邵力子说：“文白先生刚才向你们传达了毛主席和周总理的指示，只要你们真心诚意地悔改，一定会得到人民的谅解。”
张治中也补充说：“周总理要我转告大家：今后谁愿意留在大陆为祖国建设服务，一律妥善安排，愿意去台湾或海外者，政府也给予方便，保证来去自由。”
两位老师走了，却给功德林留下了希望。
这一系列的工作和措施，推动了战犯们的思想转变。从1959年6月至10月，他们先后三次给中共中央写“感恩信”，除表示服罪外，还表示愿在解放台湾的斗争中贡献自己的力量。
1959年国庆节前夕，毛泽东向全国人大常委会建议：在庆祝伟大的中华人民共和国成立10周年的时候，特赦一批确实已经改恶从善的战争罪犯、反革命罪犯和普通刑事罪犯。几天以后，全国人大常委会作出了特赦的决定，国家主席刘少奇据此发布了特赦令。
消息传来，在秦城农场劳动的战争罪犯们个个掩饰不住内心的喜悦，争着看报纸，有的把毛泽东的建议和特赦令工工整整地抄在笔记本上。夜深人静时，他们有不少人失眠了，不知喜鹊能否登上自己的枝头。大多数人都不相信自己会被第一批释放。
杜聿明、宋希濂想到自己当初的顽固立场，真有些后悔……
激动人心的一刻到来了！所有的战犯们都屏住了呼吸，甚至不敢抬起眼睛。杨伯涛的儿子就坐在下面，他竟然没有看见……大厅里空气好像凝固了一样。
12月4日10时整，特赦大会开始，由最高人民法院致词，宣布特赫十名战犯名单，按序列唱名，他们是杜聿明、王耀武、曾扩情、郑庭笈、宋希濂、杨伯涛、陈长捷、邱行湘、周振强、卢浚泉，法官一一授予特赦通知书。第一个叫杜聿明时，他毫无准备，机械地应了一声“有”，立即站了起来。管理员叫他出列，到前面一列长凳前，面向主席台肃立。法官念完特赦通知书全文，杜聿明低头深深向法官鞠躬，双手接过通知书，又深深地鞠躬，转身退到长凳上就座。这时，他再也抑制不住内心的激动，热泪夺眶而出，低头饮泣起来。摄影记者纷纷将这感人的场面摄入镜头。当十名特赦战犯都宣布完，轮到杜聿明讲话时，他走上讲台，顿时声泪俱下地说：“党和毛主席对我这样一个罪大恶极的头等战犯，给予特赦，我无限感激。
誓在有生之年，继续学习马列主义、毛泽东思想，使自己成为新人，永远跟着共产党、毛主席走社会主义道路，无论遭受狂风暴雨的阻碍，生死以之，决不反顾！”
终于又能坐在一起第一批特赦释放的战犯共33名，其中在功德林战犯管理所的有十名。这十人中，除陈长捷、卢浚泉两人外，另八人都是黄埔军校的毕业生。对此，周恩来专门做了安排：这十人加上从抚顺战犯管理所释放的溥仪，组成一个小组，集中住到北京崇文门内旅馆，由总理办公室的同志安排他们的学习和工作。周恩来，这位当年的黄埔军校政治部主任，希望这一批人能影响所有的黄埔同学，包括在台湾的“黄埔系”。
刚刚走出功德林的共和国的新公民们，他们住进旅馆，各自一间单房，由长期集体生活突然变为单独生活，一举一动需要自己考虑，总是惶惶无主，举棋不定。
他们思想上顾虑重重，心想，虽是特赦了，但到底有多大的自由呢？哪些地方可去，哪些地方不能去？再者，对人民毕竟有过罪恶，共产党特赦了，人民群众是否同意？
他们对阳光灿烂的外部世界已经陌生，一连几天，他们甚至茫然不知所措，仍然足不出户猫在家里。还是他们之中的老长者曾扩情有主意，他以学生的身份给周恩来写信，请求“赐教”：今后的路该怎样走？
