铁木真的胜利引起了札木合的不快。正好札木合的弟弟由于抢掠铁木真的马群被蒙古部人杀了，札木合找到借口，便发动了他所属的十三部三万人进攻铁木真。铁木真也把自己的三万士兵分成十三翼迎战札木合。双方在克鲁伦河畔的答兰巴勒主惕展开了一场大战。这就是蒙古历史上著名的“十三翼之战”。结果，铁木真被打得大败。但是，由于札木合残酷地杀害俘虏，引起了他部下的不满，他们毅然脱离札木合，投奔到铁木真部下。铁木真转祸为福，反而壮大了自己的力量。
不久，塔塔儿部首领篾古真反抗金朝，金朝皇帝命令大将完颜襄率兵攻打塔塔儿。完颜襄约克烈部的脱斡里勒汗为主，从此脱斡里勒汗就被称为“王汗”；封铁木真为“札兀忽里”(前线司令官)。铁木真正式接受了金朝的封职。这次战斗，铁木真不仅报了仇，还虏获了塔塔儿的部民和牲畜，从此，他的力量更雄厚了。
1201年(金章宗泰和元年)，铁木真击败了札木合。第二年，他又全歼了残余的塔塔儿人。这样，铁木真就统一了东部蒙古。
但是在西边还有许多部落，其中离得最近的是强大的克烈部。王汗脱斡里勒面对铁木真咄咄逼人的锋芒，感到自己受到威胁，因此双方的关系开始恶化。这时候，铁木真为他的长子术赤向王汗的孙女求婚，遭到王汗的拒绝，于是矛盾进一步激化。1202年春天，王汗假装同意铁木真的婚约，想骗他来赴宴，乘机把他杀死，不料计谋泄露，王汗立即对铁木真发动突然袭击。铁木真措手不及，只好带着十九个人仓皇逃走。他们退到班来泥河(沼泽的意思)地方停驻下来。这里没有人烟，没有粮食，他们只得喝浑水止渴，射野马为食。这一段时间，是铁木真统一全蒙古过程中最艰苦的日子。所以，当他完成统一大业以后，把“同饮班来泥河水”的人都封为功臣。
后来铁木真退到贝加尔湖以东的地方，他一面向王汗求和，一面利用喘息时机，收集溃军。到这年秋天，他的军事实力又恢复了。王汗却骄傲麻痹，在自己的驻地欢庆胜利，整天欢歌艳舞。铁木真暗暗派兵包围了王汗的驻地，突然发起进攻，经过三天三夜的激战，占领了王汗的金帐。王汗逃到鄂尔浑河畔之后，被乃蛮人杀死了。
消灭了克烈部之后，铁木真在1204年(金章宗泰和四年)夏天，亲率大军出征乃蛮，在一次激战中，杀死了乃蛮部的首领塔阳汗。从此，铁木真的威名震动了蒙古高原，其他部落再也不敢同他争锋了。篾儿乞人闻风丧胆，他们的首领逃到很远的地方。汪古部主动前来归附。到处逃窜的札木合被他的部下绑了送交铁木真，最后被铁木真处死。这样，铁木真就完成了统一全蒙古的大业。
1206年(金章宗泰和六年)，全蒙古的奴隶主们在鄂嫩河畔举行忽里勒台(大聚会的意思)，一致推举44岁的铁木真为成吉思汗，并且上尊号为全蒙古的大汗。“成吉思”是蒙古语“强大”的意思。
成吉思汗成为全蒙古的大汗，标志着蒙古族的历史进入了一个新阶段。几个世纪以来，蒙古各部互相残杀的局面结束了。在东起呼伦贝尔草原，西至阿尔泰山的辽阔地域内，操着不同语言和具有不同文化水平的各个部落，逐步形成了勤劳的蒙古族。
成吉思汗统一全蒙古以后，建立了第一个蒙古政权。他在军事、行政、法律、文化等各方面，都开创了一套新的制度。他把全体蒙古牧民编为十户、百户、千户和万户，任命大大小小的奴隶主为十户长、百户长、千户长和万户长。凡是15岁以上、70岁以下的男子，都编为士兵，平时生产，战时打仗。他任命失吉忽完忽为“杜鲁忽赤”(断事官)，把民事和刑事案例编成“札撒”(习惯法)；他还委派兀孙老人掌管宗教事务；命令畏吾儿(就是现在的维吾尔族)人塔塔统阿用畏吾儿文字书写蒙古语，让奴隶主子弟学习使用，使蒙古人第一次有了文字。
