就这样，再举之说在不知不觉中夭折了。这段时间其实是山县内阁决定最后命运的重要时机。因为，如果不可能东山再起，那么将没有任何理由让儿玉总督收回辞职的想法。并且，如果儿玉总督背负厦门出兵问题的责任主动辞职的话，真正的责任者——山县内阁将不可能继续悠然地坐于庙堂椅子之上。
顷刻之间，山县内阁陷入了窘境。九月十一日上午十一时半，后藤伯爵给儿玉总督报告道：
山县总理大臣送来亲笔信通知下官称今日下午将亲赴内阁。如此一来，事情应该可以得到解决。同时还可以看出些许内阁瓦解的征兆。如果不能改变总督的意志，那么内阁将会马上瓦解。
在山县内阁瓦解——这个最后瞬间，首相山县有朋采取的决断是万事传达天听，请求天皇做出裁断。这是九月十一日的事。
九月十二日下午二时，后藤伯爵在给儿玉总督的电报中这样说道：
昨日山县侯将情况上奏天皇，天皇说需一两日考虑，于是乎停留在了内部传达。现如今，诸事不顺，内阁一筹莫展，下官亦不知所措。
最终，还是依靠明治天皇的决断快刀斩乱麻地解决了波澜重叠、迂回曲折的厦门事件。对于这个情况，后藤伯爵在对儿玉总督的密电里如是说：
请您一定严密保守此封电报。陛下烦扰圣虑，命令米田侍从调派十八日的船只，又立即将下官从侍从职召进皇宫参内谒见，并赐下官如下诏文：
听闻儿玉身体抱恙，但观眼前局势，还望儿玉静养之后继续通勤为是。
下官退下后，又派岩仑侍从长告知下官，陛下已从总理大臣获悉了情况，让下官勉励发奋以助您一臂之力。同时示意本官此事仅传到米田侍从，决不可为报纸等所知。总理大臣甚至禁止下官跟您汇报此事。〇下官将乘十八日之船返回台湾。
听闻内情的横泽次郎在追忆此事时，作了如下表述：
儿玉将军很久之前就说过甚是担心日本外交的不作为，面对此次关系到我日本帝国将来的突然变故，无论如何也无法收回辞职的意愿。内阁懦弱无能，只能上达天听，九月十五日乃派宫内省给后藤伯爵发去通知进宫谒见陛下。不曾想到的是，伯爵被传谒见后，竟被允许直接进入陛下书斋，近在咫尺地瞻仰天颜。陛下甚至不经侍从，亲自向伯爵下达了“不允将军之辞意”的指示。天皇直接向长官下达指示，这是前所未有的事。其指示的内容我想应是“如因病不能继续任职，那么大可以在职静养，台湾对于帝国的将来至关重要，将军如能留任，那么朕就无所担忧了”云云吧。纵使当初将军辞职的决心是多么的坚定，事到如今（陛下亲降指示），恐怕也只能是对天恩感激涕零了吧。此外，陛下还特地派遣米田侍从到台湾就是为了向将军传达以上旨意。后藤长官陪同米田侍从一起归台，侍从抵达总督官邸以后向将军转达了陛下的旨意。当时，我有幸在一旁目睹了将军言行谨严而又无限感伤的模样，不由得为君臣的鱼水之情而感动得热泪盈眶。
事已上达天听，且受优厚圣谕。儿玉想必感激涕零，对圣恩之浩荡而诚惶诚恐吧。
厦门事件的内政责任就这样尘埃落定了。
十四、儿玉的后策
所谓的“厦门事件”就这样结束了。但是厦门问题却依旧没有解决。这是因为：不管有没有发生厦门事件，对岸经营始终都是统治台湾不可避免的举措，也是帝国经营南方的楔子。
因此，厦门事件结束后不久，儿玉总督就立刻写下了名为“厦门事件始末及对岸将来之政策”的备忘录，以期记录厦门事件真相的同时，制定对岸经营再建设的规范准则。
备忘录的前半部分主要记述了厦门事件的经过，内容几乎全为引用，后半部分主要记录了事件后的对岸经营，儿玉总督开篇写道：“说起来，对岸闽粤各地经营的目的在于国际关注之外处潜伏我势力，以收实益”。而对岸经营的基础工作，主要有厦门专管居留地、东亚书院、医院、航路、小船渠、沙坡头七个问题。对此，儿玉总督论述如下：
