退一步说，就算眼睛、脑袋、手等这些一般性的东西是虚幻的，那么，“一般的物理性质和它的广延，以及具有广延性东西的形状、量或大小和数目都属于这一类东西；还有这些东西所处的地点，所占的时间，以及诸如此类的东西”，这些被笛卡尔称为“简单共相”的总应该是真实的、不可怀疑的吧？
如果说感觉不可靠，与此相联系的“物理学、天文学、医学、以及研究各种复合事物的其他一切科学都是可疑的、靠不住的。而算术学、几何学，以及类似这样性质的其他科学”，“应该含有某种确定无疑的东西”，因为“它们所对待的都不过是一些非常简单、非常一般的东西”，无论我们是醒着还是睡着，“二加三等于五，正方形总不会有四个以上的边”。对如此清楚明白的问题，笛卡尔也不放过，他还要用怀疑的眼光去检验它的可靠性。
笛卡尔开始借助万能的上帝来为他的怀疑服务。如果上帝是万能的，“谁能向我保证这个上帝”不可能这么做呢？即他本来就没有造什么天、地和带着广延性的物体，可“却偏偏让我们具有这一切东西的感觉，并且所有这些都无非是像我所看见的那个样子存在着的”。上帝也可能有意让人们在诸如二加三等于五、正方形有几个边等这些最简单的问题上出现错误判断。即便有人认为上帝是至善的，他不可能让人作出如此的错误判断，但我在简单问题上偶尔出现错误判断总是事实，如果错误的判断不是来源于万能的上帝，那么这个让我出错的“作者越是无能，我就越可能是不完满以致我总是弄错”。
经过一连串的怀疑，笛卡尔对自己过去所获得的一切都进行了清算，幼时接受的东西不可靠，感觉不可靠、梦不可靠、具体科学不可靠、数学和几何学也不可靠，最后连人们信奉的上帝也列在其怀疑的队列中，这样的怀疑可谓彻底。“可是等我一旦注意到，当我愿意像这样想着一切都是假的时候，这个在想这件事的‘我’必然应当是某种东西，并且发觉到‘我思故我在’这条真理是这样确实、这样可靠，连怀疑派的任何一种最狂妄的假设都不能使它发生动摇。于是我就立刻断定，我可以毫无疑虑地接受这条真理，把它当作我所研求的哲学的第一原理。”
这样，笛卡尔就从否定性的怀疑主义中得出了一个肯定性的结论。他以此为坚实的逻辑起点，建立起近代形而上学大厦。在“我思故我在”命题中，认识的主体性因素被显现出来，这个认识主体的本质就是“思维着的东西”，理性的地位随着人的地位的提高而提高。笛卡尔并不满足于此，他在思考人的身心关系中实现了由认识论向本体论的转向，最终确立他的二元论的思想体系。
直观和演绎
笛卡尔在《原则12》中明确指出：“人要确定无疑地认识真理，除了直观以达明证和进行必要的演绎之外，别无其他道路可循。”人们要想对那些不超过自己能力的东西有一个真实的认识，就必须制订一些确实而简单的思维规则以使我们能够正确地运用精神的洞察力，以免精神陷人错误。直观和演绎就是这种思维规则之一。
什么是直观呢？笛卡尔这里所说的直观与我们平时所理解的直观并不一样。我们平时所说的直观，或者是作为美学范畴的直观，都与人的感觉相联系。而笛卡尔所谓的“直观”，“指的不是感觉的易变表象，也不是进行虚假组合的想像所产生的错误判断，而是纯净而专注的心灵的构想，这种构想容易而且独特，使我们不至于对我们所领悟的事物产生任何怀疑”。
直观就是当人的心灵处于纯净而专注时所产生的一种理性的光芒，它比演绎更为确实可靠，是一种超越感觉的理性直观。而且人人都能用心灵的目光来直观诸如“我存在”、“我思想”、“三角形是由三条线构成的”等问题。由于人们平时习惯于关注眼前的事物，而且这种关注常常因杂乱而缺少集中注意的目标，这样就对事物不可能有什么真实的认识。对心灵也是这样，我们应该集中注意力，在心灵纯净的条件下去直观那些最简单、最基本的命题。
直观有两个特点：第一，直观的命题必须是最清楚明白的；第二，直观的命题必须同时地、整个地被理解。正如笛卡尔所说：“能够全面通观。”例如数学上的1+1=2和3-1=2，我们不仅要在心灵里直观到这两个命题，而且还要从这两个命题中得出一个必然的结论：1+1=3-l。
