按照原来的计划，美军在攻击菲律宾中、南部，也就是棉兰老、莱特诸岛时，日军只派海军和航空兵部队与其决战，山下奉文指挥的第14方面军地面部队只有在美军登陆吕宋岛时才参加决战。
当时设想的前提是，第14方面军本来就兵力有限，在美国强大的海、空军威胁下，向菲律宾中、南部各岛输送兵力将很困难。但大本营的高参们以为哈尔西的第3舰队遭受到沉重打击，舰载机部队损失惨重，而驻在帛琉、莫罗泰岛上的美国陆基航空兵又距离莱特湾太远，在掩护登陆方面帮不上多大的忙，因此他们决定改变原来的决战方针，不仅海军和航空兵要参加莱特湾决战，地面部队也要参加决战，“举全军兵力，力求歼灭在莱特登陆之敌”。
为达成这一目的，大本营准备一方面出动联合舰队主力，在陆军和陆基航空兵的配合下，在莱特岛与美军展开决战，同时派出一支航母部队当诱饵，把哈尔西第3舰队的主力吸引到北面的台湾岛方向去。
如果这一企图得以实现，麦克阿瑟就会失去空中掩护，上岸的陆军官兵和大批装备就会暴露在光秃秃的海滩上等着挨打，而日本舰队也会从南北两个方向突入莱特湾，用优势炮火将金凯德指挥的第7舰队运输舰、战列舰、护航航空母舰通通送进深深的海底。
山下奉文可没有大本营高参们那样乐观。他不赞成修改决战方针。山下奉文的理由是：无论台湾岛海域的空战战果是真是假，是否给美国人造成了巨大损失，但可以肯定说，美军不会轻易发动没有把握的菲律宾作战。而且向缺少充分准备的莱特岛派遣庞大的兵力，运送部队的舰船和保障作战的给养军械供应都将大成问题。一旦莱特决战失败，原计划的吕宋决战也将成为泡影。
日军大本营为了转变山下奉文的态度，他们先后派出作战部部员、次长和作战课长前往菲律宾，对山下奉文进行说服工作。寺内元帅也于22日召见他，向他施加压力。结果，当然是山下奉文让步，表示服从。
南方军司令部于当天下达了进行莱特决战的命令，由第14方面军向莱特岛增派第1师、第26师以及第68旅等部队。
为了保证莱特决战方针的贯彻，把空袭看成决战关键的日本军方加紧对航空兵部队进行整编。驻守菲律宾的海军航空兵第1航空舰队司令官因为不得力被撤换，新任司令官大西泷治郎于19日抵达菲律宾。两天后，以台湾为基地的第2航空舰队司令官福留繁也飞到了马尼拉，与大西泷治郎协商联合作战事宜。不久以后，这两支海军航空舰队被统编为第1联合基地航空队。
另外，日军更困难的任务还是从各地抽调航空兵力并紧急向菲律宾集中。大本营的高参们搜肠刮肚，总算抽调了九州的第12飞行团、台湾岛的第25飞行团以及由明野陆军飞行学校等单位改编的第30战斗飞行集团等陆军航空兵部队开赴菲律宾前线。驻台湾岛的海军航空兵部队也派出近200架的战斗机、舰载攻击机和舰载轰炸机到菲律宾前线。
由于美国飞机几天来一直在对菲律宾各地机场、仓库等军事目标实施猛烈轰炸，奉命集结的日军飞机只能利用黄昏和拂晓的时间悄悄降落在吕宋各地机场上，致使集结速度相当缓慢。至22日，菲律宾各地机场上已停放着450架日本飞机。
按照联合舰队司令部的通报，日本海军水面舰艇部队突入莱特湾的时间是25日黎明。为配合水面舰艇行动，航空兵部队在总攻的前一天实施了总攻击，但充其量不过是小群飞机的干扰性行动。
