海盗们在与人交手时使用的是哪些武器，这些武器又是怎样被使用的呢？首要的也是最显眼的武器就是短剑。在电影里人们看到海盗们用的往往是直剑，如那种决斗用的又长又直的剑。学会用好这样的长剑要花费相当长时间，所以海盗不用它们。相反，他们中的大多数都随身带有短弯刀，这是一种长度更短、分量更重的弯形的刀剑。短弯刀似乎是从16世纪90年代开始被使用的，事实证明它在近距离搏斗中非常实用，而近距离搏斗对于攻占对方船只并与反抗者厮杀，或者保卫自己的船只不被夺取的海盗则是一种常态。短弯刀还非常适合砍断索具、绳子及木头。并且，非常重要的是它简便易学。
小刀、匕首、砍刀也是海盗随身携带的武器，它们显然对于完成船上的一系列不同的工作很有帮助，并且同样适合于作战。另一个最有用的武器就是手枪了。海盗们发现手枪在阻止敌方登船时所需要的快速交火中非常实用顺手。然而，并非每一个人都能拥有手枪，通常只有从俘虏身上缴获或是从被抢夺船只的军械库里去获取。
需要注意的是，大约在1700年，手枪从老套的火绳枪过渡到了更加方便的燧发枪。这两种枪都需要从枪口装弹，装的是早已压实的弹丸和火药，再加上一个塞子，这样就把枪的火药池填满并关闭了。但对于火绳枪来说，还要给火药池加装一根导火线来点燃，而燧发枪则只需要火石经过撞击产生的火花点燃火药池就可以发射了。当火药因为下雨变潮湿，或者遇到大风时，枪就容易哑火（等于“在火药池内点一下火而已”），这种事是经常发生的。然而，如果是使用燧发枪，海盗的做法是在肩上的枪带上同时绑两到三把手枪，这样就能在打完第一枪后紧接着打下一枪，而无需花费重新装填弹药的时间——通常，海盗们在近距离的白刃搏斗中只需要放两到三枪就能够解决问题了。手枪还可以被塞在腰带里，当然这样做会很别扭，而且既不舒服也不安全。滑膛步枪是另一个火力来源。这种枪在装填弹药方面与手枪是一样的，并且同样也是在1700年左右由火绳点火的形式过渡到燧发式的。海盗们偶尔也会在船只互相抵近时使用滑膛枪，因为枪声会让对手害怕从而尽快缴械。无论如何，滑膛枪在海盗的武器当中不如手枪使用得普遍。
海盗在登船时需要耗费大量的时间，在这里手榴弹的作用就很关键了。举一个例子，黑胡须的手下就使用手榴弹，他们在准备登上目标船只前向对方的甲板上投掷手榴弹，迸发出浓烟和金属碎片，其杀伤、震慑、噪声以及制造混乱的作用明显有助于随后展开的攻击。查尔斯·约翰森描述了黑胡须的“几种新式的手榴弹，如把火药和小弹丸、金属片、铅或铁粒装满在容器瓶内，再在瓶口连一根快速的导火索……在点燃导火索后被立刻掷到对方的船上，除了让对方船员乱作一团以外，往往还具有巨大的杀伤力……”
海盗用的最重的武器是火炮。多数海盗船上都有火炮，它可以让其他船只害怕和放弃反抗，但最重要的是，它可以与海军及其他载有火炮的商船相抗衡。大致讲，船上的火炮越多越好，因为这样做自然可以让海盗船变得更加强大。正常情况下，海盗要的是擒获来船而不是将之击沉，所以他们需要的是比火炮更加宝贵的人手，人多的优势是很容易让对手屈服的。因此，火炮仅仅是最终才会采取的手段。有一个例子，1697年，摩卡号（Mocha）快船上的一伙海盗在罗伯特·卡里福德船长的带领下与载有30门火炮的武装商船多瑞尔号遭遇了。摩卡号上的火炮有22门，相对于一般的海盗船而言这是一个相当大的数字。两船相遇后，摩卡号的舰首炮向多瑞尔号发射了两炮：
但当他们还没有来得及再次发射就遭到对方的舷炮的齐射……他们的火力一点不比海盗逊色，第三和第四轮舷炮齐射还没有到来……海盗们就感到胆寒了，他们自忖就是粉身碎骨也占不到便宜，若是桅杆被毁可就断无生路了。就在此时，他们的前桅被一枚6磅重的炮弹炸个正着……
海盗们经过表决决定退出战斗，摩卡号就此逃走了。这个场面是海盗船遇到比自己强大的对手的正常结局，因为动枪动炮所要求的技巧和纪律是海盗们通常所不具备的。
