不置可否，惟谓将士疲惫已甚。孙喻其意，即说：“士各有志，我不相强。”于是全军向北伐军投诚。孙传芳仅率学兵一营赴奉，由学良代为安排。从此孙联帅不再掌兵符。
当孙传芳与张学良及杨宇霆等同车离北京时，沿途虑有危险，随时试探前进，车行极迟，空中且时有北伐军飞机侦察，车中人多有惧色，孙则谈笑自若，不改常度。遇车停时，每下车散步，从容闲逸，同车者皆称其胆大也。
张学良杀杨宇霆、常荫槐后，邀孙传芳到帅府，刚与张见面，张便说：“馨远，我又放了一炮。”孙丈二金刚摸不着头脑，乃问“是什么事？”张说：“我把邻葛和翰香都处决了。”孙即时把大拇指一伸说：“英雄，英雄！要想做大事，不杀几个人行么？杀得好，杀得好！”他虽然这样说，内心则极为震动，自己置身于险境，这位不到而立之年的少帅竟然不动声色就杀了东北两个重要人物，手段之狠，较乃父犹有过之。所以孙虚以委蛇，心中盘算自己的处境，走为上计，因此孙于1月11日不告而别，乘早车赴大连，到大连才写信给张学良称家中有事不及走辞。张学良闻孙不告而别，笑对部下说：“馨远为什么这样胆小？”
孙传芳寓居津门，靳云鹏见孙心绪烦乱，无所适从，便劝其念佛韬晦，借以超脱凡念。经靳动员，两人共同创建天津佛教居士林，以靳为林长，孙为副林长。孙皈依佛门，法名“智圆”，经一段时间修行，孙传芳性情大变，东山再起之念不复再有。言谈举止亦和往日大不相同。
孙传芳在天津当寓公，为行善事，每届炎夏，必在宅门前放置绿豆汤，免费供过往行人消暑解渴。1933年中秋节，孙对入宅行窃之徒，大发慈悲，非但不加惩罚，反而命人赏米放归。孙的善举被传开后，新闻界即以《孙公馆缉贼赏米，中秋夜乐善好施》为题加以报道。世人闻之纷纷议论“孙联率如今放下屠刀立地成佛了”。
1933年5月，******、汪精卫在庐山召开会议，商讨华北停战问题，曾几次电请孙传劳上山参加会议，但孙怕因遭不测而不敢前住。1934年春，孙传芳的张氏夫人病逝北平。灵柩运回天津，设灵堂于天津国民饭店的大厅，各界人士送挽联挽帐的众多，******、张学良、宋哲元、于学忠等都送去挽帐。灵堂布置完毕后，正中悬挂的是张学良的挽帐，白缎子上书“瑶池添坐”。开吊前一天，******的挽帐才送到，有人向孙请示说：“联帅，帐子都已挂好，南京蒋先生送来的挽帐，挂在什么位置？”孙略微沉思后说：“那就动一动吧，把少帅的帐子往后挪一挪，还是把蒋的挂在首位好。”蒋送来的挽帐是一块黑色绸子，上写“驾返瑶池”。下署蒋中正挽。
孙传芳有“三爱主义”，曰：爱国家，爱人民，爱敌人。
孙传芳早年曾请算命先生占卜，说他的寿限只到五十岁。孙在被刺的前一天，他曾写下两句话：“自料寿数不过五，不料五十又加一。”他还对人解释道：“这两句，一是对算命先生的否定，二是对自己过了五十大关的欣慰。”
1935年11月13日，孙传芳在居士林为施剑翘枪击而陨命。《大公报》14日刊载靳云鹏谈话：“馨远系余劝其学佛，平日作功夫甚为认真，诚心忏悔。除每遇星期一三五来诵经外，在家作功夫更勤，每日必三次拜佛，每次必行大拜二十四拜，所以两年以来神色大变，与前判若两人。其夫人亦作功夫甚勤。立志改过，专心忏悔，而犹遭此惨变，殊出人意料之外，几使人改过无由，自新亦不可得（靳氏言至此，不觉拍案叹息）……此风万不可长……人非圣贤，谁能无过，要在知过改过。若努力改过犹遭不测，则无出路可想。”
施剑翘(1906—1979)，号谷兰，安徽桐城人。其父施从滨是张宗昌的部将，被孙传芳俘获后残杀。施饮恨十年为父报仇，1935年11月在天津居士林教堂刺杀孙传芳。
1935年11月23日，《大众生活》发表署名平心的文章，评论说：“
狗肉将军张宗昌曾经被人刺死在济南车站，用狗血勉强偿还了积欠的血帐一小部分。现在前五省联帅孙传芳又依照同样的方式缴还一笔血帐了。只是一笔，前后两个凶手只有性别不同，暗杀的‘理由’却一样：报仇。‘报仇’在中国的旧习惯上多半是值得赞美的，何况是‘为父报仇’，所以刺孙的凶手施剑翘当然有资格上《民国烈女传》。不过我们所着眼的，倒并不是在这一点，对于施小姐的暗杀行为也值不得我们惊叹。她的父亲原来只不过是隶属于大屠户下的小屠户，小屠户为大屠户所杀，以及她的女儿‘为父报仇’？都是太平常的事。现在也许有人要用‘春秋笔法’对双方褒贬一下，然而我们是没有工夫管这些闲帐的。就说这场血案和上次狗肉将军被刺一样案情复杂，也不是我们所要研究的。使我引起一点小小感想的是：孙传芳不死于别墅或路上，却死在‘佛教居士林’”
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孙传芳遇刺身死后，直到1939年，孙家子女才将孙传芳及其二位夫人（张夫人、周夫人）合葬于北平西山墓地。国学大师章太炎和陈陶遗、孙思孚、郭则禨、顾祖彭等社会名流为孙撰写了“孙君神道碑”和“墓志铭”。
孙传芳遇刺身亡后，按死者生前遗愿，由其外甥程登科与靳云鹏等人做主，在北平西山卧佛寺旁，购地修墓。孙氏墓地耗资八万元，占地五十余亩。墓地分为三部分，东为坟冢，西为祠堂，北为松园。正门是一座带吻兽歇山式的门楼，中间为两扇朱漆大门，横额上题“泰安孙馨远先生之墓”，两旁刻有书法家、贵州遵义人游骞撰写的挽联：
往事等浮云，再休谭岱麓松榆，遑问江东壁垒；
敛神皈净土，且收起武子家法，来听释氏梵音。