日军在美军莱特岛登陆之初，很快就失去部署在岸边第一线的主力——5个步兵营和2个炮兵连，剩下的残余力量则被分割包围在塔克洛班西侧、帕罗和杜拉格附近。为挽救败局，步兵第33团团长铃木辰之助上校曾率领40名敢死队员乘夜幕冲入帕罗，经过一场激烈的战斗，最后全部阵亡。牧野四郎率第16师师部从塔克洛班转移到达噶米，准备在那里进行指挥，谁知这样一来局势更加糟糕，他不仅与仍在滩头坚持作战的守军失去了联系，而且与第35集团军的通信也中断了，岛上日军完全陷入一片混乱之中。
第35集团军司令官铃木宗作判断美军登陆兵力约为两个师，美军在巩固塔克洛班和杜拉格这两个滩头阵地之后，一定会向内陆发展进攻。因此要求守军第16师和增援的第102师占领普劳恩、达噶米、哈罗等地，掩护第1、第30师以及第68混成独立旅等增援部队顺利在莱特岛西边的奥尔莫克湾和北边的卡里噶拉湾登陆，然后在卡里噶拉平地集结，配合25日海军和航空兵的总攻，一举歼灭位于塔克洛班和杜拉格附近的美国登陆部队。
然而25日海军的总攻失败了，留给铃木的选择只有固守待援、伺机反攻一条路了。
为此，日军在面对塔克洛班和杜拉格北边的卡特蒙山区构筑了大大小小的碉堡，派重兵依托工事拼死抵抗，以保护西边50公里远的奥尔莫克港。卡特蒙山区又被美军称为“断头岭”。
奥尔莫克是莱特岛上最大的港口，也是日军大规模增援莱特岛的惟一通道。远在东京的大本营参谋们从地图上发现，美军要想到达奥尔莫克，除了翻越“断头岭”山脊，还要穿过奥尔莫克山谷，再翻过几座山，才能到达奥尔莫克所在的海岸平原，因此，日军认定这里是消耗美军兵力的最好战场，主张把援兵源源不断地送上岛来，在莱特岛的山区打一场持久而惨烈的消耗战。
然而，对前线形势的变化颇为敏感的第14方面军司令官山下奉文却不同意这种看法。他认为尽管日军会令美国人损失惨重，但美军最终还是会夺取莱特岛，与其将兵力消耗在这里，还不如放弃莱特岛，全力保卫吕宋岛更有意义。
11月9日，山下奉文公开唱起了反调。他对南方军司令官寺内说：“莱特作战现在已经到了该结束的时候了。这里的作战即使再打下去也没有获胜的希望，反而只会给今后的吕宋作战造成困难。”
可这位曾经使英国人胆战心惊的“马来之虎”始终无法说服南方军司令官寺内，当然更没有使大本营那些想入非非的参谋们改变主意。铃木宗作也坚持说：“日军在莱特岛能顶住美国人的进攻，关键是要得到源源不断的支援。”
铃木宗作狮子大开口：起码需要增援4.8万人，战马600匹，汽车210辆。
但随着日军海上作战的失利以及空中优势被美军一点点夺了过去，向莱特岛上输送部队和给养变得日益困难起来。整个11月份，寺内寿一、山下奉文和铃木宗作想尽一切办法，才为莱特岛筹划了2.6万名士兵，1.4万立方米的军需品，而且大约一半以上的人员和物资还没等到达奥尔莫克港，就因运输船只遭受美军袭击而落入海中。
损失最大的是日军机械化精锐部队第68旅。12月9日，该部队在莱特岛北端的圣伊西罗德登陆时，遭到美军的猛烈攻击，虽然士兵们大都上了岸，可是原来的坦克兵却变成了轻步兵，因为坦克和火炮都与运输舰一起沉到大海里去了。
吃了大亏的日军不得不改变输送办法：化整为零，派大量机帆船和快速船“蚂蚁搬家”似地不断向岛上输送小股兵力。
