那么正确地运用理性的方法究竟是什么呢？笛卡尔相信，他所找到的方法，只要适合于他自己，也就一定适合全人类，因为我们都是人，有上帝赋予我们的共同的理性。
在寻找正确的方法之前，笛卡尔首先对自己以前所学的东西进行了清理。他对自己在学校学习的各门学科一一进行了评价，历史有失真和人为编造的成分，“而那些以历史为借鉴，来调度自己生活的人，会陷入如武侠小说中人物的幻境”；雄辩学和诗学主要是靠人的天赋和灵感，再配以华丽的词藻和狡辩，就可成为一个优秀的诗人；“我喜欢数学，因为它的推理正确而明显”，虽然其基础稳固坚实，但应用的范围却很狭窄，仅用在机械技术上；古代的伦理学“如同建立在沙土泥沼上的高昂雄伟的宫殿”，虽将德行举得很高，但内容模糊不清，使人难以适从。更有的是在神圣、美好的外表下，掩藏着的“往往只是一些无情、傲慢、失望或弑父灭亲之类的罪行”；至于神学，引导人们进入天堂的“天启的真理超过我们的智能”，以“我”薄弱的理智不敢对这些天启的真理妄加判断；关于哲学，历来充满着争辩，而其结果是没有一个事理能让人们普遍地理解和接受，于是“我想把一切似是而非之事，几乎和伪的等同看待”；既然哲学如此，那么其他“从哲学提取原则”的学科就更不稳定了。“炼金术士的许诺，星象家的预言，术士的诡诈”等，都不可能使“我”受骗。
通过对各门学科的比较，结果笛卡尔发现，只有“3种艺术和科学似乎应当对我的计划有所贡献”，那就是古代的逻辑、几何和代数。经过对这3门学科的分析，笛卡尔又发现它们各自的弊端：如亚里士多德的三段论“只能用来向别人说明已知的东西”，“而不能用来求知”；而古代的数学，“只研究一些非常抽象而且看来毫无用处的问题”，几何受图形的局限，使人运用理智时过于疲劳，代数受某些数字的束缚，容易混淆人的心智，也不能成为一一种培养人的心智的学科。笛卡尔在批评古代数学内容上的错误时，同时也看到在求知中的方法和形式：“应当在数学中寻求理智活动的法则。科学只有一种，因而方法也只能有一个。数学方法也是其他科学的方法。这种方法是真切而简易的规则总汇，任何人都能应用，并且十分方便，只要你仔细遵守，就不会把假的当做真的，日将月就，知识便会不期然地逐渐增加，而得到理智所能知道的最高知识。”
数学的基本方法就是：直观和演绎。人依靠自己的理智之光，可以直观到简洁的、自明的始原性命题（简单性质），而事物是由简单性质构成的，遵循事物的秩序，通过严格的演绎就可以推导出基本的结论。而演绎并不是完美无缺的，可以通过经验来补充它的弱点、纠正它的缺陷。在此基础上，笛卡尔为我们立下四条逻辑规则，他相信，只要“坚定持久地遵循”，就一定能够获得正确的认识。
第一条：决不把任何我没有明确地认识其为真的东西当做真的加以接受，也就是说，小心避免仓促的判断和偏见，只把那些十分清楚明白地呈现在我的心智之前、使我根本无法怀疑的东西放在我的判断之中。
第二条：把我所考察的每一个难题都尽可能分成细小的部分，直到可以而且适于加以圆满解决的程度为止。
第三条：按照次序引导我的思想，以便从最简单、最容易认识的对象开始，逐步上升到对复杂的对象的认识，即便是那些彼此之间并没有自然的先后次序的对象，我也给它们设定一个次序。
最后一条：把一切情形尽量完全地列举出来，尽量普遍地加以审视，使确信毫无遗漏。
现在，我们可以回答第一个问题了，那就是“我们相信什么”？我们相信人都有理性，只要遵循严格的理性规则就一定能够得出正确的认识。笛卡尔还要我们相信他的认识方法，但在具体的认识中，这种相信又不是无条件的，在运用新方法认识之前，我们必须对以前所有的认识加以彻底的清理，因为我们不能不加考察地相信以往的任何前提，我们必须对它们持普遍怀疑的态度。“当我愿意像这样想着一切都是假的时候，这个在想这件事的‘我’必须应当是某种东西。”这就是说，我们可以怀疑一切，但不能怀疑“我在想”这件事的真实性，而如果我们相信“我在想”的真实性，那就必须承认有一个“思想着的我”存在着，所以，笛卡尔就由此得出又一个命题：“我思想，所以我存在。”
“我存在”与“我思想”是完全统一的，也就是说，我的存在是由我的“思”来确证的，“如果我一旦停止思想，则纵然我所想像的其余事物都真实存在，我也没有任何理由相信我存在”。如果我的存在仅仅是“我思”，而不依赖其他任何物质性实体，“我”这个思想实体既“不需要任何地点”，“也不依赖任何物质性的东西”，它是一个独立、自明的东西，不依赖身体而存在，且“比身体更容易认识”。
