当初，太祖因事要责罚丞相李善长，刘基劝说道：“他虽有过，但功劳很大，威望颇高，能调和诸将。”太祖说：“他三番两次想要加害于你，你还设身处地为他着想？我想改任你为丞相。”刘基叩首道：“这怎么行呢？更换丞相如同更换梁柱，必须用粗壮结实的大木，如用细木，房屋就会立即倒坍。”后来，李善长辞官，太祖想任命杨宪为丞相，杨宪平日待刘基很好，可刘基仍极力反对，说：“杨宪具备当丞相的才能，却无做丞相的气量。为相之人，须保持像水一样平静的心情，将义理作为权衡事情的标准，而不能搀杂自己的主观意见，杨宪就做不到。”太祖又问汪广洋如何，刘基回答：“他的气量比杨宪更狭窄。”太祖接着问胡惟庸，刘基又回答道：“丞相好比驾车的马，我担心他会将马车弄翻。”太祖又说道：“我的丞相，只有先生你最合适了。”刘基谢绝说：“我太疾恶如仇了，又不耐烦处理繁杂事务，如果勉强承担这一重任，恐怕要辜负皇上委托。天下何患无才，只要皇上留心物色就是了。目前这几个人确实不适合担任丞相之职。”后来，杨宪、汪广洋、胡惟庸都因事获罪。
太祖经常写信给刘基，询问天象，刘基都非常详细地逐条回答，然后将其草稿烧掉。刘基大胆预言说，霜雪之后，必有阳春，现国威已立，应当稍微采用宽大政策来治理天下。刘基辅佐太祖平定天下，料事如神。他性情刚烈，嫉恶如仇，经常与人冲突。直到现在他才隐居山中，只是饮酒下棋，从不提起自己的功劳。县令求见，被拒绝，于是便穿着便服，装成乡野之人去见刘基，刘基当时正在洗脚，便让堂侄将他引入茅舍，以黄米饭招待。县令这时才告诉刘基：“我是青田知县啊。”刘基大惊，马上起身称民，然后谢罪离去，终不相见。
起初，刘基说瓯、括之间有一块空地，南抵闽界，盐盗的巢穴，方氏便是由此作乱的，故请设巡检司守卫。时逢茗洋逃兵反叛，官吏都匿而不报，刘基便令长子刘琏将此事上奏，但未先通报中书省。胡惟庸当时正以左丞相的身份主管中书省，对以前与刘基的过节怀恨在心，于是便派手下官员攻击刘基，说谈洋这个地方有帝王之气，刘基想将它作为自己的墓地，因为当地百姓不答应，刘基便请求设巡检司将百姓赶走。太祖虽然没有加罪于刘基，但颇为这些言论所打动，因而剥夺了刘基的俸禄。刘基心中害怕，入朝谢罪，然后呆在京城，不敢返乡，不久，胡惟庸当了丞相，刘基悲叹道：“若是我的话不应验的话，那便是苍生之福了。”遂因忧愤交加发病。洪武八年(1375年)，太祖亲自撰文赐给刘基，并派专人护送刘基返乡。到家后，病情加重，便将《天文书》授给长子刘琏，并说：“赶快送给皇上，千万不要让后人学习此书。”又对次子刘璟说：“为政之事，要宽猛交替。当今之务在于修练德行，减省刑罚，才能祈求上天保佑国运长久。那些战略要害之地，应当与京城遥相呼应，连成一体。我本想上奏一份遗表，但因胡惟庸当朝掌权，这么做毫无用处。有朝一日胡惟庸下台后，皇上必然要想起我，如果他向你问什么的话，便将我所说的密奏皇上。”回家仅一月，刘基便去世了，终年65岁。
刘基满脸虬髯，相貌堂堂，慷慨而有大节，每当谈论天下大事，便义形于色。太祖知道他非常忠诚，对他委以心腹之任。每次召见刘基，都要避开他人进入内室，单独与刘基长时间秘谈。刘基也自认为自己得不世之遇，所以在太祖面前知无不言。每到紧急危难关头，刘基总是勇气奋发，计策立定，人莫能测，闲暇之时，便敷陈为王之道，而太祖每次都洗耳恭听，常常称刘基为老先生而不叫他的名字，并说：“你就是我的张子房啊。”又说：“老先生多次以孔子之言来劝导我。”所以，太祖与刘基的帐中秘语，世人所知不详，而世间所传为神奇的，大多只是一些阴阳风水之说，并非刘基的至理名言。刘基的文章气势浩大而奇妙，与宋濂同为一代宗师，他的着作有《覆瓿集》《犁眉公集》流传于世。
