分析和综合是沿着两条相反的认识顺序前进的，其中分析的过程就是发现顺序的过程，也是得到简单性质的结果，它比较适合形而上的思考。而综合却不能说明它所推演的对象是如何发现的，不适合形而上的思考。所以，笛卡尔比较崇尚分析法，这种方法对17世纪以后的哲学、特别是德国古典哲学都产生了深远的影响，也成了理性主义的典型思维方式之一。由此看来，笛卡尔的分析法早已超出亚里士多德的三段论和几何学意义上的分析法。笛卡尔认为，亚里士多德的三段论“对学习知识并没有多少用处，它更多地是用于解释人们已知的东西，或者是不下判断地谈论人们无知的东西”。至于传统的几何学意义上的分析法，虽然提出了严格的证明，其中的“每一步骤都被包含在先前的步骤之中”，但这种公理证明只适合于几何学，因为这些公理或涉及到的最初概念，是“每个人都乐于接受的”，而且人们是在感觉和习惯的基础上接受这些看法的，这就不适合哲学的思考。笛卡尔在《沉思集》里，努力把自己的分析法与几何学家的分析法加以区别，他说：“我这样做的目的就是要表明，我与那些不愿意与我一起沉思而又对这个问题极为关注的人毫无于系。”笛卡尔相信，只要人们遵循分析法所确立的途径，就一定能够发现事物的顺序。笛卡尔对自己的分析法显然是有些偏爱，其实分析法并不能保证我们发现事物的顺序、获得真知识。因为他的分析法是建立在对我思的基础上，当我们普遍地怀疑一切的时候，惟独不能怀疑“我的怀疑”。我的怀疑就是我思的根据，我思也就成为直观的简单性质，是分析的必然结果，这样的结果只有当人们与“作者一起沉思”，“使事物归为己有”才能成为可能，可这样的可能又是何等的主观？当笛卡尔企图超越自身的存在而证明完美的上帝时，这个问题的纰漏就更加显现了。
列举或归纳
直观和演绎是笛卡尔发现心灵运动顺序的根本方法，其中演绎是对直观的补充，在本质上仍然是直观。因为，“当我们从此一命题直接演绎出彼一命题的时候，只要推论是明显的，在这一点上就已经确实是直观了”。但是，演绎作为一种思维运动，“似乎不是一下子作出的，而是通过某种心灵运动，从一事物推到另一事物”，“当演绎是简单而一目了然的时候，我们用直观就可得知，当它是繁杂错综的时候则不能”。因为我们的悟性能力往往不足以用单纯一次直观把那所有的命题通通概括净尽。”也就是说，我们用心灵理解事物，必须是清楚明白的，而且是全面一下子理解的，而不是逐一理解的。为了弥补这个缺陷，笛卡尔在《方法谈》的四条规则中又特地补充了一条：“把一切情形尽量完全地列举出来，尽量普遍地加以审视，使我确信毫无遗漏。”
在此基础上，笛卡尔给列举所下的定义是：“根据互不关联的许多事物作出的综合推论。”为什么要列举呢？“因为结论包括的项如果多于我们仅仅一次直观所能掌握的，这一结论的确定性就取决于记忆，而记忆由于不稳定而容易衰退，必须用这种持续不断、频繁重复的思维运动来重复和巩固。”例如，当我们列举甲：乙，乙：丙，丙：丁。通过列举，我们可以从中发现甲与丁之间的关系。笛卡尔认为，当我们习惯于思考单纯命题间的相互依存关系时，就可以逐渐地从相对中概括出某种绝对性的结论。为了得到比较确实可靠的结论，笛卡尔还对列举进行了规定，首先列举应该是恰当的，如果有缺陷就会导致错误；其次，列举必须完全，片面和遗漏也会导致错误；再次，列举应该遵循一定的顺序。
由此可见，笛卡尔的列举或归纳并不是传统意义上的由个别到一般，也与培根的“三表法”有着本质的区别。他这里的归纳，只是作为直观的补充形式，以此构成笛卡尔的两种方法：直观和归纳。其中，直观比归纳更根本，归纳只是直观的补充。正如笛卡尔在《原则13》开头所总结的：如果“我们要透彻领悟一个问题，就必须把它从任何多余的观念中抽象出来，把它归结为一个十分简单的问题，并且把它分割为尽可能细小的部分，同时却不忽略把这些部分一一列举”。
观察和实验
笛卡尔是理性主义者，他认为人的感性和归纳不是知识的来源和途径，人的真正的知识来源于人的理性直觉和演绎。但正像经验主义者并不完全拒斥理性一样，笛卡尔也不否认感性和归纳在人的认识和实践活动中的作用。我们这里特别注意的是，在形而上学的层面上，他揭露感觉的虚假性，并对其进行怀疑，但这并不影响他作为科学家在科学实验中对实证方法的坚持。
笛卡尔既是一个哲学家又是一个科学家，在形而上学的思想上，他坚持理陛主义的原则，但在研究特殊领域里的知识，特别是研究自然现象时，他又特别注重实验和观察。