“我思故我在”，是作者在普遍怀疑之后惟一确定的东西，它是认识的最原始的逻辑起点，是主体与客体的统一，内容与形式的统一，认识结果与认识规则的统一。“我非常清楚地见到：必须存在才能思想；于是我就断定：凡是我们十分明白、十分清楚地设想到的东西，都是真的。”
真的并不是完美的，“怀疑”本身就说明我的不完美，可以说，“不完满性”就是我思的天赋本性。如果我用不完满的怀疑把握事物，那又怎么可以得到“真”的、确定的东西呢？显然，“认识比起怀疑来是一种更大的完满性”，那么我的认识的完满性又是从哪里来的呢？这个认识的完满显然是我的心力所难以产生的，“这应当是从一种事物上更加完满的本性而来的”。
笛卡尔在这里显然遵循的是由抽象到具体的叙述方法，他从怀疑抽象出“我的本性”——思想，再以思想为整个叙述的逻辑起点，一步一步地演绎出其他与认识相关的东西。
值得注意的是，笛卡尔关于上帝的证明。上帝在中世纪只属于信仰的对象，不可能成为理性证明的对象，笛卡尔把本属于信仰的上帝也纳入自己的认识规则中加以证明，这就是一个很大的进步，虽然说这一证明在方法上并没有超越安瑟伦的本体论的证明，但却比安瑟伦的证明有着更积极的意义。主要表现在以下几个方面：
首先，笛卡尔论证上帝是为了确保知识的可靠性，而安瑟伦的论证是为了确保宗教信仰。笛卡尔认为，我心中完满的观念不是由怀疑产生的，“我是不能够从我自己把这个观念造出来的”，既然“完满”不是我的心自生的，那就必然“是由一个真正比我更完满的本性把这个观念放进我心里来的”，我心中的“完满”，必须有一个“更加完满的实体，作为我的依靠，并且作为我赖以获得我的一切的来源”。而安瑟伦的论证，则是在奥古斯丁二重化论证的基础上，集中论证上帝不仅是理性的存在，而且也是现实的存在。
其次，笛卡尔所论证的上帝是与认识相联系的，安瑟伦论证的上帝是超认识的。笛卡尔只是由他心中“完满”的观念推演出上帝的，而安瑟伦“不限于把上帝认作是‘可设想的无与伦比的伟大的存在者’，而且把上帝认作是‘不可设想的无与伦比的伟大的东西’，在他看来，心中可设想，说明在心中；心中不可设想，那就不仅在心中，而且也在心外了”。
再次，笛卡尔的论证是建立在比较严密的认识论的基本规则上，而安瑟伦的论证则是比较粗糙的，他所谓的在思想之外的“不可设想”其实就是一种“设想”，并没有超出思想的范畴，其所论证的上帝属于本体论意义上的；笛卡尔所论证的上帝是认识论意义上的，他之所以知道有上帝的存在，是因为上帝把完满的观念放到了他的心中，他才意识到有一个完满的上帝的存在。在这里，上帝的行动，“我”对上帝的认识与上帝的存在是统一的，笛卡尔要利用上帝的存在和行动来证明人们认识中的真实性和完满性。在笛卡尔生活的时代，像笛卡尔这样在天主教熏陶下长大的人，让上帝为自己的理论“保驾护航”，除了信仰的成分外，不乏一份聪明和机智。
正如笛卡尔在《方法谈》中所表白的：他之所以把完满的上帝“作为依靠”，是为了避免把自己当做完满的实体，而如果“我是无限、永恒、不变、全知、全能的实体”，那我心中的那些不完满就只能来源于上帝了。最后，笛卡尔终于认识到，我是由心智和肉体组合而成的，“凡是组合而成的东西都表明有所依赖，而依赖显然是一种缺点”，上帝不可能是组合而成的，上帝是完满的。世界上一切组合的不完满的东西的“存在一定要依赖上帝的力量，如果没有上帝，它们就一刻也不能存在”。
我们这时可以回答第二个问题了，就是：“我们为什么相信？”“相信的基础是什么？”我们之所以相信自己思想的完美性成分，是因为有完满的上帝的存在，是上帝赋予了我思想的完美性，才使我能够在遵循认识一般规则的基础上获得“真知识”和“真观念”。
不过，人毕竟是组合而来的，其缺陷也是与生俱来的，只有指出这些缺陷才能更好地克服它。笛卡尔在用几何学的方法证明上帝完满性时，也无意识地暴露了理性主义自身的缺陷。因为几何学是建立在公理的前提上，而公理的确定性又是以“清楚明白”的自明性原则为基础的。而几何学的公理与外在的对象并不是对应的，“并没有任何东西可以使我确知它们的对象的存在性”，其命题本身就包含着存在。比如当我们说“一个三角形，它的三只角就必须等于两直角”，这一命题虽然没使我们确知世界上有一个三角形，但这个命题本身就已经包含着“三角形”的存在，笛卡尔以此认为，上帝的观念与上帝的存在是一致的，是绝对统一的。证明存在的东西的命题已经在该命题中包含着，如我们经常问：“感觉不到的东西存在吗？”“先有具体的桌子才有桌子的概念吗？”等等，我们必须警惕这类命题的表述。