风驰电掣击倭寇——戚继光
戚继光，字元敬。戚继光少年时便很洒脱，气度不凡。家穷，喜爱读书，通晓经史的主要论点。嘉靖中承袭世职，由于推荐升为代理都指挥佥事，在山东防御倭寇。改佥浙江都司，担任参将，分别统辖宁、绍、台三郡。
嘉靖三十六年，倭寇侵犯乐清、瑞安、临海，戚继光未能及时援救，由于是道路阻塞所致，故不加罪。不久，会合了俞大猷的兵，在岑港包围了汪直的余党。久不能克，因此被撤官，戴罪惩办敌人。不久这些倭寇逃跑，其它倭寇又到台州焚烧抢掠。给事中罗嘉宾等上奏弹劾戚继光无功，而且勾通外国。正在调查审问，不久即以平定汪直的功劳恢复原官职，改守台、金、严三郡。
戚继光到浙江时，见军队不习战斗，而金华、义乌的人却剽悍，于是请准招募3000人，教他们攻击、刺杀的方法，长短兵器轮番使用，从此戚继光这支部队特别精锐。又因为南方沼泽地很多，不利于骑马追逐，便按照地形制成阵法，考虑步行作战的方便，所有战舰、火药武器、兵械都精心研制然后加以更换。“戚家军”驰名天下。
嘉靖四十年，倭寇大肆抢掠桃渚、圻头。戚继光急忙赶到宁海，据守桃渚，在龙山把他们打败，追到雁门岭。倭寇逃脱后，趁机袭击台州。而圻头的倭寇又再跑向台州，戚继光在仙居拦击，在路上的倭寇没有能够逃脱的。戚继光先后9次作战都大获全胜，俘虏、斩首的有1000多人，烧死溺死的无数。总兵官卢镗、参将牛天锡又在宁波、温州打败了敌人。浙东被平定，戚继光提升了三级俸禄。福建、广东的匪徒流入了江西。总督胡宗宪行文使戚继光援助。捣毁了在上坊的贼窝，贼跑到建宁。戚继光回浙江。
第二年，倭寇大举进犯福建。从温州来的，会合了福宁、连江各股倭寇攻陷了寿宁、政和、宁德。从广东南澳来的，会合了福清、长乐各股倭寇攻陷了玄钟所，蔓延至龙岩、松溪、大田、古田、莆田。这时宁德已经屡次失陷。离城10里有个名叫横屿的地方，四面都是狭窄险要的水路，贼寇的大本营就设在里面。官军不敢攻打他，对峙了一年多。那些新到的倭寇驻扎在牛田，而酋长则驻于兴化，东南两面互相声援。福建接连告急，胡宗宪再行文戚继光剿灭他。戚继光首先进攻横屿的匪徒。兵士每人拿一束草，填壕沟前进。捣毁了贼巢，斩首2600级。乘胜进到福清，打败了牛田的贼，捣毁了贼巢，其余的贼跑到兴化。戚继光急忙追赶，晚上四更时分抵达贼的栅栏。接连攻克了60个营，斩首一千数百级。天亮进城，兴化人才知道，送牛酒前往慰劳的人络绎不绝。戚继光便回师。到了福清，与从东营澳登陆的倭寇遭遇，斩杀了200人。而刘显亦屡次打败了贼。过去一直在福建的倭寇基本上已被消灭。于是戚继光到福州设宴庆功，在平远台刻石纪功。