成吉思汗把蒙古族人从金朝的桎梏下解救出来，把互相残杀的蒙古各部统一起来，使蒙古民族在中国和世界舞台发挥重大的作用。
南宋灭亡
忽必烈是成吉思汗的孙子，拖雷之子，蒙哥之弟。成吉思汗去世后，其四子托雷曾临时担任监国，后由拖雷之兄窝阔台继汗位，即太宗。太宗死后，将汗位转给托雷之子蒙哥，即宪宗。忽必烈则为藩王。在太宗担任汗位时，忽必烈就已显露出与其他皇室子弟的不同之处，他经常同中原汉族士大夫、有识之士聚会联系，虚心向他们请教治国方略。在忽必烈的周围渐渐形成了一个汉儒幕僚集团，使得他的治国思想朝着不同于同辈皇子的方向发展。
汉儒刘秉忠曾对忽必烈提出了“以马上得到天下，不可以马上治天下”的大问题，并以历代封建统治的经验，分析其中的利害。他还进一步论述旧制度造成的弊害，主张建朝省、立法度、定官职、饬赋税，采用汉法，这对忽必烈思想意识的转变具有极大的影响。
通过这些汉儒幕僚的帮助，忽必烈对中国前代王朝的治乱兴衰有了充分的了解。忽必烈不仅自己努力接受、学习汉文化，还要其他蒙古贵族跟着学。他的儿子真金太子从小就跟姚枢、窦默学习《孝经》；当上中书左丞的阔阔，原为忽必烈在“潜邸”时的近侍，忽必烈让他拜王鹗为师，学习“治道”。
1251年农历六月，忽必烈之兄蒙哥继承汗位。为了把权力确保在拖雷系家族手中，蒙哥即位之后，就将漠南汉地军国庶事全部委托给忽必烈掌管。次年，忽必烈又得到关中地区作封地。
由于蒙古军进入中原之初，进行了赤裸裸的直接抢掠，忽必烈所掌管的漠南地区已是一片荒凉之地。窝阔台即位之后，形式稍有改变，他任用耶律楚材进行改革，其宗旨是以中原地区行之已久的赋税办法来代替旧的蒙古贵族杀掠式的和无限制的索取，以便保持在汉地的统治。然而，新政实行不久，由于遭到蒙古贵族的激烈反对，耶律楚材的改革以失败告终。到蒙哥即位前夕，汉地不治的情况更为严重。登基伊始，蒙哥颇有革除积弊之势，但是由于蒙哥一系列的征战，这些措施很快就瓦解了。而且人民负担越来越重，为了逃避债务催逼，人们纷纷逃亡，土地大量荒芜。
忽必烈在掌管漠南汉地军国庶事之后，进行了一系列行之有效的革新措施，一方面进一步拉拢汉族人士，一方面为积聚雄厚的物资、军事基础，断然采取了招抚流亡、禁止妄杀、屯田积粮、整顿财政等一系列措施，并任用熟悉汉族法令的宋金官僚、知识分子进行统治，大大扭转了这种局面。
忽必烈封地内的邢台，金朝时人口众多、经济繁荣。在蒙古军入侵之后，忽必烈受封之初，当地居民急剧减少。忽必烈决定以邢台为试点，派张耕、李简等人去邢台。他们到邢台后，齐心协力，革除贪暴，积极安民，不到数月，人口便增加了几十倍。忽必烈从邢台改革的效果中大有感触，更加器重文人，逐步委以重任，又派遣杨惟中、史天泽、赵壁等治理河南，使河南经济得到了一定的恢复。
漠南汉地，由于当时典章未备，法制不立，蒙古贵族、官吏随便杀人的现象时有发生。为了安定民心，忽必烈屡次禁止诸将乱杀无辜，军士有违令的，斩首示众，这样大大改善了这种状况。
另外，为了筹备进攻南宋的军粮、军费，忽必烈还十分注意屯田；以盐换粮，供应军饷；并在京兆，设立交钞提举司，印发纸钞。这样，忽必烈逐渐控制了当时蒙古政权在中原汉地的相当部分的财权。
