产学研合作制度可以克服发生在由计划经济向市场经济变革中科技、教育和经济之间割裂的情景，使产学研各方优势互补、资源得以合理配置，在各方受益的同时，促进地方社会经济的发展。借用盛洪博士的说法，这中间的“核心机密就是制度变迁”，即“用导致较高效率水平的制度来替代导致较低效率水平的制度”。随着制度的变迁，制度的交易费用会不断降低，这个结论是著名经济学家诺思获得诺贝尔奖的重要理论。交易费用“是人与人之间打交道的费用”，包括人与人之间进行市场交易、管理、相互冲突、合作等各种关系中的费用，是非常广义的。产学研合作同样存在交易费用问题，在其制度效率的分析中，我们也采用了交易费用的分析方法，以使问题简单化，易于分析和理解。现实中，要求产学研合作制度保持一种高效率，关键是这种制度实行起来、操作起来要非常简捷、可操作，就是交易费用要低。所以交易费用的高低，成为一项制度效率高低的判断标准。
产学研合作的制度效率取决于其交易费用，概括起来大致有这样两大类：
1．制度或组织的建立或变迁的成本。包括：①国家、地方政府、产学研合作各方有关产学研组织机构的建立费用；②制度建立或变迁中本身的信息搜集、起草、谈判费用。
2．制度的运行成本。包括：①制度的宣传、学习、普及费用；②制度贯彻实施中偏离规则引起的不适应费用；③由于纠正偏离准则而引起的争论不休的费用；④管理机构或产学研合作各方解决纠纷的费用；⑤产学研各方为保证合作成功的抵押费用；⑥产学研合作契约执行中的监督费用。降低这些交易费用是所有产学研合作主体的理性选择。
（四）产学研合作中的产权制度安排①
1．产权制度是产学研合作的要害
“产权可以被定义为在资源稀缺条件下，人们使用资源的权利。”资源的稀缺性，使产权界定成为必要。受二元经济结构影响，我国欠发达区域科技进步相对滞后，科技成果资源相对更为稀缺。因此，科技成果在使用、转让、收益方面摩擦较多，影响了产学研合作效率。主要有两方面的问题：一是没有形成产权初始界定的实施机制。由于科技成果转化涉及到有形资产的产权和无形资产的知识产权，所以产权的初始界定是一个极为复杂的过程。欠发达区域产学研合作因起步晚，在合作中如何界定产权，也只有通过在实践中逐步探索，才能找出合作产权界定的有效实施机制，做到合作产权的明晰化，这同样需要一个过程，是有费用的，并且“是一种费用昂贵的过程”（科斯）。二是合作主体在科技成果转化中对国家相关政策认识不到位，没有相应的配套制度，在收益的控制、索取、分配等方面缺乏一种产权实施机制，使国家的相关政策不能得到有力执行。例如：新颁布的《高等学校知识产权保护管理规定》第26条规定：高等学校的知识产权或职务发明创造，职务技术成果转让给他人或许可他人使用的，应当从转让或许可他人使用所得的净收人中，提取不低于20％的比例，对完成该项职务发明创造、职务技术成果及做出重要贡献的人员给予奖励；对实施产业化的可以从转化收入中提取不低于30％的比例作为奖酬。类似的规定还很多，均因没有相应的实施机制而未能兑现或只有部分兑现，影响了科研人员的积极性。这就要求产学研合作各方在重视产权制度本身的同时，千万不能忽略了制度安排中实施机制的创新，要进一步完善其实施机制，即“一种实现产权制度目标的具体的制度安排，它既要使产权制度得以建立，又要使其得以实施并借此使其效率得到实现”。特别是在公有产权已确定且不易改变的情况下，在产学研合作中创新有效的实施机制，更有利于形成符合于产权制度框架的委托代理关系，减少产权所有者在成果转化或实施产业化中的监督成本和对合作契约的维护成本等，降低交易费用，实现产学研合作中较高的产权制度效率。
