笛卡尔和伽森狄的关系一直是若即若离的，他俩在1625年就有过短暂的接触。伽森狄（1592一1655）是神学博士，1617年成为神父，同年担任艾克斯大学哲学讲座，因在讲课中批评亚里士多德，遭耶稣会士们的反对，被迫于1623年辞职。第二年，他一发表《对亚里士多德的异议》，不久就去了巴黎。他在那里结识了麦尔塞纳，并通过他与笛卡尔相识。1629年，伽森狄曾访问荷兰，不知为什么他并没有拜访笛卡尔，而是去了其他两位数学家的家里。当笛卡尔知道此事后，心里自然很不痛快。不过，这并没有影响他俩的交往。1630年5月，从笛卡尔写给麦尔塞纳的信中我们得知，他参加了伽森狄的天文观测工作。伽森狄从163 l—1637年主要从事天文学研究，他后来发表的《天文学指南》等著作表明他对哥白尼和伽利略的太阳中心说的拥护。尽管笛卡尔和伽森狄在思想方面很接近，但笛卡尔对伽森狄一直没有什么好感，这或许是与两人的性格有关。笛卡尔与伽森狄的交流最深的一次是在1640年，当时笛卡尔写成了《形而上学的沉思》，在出版前他曾委托麦尔塞纳征求伽森狄等人的意见，他希望通过神学家的意见，来争取得到巴黎神学院的出版许可。伽森狄写出了对《笛卡尔形而上学（沉思）的诘难》一书，对笛卡尔的形而上学理论进行逐条反驳，这些反驳附在笛卡尔《形而上学的沉思》一书后出版，在当时学术界和宗教界引起强烈反响。1641年5月，麦尔塞纳收到伽森狄交来的又一组反驳，补充了对笛卡尔答复的反驳。两人的交锋早已超出个人学术的范畴，实际上已是唯物主义和唯心主义、有神论和无神论的斗争。笛卡尔搅起的这场思想波澜也多少影响了两人的关系。笛卡尔本来就不怎么喜欢伽森狄，经过这场真枪实弹的争论，两人的关系更是雪上加霜。后来虽然经朋友撮合握手言和，但两人之间一直是若即若离、貌合神不合。如何处理好与唯物主义者伽森狄的关系，就如同如何处理灵魂和肉体之间的联系一样，始终是个让笛卡尔头疼的问题。
说起笛卡尔的人际关系，我们有时也觉得好笑，也许是这些学者们比较单纯，单纯得有时显得幼稚，这种不计功利的交往，就像小孩一样，和和吵吵，但他们争的不是名利，而是是非、是真假。能否在一个层次上争论和交流成了他们交朋友的一个标准。笛卡尔和费马特之间的争论便是一例。
费马特（1601一1665）是法国最伟大的数学家之一，他在微分数学、数论研究、概率等方面都作出了突出的贡献，尤其是解析几何，在笛卡尔的书问世10年前，他就尝试过这种方法，只不过没有公开发表而已。后来，他的关于解析几何的著作《平面和立体的轨迹引论》比笛卡尔的著作更清晰、更完备。所以，费马特指出他比笛卡尔更早发明解析几何不是没有根据的。笛卡尔和费马特有一位共同的朋友，名字叫博格兰德，在笛卡尔的《屈光学》一书还未出版前，他便得到一些有关方面的资料，而且这位性急的朋友很快就将这些材料送给了费马特。费马特当时也在研究有关方面的内容，因此这些材料对他来说很是必要。麦尔塞纳知道费马特已掌握了《屈光学》的有关资料，就请费马特对此书提点意见。这位老兄也真不客气，在未读原著的情况下就来了一通，并以指导者的口气让笛卡尔接受自己的观点。天才与天才的交往有个忌讳，就是谁也不要觉得自己比对方更聪明，费马特犯忌了。你想，笛卡尔是那种轻易认输的人吗？更不是那种谁都可以教导的人。毕克曼在他这里就碰了不少钉子，结果学乖了，再不敢自称是笛卡尔老师了。现在费马特又这样来了，笛卡尔也是毫不客气地予以反击。看过费马特的信，笛卡尔被他那盛气凌人的态度所激怒，心想，当年我舌战群儒，也没人敢用这样的口气说话，你一个费马特这样对我。一气之下，就写了封不很冷静的信与之辩论。麦尔塞纳也没考虑这是笛卡尔气头上的话，就把信照旧送给了费马特。费马特在读过笛卡尔《几何学》一些章节后，又匆匆给笛卡尔转来他的一篇论文，希望笛卡尔仔细读过后能接受他的观点。