自掌管漠南汉地军国庶事之后，忽必烈所实行的一系列措施使中原地区得到了初步的治理，人口不断增加，经济慢慢恢复，为他夺取政权奠定了经济基础。
忽必烈采用汉法治理汉地，损坏了那些蒙古游牧贵族和西域商人的利益。他在中原威望的日增，在治理陕西、河南过程中大量财力、物力的积聚，又形成了对蒙哥汗权的威胁。
忽必烈的日益壮大，引起了哥哥蒙哥的疑虑。1257年，蒙哥借口忽必烈刚打完仗，又患有脚疾，让他留在家中休息，而以塔察儿为左翼军统帅，解除了忽必烈的兵权。不久，蒙哥又突然决定亲征南宋。忽必烈处境十分不利！当时，忽必烈虽身为藩王，调动军马及粮饷的权力却都在蒙哥手里，因而断难与他一决雌雄。不得已，忽必烈听从了姚枢的建议，将妻子、儿女送去做人质，表示自己并无异志。随后，忽必烈又亲自谒见蒙哥。兄弟相见之下，蒙哥尴尬万分，终于消除疑虑。忽必烈也撤销了设在邢州、陕西、河南的机构，调回了自己派出的官员。这样，忽必烈以谦恭忍让保全了自己，避免了一场不测之祸。
但是，忽必烈并没有放弃控制中原汉地的雄心。后来，蒙哥因塔察儿军事失利，又命忽必烈重新征宋。在征宋的过程中，忽必烈又重新把大权控制在自己的手中。
公元1259年春天，蒙哥兵分三路，南下灭宋。他亲率一队主力进入四川。农历八月，蒙哥在合州遭到守将王坚的顽强抵抗，双方激战多日，蒙军受到重创。这时，忽必烈正率领军队，越过淮河，准备强渡长江。不久，忽必烈接到消息，蒙哥在合州攻城时被宋朝军队炮石击中，死于军中，请他速速北返。
忽必烈思索再三，决定继续率兵强渡长江，把宋军守城鄂州团团围住。但由于城内宋军的拼命抵抗，蒙军久攻不下。这时，忽必烈又接到妻子来信，告诉他其弟阿里不哥正在加紧策划，准备继承王位，请他务必北返。忽必烈这才放弃攻宋，整顿内乱，以防腹背受敌。他同宋军妥协议和，以江、淮一带为中立地带，然后率领大军开始向北回撤。
公元1260年农历三月一日，忽必烈到达开平，在众将领和部分蒙古贵族的帮助下，抢先宣布登上了王位。
根据蒙古国的习俗，继承汗位，必须在蒙古人的发祥地进行，必须有各系宗王参加，才算合法。而忽必烈在开平继承汗位，是有违蒙古人的传统习惯的。因此，他的行为引起了不少贵族诸王的不满。特别是早在忽必烈南征未归时，其皇弟阿里不哥就已经拉拢一些人在策划夺取王位。当阿里不哥听到忽必烈自立为王以后，也于1260年农历五月在阿尔泰山的驻夏之所，宣布继承王位，与忽必烈相对抗，从而引起了长达四年多的内乱。
当时，阿里不哥占有明显的优势，他驻守和林，有控制蒙古本土的便利。在蒙哥死后，他一面以监国身份为蒙哥举哀发丧，一边调将布兵，以阻防忽必烈。他先命脱里赤为断事官，占据燕京，号令四方；又命玉木忽儿率领东路大军，出和林、越漠北，谋取开平；再命阿兰答儿率领西路军，下河西走廊，企图与屯守在六盘山的浑都海部会合，以形成对忽必烈的包围形势。当时的关中地区最为复杂。蒙哥死后，他所带领的伐宋主力，退回到六盘山屯守，与原来驻守部队浑都海部会合。阿里不哥在即位前就任刘太平、霍鲁怀到陕西任职，企图控制陕川。这两个人都是忽必烈的死对头，如果驻守在六盘山的这支劲旅悍然进攻京兆，秦、陇、陕、蜀之地将尽为阿里不哥所有，对忽必烈构成致命的威胁。