第一，厦门专管居留地应是实现上述目的的基础，本府已顺利承接该地的填海造陆事业。此项事业虽说是一项大约耗资五十万元的大事业，但资金方面不必担忧，本府将在从经济上确保充分的利息以期成功。
该地填海造陆事业取得成功的同时，还应讲究地上空间的利用。即建造一栋高阔壮大的大楼，开设台厦俱乐部，将现今仍在租地经营的三井物产会社、台湾银行、大阪商船会社等支店以及拥有大量资本却仍在租地的公司都转移到此大楼内。此外，设立日本绅商之模范，装备电话、仑库等商业上必要的设施，以逐渐吸收商利。
第二，东亚书院设立之时，帝国曾捐赠一万元，本府则不仅借以教师还资助了不少经费。设立该书院的目的乃让地方绅士接近帝国，因此并非播撒恩惠之地。开院伊始之时，盛况空前，岂料北清事件突然爆发，不得已只能暂时闭院。如今虽重新开院，但尚未完全恢复，学生数量方面恐怕难以回复到旧时水准。
第三，建造医院的计划早在明治三十四年的预算案上就已提出。此计划完全是以慈惠为目的，救护无所依靠的病患，使其感受帝国恩威，同时带去文明的医术。因此，并不是一个暂时性的慈善事业。此外，医院在开辟居留地、促进绅商投资开店方面也是最有必要设立的一个机关。
第四，航路在明治三十二年就已交由大阪商船会社经营，虽然与道格拉斯会社竞争激烈，但后来借政府保护之名，逐渐博得了信用，特别是此次开通的香港福州两地的航路，首次航行非常顺利。今后只需对船体和船员加以充分改革，不出两三年必定可以压倒道格拉斯会社，独占此航路。另外，上海香港两地间的航路因为船舶不足，运费非常高，而且都是洋人在支配船只，支那人的待遇非常苛刻。从现在的情况来看，帝国开辟航路可谓迎来了最有必要的时机，且此乃将来在扩张商权时帝国不可或缺的事业，因此需多加劝诱奖励才是。
另外，还需要以厦门为中心占领汕头、漳州、泉州、同安等地的小航路。此次占领不知能否同占领厦门其余地方一样获得同样的结果，但对于掌握厦门的警察权可谓意义重大。因为厦门维持生计很大部分就是依靠小汽船。然而，因为尚未找到经费出处，故尚未着手。
第五，小船渠只是一个停靠船坞而已，考虑到其收购价格不超过一万元，因此已提交至本年度的预算案。
第六，大船渠是一个可容纳两千吨附近的大船坞，现在由洋人股份组织经营盈利，收购价格大约在二十万元左右。由于这是伴随今后南清航路的必要机关，假以时日一定制定资本计划以收购之。
第七，沙坡头一地必须到手。此地面朝厦门岛西南方，是陆地上一块突出的海角，属漳州府管辖，处于厦门通商港口的区域之外，适宜躲避风害，另外将来作为铁道起点或其他陆上商业的起点也未尝不可。如机会合适，可以海军存煤为由或是以其他名义借入或收购该地。
福州虽说别于厦门地方，与台湾在经济关系上并没有那么密切，但是毕竟是福建省的政治中心，因此不可等闲视之。鉴于此，儿玉总督在备忘录里提到了马尾造船所、银元局、同文学堂、闽报四项机关，并对其经营论述了一番：
福州同本岛的关系一直都仅限于戎克船的联络，来台的福州绅士也非常少。也正因为如此福州的百姓最为孤陋寡闻，官尊民卑之风甚是浓厚。此次在福州设立少许事业乃是为求与福州政府方面打通关系而不得已为之。之前派遣后藤民政长官先行开路，并由添田台湾银行行长尝试交涉也是出于此目的。