“我用‘直觉’并不是指摇摆不定的感觉表现或对想像力的骗人判断，就像笨拙地把事物聚在一起那样，而是指一种对清晰的、全神贯注的心灵的观念，这种心灵非常严格，对我们所理解的东西不得有任何怀疑。此外，而且殊途同归的是，直观是对清晰的、全神贯注的心灵的毋庸置疑的观念，这种心灵只能来自理智之光。”很显然，笛卡尔在这里把直观和感觉加以比较对照，感觉与直观有相似之处，都是对对象的直接把握，当某物出现在我们的视野之内并足以看到它时，我们就会说我们清楚地看到了它。同样，当一些极其简单、非常清晰的对象进入我们的心灵，我们就可以用我们的心灵直接“看到”关于这个对象的某个真理。直接性是二者的共同点，但前者是用感官直接感知对象，后者是用理智之光直接把握观念。以笛卡尔的理解，感觉由于受人的视力、身体状况、情绪等因素的影响，人在感觉过程中所感觉到的东西往往是一些飘忽不定的、或者是有着很大偶然性的现象。而直观则不同，它是建立在理性的基础上，是理智之光对简单、清晰的观念的直接把握，因而它是纯粹精神性的，直观的结果具有绝对的确定性和绝对的可靠性。
一种直觉，只有当它包含了清晰的内容，而且它本身也是清晰的时候，它才是明确的。而清晰明确的直觉的要点在于其内容的绝对简单。一种清晰明确的直觉是自明的，因为它能够直截了当地为我们的心灵的目光所接受，并且不包含任何时候我们无法直接意识到的外在含义。
什么是演绎？演绎作为直观认识的补充形式，指的是从某些已经确知的事物中必定推演出的一切。演绎有两个基本性质：一是它对直观的依赖性，是以直观提供的“已经确知”的原始命题为出发点；二是它的过程性，它不像直观那样是对起始原理本身的通观，也不像亚里士多德的三段论那样，借助于事前的假定，来达到事后的陈述，既没有增加知识，也没有什么效力，“为了教人以三段论式的形式，先要假定已知各项或已知题材”。演绎则是对理性直观链条的合理推演和预测。
演绎和直观是有区别的，二者的区别就在于：“我们设想的演绎中包含着运动或某种先后相继的关系，而直观中则没有；另外，明显可见性在演绎中并不像在直观中那样必不可少，不如说，（这个性）是从记忆中以某种方式获得确信的。”由此可见，起始原理来自于人的理性直观，较远的推论则是通过演绎得来的。而从起始原理中得来的命题，则有的来自直观，有的来自演绎。
直观和演绎作为人类理性的两个功能又是“相互支持、相辅相成”的，它们在认识过程中合二为一：思维在通观事物的时候，逐渐倾向于返回直观成为直观和演绎之间的一个中项。
既然直观和演绎有着如此紧密的联系，它们在人的认识活动中起着如此重要的作用，那么，我们如何才能有效地运用人的直观和演绎呢？这“与其说是理论的，不如说是实践的”。笛卡尔在《原则9》中引用了“凝神”一词加以概括。
凝神实际上是一个心理学方面的概念，是指对面前或心灵内的对象全神贯注。如对于一个老工艺师来说，由于他总是习惯于把目光集中注意某些具体的点，这样长此已往，它便具有准确分辨任何细小精致事物的能力。同样，如果一个人总是习惯于用他那心灵的眼睛关注某些十分简单、十分容易的事物，那他就能够获得一目了然的“明见”。
凝神包括“明见”和“灵巧”两个方面。所谓“明见”，就是清清楚楚地察看每一特殊事物；而“灵巧”则是巧妙地从事物中互相演绎。明见是直观的准备，灵巧是演绎的技巧。笛卡尔在这里特别指出世人在认识事物时的两个通病：一是“习惯于用一次思维行为同时注意多个事物”，总是“慌慌忙忙探求人家所提出的问题，甚至来不及注意……就以昏乱的心智着手去解决”。笛卡尔把这种行为形象地比喻为一个听命的仆人，只听见主人吩咐其到什么地方去，而没听清楚去那干什么，就匆匆忙忙赶到目的地，结果却不知他到这该解决什么样的问题。这种不注意、慌乱的心境必然使其心灵陷入混乱。另一个通病是，忽视那些简单的、一目了然的认识对象，片面地认为，只有那些“看起来越困难的事物就越觉得美妙”。他借机嘲讽那些只注意探究“至高至深的某些道理”、而不在乎其论据的哲学家们，为了获得他们所谓的知识，“硬说黑暗比光明还要明亮”。