上帝是完满的，他把完满的观念放到我们的心里，使我们可以得到完满的认识，笛卡尔就这样利用上帝的功能来提高人的地位，使我们相信人的理性及其规则。无论笛卡尔对上帝的证明有着这样和那样的缺陷，他保留上帝的目的与经院哲学家们是大不相同的。
确立了上帝存在的合理性以后，笛卡尔又进一步利用上帝的理论来批判经验论者。他说，人们长期以来总是习惯于在感觉直观中思维，“从来不把自己的心智提高到感性事物之外”，物质事物束缚了他们的想像，他们的想像反过来又成了衡量真假的标准，在他们看来，“凡是在理智中的，没有不是已经先在感觉中的”，笛卡尔马上理直气壮地说：“上帝和心灵从来都不在我们的感觉中，难道他们也不存在吗？”用这种方法反对经院哲学家们真是痛快，但以此来反对经验主义者就有些偷换概念，因为经验主义者所说的认识和真理都是在物质事物的层面上，笛卡尔硬是要其用经验原则论证上帝存在，这当然有些脱离论题。笛卡尔的反驳还没就此打住，他要趁势把感觉和理智的关系摆出来。既然上帝不存在于感觉中也能存在，那么其他的东西难道就不行吗？况且，感觉与真并不是一回事，如果我们的感觉没有理智参加，即便有再好的想像力和感觉，也不可能有什么真的认识，甚至“都不能使我们确知任何事物”。
如果感觉到的东西并不是真的，那么什么是真的呢？笛卡尔认为“凡是我们清楚明白地设想到的东西都是真的”，与此相反，在我们头脑中“混乱不清的东西的观念”则是假的。说到真、假的原因，笛卡尔在这里就有些勉强，他认为我们头脑中的清楚明白的观念都是上帝赋予的，因为上帝是完满的，所以从上帝那儿得来的实在的东西，只能是真的。至于说头脑中那些虚假的观念，“它们之所以在我们心中这样混乱，只是因为我们并不完全完满”。笛卡尔的这种论证基本上没有逃脱中世纪的论证模式，这不知是他的机智还是他的迂腐，只有笛卡尔自己心里明白。
有了有关上帝和心灵的两条基本原则，笛卡尔就开始把他的思维的触角伸向自然界了，按理说，这应该是笛卡尔大展身手的领域，但由于受伽利略事件的影响，笛卡尔在此却顾虑重重，他甚至不敢把自己写作的《宇宙论》的观点发表出来，在《方法谈》中也仍然申明，“不能把我所思想到的一切都表达出来”。为了赋予人认识自然界的合法权利，笛卡尔又一次搬出了上帝，他认为，是上帝把人与自然联系起来了，使人认识自然成为可能。“上帝一方面把这些规律建立在自然之中，一方面又把它们的概念印入我们的心灵之中”，自然必须按上帝的意志遵守这些规律，人呢？反思自己头脑中的那些清楚明白的有关自然的观念，就是对自然界的认识。有上帝的支持（其实是笛卡尔人为的设定的），笛卡尔就可以不去理会“学者们所接受的那些意见”，他把那个旧世界留给“他们去争辩”，他只关注自己的新世界。
笛卡尔毕竟不是“纯哲学家”，科学家的基本素养不允许他“像诗人所能想像的那样混乱”，他要面对一个有秩序的、能够清晰明白地加以认识的自然界。上帝又一次出面了，他让上帝创造了世界（在笛卡尔那里，上帝怎么做和他想让上帝怎么做总是混在一起的），“然后上帝就不做别的事，只是给予自然‘通常的协助’，让自然依照他所建立的规律活动”。这样，笛卡尔的自然观就比较明晰地表现出来：除了世界的被创造，自然界是客观的，有其规律且是可以被人所认识的。由于人头脑中的观念与客观的自然规律是一一对应的，人们认识自然的过程其实就是使自己头脑中的有关概念不断清楚、明白的过程。
关于物质，笛卡尔认为它既不同于“我”，也不同于经院哲学所理解的“物质”。“我”与“我思”绝对统一，“思”的过程就是“我在”的确证。上帝也是如此，其完满性就是其存在的必然性。我心中有“物质”观念，除了上帝和心灵，“世界上没有什么东西（在我看来）比它更清楚、更明白的了”，同时，笛卡尔也承认，现实中被感觉到的物体的存在，而且并不依赖“我思”而存在。那么，如何处理心中的物质观念和现实的物体之间的关系？笛卡尔在此引用了“想像”和“感官”。