火炮的尺寸和形状有多种，通常又大又重的可以发射24磅重的炮弹，小型火炮的炮弹重量则为六或八磅。火炮都是从炮口装填炮弹，发射时必须要从炮位中拖出来。这是一项体力活，要动用数名水手才行。接下来后坐力会使火炮在发射后退回到炮位里重新装弹。所发射的炮弹根据目标的不同也不一样——火炮的炮弹有对付人的，有时也称小炮弹；也有对付帆和桅杆的链弹和条状弹；还有为摧毁敌船两舷和尾炮的圆形炮弹。海盗有时还有一种短炮，这种又短又重的武器具有快速的毁灭性的威力，此外还有一种对付对方人员的回旋炮。操作火炮是一门复杂的手艺，所以海盗们特别希望炮手的加入，同时也会在分赃时给他们多分一些——在罗伯兹船长的条规里，炮手的待遇与船主及水手长一样，都可以分到一份半，而菲利普斯船长的条规则规定，炮手与船副、水手长及木工都应分得一又四分之一份。洛泽尔船长的条规给予炮手的也同样是一又四分之一份，与其待遇同样的还有医生、船副及水手长。
海盗协议与“大斧”起誓
海盗社会有自己的纪律和法规，不管是谁，只要自愿加入海盗一伙，都必须在一份《协议书》，或者叫做章程的文件上签字，并且以《圣经》或“大斧”的名义宣誓。
很有趣的是，许多满手血腥的海盗都毫不含糊地自称是上帝的信徒。
在所有保存下来的《协议书》中，以巴塞洛缪·罗伯茨海盗帮的一份最为完整。该《协议书》的内容如下：
（1）每个船员对日常事务都有平等的表决权。对缴获的新鲜食物和烈性饮料有平等分享的权利。但如果物资数量很少，为了共同利益，就通过表决以实行节约。
（2）每个船员除应得的份额外，还可按名单顺序公平地轮流分到一些替换衣物。但如果有人在金银器皿、首饰或金钱上用欺诈手段骗取哪怕是一元钱的东西，都将受到放逐孤岛的处罚。任何抢夺同伴东西的人，一律割鼻子、耳朵，并遣送到孤岛去吃苦。
（3）在船上，禁止用骰子或纸牌赌博。
（4）晚上八点熄灭一切火烛。如有人想在这个时间以后喝酒，可以到露天甲板上去，但不得点灯。
（5）每个船员都必须把自己的武器、火炮、手枪和大刀擦得锃亮，随时做好战斗准备。
（6）…不许携带妇女和儿童上船。如有人把妇女乔装打扮带上船来，则一律处以死刑。
（7）在战斗中临阵脱逃或擅离职守者，处以死刑，或流放孤岛。
（8）不准在船上斗殴。所有的争端，都应该在岸上用大刀或手枪解决。决斗双方都必须服从舵手的裁判。
（9）在每个船员分到1000英镑以前，任何人都不得提出散伙。因伤致残或截肢的人，可以从公有储蓄中领取800块西班牙银币，受轻伤的也可以得到相应补偿。
（10）船长和舵手在分战利品时各得双份，炮长和水手长各得一份半，其他头目各得一又四分之一份，其他人员各得一份。
（11）星期天是乐师们的法定休息日，其他日子是否休息，则视情况而定。
所有海盗协议都大同小异，但也各有自己的特点。比如说，乔治·劳瑟船长的条文规定，第一个发现海上捕截目标的人，可奖给船上最好的手枪或步枪，“他如有要求，还可以分配到好的工作。”约翰·菲利普斯船长的条文则规定，殴打自己的同伴，抽烟斗不带烟斗盒，或者用蜡烛不加灯罩，都要按《圣经》上的摩西律法，在光背上抽打40鞭。还有的条文规定，谋杀同伙的，将谋杀者与被杀者的尸体绑在一起抛入海中淹死。这正是皇家海军对同类罪行的惩罚方法。
几乎所有的海盗船都执行船长双份的分配方案，只有两个海盗集团例外——利克德勒尔兄弟会和俄国哥萨克，他们不管级别高低，分赃一律平等。
因此，许多海盗史家认为，海盗们在海上建立的社会，常常比陆地上的那些世袭统治者建立的社会更公平和更有效。
对违反法规的海盗，则按规定执行惩罚。常见的刑罚有：
（1）抛海：受罚者被从行进中的船中扔到海里，仅此而已。
（2）走跳板：跳板设在船头，另一端是悬空的大海，受罚者蒙上眼睛，被迫走上跳板，走到尽头，便坠入海中。这和抛海没有什么区别，只是多了一些“娱乐性”。
（3）拖曳：受罚者被一条扎牢在船尾的绳子拖曳向前。受惩罚者通常在死前要遭受几天的痛苦。
（4）放逐：将受罚者独自抛弃在荒岛上，有时还留下少量的生活用品，任其自生自灭。在附近没有岛屿的情况下，也可以将受罚者置于舢板上任其独自漂流，他们可能得救，但更多的是死于饥饿、干渴、日射病，或者鲨鱼之口。
（5）浸水：一种比较轻的惩罚。受罚者先被浸泡在海水里，再在刺骨的海风中在主桅下悬挂数小时。
（6）鞭笞：使用一种用九股涂过柏油的绳子制成的绳鞭，被称为“九尾猫皮鞭”。有些残忍的船长还特地在绳鞭末梢装上鱼钩或是火枪的弹丸，并且在受鞭笞者的背部涂上盐及醋以增加其痛苦。
笛福先生报道过一次海盗审判，这对了解海盗的法律程序是一个很有趣的实例。