鉴于美军陆续登陆的兵力已经多达7个师，在岛上修建的机场也达到5个，莱特地区的制空权逐渐落入美军手中，致使日军输送兵力和物资相当困难，地面部队被迫节节后退，主力第1师在哈罗地区与美军激战多日，逐渐丧失了主动权，山下奉文和铃木宗作决定放弃预定的卡里噶拉会战而发动“普劳恩战役”计划，企图夺取塔克洛班周围的几个机场，掌握制空权，彻底扭转被动挨打的局面。
“普劳恩战役”计划规定：11月26日傍晚，以第4航空军的王牌“薰空降敢死队”在塔克洛班美国航空兵基地强行着陆，尔后在海空部队的支援下，夺取美军机场控制权；以第2挺进团在普劳恩和圣帕洛布机场降落并占领上述机场；同时派陆军第16师、第26师从陆地发动钳形攻势，予以策应。
铃木宗作开始对第26师寄以重托，希望该师在普劳恩战役中发挥重大作用，因为普劳恩方向一直由仅剩下3000多人的第16师在苦苦支撑，已经到了缺粮断弹，即将全线崩溃的地步。
第26师是日军第一个按三个步兵团建起来的新编师，1944年7月才从中国战场调到菲律宾来。也是这个师生不逢时，在吕宋岛的马尼拉郊外还没熟悉环境就作为增援部队被派到莱特岛来。
11月11日，运载第26师上万名增援部队的日本运输舰队即将驶入奥尔莫克港，却遭到美国第3舰队的大规模空袭。300余架美国飞机呼啸着在日本船队头顶轮番俯冲轰炸，飞行高度之低，站在甲板上的日本水兵都能清楚地看到飞机上的美国人。
倾刻间，5艘运输舰全部沉入海底，7艘护航战舰中的5艘没有逃脱灭顶之灾。随船运来的火炮、机枪、工兵器材和大量的军需品全都沉到海底去了。一些步兵和工兵落水后，靠运气和顽强的求生欲望侥幸爬上了岸，总算保住了性命，但这时已经是两手空空。
第26师这次向普劳恩进军，走的又全是密林小路，全靠人的两条腿，有的地方甚至是没人走过的森林地带，要用大砍刀砍出一条道来，所以行军速度极为缓慢，普劳恩地面决战也因此而一拖再拖。
鉴于第16师和第26师已经筋疲力尽，山下奉文等人把取胜的希望最后寄托在第4航空军的王牌“薰空降队”和海军的第2挺进团身上，企希通过这一次陆海联合总攻击打开难局。
“薰空降队”由中重男中尉率领，全队80人，由道格拉斯三型运输机空运至战场。第2挺进团有兵力250人，由40架飞机运送。为配合这次奇袭，从11月24日开始，日军先后派出64架陆基飞机和30架海军飞机对莱特岛上的美军机场和莱特湾内的美军舰艇进行攻击。
26日傍晚，中重男带领80名士兵乘坐飞机强行降落在塔克洛班机场的跑道上，敢死队员跳出机舱后就遭到机场美军的射击，但是不怕死的敢死队员还是冲上机场塔台，控制了整个机场。
但到12月6日日军才发动的普劳恩作战却没有那么顺利。当天晚上，第2挺进团的40架飞机降落在机场跑道上以后，立即受到美军猛烈炮火的袭击，大部分被歼。奉命配合这次空降的日军第16师一部到第二天凌晨才冲入普劳恩北机场，与第2挺进团余部取得了联系。但冲入普劳恩南机场的第26师却被击退了。
直到7日晚，日军凭借第二次进攻才占领了普劳恩南机场。
3.莱特岛的战斗
日军利用空降兵与地面部队相配合，出奇兵占领美军机场，确实给美国人带来不小的麻烦，肯尼所指挥的陆基航空兵的活动暂时被抑制住了。
然而，山下奉文还没有来得及为奇袭美军机场的胜利举杯相庆，一个可怕的消息便传了过来：美军在奥尔莫克港登陆了。
