市内的大火仍未熄灭。
一想到市民在战后的火光中纷乱逃生的场景，庆喜便感到内心频频作痛。或许是因为生于武家之故，他在战斗过程中并没有多大感触，一心只为取得胜利而行动，暂且忘掉了一切。
“市之进，火势仍未平息吗？我很担心火灾造成的损失。”
听闻此言，市之进一边估计风的方向，一边飞奔离去。
市民四散乱逃，根本不可能有足够的人手去防火灭火，在流弹纷飞的情况下，他们只能选择离家出逃。战乱和火灾向来形影不离，此次战火连续燃烧了两个昼夜，共计八百一十一处起火，烧毁房屋两万八千间、寺庙二百五十三所，其中包括东本愿寺和佛光寺。这是继广仁之乱后京都遭受的又一重大灾难，而另有一种记载甚至称总计有四万三千户受灾。
监军村田氏寿在堺町御门被散弹击中身负重伤，越前春岳等人不禁与萨摩人一起捶胸顿足，激愤不已：“长州此番行为与足利、北条的暴举相比亦有过之而无不及，实在罪无可赦！”
如此一来，长州藩已经无法避免被烙上“朝敌”的烙印了。
于是，8月3日，朝廷正式下令讨伐长州。
讨伐名义如下：
第一，长州藩向皇宫开炮，致使京都再度化作一片废墟，必问其责。
第二，长州采取即行攘夷（在马关攻击外国船舰）的无谋藩策。
第三，拥护七位公卿回京。
就这样，曾经力劝朝廷准许毛利父子参朝的署名人中，鹰司和中山两位公卿及其下众人皆被禁止参朝，幕府也被迫命令中国（日本地名）、四国和九州等二十一藩出兵征长。
不出所料，此次出兵并不顺利，反而变得越发坎坷。除了众人对长州藩的同情之外，更大的原因在于幕府内部对庆喜的反感与怀疑。倘若中国、四国和九州等二十一藩合力进攻，长州顷刻之间便会溃灭。
（但长州果真罪当至此吗？）
总而言之，下令攘夷的是朝廷，长州不过是全力听命罢了。无论诏书是真还是假，都罪不至此。而且，倘若果真如传闻所言，庆喜企图联合萨摩消灭长州，而后取代将军，则二十一藩很可能会支持庆喜，消灭将军。
因此，预计担任征长军总督的松平春岳以“鄙人并无统领三军的器量”为由，率先请辞。幕府经过再三权衡，又任命尾张藩主德川庆胜为总督，以接替春岳的越前松平茂昭为副总督，至此阵容终于齐整。
正当幕府根据敕命重新调整讨伐长州阵容的时候，美、英、法、荷的联合舰队开始攻打下关。
其时，长州的毛利庆亲已经上书呈报，表示自己已将进京作战的家老益田右卫门介、福原越后和国司信浓免职，并禁锢于德山反省待罪。而此时列强突然而至的进攻，一定令他感到无比愕然。
同族相拼的内乱争斗非但没有实现勤皇，反而即刻招致外侮，遭到了列强发动的联合攻击，昭和的民众想必也绝不会忘记此事。即便有人打算与中国遥相呼应，在日本国内展开游击战，但鉴于越南的先例，美国很可能会以此为由，在日本头上再次疯狂地投下炸弹。
毛利父子惊愕之余，立刻向鸟取、冈山、佐贺、福冈和广岛五藩派出使者，拜托他们在长州与朝廷之间斡旋。
当此关头，倘若列强的联军与幕府军呼应行动，事态将变得绝非仅仅是长州灭亡如此简单。虽然表面看来是同族相拼，但实际上却会致使列强牢牢掌控住自己的生杀大权，甚至可能让日本沦为殖民地而被诸列强分割占领。
如此一来，家康的训诫也好、水户的修史也好、勤皇也好、佐幕也好，都将沦为空谈，志士们自安政大狱以来献出的赤诚热血也将被白白浪费在国内斗争上。
西国诸藩并未听命响应征长军募集的原因也在于此，但细细想来，对国内统一异常执着的孝明帝基于国体所提出的攘夷论其实并非全是空谈。而鉴于当前情形，想到这点着实令人心痛不已。
毛利父子一定也已放开眼界，开始重新审视列强攻击下关之举。
8月6日，长州藩兵据守前田、坛之浦等地的炮台竭力抵御，但不幸敌人仍成功登陆，接连破坏各个炮台，连安置在炮台上的大炮都被悉数掠夺。
至此，皇国的命运可以说已是危如累卵。
于是，毛利父子一边派遣高杉晋作为正使，连同副使渡边内藏太和杉孙七郎向联军求和，一边命令自欧洲火速赶回的井上闻多、伊藤俊辅（博文）二人向朝廷求和。
倘若幕府此时趁势攻打长州，后果将不堪设想。而为了牵制幕府军，水户的正义派在关东作出了多大的努力，如今想来仍令人心痛不已。