周恩来接到信后，立即安排会见。
1959年12月13日，北京市民政局殷秘书通知特赦的十人，明天下午有首长接见，不要外出，在旅馆等候汽车来接。翌日下午1时许，驶来一辆大轿车，把十人都接上了车。“这是到什么地方去？是哪位首长接见呢？”大家都猜不着，又不好意思问。车经过北海大桥后，向左转弯，有人认出这是到中南海的路。果然，大轿车一直驶进了中南海北大门。杜聿明等下车后，被领进一间大会客室，室内沙发排成一个圆形。这时，一位干部宣布：
“今天是周总理接见你们。”
大家都不约而同地愣了一下，随即都咧开嘴笑了。他们的惊喜一点也不奇怪。
在座的黄埔一期学生杜聿明、曾扩情、宋希濂、周振强和第三期学生王耀武当年都亲聆过周恩来的教诲。他们早就有见见总理的愿望，可知道总理忙，谁也不敢开口请求。想不到，今天周总理却在日理万机的繁忙中，抽出时间专门来和大家见面。
但是，杜聿明等的心情又是复杂的，当年不听周恩来的劝告，走上了与人民为敌的道路，成了人人喊杀的战犯，在老师面前又该说些什么呢？喜悦与羞愧的双重心情交织在一起，心中五味混杂……
正当特赦战犯们激动不已、思绪纷纭之际，中央统战部徐冰部长指着一人，给大家介绍说：“这是清朝末代皇帝溥仪，他是在抚顺管理所第一批特赦的。”溥仪身穿一套蓝棉制服，戴一副深度白色眼镜。他听完徐冰部长的介绍后，转身向大家频频点头致意，然后就座。
就在这时，周恩来总理出现在门口。陈毅、习仲勋两位副总理同张治中、傅作义、邵力子、章士钊等几位先生，随着总理一齐步入会客室。大家起立，热烈鼓掌。
周恩来挥手示意请大家坐下，仍然是当年的那副炯炯眼神，只是面颊丰满了许多。
他微笑着和大家一一握手。
他走到曾扩情面前，叫了一声“曾扩情”时，这位在黄埔时期曾经追求进步的汉子不禁满含热泪。他原以为几十年过去了，周恩来不会记得他，可周恩来一下就认出了他，并说道：“我在黄埔的时候还不到30岁，有很多学生年龄比我大，我当时感到有很大压力。”
曾扩情说：“我那时已30开外，学生比老师还大几岁呢。”所以当时在黄埔军校，同学们都爱喊他“扩大哥”。
周恩来又转脸和溥仪谈起来，这是他与溥仪的第一次见面，他看着溥仪的穿着，说起旗人的一般习俗和服装来：“我和人接触，一看到这些特征的，我就知道他是一位旗人。”
活跃的陈毅开起玩笑，对溥仪说：“我早年在北京读书的时候，还是你的臣民哩。你出来时，我们还要看看你这个皇帝呢！”
他这一说，会客室里顿时活跃起来。弄得溥仪也有些不好意思。
曾扩情口中讷讷，似要认错的样子，却被耿直的杜聿明抢先：“学生对不起老师，没有跟着老师干革命，走到反革命道路上去了。真是有负老师的教导，对不起老师！”
周恩来忙说：“不能怪你们学生，要怪老师没有教好。”
杜聿明又向陈毅检讨：“我在淮海战场刚刚被俘时，老总要见见我，我当时抱着与共产党誓不两立的反动立场，拒不见面，确实是顽固透顶，应该罪加一等。”
陈毅摆摆手，眉毛一扬：“过去的事，就让它过去吧！”
当听到杨伯涛介绍说，他的妻子没有追随胡琏的第十八军逃往台湾，而是回到芷江，在县被服厂当三级缝纫工，自食其力抚养子女上学时，周恩来点头微笑。
周恩来又走到郑庭笈面前。郑庭笈是黄埔五期生。解放战争期间，他任国民党第四十九军中将军长，在辽西战役中被俘。张治中在一旁介绍说：“他是郑介民的堂弟。”