两个有着同样聪明和智慧的人此时已不仅仅是学术交流，似乎在比赛各自的聪明和才智。当笛卡尔发现费在论文中所批判的一些问题根本不是自己的观点时，更是愤怒了，心想，你光是让我仔细读你的东西，可你怎么就不仔仔细细地读一读我的文稿呢？他有一种被强加错误的屈辱感，当即写信给费马特，表示对费的理论的质疑和反对。笛卡尔的反戈一击，使双方的争执又回到费马特的问题上了，这下该笛卡尔大显身手了。笛卡尔在批判费马特的理论时认为，费马特所谓的“极大值”和“极小值”的一般解法，在具体情况下毫无用处。至于费马特对自己的批评，笛卡尔认为，费对他的理论的批评是建立在误解的基础上的，他认为，到目前为止，还没有人能对他的著作作出令人满意的解答。这就是对费的批评的公开否定。其实，费马特对笛卡尔的批评并不是毫无道理的，笛卡尔虽然强调简洁明了和分析的有效性，但他的书中就有许多模糊不清的问题，这其中有的是他本身就没搞清的问题，有的是他为了调和科学与宗教的矛盾，有的是分析不够透彻，等等。不管怎样，费马特与笛卡尔的争论都只是学术范围内的事，这事之所以闹得沸沸扬扬、满城风雨，除两位直接当事人外，还有两个因素：一是中介人的问题，二是学术圈的参与。作为笛卡尔和费马特之间中介人的是博格兰德和麦尔塞纳，当笛卡尔与费马特两人因过多的误解矛盾日益激化时，如果他们两人不是直接送达这些书信，或者即便转送了信件还能再做些解释性的工作，两人的争论也不至于发展到如此地步。还有，出于对学术的关注，笛卡尔与费马特两人的争论很快就又引起同行的注意，数学家罗贝瓦尔公开支持费马特，巴黎大学教授莫兰也批评笛卡尔的著作。笛卡尔并不是孤军作战，乌特勒支大学的瑞纳里积极向学生介绍笛卡尔的观点，并在该大学掀起笛卡尔热。巴黎数学圈的人们对此争论的纷纷表态，更挑起这两位“法国骑士”的荣誉感和尊严，争论一时大有不可遏制的势头。最后还是费马特先让了步，他希望把争论重新回到学术的范围里，这样就在一定程度上缓解了双方的敌对情绪。笛卡尔毕竟也是有教养的贵族，见对方已摆出了和解的姿态，他也不失时机地通过麦尔塞纳转给费马特一封信，说他非常渴望与优秀人物建立友谊，并感谢费对他的作品的真诚而富有见地的批评，他还对自己以前的过火言词向费马特道了歉，一场争论就这样妥善地解决了。
这场争论虽然结束了，但对这两位杰出的人物来说都有很深刻的教训，一场争论，耗费了双方许多宝贵的时间和精力，而且还很伤感情，可对双方的学术有多大的益处实在不好评说。所以如何建立学术批评方式，使学术批评能克服上述的缺点，有利于双方的学术思想的真正的交流和交锋，实在也是学术界的一大问题。
1636年，笛卡尔已经40岁了，这个一向谨小慎微的人不可能再以年轻不成熟来推托发表自己的作品，这期间他与出版商的交往，就说明他的态度的转变。笛卡尔在莱顿期间，结识了出版商埃尔策非，笛卡尔经常去他家里做客，并与他的家人也建立了友好关系。为了出版笛卡尔的作品，埃尔策非曾四处奔走，希望人们能更多地了解笛卡尔的作品，后来不知为了什么，笛卡尔与埃尔策非一家的关系冷淡了，大概是笛卡尔看不惯埃尔策非的商人气息。笛卡尔不愿意为了出书而失去尊严和体面，于是，他离埃尔策非而去，到其他地方寻找合作伙伴。他希望通过朋友的帮忙能在巴黎出版自己的作品，结果却令他大失所望。人家认为他的作品写得极差，而且他本人的形象也不佳，除了有许多拼音和发音需要纠正外，最难处理的是作品的深奥内容，而且他还要求匿名出版，这更增加了出版的困难。面对出版商的苛刻要求，笛卡尔并没气馁，他通过好友麦尔塞纳与其他出版商联系，虽然出版困难，但笛卡尔并不因此放弃自己的要求。他对出版商的最基本的要求是：出版的格式和纸张应是最好的，至少给他留下200多本书，他要以此赠送朋友，这或许就是笛卡尔认为的最低酬劳，至于其他问题，笛卡尔都不在意。