2．产学研合作创新的产权制度安排
产学研合作创新是由产、学、研三方共同参与完成的。如果这种合作创新只是由单个主体完成，那么，创新者与创新成果之间的产权关系就会很简单。正是由于技术创新的多角色特点，创新者与创新成果之间的产权制度安排就变得比较复杂了。人们进行技术创新的积极性，通常取决于创新收益的多少，而创新收益在很大程度上又取决于创新者对创新成果的产权关系。由此可见，有关创新者与创新成果分配的产权制度安排，对于调动参与创新的人员和组织的积极性是至关重要的。合理的制度安排能够使参与创新的人员和组织积极地投入到技术创新活动中，而不合理的制度安排则会极大地挫伤参与创新的人员和组织的积极性。按照资产的有形、无形以及资产与人的关系，我们把产学研合作创新的产权制度安排归结为有形资产的产权制度、知识产权制度和人力资本产权制度。
（1）有形资产的产权制度安排。产学研合作创新同合作创新一样，具有资产性。由于合作各方大量机器设备、人力资本、资金的投入，合作创新成果一旦产生，就具有一定的资产性，这种资产既可以是有形的物产，也可以是无形的知识或技术等，也就自然涉及到产权和收益的划分问题。因为这种有形资产的划分最直接涉及到合作主体各方的利益实现，使得有形资产所有权界定问题成为产学研合作创新的初始问题，获取有形产权收益往往成为产学研合作创新的初始动机。
（2）知识产权制度。安排知识产权制度，是关于在承认知识是一种财产，对其进行保护的基础上促进知识的创造、传播和应用的一种重要法律制度。创新过程的产出既包含有效用的有形实物产品，又包含体现在产品中的新技术，它是一种无形的知识。新产品新技术一旦出现，在高利润的刺激下，其他厂商就会对之进行反向工程，以掌握新产品新技术，然后自己进行制造并进入市场，夺走创新者的市场份额。这便是人们常说的模仿行为。在这种情况下，创新者由于投入大量创新成本却不能得到相应的创新收益，就不会有进行技术创新的积极性。因此，为了提高人们创新发明的积极性，最有效的方法是在法律上确定人们对新技术知识的私人暂时拥有权，即专利制度。专利制度明文规定，发明者对其发明产品有一定年限的垄断权。专利制度在一定程度上排除了模仿者对创新者权益的侵犯，确保了创新者的私人收益率接近社会收益率。
（3）人力资本产权制度。在产学研合作创新活动中，科技人员、企业家和工程技术人员发挥着十分重要的作用，确立他们的人力资本产权对激励技术创新起着至关重要的作用。在产学研合作创新过程中，人力资本所有者（劳动者、企业家、科技人员和工程技术人员）与物质资本所有者（资本家、股东）一样，都将自己的资本投入到企业的经营之中。正如一些学者指出的，企业专用性资源的产出可看作是一种“集体产品”或“经济租”，它是人力资本共同利用非人力资本进行生产和经营的成果。“集体产品”作为团队生产的“经济租”是由团队成员共同创造的，自然不能归某一方独占，而应由其共同拥有。
既然制度安排是一项复杂的系统，那么在产学研合作创新中各项制度安排之间应当相互协调和匹配，以使整个制度系统能够发挥最大的功效。因此，在我国产学研合作创新中，应注重各种技术创新制度安排的层次性、关系、影响因子以及相互协调等主要问题，以设计产学研合作创新制度的最佳结构。然而，我国产学研合作创新制度结构中各项制度安排之间并非总是能够相互协调和匹配，即制度结构中各种制度安排之间并不一定总是耦合得很好。
产学研合作是一项系统化的社会活动，其发展不是单靠哪一方的力量来完成的，而要借助于产学研各方的力量，包括政府的大力支持。这就需要建立一种比较完善而有效的制度，以保证参与合作的各方能够获得利益。