周恩来说：“我知道。”在北平军调处时，周恩来与郑介民打过交道。他问起郑庭笈的家庭情况，因为他已经听说一些：郑庭笈的妻子冯莉娟在郑被俘后，原准备去台湾。临行前，她听说郑在哈尔滨发表一篇广播讲话后，决定留下来。1954年，她回到北京。但作为战犯的妻子她难以得到工作，于是提出和郑离婚。郑庭笈的回答证实了这一点，周恩来转身对张治中说：“那你们应该动员他们复婚嘛！”在当时的情景下，郑庭笈以为周恩来不过是顺嘴说说而已，一个大国总理哪会留心这点小事？可是当他再次遇见周恩来时，周问的第一句话就是：“你复婚了吗？”郑庭笈激动得一时语塞。几十年之后，郑庭笈每当忆及此事，总是掩饰不住感激：“我至今还无法判断，周总理这样待我，究竟是由于他有超人的记忆力，还是有超人的情感！”郑庭笈后来任全国政协文史专员，周恩来关照有关部门，将他妻子调到他身边当打字员，促成了这对夫妻的再度结合。所以，郑庭笈总对人说：“如果没有周总理，我们夫妻不会破镜重圆。我的家庭也不会像现在这样幸福。可以说，周恩来就是我们的红娘。”
这样漫谈了一阵以后，周恩来作了较长时间的谈话。他说：“我们党和政府，是说话算数的，是有原则的。我们是根据民族利益、人民利益来释放你们的。”接着，他分别就立场、观点、工作和生活、前途等四个问题作了讲解。周恩来最后说，你们也不要把现在的一切都看得那么好。北京的巷子里还有很多矮小房屋。全中国实现现代化，还需要几十年。精神面貌也不一致，有的人进步比较慢。我希望你们：
第一，要相信党和国家。党和国家对你们是信任的，你们要用自己的力量，为国家为民族多做贡献。第二，倘有不如意的事，可以写信，可以与中央统战部联系，有话就要说，不要积少成多，结成疙瘩。
邱行湘是大家公推的记录员，他一边听，笔一边飞快地在本子上记着，生怕漏掉一个字。这份记录日后成了重要的历史文献。
周恩来看了看表，觉得时间已经很久，该吃晚餐了，就问工作人员：“预备晚餐了吗？”
工作人员说：“没有预备。”
周恩来歉意地说：“以后再说吧。”
杜聿明等向周恩来和各位师长鞠躬告别，离开了中南海。
这之后，统战部遵照个人意愿，让他们或回家乡或留在北京生活，过了出狱后的第一个暖冬。
转眼到了第二年的10月。那时张治中在颐和园介寿堂休养，周恩来托人以黄埔军校教育长身份，发个通知，邀请在京的黄埔同学到颐和园集会，并嘱有家属的也要偕同参加。为此，周恩来亲自给陈毅大将挂电话，嘱他一定偕夫人同往。19日上午，黄埔同学都兴高采烈地来到了颐和园。来的人真不少：有张治中及夫人洪希厚，邵力子和夫人傅学文，屈武，陈赓及夫人傅涯，郑洞国及夫人顾贤娟，侯镜如与夫人李松芸，黄雍，李奇中，覃异之，张治中的女儿张素我及女婿周嘉彬，唐生明及夫人徐来，以及杜聿明、宋希濂、周振强、王耀武、郑庭笈、杨伯涛等。统战部副部长平杰三、童小鹏两位主持。
周恩来和邓颖超按时到达，大家起立欢迎。周恩来满面春风，招呼大家就座。
他对杜聿明等六人到红星公社插队的情况，仔细地询问，然后对大家说：“这次集会是黄埔师生联欢。这次文白先生在颐和园休养，趁这个机会请文白先生邀约大家来这里见面。大家工作得很好，我很早就想和你们谈谈的。”
邓颖超也站起来说：“我和黄埔没有关系，但我对黄埔同学也是很关心的，今天也高兴和你们见见面。”