关于实验和观察的对象，笛卡尔认为，关于上帝、宇宙数学、伦理等基本原则之类的问题不需要人的实验和观测，那是属于信仰和哲学的问题，而对自然界具体的、特殊的研究对象，则需要人对它们进行仔细的观察，并从观察中搜集有关的资料，然后才能对其进行归纳和推理，从中获得真理性的认识。显然笛卡尔已经意识到把经验引入科学研究的重要性和必要性，他强调，科学并不会因为经验的引入而减少了它的确实性和可靠性。
至于上帝和自然界，笛卡尔是这么认为的，世界是由上帝创造的，这没错。而上帝是如何创造、为什么创造世界中的各种事物，那只有上帝才能知道，我们人是不可能知道上帝的意图和方式。我们人所能做的就只能是通过我们对具体事物的观察和思考，从中发现关于事物的知识，并尽力理解上帝的意图和方式。比如，上帝就如同一个钟表匠，他创造了钟表使它自动运行。而我们人，就只能通过对具体钟表的研究，我们可以打开表壳，观察其中的齿轮、钟摆、发条，观察它们自身的结果和它们相互的结合方式及运行情况，然后再根据上帝赋予我们的观念进行直观和演绎，得出真理性的知识。
笛卡尔是很重视对客观对象的观察。在上学时，他因厌恶学校迂腐的、教条的教学方法，于是就走出校门读世界这本“大书”，这就是对世界的直接观察和思考。他曾经在冬天的大峡谷中观察风雪、四季更替特征，观察彩虹等自然现象。到荷兰后，他经常去天文学家那里通过望远镜观察天象，他还亲自到屠宰场解剖动物，甚至观看人体解剖。为了验证哈维的血液循环理论，他观察动物的心脏，并亲手去触摸心脏的温度。他对医学的研究更是依赖观察和实验，他通过对病人的观察，配置新药，并在病人身上进行实验。正因为有这些观察的资料，笛卡尔才能写出很多有理有据的科学报告，才能使他跻身于科学家的行列。我们都还记得，在讲述人体的生理结构时，笛卡尔曾经告诫读者，最好能亲身解剖一些动物，才能对他的理论有更深入的了解。
笛卡尔的方法是：（1）直观。我们的内心有关于该事物的天赋观念，这是确定无疑的；（2）演绎。根据相关的观念进行推理和演绎；（3）列举。根据该事物的性质和特点，尽可能罗列出关于这个对象的各种解释；（4）排除。对事物进行全方位、多种角度的观察，尽可能收集相关的资料。在此基础上引入决定性的实验，然后根据实验的结果排除其他的解释，最后只剩下一种正确的解释。
我们注意到，笛卡尔的方法并不是以经验事实作为其演绎推理的起点，它只是其演绎中的一个环节，所起的作用也只是借以排除不想要、不需要的演绎环节。决定性实验的作用也仅仅是在排除那些不现实的解释。实验在笛卡尔这里还是大打折扣。他显然不像培根那样重视。
其实，当笛卡尔完成了他的形而上学体系后，他就把更多的精力投入到科学实验方面，实验在笛卡尔生活中变得更重要了。他在其哲学思想的指导下，通过实验，在具体科学中如生理学、物理学、天文学、特别是医学等领域作出更大的贡献，以实现他造福于人类公益事业的目的，这也是笛卡尔丰富其知识之树的一种努力。
笛卡尔相信，他的知识之树上结出的智慧之果将会给人类带来更大的力量和实惠。
4．寻找乐趣
笛卡尔生活的时代，本就是一个充满严重动荡、面临严重考验的时代。物价上涨、人口增多，尽管美洲的白银大量流入欧洲，但由于技术没有什么大的突破，结果导致政治、经济的危机。连绵不断的宗教战争，又给本来就危机四伏的社会火上浇油。主权国家基于“王冠与圣坛”的统一，强制宗教一体化，使宗教战争比以前更加残酷和复杂。在法国，由于加尔文本人是法国人，又于1541年在日内瓦执掌大权，因而，加尔文宗（胡格诺教徒）在法国就有了很大的势力，当时法国显贵波旁、孔代、国王亨利四世等都属于此派。1624年，法国国王路易十三的宠臣、红衣主教黎世留成为国家实际上的统治者，为加强中央集权制与各种势力展开斗争。黎世留利用手中的权力，对内强制大贵族就范，以削弱地方分裂势力，1626年镇压有王后参与的叛乱，1630年平息由太后撑腰的掌玺大臣的叛乱，1627一1628年击退了由英国支持的新教徒的叛乱，从此法国新教势力得到遏制。1629年，路易十三颁布了“阿莱斯恩典敕令”，剥夺了新教徒拥有的地盘和武装，大大加强了国家的统一。与此同时，黎世留还对轰动一时的冉森教派进行了打击，加强了思想意识形态方面的统治。为了正面加强对文化界的控制，黎世留还着手建立法兰西学院，1635年1月路易十三颁布诏书，批准法兰西学院的成立。黎世留去世后，他的继承者马扎然继续实行黎世留的方针政策，法国由此成为一个中央集权化的强大国家。对外，针对奥地利和西班牙的哈布斯堡家族的扩张计划，主动参与30年战争，从而扩大了法国在欧洲舞台上的影响。
这场战争几乎把欧洲所有的国家都卷了进去。正如当时的一位传教士所说：“这是震颤的年代，这种震颤是普遍性的。”笛卡尔所关注的正是这场战争的序幕。当时的战争还局限在德国境内，巴黎没受多大的影响。