“水户藩的存亡并不重要！”
为了履行密约，水户人言出必行，为日本的将来拼上了本藩存亡，做出了最悲壮的举动。若仅仅将此等行为视作普通的权力争斗，那么日本的历史也将无从谈起。
然而，当此危急关头，朝廷不仅没有撤销长州烧毁京都的罪名，反而向包括萨摩在内的三十五藩下令出兵，讨伐长州。如此一来，长州只能向遵从敕命行动的幕府降伏，表达恭顺之意。
8月22日，长州总算和列强联军达成了和议，藩主毛利庆亲被幕府剥夺官位，因与将军犯讳，“庆”字也被禁止使用，改名为敬亲。
和议条件共有以下四点：
一、勒令藩主毛利敬亲和世子广封二人蛰居反省。
二、命令禁门之变的主谋者益田右卫门介、福原越后和国司信浓三人自尽。
三、将三条实美等五位公卿移至九州。
四、毁掉新城山口。
长州藩接受了所有条件，第一次讨伐长州宣告结束。不用说，此次幕府全胜，长州完败。同年（元治元年，1864年）12月27日，征长总督德川庆胜（尾张）发布撤兵令，诸藩的动向也就变得无关紧要了。
然而，对于朝廷对长州的处理，以越前春岳为首，包括伊达宗城和山内容堂等人都感到极其不满。且不论这是否出自三位家老的独断独行，但长州军毕竟毫不客气地向皇宫开炮，烧毁了京都街道，理应受到更为严重的处罚，如此简单处理实在难以彰显国体之明。这便是他们不满的原因。
就这一点而言，庆喜恐怕亦有同感。然而，当时还有另一个问题比长州更令他感到揪心--在关东四处作乱的水户天狗党因仰慕庆喜，正逐渐向京都迫近。
庆喜认为将征长军交给尾张统率即可，他更担心的是江户城内对自己的猜疑心，以及一部分萨摩人大肆宣传的谣言。
“一桥卿怀有覆灭长州、取代将军的野心！”
而这些谣言便出自庆喜和萨摩各自对勤皇理解的差别。
水户的勤皇志士都已纷纷舍弃己藩，开始行动。庆喜自不必说，他眼中也已无“幕府”安危。虽然他并不打算令幕府背负贼名而灭亡，但他也并不认为幕府的存亡会直接关系到日本的安危。
他很清楚，倘若不能贯彻孝明帝的理想，实现举国一致，在全国自由选拔人才，创立一个全新的政府，那么日本将无法在今后的世界上立足。
长州已经偏离正轨，将京都烧毁，若是比长州更加凶猛的水户天狗党也进京，又该当如何是好……
天狗党行军途中毫不在意各藩的看法，对幕府军和各藩军队均予以毫不留情的反击。10月5日，受命镇压天狗党并被推举为首领的松平赖德（常陆宍户藩主）命令对方剖腹自尽，这令武田耕云斋、田丸稻之右卫门、藤田小四郎及其下首脑愈发激愤，气势汹汹地杀至美浓。庆喜再也无法坐视不理了。
“维持京都秩序是我庆喜的职责，我会亲自镇压进京的水户浪人。”
庆喜之所以不得不这样说，很明显是出于两个理由：其一，除了庆喜以外，再无他人能够镇压天狗党；其二，便是在幕府内部四处传播的野心谣言。也就是说，倘若庆喜没有觊觎将军之位的野心，那么必定会彻底镇压并处罚天狗党，以示众人。
不予镇压而与之合流，再联合萨摩夺取天下……幕府内部猜疑不定，认为水户之子很有可能做出如此举动。
萨摩的行动完全以本藩利益为重，幕府的行动也完全基于幕府利益……就这一点而言，双方都与庆喜的愿望相去甚远。可以说，这两方与庆喜在“爱国”的境界上存在天壤之别。
（总之，只能由自己加以劝说了……）
为此，庆喜与原市之进展开商谈，交换了相关方面的情报。
11月30日，庆喜主动请求追讨以武田为首的天狗党，领受敕命。其时，武田等人的先头部队已途经美浓的太田、鹈沼，直指天王寺车站。庆喜火速离开京都，来到近江的大津严阵以待。此举给天狗党众人造成的精神打击是无法用笔墨形容出来的。
（幕府的首脑和众大名不值一提，但一桥中纳言定会理解我们的真正用意！）
他们怀揣对庆喜极大的信任前来，但对方却以讨伐军总指挥的身份拦在他们面前，其所受打击之大可想而知。
但他们依然坚持无论发生何事，都不能与庆喜的军队爆发冲突，并认为庆喜也一定是有其他的想法才有此行动。于是，天狗党众人立刻改变方向，绕路进入美浓的谷汲山道，在蝇下遭遇大雪后，又经大河原、黑户村，越过笹保，抵达了木本村。
当时，长州的毛利敬亲已主动投降，并向总督德川庆胜呈交了认罪书，长州事件已经宣告结束。
