将军家茂的做法令长州藩一怒之下决定抛弃恭顺一途，并于5月28日写给广岛藩主浅野茂长的信中首次流露出了决战之意。在这封信中，众人以毛利敬亲父子为首，并联合支藩的毛利元蕃、元纯、元周等人共同签名，拜托浅野茂长暂为斡旋。
这封信同时也是一份威胁书--倘若浅野的斡旋不能令将军中止讨伐长州的计划，长州将立即举藩抗战。
几乎在广岛藩的浅野茂长接到此信的同时，熊本城主细川庆顺也向幕府提交了一份意见书，认为讨伐长州之举过于残酷。
6月6日，长州终于下定决心，一举抗战。当日，岩国藩主兼毛利一族领袖吉川经干来到山口，与德山、长府、清末等支藩藩主开会商议，明确决定抗战。
将军家茂进入大坂城的时间是闰五月二十五日，而长州藩的这一决定刚好是在此后第十天。也就是说，家茂进京的举动，令长州由此前打算恭顺的态度一转变为举藩抗战。
如此突变自然不会没有理由，在这期间还发生了一件决定性的大事--鼎鼎大名的土佐藩士坂本龙马为了萨摩与长州二藩和解而展开了积极的周旋。闰五月一日，坂本龙马怀着和解的想法，在下关初次会见了桂小五郎（木户孝允）。
坂本龙马所敬佩并视为师长之人，便是庆喜也极为熟识的海军奉行胜海舟，在此暂不再赘述。
这二人的会见令长州看到了一丝曙光。闰五月二十一日，萨长联盟的密约成立，而当天正是到达近江的将军决定不入膳所城而留宿大津的日子。
当日，自鹿儿岛来到下关的龙马的同志--土佐藩的中冈慎太郎，在下关会见了长州藩的桂小五郎、高杉晋作、井上闻多、伊藤俊辅及村田藏六等人。双方基于对二藩一旦结盟，幕府便无法进攻的认识，缔结了密约。
自然，二藩结盟在维新史上具有无与伦比的重大意义。二藩结盟将长州自绝望中拯救了出来，却也令萨摩公武合体的梦想化为泡影。这一事件隐隐体现出国体与现实政治难以融通这一事实，是幕末维新史上最值得关注的一件大事。
扮演这一盟约主角的坂本龙马与胜海舟自然不可能毫无关系，至少胜海舟嘴上虽然不说，心中却必定会站在同意的立场上，情不自禁地赞叹：“哎呀，真厉害！”
而且，坂本龙马此举应该还包含着“庆喜公一定能理解我”的自信，证据便是当坂本龙马得知庆喜实行大政奉还后，曾流着泪感谢庆喜：“大人英明！我龙马愿为您奉献生命！”
萨摩的公武合体化为泡影，长州公然采取抵抗姿态。当此关头，有两个人自然要彻底浮出水面。其中一人是孝明天皇，而另一位，自然便是遵从诏书来到大坂城的将军家茂。不，还有坚信必须维护诏书尊严而行动的一桥庆喜，以及一心一意为天皇考虑的会津中将松平容保。
于是，问题在此一分为二：是要彻底贯彻国体绝对的立场，还是以现实为重心而采取行动？
事实上，只要整个日本民族渴望拥有天长地久的皇室，此事便是永远存在的问题。如何才能将太阳赐予的宝贵的生命与繁荣，一同传给万世一系的子孙后代？这个问题以皇室为核心，深深地铭刻在人们生命与思想的基石之上。但现实中，这一最高理想与包含各种利己思想的俗政之间，注定会产生出各种激烈的冲突。
幕府的始祖德川家康对这种激烈冲突早有预料，为此便将皇室与政府一分为二。但在如今的现实中，人们从对政府（幕府）的不满，逐渐变成为了达到“亲政”的目标而毫无顾忌地行动。
然而，这种行动也有限度。面临生死关头时，人都会抛弃理想，在利己思想的驱使下行动。纵然明知会走上不幸之路、灭亡之路，也不可避免地会暴露出这种下意识的习性。
事情走到这一步，每个人平素是否不懈自我锤炼，一看便可分晓。
天皇不会妄下决断，但这反而会滋生抵抗。诸列强看到日本国内发生如此混乱，立刻倚仗联合舰队的威势，逼迫兵库开港，展开无耻的武力交涉。再加上讨伐长州受挫，外患内忧接踵而至，首先便令缺乏锤炼的将军家茂陷入了无奈的混乱之中。
令将军陷入混乱正是萨摩和长州的目的。倘若将军能够堂堂正正、信心满满地处理问题，他们自然会按兵不动，但很明显将军并不具备如此器量和历练。
“兵库不可开港。”
“理应尽快平定长州。”
制定相应的策略并付诸实施不正是将军这一政治首脑的职责吗？但无论事实如何，天皇下达的诏书都不会改变，将军家茂已然形同一个可怜的傀儡。