从登陆莱特岛的那天起，麦克阿瑟和他的部下要对付的敌人就有两个：一个是疯狂的日本人，另一个是当地几十年不遇的恶劣天气。恶劣天气比日本顽敌更厉害。
强烈的台风和季雨几乎是与美国人一起来到菲律宾的。在大多数时间里，莱特岛上整天都在下雨，有时可怕的暴风造成的倾盆大雨使大白天也像黑夜。
长时间的降雨把美军必须穿越的奥尔莫克山谷变成了一片浅水湖，进攻部队必须像滩头登陆那样淌水前进，塔克洛班市内也是深可齐膝的积水。尽管工兵部队在拼命抢修被重型车辆和作战飞机碾压得破烂不堪的道路和机场，但说美军在莱特岛成功地登陆以后就陷入了“泥潭”，一点也不夸张。
到了11月中旬，十多万美军作战官兵和勤务人员已在泥泞之中挣扎了3个星期。可惜，除了登陆还算顺利外，莱特岛之战的两个主要目的，即完全占领该岛和建立轰炸机、战斗机机场体系则一个也没有达到。
莱特岛上缺乏弹药、粮食和医药设备，官兵们筋疲力尽，士气低落，部队因战斗伤亡和丛林疾病而大幅度减员。塔克洛班和杜拉格附近机场跑道被雨水泡得极其松软，又时时遭受日本飞机的轰炸，致使修复、扩建机场的工程进展得十分困难而缓慢。
有时，来自哈尔西第3舰队的舰载机执行战斗任务后，因油料不够不能返回航母，只好在塔克洛班和杜拉格机场紧急着陆。但湿滑、多坑和短短的跑道往往使这些飞机遇受噩运。不少飞机在跑道上碰撞、翻滚，折断翅膀，燃起熊熊大火。
由于莱特岛之战的胜利遥遥无期，原先打算进攻吕宋岛的行动一再被推迟，这不仅影响到西南太平洋战区的作战计划，也将影响整个太平洋战区的下一步行动。
麦克阿瑟必须改变莱特岛作战的被动局面。但一个多月以来，他无论用多么严厉的话语催逼克鲁格，他的部下们仍无法加快进攻速度。
所以，麦克阿瑟决心把新的生力军——第7师调上来，令其在莱特岛的西海岸奥尔莫克港附近登陆，从敌人背后发动进攻，切断日军与这个补给港口和供应基地的联系，以配合克鲁格指挥的第10军、第24军的正面进攻。结果，这一招果然灵验了。
12月7日，是日军偷袭珍珠港的纪念日。美军第7师出其不意地在奥尔莫克湾的伊皮尔登陆，尽管日军飞机突破防空火力击沉了2艘驱逐舰，登陆部队却在抢滩登陆过程中意外地顺利，几乎没有遇到像样的抵抗。
3天后，美军坦克开进了奥尔莫克港区。莱特岛上的日军陷入腹背受敌的被动境地。山下奉文听到这个消息后呆立了许久，最终决定停止普劳恩方向的作战，命令第16师和第26师向后180度大转弯，退往奥尔莫克地区。
日军冲入机场的空降兵以及第16师和第26师的先头部队被美军坦克部队分割包围，最后被猛烈的炮火全部消灭。匆匆赶到奥尔莫克地区的日军并没有挡住美军的进攻势头。
12月21日，在奥尔莫克湾登陆的美军第7师与正面攻击的美军第10军部队会合。遭到前后夹击的日军残部不得不退到莱特岛北部的山地里，分成许多小股部队继续负隅顽抗。
日军大本营鉴于大势已去，第4航空军的战斗力也几近枯竭，遂放弃了莱特决战计划。
但是，日军并没有放弃这个海岛，仍然想尽各种办法把棉兰老岛第30师的2个步兵营、吕宋岛第8师的3个步兵营和1个炮兵营送到了这里。
在圣诞节那天，麦克阿瑟发表了一份特别公告，宣布“莱特岛已经光复，剩下的只是些清除残敌的扫尾工作”。之后，他把这项“扫尾工作”交给了新组建的第8集团军司令艾克尔伯格。