第一，马尾造船所完全归法国人管理，这点无须多言。然而，清法条约的期限是本年九月。而清国官员愈发厌恶法国人的专横行径，且经费无以为续，因此一直想制造借口在条约到期后与法国人解约，从而独占经营此事业。然而，身背法国大约二百万元的借款，苦于难以偿还，故未敢出声提及此事。此时，吾等向清国官员说明了台湾银行与帝国政府之间的关系，促使其请求我们成为出资人，同时作为第一步开辟银券通用之路。作为交涉结果，我们承诺银券不仅通用，还可用于福州官厅支给和军队俸禄给付。不幸的是，恰逢发生了北清事件，因此谈判被迫中断，甚是遗憾。
第二，银元局为孙葆缙私设之造币所，现正铸造银币。该局曾请求在某种条件下一切事务委托给台湾银行，不幸的是，也因为北清事件而半途而废。孙氏原是维新党人，在支那人当中可谓精通内外事情之人。为了给遭遇洪灾的福州募集救济金，今年八月前来本岛，当时听闻其除了募集善款之外还兼有视察本岛情况之务在身，于是允许其滞留本岛二周。不幸的是，其来台之日恰逢北清最为残酷之时，虽未能广求救助，但为了能维持帝国的恩威侠义及将来的联络，于是在小范围内发动义捐，并筹得善款一万元。尽管孙氏来台时机不佳，但短短时间内仍能筹集到如此大笔的善款，不仅是灾民之福，也让其自身渡台不至于空手而回。每每想起此事，仍十分感动。
第三，同文学堂为福州维新党的绅士所设立，东亚同文会亦给予了些许资助。其性质和厦门东亚书院并无二致。由于东亚同文会已停止资助，本府将代之继续提供资助。
第四，闽报是一周一刊的汉字报纸。该报亦与同文学堂保持着联络。
儿玉总督的备忘录在阐述完对岸经营的基础工作之后，又论及了厦门事件之后的形势，其表述如下：
总而言之，北清事件给南清经营带了许多障碍，尤其是厦门发生的变故让当地的绅士多生疑惑。然而，这些绅士已看破清政府到底不可继续依仗，与其归属异种异文的政府所管，倒不如归于同种同文的政府治下，对于此点，各位绅士可谓是异口同音。鉴于此，今后计划实施诸项事业之时，须尽量避开国际上的繁杂形势，采取同地方绅士合作的方针。同时说服绅士将其资产置于帝国保护之下，最终移籍帝国。当然，帝国必须给予这些绅士足够的地位。据我所知，厦门附近的绅士在南洋诸岛拥有的财产总量在两亿万元至四亿万元之间。而他们作为支那人却不得不忍受外国政府的虐待和重税。时至今日，他们宁可成为日本帝国的臣民，享受同洋人一样的保护和权利。南清原本为一片贫瘠之地，但其形势和本岛关联甚大，实际上是南清政策的策源地。而南清政策不只限于南清，其又是南洋政策。南清政策的成功切不可急于求成，必须等待时机成熟再一步一步稳固实施计划，观目前形势，只能期待日后了。此乃本官当初赴任时之请求，始终坚持，从未改变。也正因为如此，虽说曾经出现过些许流言，但本官从未改变初衷。
以上叙述了北清之乱后厦门发生的事件始末和南清政策。如今北清事件已大抵尘埃落定，吾确信作为平定北清事件的报酬，赔偿以及领土割让、领土不割让等问题作为对清政策必然会实行，因此本案并未论及此政策。
不难看出，由于遭遇了厦门事件的挫折而不再指望从政治、军事上打入南清的台湾总督府所采取的对岸方针再次回到了经济经营上，并且欲在“同清国社会的实际势力把持者——地方绅士合作方针”的指引下实现其目标。事实上，这个方针也成了厦门事件以后帝国的大方针。
十五、三五公司
北清事件以后，成立了三五公司以为对岸经营的中心事业。作为公司首脑活跃的是日本统治台湾时担当后藤伯爵经济方面最高顾问——足智多谋、纵横捭阖的爱久泽直哉。
后藤伯爵在《台湾总督府对岸经营之由来》一文的文末亲自用红笔作了如下记述：
如上总务一直交由爱久泽直哉专任，现今后任民政长官祝辰巳负监督之责，鄙人特任为顾问，以作后策。
那么，三五公司究竟是基于何种旨趣而设立的呢？爱久泽在后藤伯爵离台之后，于明治四十一年给伯爵写去书信一封，信的开头这样写道：