笛卡尔认为，真正有真知的人，在识别真理时，总是寻找那些更容易、更简单、更接近最绝对起始原理的东西。他告诫我们：“不要立即考察十分困难而艰巨的事物，而应该一开始就去弄清楚最微末、最简单的一切技艺，主要是那些最有秩序的技艺。”这也就是他在《方法谈》所确立的第一条原则：“绝不把任何我没有明确地认识其为真的东西当作真的加以接受，也就是说，小心避免仓促的判断和偏见，只是把那些十分清楚明白地呈现在我的心智之前、使我根本无法怀疑的东西放进我的判断之中。”
在笛卡尔看来，精神的直觉和必然性的演绎是人类获得确实性知识的根本方法和途径，而直觉又是演绎的基本前提和保障。因为演绎推理的结论是否具有必然性、是否确实可靠，都依赖于其前提的正确。而人们通过直觉可以发现人心中的天赋观念，它是自明的、确实可靠的，如“自我存在”、“上帝存在”、数学公理、逻辑范畴、道德的基本原则等。就是这些不证自明的天赋观念作为理性演绎的前提，从而保证了理性演绎的正确性与合理性。而人的精神直觉的能力又来自于上帝赋予人的“理性之光”。上帝总是在最关键的时候出现，就像《西游记》中的菩萨一样，总是在孙悟空最需要她的时候出来为其排忧解难。难怪笛卡尔说我们需要上帝，因为在他看来，上帝是人生的根基。没有上帝，直觉和演绎也将不可能。
分析和综合
笛卡尔是个不彻底的可知论者，他认为世界上的“任何事物都不会隐蔽而不为我们所见，一切事物都可适应人类认识的能力”，尽管它们互不相同，但却又很有规律、很有秩序地运行着。我们心智的灵巧，就在于能够严格地按照事物运行的秩序来思考。所谓思维的条理，“通常只是指始终遵循（一定的）秩序”。为了使我们的思维能够巧妙地铸造出有效的认识秩序，我们应该避免重蹈传统的诡辩论和修辞术的覆辙，应该加强思维方面的锻炼，在思维的实践中勇于探索那些最容易的事情，“使我们总是习惯于遵循已知的敞开的道路，极为灵巧地把握住事物的内在真理”。
笛卡尔认为，我们在认识事物时，不应该一开始就寻找那些复杂的、隐晦的命题，最好是先把这些复杂的命题变成简单的命题，这是下降的顺序，其实就是分析；第二个是从绝对简单的直观出发，经过精密推理上升到其他事物，是上升的顺序，这其实就是综合。
当我们要考察事物时，应该“把我所考察的每一个难题，都尽可能地分成细小的部分，直到可以而且适于加以圆满解决的程度为止”。值得注意的是，笛卡尔这里的分析，不是从一般到个别，而是从个别到一般，注重分析的是内涵而不是外延。其分析的过程，实际上是理性直观的过程。
笛卡尔认为，分析的任务就是要寻找最简单的、以至不能再“被心灵分析成其他更为清晰的东西”。在笛卡尔看来，最简单的事物有三种：一是纯粹理智的，如认识、怀疑、无知、意识等；二是纯粹物质的，如形象、广延、运动等；三是纯粹理智和物质共同的东西，如存在、同一、绵延等。事物都是由简单性质组合而成的，分析的过程其实就是用理性直观把握事物简单性质的过程。当我们直观到事物的简单性质，也就完成了对事物的分析，同时也就为演绎和综合奠定了基础。这是下降的顺序。
我们再来看上升的顺序。以理性直观所得到的简单性质为逻辑起点，按照顺序指导我们的思想，逐步上升到对复杂事物的认识，这就是综合。这里的综合也是以内涵为主的，是从抽象的一般到具体的个别，是以演绎为基础的。正如笛卡尔在《方法谈》里所规定的：“按照次序引导我们的思想，以便从最简单、最容易认识的对象开始，一点一点逐步上升到对复杂的对象的认识，即便是那些彼此之间并没有自然的先后顺序的对象，我也给它们设定一个次序。”值得注意的是，笛卡尔在这里所说的“顺序”或“次序”，并不是指事物本身发展的顺序，也就是说，他并不是从本体论意义上来谈论这个问题，而是从认识论、方法论意义上来谈论顺序的。综合的起点当然是直观的简单性质，也就是心灵不能把它们分得更简单的东西，然后按照从简单到复杂、从抽象到具体的思维顺序，一级一级地推演出其他事物来。