戚继光回到浙江后，新来的倭寇又多起来，包围了兴化城整一个月。刚好刘显派了8个兵卒带信入城，衣服上刺着“天兵”两个字。贼杀了他们而穿了他们的衣服，瞒过守城将领进了城，晚上斩开城门接应贼入内。副使翁时器、参将毕高走脱了，通判奚世亮兼理府的政务，遇害，城被焚烧抢掠一空。倭寇停留了两个月，攻破平海卫。当初，兴化告急，当时皇帝已经任命俞大猷为福建总兵官，戚继光为副。及至城失陷，刘显军队少，建营垒在城下不敢攻打。俞大猷也不想攻，需要调大部队联合围困他。嘉靖四十二年四月，戚继光领浙江兵到。于是巡抚谭纶命令他率中军，刘显在左，俞大猷在右，在平海联合攻打贼人。戚继光先登城，左右两军接着，斩首2200，归还被抢掠去的3000人。谭纶上报功劳，以戚继光为首功，刘显、俞大猷为其次。皇帝为这次的胜利禀告拜谢天地祖宗，大规模地评功赏赐。戚继光先是因为在横屿的功劳，进升代理都督佥事，现在进升为都督同知，于是代替了俞大猷任总兵官。
第二年二月，倭寇的残余势力又纠集了新的倭寇1万多人，把仙游包围了3天。戚继光在城下把他们打败，又追到王家坪打败他们，斩首数百级，其余的很多坠落崖谷跌死，余下的几千人跑去占据了漳浦蔡丕岭。戚继光把军士分成五哨，亲自率领配带短兵器的兵士攀崖而上，俘虏斩首的有几百人，其余的贼人便抢了渔船出海。过了一段，倭寇又从浙江侵犯福宁，戚继光指挥参将李超等把他打败。乘胜追击在永宁的贼人，杀寇300多。接着又和俞大猷一起在南澳打走了吴平，进而攻打吴平那些没有投降的残部。
戚继光当将军，号令严明，赏罚公正。戚继光和俞大猷都是名将，操行没有俞大猷好，但遇事果断勇敢刚毅都超过了他。俞大猷是老将，办事力求稳重，戚继光则风驰电掣般进军，屡次摧毁强敌，名声更在俞大猷之上。
隆庆初年，给时中吴时来因为蓟门经常有警报，请求召俞大猷、戚继光专职负责训练边境的士卒。兵部意见只用戚继光，于是召他担任神机营副将。刚好谭纶在辽、蓟指挥军队，于是集中了步兵3万人，征集了浙江兵3000人，请求专门交由戚继光训练。皇帝批准了。隆庆二年五月，命令戚继光以都督同知的身份，总理蓟州、昌平、保定三个镇练兵的事，总兵官以下全部归他指挥。戚继光到到了镇，上奏疏说：
蓟门之兵，人数虽多，但是实际上是很少，所以这样说，有七个原因：营军不熟悉军事，而爱好那些不重要的技能，壮健的在将官家里服役，老弱的才在队伍，这是第一。边关要塞的位置曲折连绵，很少驿站，使者来客络绎不绝，每天都要忙于送往迎来，参将、游击成了驿使，兵营堡垒成了旅舍，这是第二。贼寇来到，则调遣不得其法，远道赶往，兵士倒毙马匹僵死，这是第三。守卫边塞的士卒纪律不严格，队伍不整齐，这是第四。临阵时马军不用马，反而用步，这是第五。家丁兴盛而军心离散，这是第六。不管地势是否险要，都布置士卒防守堡垒，到处安排分散了力量，这是第七。这七个问题不解决，边境完备怎能治理？而且又有不训练士卒的六项失误，虽然练了也无实效的弊病四项。什么是不练？边防所依靠的主要是兵，兵所依靠的是将领；现在关怀威信号令都不能使他们心服，言行不一不能把他们的力量集中到一起，这样，当情况紧急时便难以使用，这是第一。有火药武器不能使用，这是第二。撇开本地人不加以训练，这是第三。各镇前来支援的兵，讨厌不是自己的统属，漫无纪律，这是第四。班军民兵数量超过了4万，但人各一心，这是第五。练兵的要领在于首先训练将领。现在注重武科，好像是多方保举了，但这是挑选将领的做法，不是培养将领的方法，这是第六。什么是虽然练了也没有用处？现在一个营的兵卒，当炮手的常常是10个人。不知道兵法是5个兵轮番使用，应当用配备戈矛弓箭之类长武器的士兵来掩护那些配备刀剑等短武器的士兵，而以配备短武器的兵来救援那些配备长武器的兵，这是第一。三军的兵士各有技艺，金鼓旗帜，什么没有，现在都放置不用，这是第二。我方弓箭的力量不比敌人强，而想依靠它取得胜利，这是第三。培养训练的方法，自有正当的门径。好看的则不实用，实用的则不好看，现在完全不讲究实用，这是第四。
