黄金家族众多成员们在中亚为帝国汗位进行殊死战斗的时候，在靠近近东的高加索一带，却发生了令人匪夷所思的家族内部的宗教战争——至少在表面上是这样的。言其匪夷所思，是因为在十三世纪下半叶的时候，黄金家族作为强有力的征服者，在宗教信仰方面还不应该产生什么纠纷的，他们从总体上更多的应该表现为各种宗教之间斗争的裁判者才合情理。
我们知道旭烈兀本人不是景教徒，但却是一位坚定的基督教的保护人，并且他本人也多次公开宣称过他对基督教的好感。今天小亚细亚半岛以南的叙利亚、巴勒斯坦、以色列和黎巴嫩等地，是基督教、伊斯兰教和犹太教的发源地，自古以来这一带的宗教斗争就非常激烈。
旭烈兀着眼于征服的军事行动打破了这里脆弱的平衡，并且引起了许多连锁反应。在高加索山脉以北是术赤系领地，和旭烈兀同时代执政的是拔都的弟弟别尔哥汗。
仿佛冥冥之中注定了似的，在宗教方面，别尔哥汗和他的堂兄旭烈兀是一对“天敌”。本来，到了他们这一代人，黄金家族还没有充分融入到所征服地域的宗教文化之中，但是由于术赤自己那不很清晰的血统所带来的感情纠葛，使得他很早就远离了铁木真，带领自己的子孙们定居在了咸海-里海一带，从而有一些人就改变了黄金家族传统的萨满教和景教信仰，而信奉了伊斯兰教，别尔哥汗就是其中的一位。
当然，那时的别尔哥汗还布施绝对虔诚的穆斯林，从历史的记载可以看出，他在生活方式上基本被突厥化了，而在宗教和文化的细节上依然没有完全摆脱蒙古人古老的传统。但他对旭烈兀的敌视却主要是宗教信仰的截然不同，但是还有他对旭烈兀利用忽必烈和阿里不哥的内战而建立汗国的“不合法性”充满了不满，并且把伊儿汗国占有的格鲁吉亚和阿塞拜疆视作是自己的领地。
还有一个原因似乎更加剧了这种宗教矛盾，那就是别尔哥汗周围众多的突厥人和在埃及建立穆斯林王国的突厥人本来就属于一个大的部落，只是后者后来远征到了埃及而已，而旭烈兀和埃及、叙利亚的敌对，让别尔哥汗忘却了他和旭烈兀的兄弟之情以及术赤系与拖雷系的战略盟友关系，留下的只有仇视了。
这场宗教战争延续了上百年，直到旭烈兀家族基本被波斯人融化、伊儿汗国灭亡后仍在继续，不过那时更多的是一种互相争抢地盘的单纯的军事征服了，因为双方都已经伊斯兰化了。
在前面已经比较详细地描述了伊儿汗国和钦察汗国的宗教战争。事实上，这场战争大大消耗了黄金家族的实力，只是因为人们更关注处于东方的忽必烈、阿里不哥、海都等人而已，而对高加索山脉的战争稍显忽略。旭烈兀在1261年主动对不断指责自己的别尔哥汗发动了攻势，但不幸失败了，双方的关系降至了冰点，以互相屠杀对方的商人作为泄愤的手段。
别尔哥汗的侄子那海将军坚持进行战争，即使旭烈兀已经死去了，因为新的伊儿汗王阿巴哈依然是一位对基督教徒情有独钟的人物。
阿巴哈汗面临的形势非常严峻，可以说四面楚歌，北方是钦察汗国的虎视眈眈，东方是和别尔哥汗一样信奉了伊斯兰教的察合台汗国八剌汗，他作为窝阔台系海都的傀儡，也想趁伊儿汗国之危，来捞取呼罗珊一带，西南方向则是和钦察汗国结盟了的旧仇埃及算端。
年轻的伊儿汗国或许是主观也可能是被动参与的宗教战争，得到了基督徒忠心耿耿的支持，他得以在5万名蒙古本族士兵的基础上，得到了来自亚美尼亚和格鲁吉亚等地的数万余名职业化士兵的加强。阿巴哈汗居然在极度危险的境地中杀出了一条“血路”——尽管经历了几次失败，但是汗国的基础仍然基本保持着，直到1282年他离世。