忽必烈即王位后，首先采取的军事措施就是先派廉希宪、商挺为京兆等路宣抚使，安抚关中。当他们得知刘太平、霍鲁怀前来联系六盘山驻军，图谋作乱时，便采取断然措施，将此二人杀死。忽必烈遂令陕西、四川宣抚使八椿节制诸军，又令汪惟良征集秦陇、平凉等地部队，加强关中防务，严密监视六盘山部队。值得忽必烈庆幸的是六盘山驻军不但没有乘势直捣京兆，反而因久驻思归，竟沿河西走廊北撤，这就大大缓和了关中的局势，使廉希宪有机会调部队加紧布防。北撤大军到甘州后，碰上阿里不哥派遣的阿兰答儿部，两军会合后，除一部分继续北撤外，大部分又折回南进。到达甘肃山丹县后，阿里不哥的部队正好同八椿、汪惟良部相遇，双方展开激战。结果阿里不哥所属的军队大败，阿兰答儿、浑都海先后被杀。忽必烈得知情况后，立即带领部队亲征阿里不哥的驻地和林。阿里不哥闻讯逃亡谦州，忽必烈在第一阶段的交锋中终于占据了优势。
公元1261年农历九月，阿里不哥经过一番休整，假意归顺忽必烈，带领部队前往和林。等到达和林后，他采取袭击战的方式，击败忽必烈所属的也先哥部，随之占领和林，接着又挥师南下。忽必烈赶忙命令张柔、严忠嗣、张宏等七部汉军与阿里不哥军大战于昔木土脑儿之地。双方激战数日，难分胜负。至冬，阿里不哥率部北撤，忽必烈部南返。第二年春天，阿里不哥带部队进驻阿力麻里地区。由于阿里不哥治军不严，纵兵烧杀抢掠，内部将领互不团结，导致军力日衰。公元1264年春天，阿里不哥部又闹起饥荒，民怨沸腾，兵士四处逃散。阿里不哥被迫无奈，于当年农历七月归降忽必烈，不久后因病死去。
阿里不哥虽然被打败了，但忽必烈还要应对中原汉族军阀李璟的叛乱。李璟原是成吉思汗南侵时，农民起义将领李全之子。李全后来率起义军投降了蒙古，在攻南宋时战死。其子李璟承袭益都行省职，成为山东军阀，臣服蒙古。忽必烈继王位后，李璟暗中招兵买马，囤积军粮，赶制兵器，准备谋反。当忽必烈同阿里不哥内部相争的时候，李璟加紧了叛乱的步伐，后被人发觉，密告忽必烈。当时，忽必烈正同阿里不哥打得难解难分，无力兼顾，便采取重金收买的方式，稳住李璟，并授予高爵，以换取后方的暂时安定。
尽管忽必烈对李璟采取拉拢收买的办法，可李璟见忽必烈与阿里不哥打得正紧，于1262年农历二月三日，公开举行叛乱。他将涟、海等州献于南宋，遣使请求南宋支援。忽必烈立即命诸王合必赤总督诸路军马，讨伐李璟。来自河南、河北、山东等地的蒙汉部队围攻李璟，将李璟困于济南城中。李璟向四处求救，希望得到山东、河北等地军阀的响应，但是响应者无几。数月之后，城中粮尽，李璟无计可施，便投大明湖自尽，由于水浅未能淹死，被蒙军抓获，随后被斩杀。李璟的叛乱很快被平息了。
忽必烈在平定了内乱之后，又开始进行了对南宋的战争，决心统一全国。
这时，偏安江南的南宋小朝廷已彻底腐败。宋理宗赵昀不理政事，阎妃受宠乱政，与宦官董宋臣狼狈为奸。他的后继者宋度宗赵禥、恭宗赵更是昏庸无能，横征暴敛，使江南人民受尽了苦难。
公元1267年，忽必烈以南宋当局扣留信使为借口，命阿术为主帅，举兵大规模进攻南宋。他采取南宋降将刘整的建议，集中优势兵力，进攻江、汉之间的军事重镇襄、樊两城。公元1271年农历五月，又令四川等地军队水陆并进，包围襄樊。襄樊两城军民奋勇抵抗，坚持固城战斗达五年之久。忽必烈久攻不下，便采取张弘范之计，先切断襄、樊两城水上联系，又集中力量先攻陷樊城。襄城守将见大势已去，便投降了忽必烈。