臣又听说军队之势如水，水因为地势而决定流向，兵考虑地势而决定取胜的战略。蓟镇的地形可以分成三类。广阔的平原，是内地百里以南的形势。一半险要一半平易，这是靠近边界的形势。山谷狭窄，林木茂密相逼，这是边塞以外的形势。敌寇进入平原，适宜车战。在边界附近，适宜马战。在边界以外，适宜步战。三种方式交替使用，才可以取得胜利。现在守边的兵士只习惯马战，不熟悉山地作战、林中作战、狭谷作战的方法，只有浙兵可以这样做。希望再给我浙东的杀手、炮手各3000人，再召募西北的壮士，取足马军五支，步军十支，专听臣的训练，军中所需用物资，随时根据情况发给，这是臣最恳切的期望。
戚继光这奏章下发到兵部，认为蓟镇既有总兵，又设总理，权力分散，众将领很多都在观望，应该把总兵郭琥召回，只委任戚继光负责。于是任命戚继光为总兵官，镇守蓟州、永平、山海各处，而停止对浙江兵的调动。确认戚继光攻破吴平的功劳，升右都督。敌寇进青山口，击退了他。
自嘉靖以来，边界的城墙虽然有修筑，但没有建造墩台。戚继光在塞上巡视，提出建造敌台。大致说：“蓟镇边墙，周围延续2000里，一处出了问题则到处都坚固也会发生问题。近来年累修累塌，徒然耗费并无效益。请跨墙建台，这样到处都可以随意的观察敌人的动静。台五丈高，中空为三层，台住100人，盔甲武器干粮全都齐备。令戍守的兵卒定点施工，先建1200座。但是边防士卒性格粗犷，难以忍受军法的约束，请准召募浙江人独立为一军，用以倡导勇敢。”督抚上报了他的意见，皇帝准许了。浙江兵3000来到，排列在郊外。天下大雨，从早上直到日西斜，仍然直立不动。边防兵士十分惊骇，从此才知道什么是军令。隆庆五年秋天，敌台完工。精细坚固雄伟壮观，2000里间声势相联接。
戚继光于是提出建立车营，每辆车用4个人推拉，战时结集成方阵，骑兵步兵在其中。又制造拒马器，形体轻便，用以阻挡敌骑兵的冲突。敌寇来到，先发火药武器，比较接近，则步兵拿着拒马器列队向前，其中又杂有长枪、狼筅等武器。敌寇逃跑，则骑兵追击。又设置辎重营跟随在后面，而用南兵作前锋，入卫兵负责接应，本镇兵专职防守。管理制度缜密严明，器械锋利，蓟门的军容因此得以在各边镇之上。
当时，俺答已经来朝贡，宣府、大同以西，全无战事。只有小王子的后人土蛮迁居到插汉的地方，拥有十余万军士，经常威胁着蓟门。而朵颜董狐狸和他的侄子长昂勾结土蛮，时叛时服。万历元年春天，这两股敌人入侵。骑兵到了喜峰口，勒索赏赐未果，便大肆烧杀抢掠，到边塞附近打猎，以引诱明军。戚继光突然出击，几乎抓到了狐狸。夏天，再侵犯桃林，达不到目的便离去。长昂亦侵犯界岭。明军斩首俘获很多，边关的官员劝他投降，狐狸这才老老实实地到关请求入贡。廷议每年给以赏赐。第二年春天，长昂再窥测各个关口，都无法入内，于是和狐狸一同逼使长秃进犯明朝。戚继光追击，把长秃抓了回来。长秃，是狐狸的弟弟，长昂的叔父。于是这两个敌寇率领着部长亲族300人，入国求见请死罪，狐狸穿着白色冠服，叩头请求赦免了长秃。戚继光和总督刘应节等商议，派遣副将史宸、罗端前往喜峰口受降。狐狸等都围着他们拜，献还所抢去的边界百姓，把刀聚在一起发誓。这才释放了长秃，准许他们依旧朝贡。戚继光在蓟镇的整个期间，他们再也不敢侵犯蓟门。