家茂一声悲鸣，庆喜已经不再是他的辅弼者了，他将老中及其下近侍召集至大坂城的广间商议。席间，将军唤来向山隼人正，开口说道：“我欲辞退征夷大将军一职，你即刻写好辞呈，我要上交朝廷。”
就这样，将军命令向山隼人正当场书写辞呈。这份辞呈绝不是对天皇的谄媚，也不是在玩弄手腕。将军已被彻底逼至进退维谷之境。
就性格而言，将军家茂生性温厚，与一桥庆喜截然不同，二人可谓有着天壤之别。家茂的生父纪州齐顺实际上是第十一代将军家齐的第六个儿子。因此，虽然父亲继承了纪州家，但祖父却是个娇生惯养的大将军，权倾一时，连大奥之中的老女也多是家茂从小相熟的人。在这种氛围之中，家茂于十二岁继承将军之位，并迎娶了以天皇养女的身份下嫁于她的皇妹和宫，其成长环境如何可想而知。
在这种环境中成长起来的家茂聪明伶俐，富有同情心，论及血统又是先代将军的孙儿。若在太平盛世，他可以说是一位无可挑剔的贵公子。正因如此，他并不需要接受毫无必要的严格锻炼，也无须去经受狂风暴雨。
而如今，列强倚仗联合舰队强迫开港，而朝廷又要求将军将列强与长州一并处理。面对如此局面，家茂却全无对策，生出逆反之意自然便不足为奇。
“当此危急关头，您却要辞去将军之职……既然如此，您认为究竟有谁能担此重任，继任将军呢？”
老中们脸上纷纷变色，开口询问。
“这……这个，或许是一桥卿吧。”
“但那位一桥殿下……”
连近侍都对将军的想法无言以对。就当前形势而言，将军的职位的确并非家茂之流的人可以胜任。但此前众人与一桥庆喜那般对立，现在家茂表示欲立一桥，自然会招致众人反对。事到如今，若由庆喜继承将军之位，那家茂拥立派便会被打上“毫无远见”的烙印。
“断然不可！若由此人继任，幕府将土崩瓦解！”
“而且，朝廷已被一桥掌控……”
果然家茂也只是个娇生惯养的任性之人。众人皆以为，朝廷不准兵库开港也好，要求幕府尽快解决长州问题也好，都是由于庆喜在暗中策动。但其实这种判断不过是出于其他官员的臆测，若家茂自己亦作此想，其实可以立刻罢免庆喜。但他不能那样做，而任命庆喜为将军也无法解决问题……家茂之所以说出如此歇斯底里的话，原因便在于此，但近侍们却未能领会。
（果然如此……庆喜果然凭借与天皇的密切联系而不断为难将军……）
这些人原本就对庆喜心存怀疑，而此事又再次成为双方分裂的根本性原因。将军亲手将这一混乱推至了高潮。
围绕这一问题，大坂和江户上下顿时陷入了一片混乱。
听闻家茂请辞，萨摩和长州的一部分人不禁击掌叫好。
（令来到大坂城的将军为难的罪魁祸首就是庆喜！因此将军才会提出辞职。）
大部分老中自然对这种无稽传言一笑置之，因为即便将军立刻向天皇上奏，提出辞职，只要天皇下诏予以驳回，事情立即就会平息。然而，史料中仍有“城中有如疯狂”的记载，可以想象，大坂城内旗本们的兴奋与反感实在非同寻常。
“理应即刻讨伐庆喜！”
“没错。我们应当立刻进京，包围若州府，斩杀谋叛之人！”
城内旗本的激愤之情愈发高涨，作为将军亲卫队大番头的室贺出羽守即刻拜访了老中松平周防守，表明了自己的态度：“如此下去，一桥卿将会继位成为新任将军，但我们决不担任这位新将军的护卫。倘若一桥卿果真成为将军，我们决心抛却性命，杀入一桥府，故特此告知……”
不仅如此，在此事传入江户的大奥后，甚至在女人和孩童中都引发了巨大骚乱。
“烈公的儿子终于要实行谋叛，入主柳营（幕府）了吗？既然如此，我活着也没什么意义了……”
据说，其中甚至还有人打算口衔短刀，纵身跳井自尽。
将军根据凭空猜测的一时失言，竟然引发了如此混乱的局面，但这绝非是因为众人对将军家茂有多么尊敬或信赖，所有骚乱和反应皆出自人们对变化的恐惧和对利益的追求。从这个意义上来讲，只能说大众是极度厌恶变化的愚昧之人。
庆喜对这种事情的发生早已略有预感，而家茂曾亲口向松平容保道出猜疑一事也是庆喜预感的来源之一。
正因如此，当原市之进前来报告这一大事时，庆喜只是轻轻地劝诫道：“我自有办法，无须惊慌。”随后，他立刻上书提议自关白以下的官员全体集合。
