噶尔丹败亡后，其侄策妄阿拉布坦控制了准噶尔部。他仿效噶尔丹，收集旧部，陆续吞并周边各部，伺机侵犯哈密、青海和西藏等地。康熙五十六年（1717），策妄阿拉布坦出兵西藏，杀害西藏地区的首领拉藏汗，宁静的青藏高原上风云突变。
康熙帝得知策妄阿拉布坦侵藏的消息后，于康熙五十七年（1718）三月，派兵从青海出发，进剿西藏。九月中旬，清军因草率轻敌，中了埋伏，全军覆没。一个月后，康熙帝先增派满洲八旗兵丁入藏；又派将士驻扎在甘肃、西宁、成都、云南等战略要地，以备调遣；同时重用深悉边情的四川巡抚年羹尧为四川总督，开辟由四川进藏的新路线。
经过周密的部署，康熙五十九年（1720），在护送六世达赖喇嘛的名义下，2.2万名清朝将士从青海、四川两路向西藏进发，另有新疆地区2万多兵丁配合作战。清军屡战屡胜，攻破拉萨，驱逐准噶尔，安定了西藏局势。此后，清朝进一步加强了对西藏的管理。军事上，康熙帝派满蒙八旗及绿旗兵丁共4 000人进驻西藏，成为清朝政府在西藏驻兵之始；经济上，加强了西藏边疆与内地的联系；政治上，康熙帝帮助西藏贵族摆脱了准噶尔蒙古部的影响，提升了西藏贵族的自主权。
安藏，是康熙帝晚年的最大政绩，耗费了他十余年的心血。康熙帝踏着前人的足迹，向前迈出了关键性的一大步，也为雍正、乾隆时期进一步治理西藏奠定了基础。