但长州的问题虽解决了，庆喜和天狗党的立场却变得愈发尴尬，而天狗党内部开始发生严重动摇。
“是否因为庆喜得知此事，才会出面讨伐我们？”
“不可能！他一定是想救我们，才会主动请缨。”
“既然如此，我们要直接投降吗？”
“不，不可！若是投降，接管我们的将会是幕府军，他们一定会与我们百般纠缠，如此一来就将扰乱中纳言（庆喜）的计划。”
其间，天狗党和接受庆喜密令的原市之进也进行了多次交涉，但所有交涉无一不是微妙的文字游戏，实则并未阐明彼此心中真正所想。
很显然，庆喜如此做是希望拯救以武田为首的水户众人。
然而，庆喜同时也是一个负责人。他不仅受命处理这一棘手的暴动，还要遵从敕命，讨伐从水户强行闯至近畿的违法部队。不，若是从幕府的角度来看，庆喜需要不由分说地拦在天狗党面前，将他们一举消灭，这是他应尽的职责。而因为长州的事情已经暂时告一段落，倘若庆喜没有消灭天狗党的实力，那么幕府可以立刻命令其他藩出征，比如会津或者桑名等。
正因如此，无论是对天狗党的武田耕云斋还是庆喜而言，这都是一个尤甚于自断手足的大问题。
天皇已下达“敕命”，绝对不能违背。若是无视敕命，不仅水户的立场会变得无比尴尬，自始祖家康以来的光圀、齐昭、庆喜等人所有的尊皇思想都将沦为空谈。
话虽如此，但一方面，当前存在的一种专一佐幕的忠诚思想，即以幕府为重、以将军为重的思想，与庆喜的想法存在根本上的不同，所以基于这种思想的人会对庆喜大加猜疑；而另一方面，全国志士们的眼中都闪烁着无比热切的光芒，纷纷考虑着“一桥卿将如何制裁”。
就感情而言，武田耕云斋与最初进京时便担任庆喜身边护卫的原市之进是以前的同志，关系最为密切。武田、田丸、山国兵部、藤田小四郎父子均为庆喜兄长庆笃的爱臣，在情谊上与庆喜有着斩不断的密切联系，而且这八百余名赤诚之士都已决心为他牺牲。
对庆喜来说，若要遵从大义，就不得不杀死这些胜似亲人之人；若要讲求情谊，就会违背家国之训。庆喜恐怕在一生中都从未遭遇过如此大的考验。
不，笔者相信，正因为经历过这一考验，当他后来蒙上莫须有的罪名时，才能做到一直在上野的宽永寺闭门反省。庆喜赌上了自己的性命，以武田为首的水户人更是如此。整件事背后凝聚着幕末维新史上真正的点点血泪。
总而言之，武田等人冒着纷纷扬扬的大雪，从木曾路进入池田乡，经田仓、今庄抵达新保，在此收敛战意，于12月17日向加贺藩投降。
此前的八百二十三人直至此时已减至四百人，幸免于难的人或许已经意识到，通过掉队的办法也可以各自逃生。这件事充分反映出了日本人将情谊与大义区分对待的特点。最终，武田耕云斋及其下众人在敦贺的松原被判处死刑。元治二年（庆应元年，1865年）2月4日，这一残酷无情的事件终于尘埃落定。
而同年2月28日起，长州经过重新思量，将藩论变为倒幕与反抗，再次展开行动。
通过蛤御门之变，长州学习到了一个政治现实，那便是对萨摩的彻底不信任。而庆喜也因武田耕云斋及其下众人所受的刑罚深刻地认识到了这一点。萨摩根据国法规定，对违法的天狗党众人一一处以严厉刑罚。如此一来，首先是水户与幕府不合，随后将军与庆喜之间的关系也将发生分裂--因为倘若将军与庆喜之间关系融洽，就无法实现“讨幕”，萨摩入主朝廷的愿望也将难以实现。
庆喜强忍内心滴血般的痛苦，对天狗党的处罚表示赞成，究其原因有二。
其一，庆喜觉得自己若不赞成，身为勤皇信仰本源的水户藩就会因无法镇压本藩出现的天狗而先被消灭。庆喜的亲哥哥--水户藩主庆笃认为自己对此事应负一定责任，已于元治元年（1864年）12月9日开始闭门反省。朝廷内的某位亲王也多次提议，声称应该追究庆笃未能约束本藩的严重失职。
另一原因就在于，庆喜本身便是宫廷护卫的直接负责人。
因此，庆喜被迫站在了非此即彼的立场之上--毁了水户，或是处死天狗党。正当庆喜作出了痛苦抉择的同时，在隶属于庆喜的先锋松平民部辅的士兵，以及加贺、会津、小田原等藩兵中间，萨摩又开始散布谣言，干扰庆喜的行动。
连散布谣言之人的姓名都已一清二楚--萨摩藩士河田十郎。