周恩来转而对杜聿明等六人说：“你们是第一批特赦的，要做改造的标兵。你们是特赦了。但是过去的历史罪恶，还是客观存在不能改变的，不能因为特赦就一笔抹掉了；而人的思想行为是可改变的。赦人不赦罪。大家要引以为戒，继续改造自己。”
杜聿明等沉沉地点头：“请总理放心，我们一定按照您指示去办，继续改造自己。”
陈赓是个天生的乐天派。有他在哪里，哪里就不会寂寞。会餐时，他见大家都不动筷子，就动员说：“来，我们拿出黄埔的精神，把桌上的菜一扫光！”
大家都乐呵呵地动起筷子。而宋希濂、杜聿明还是有些心事：宋希濂跟陈赓都是湘乡人，当年是跟着陈赓报考黄埔军校的，可是后来走上了两条不同的道路；杜聿明握着陈赓的手说：“那时我们两人同队，思想进步，颇得你的帮助。后来一失足成千古恨，成为历史的罪人。感谢党和毛主席，我今天又和你团聚了。”这也是宋希濂的心里话，经杜聿明一说，他心里也舒坦了许多。他敬佩陈赓：真没想到，他又给我领了条路，而且没有一点胜利者自居的神气和训话式的满嘴教条。看来，后半生还有活头……
会餐完毕，少憩片刻，周恩来兴致勃勃地问国务院的工作人员：“大家聚会不易，要留个纪念，在哪里拍几张照好？”
工作人员引导总理和众人一行到昆明湖北岸的牌楼前，以巍峨的万寿山为背景，拍了几张集体照。周恩来又对杜聿明等六人说：“我单独和你们照个相吧。”他叫工作人员选择镜头位置，要六人站在他左右，拍完照片，他让大家自由在园里活动，他和张治中、邵力子几位老人回到介寿堂休息，谈话。邓颖超则游兴未已，看到杜聿明在给别人照相，走过去说：“我的技术不好，我给你们照几张吧。”于是她接过相机，让杜聿明也站进队去，选择曲栏拱桥几处风景，照了好几张。
直到下午，大家才依依不舍地离开了颐和园。
经过一段时间的劳动锻炼，1961年旧历春节，徐冰部长宣布了任命书。任命溥仪、杜聿明、宋希濂、王耀武、周振强、郑庭笈、杨伯涛等七人，为全国政协文史资料研究委员会专员，正式参加国家机构的工作。这个机构是周恩来创议设立的。
当他在1959年一次邀集60岁以上老年人士座谈时，建议老人们为教育后代，“把亲身经历记录下来，传之后代”，因而建立了这个机构。每月工资一百元，当时供四口之家用绰绰有余。有分配的公房，专员以及高干同等享受保健。
1963年11月10日，周恩来在人民大会堂福建厅，召见溥仪、杜聿明等全体文史专员和妻子，并邀请鲁迅夫人许广平、傅作义和夫人、张治中和夫人参加，还有长春起义将领曾泽生，黄埔同学侯镜如、黄雍等。
陈毅副总理首先致词：“听说大家在政协工作的热情很高，认真负责，表现很好；加之多数人都安了家，扎了根，有所依托，这都是很好的。看来各位都是60岁左右的人了，党和国家对各位很关心，决定让各位在新中国里，过一个幸福的晚年。
总理很惦念各位，特邀请各位来这里见面谈谈。总理为此打电话通知我，要我来参加。我是政协副主席，对各位也负有责任，很愿意来参加这次集会，和各位见见面。
我现在要问各位一句话，台湾放出一些流言蜚语，说各位还没有得到真正的自由。
你们是不是真正自由了呢？不要有顾虑，可以坦率地告诉总理和我。凡是各位感到不自由之处，我们一定采取切实措施，保证各位有充分的自由。”
专员们一听是为这事，都争着发言：“我们的生活行动都很自由，一切统由自己安排，没有任何人干预，请两位总理放心。”大家对台湾造谣污蔑，痛加斥责。
